Bactéries endophytes (internes) et pommes mûres

4.90 Les États-Unis ont allégué que de nombreuses études avaient indiqué que les pommes mûres asymptomatiques n'abritaient pas de populations endophytes de la bactérie.⁶⁹ Il s'agissait en particulier des études suivantes:

Roberts (2002): "Ce rapport sur les recherches menées conjointement par le Japon et les États-Unis concernait l'investigation la plus vaste menée à ce jour pour déterminer si la bactérie était présente à l'intérieur des pommes mûres asymptomatiques. Trente mille neuf cents fruits provenant de deux sites situés dans l'État de Washington (États-Unis) avaient été récoltés à 0, 10, 25, 50, 100 ou 300 mètres d'une source d'inoculum du feu bactérien. Neuf cents fruits avaient été analysés au moment de la récolte pour détecter la présence de populations internes et aucune bactérie n'avait été détectée, même dans les pommes provenant d'arbres atteints du feu bactérien ou situés juste à côté d'arbres atteints. Trente mille fruits avaient été placés en chambre froide commerciale pendant deux à trois mois (selon la date de la récolte). Aucun de ces 30 000 fruits n'avait développé de symptômes externes de la maladie. Sur ces 30 000 fruits, 1 500 avaient été coupés en deux et ne présentaient aucun symptôme interne de la maladie. La surface interne de 500 de ces 1 500 fruits avait été raclée et le prélèvement placé sur différents milieux, et aucune bactérie du feu bactérien n'avait été isolée dans un quelconque fruit."⁷⁰

Van der Zwet et al. (1990): "Dans le cadre d'une expérience intéressante, des fruits non mûrs, mûrs ou peut-être mûrs avaient été récoltés dans quatre lieux géographiques différents et aucune bactérie interne n'avait été détectée dans les fruits mûrs (80 fruits originaires de Virginie occidentale (États-Unis)) ou peut-être mûrs (40 fruits originaires de l'État de Washington (États-Unis), 40 originaires de l'Utah (États-Unis), et 80 originaires de l'Ontario (Canada)), même récoltés sur des arbres atteints du feu bactérien."⁷¹

Roberts et al. (1989): "Aucune bactérie interne du feu bactérien n'avait été détectée dans 1 555 pommes mûres asymptomatiques récoltées pendant deux ans sur des arbres atteints (parfois fortement) qui provenaient de sept cultivars de pommiers cultivés dans cinq lieux différents de l'État de Washington (États-Unis)."⁷²

69 Les États-Unis ont noté que dans la plupart des études qui avaient analysé des fruits mûrs asymptomatiques pour détecter la présence de populations internes et/ou externes de la bactérie, les protocoles expérimentaux étaient délibérément faussés afin d'obtenir une détection positive car les fruits n'étaient pas choisis au hasard mais étaient fréquemment récoltés sur des arbres et dans des vergers atteints du feu bactérien;

ils étaient même souvent récoltés directement sur des lambourdes ou des pousses atteintes. Néanmoins, ces études n'avaient pas détecté la présence de populations internes de la bactérie dans les pommes mûres asymptomatiques et avaient très rarement détecté la présence de populations externes de la bactérie sur ces fruits.

70 Op. cit., Roberts (2002).

71 Op. cit., van der Zwet et al. (1990).

72 Op. cit., Roberts et al. (1989).

Dueck (1974): "Aucune bactérie interne n'avait été isolée dans l'une des 60 pommes mûres asymptomatiques récoltées dans l'Ontario (Canada) sur des arbres fortement infectés. Le rapport a établi la conclusion suivante: "Les pommes mûres sont extrêmement résistantes à l'infection. C'est seulement en cas d'introduction forcée dans le cortex que les fruits ont été infectés. … [D]ans les conditions existant dans les vergers, les pommes, en particulier celles qui proviennent de cultivars résistants, ne sont pas infectées".⁷³

Les États-Unis estimaient que les experts scientifiques avaient unanimement confirmé qu'il n'y avait pas de preuve scientifique que les pommes mûres récoltées abriteraient des populations de la bactérie du feu bactérien.

4.91 Les États-Unis ont observé que ces résultats n'étaient pas surprenants car ils correspondaient aux caractéristiques biologiques de la maladie. Les fleurs qui étaient infectées provoquaient en général l'avortement des fruits et les fruits infectés (soit par la pénétration de la bactérie dans les tissus internes du fruit à partir d'un chancre, soit par les plaies externes du fruit) ne se développaient pas normalement. Au lieu de cela, ils brunissaient ou noircissaient, se ratatinaient et, comme les fleurs, restaient attachés aux lambourdes et prenaient un aspect momifié. Par conséquent, alors que les pommes non mûres pourraient contenir des bactéries internes du feu bactérien en quantités détectables sans avoir encore développé les symptômes de la maladie au moment de la récolte, les pommes mûres asymptomatiques n'abriteraient pas de populations internes de la bactérie.

4.92 Le Japon a fait valoir que divers ouvrages publiés concernant l'écologie, les propriétés et la capacité de survie d'E. amylovora établissaient que: 1) les bactéries pouvaient se développer à une température allant de 3-5 degrés à 37 degrés Celsius; 2) les bactéries étaient des anaérobies facultatifs; et 3) elles pouvaient utiliser le glucose, le fructose ou le L-arabinose comme source de gaz carbonique. Les bactéries étaient évidemment capables de survivre à l'intérieur ou à la surface des pommes. En outre, van der Zwet et al. (1990) ont indiqué ce qui suit:

a) les pommes Rome Beauty mûres originaires de Virginie occidentale avaient développé des symptômes de la brûlure interne du fruit après 37 à 121 jours d'entreposage au froid, "vraisemblablement à cause de bactéries endophytes";

b) jusqu'à 21 pour cent des pommes Red Rome asymptomatiques récoltées en juillet et août en Virginie occidentale présentaient des bactéries endophytes; et

c) au cours d'une prospection géographique, E. amylovora avait été détectée à l'intérieur de 14 pommes asymptomatiques prélevées en juillet, août et septembre dans l'Utah.

4.93 Le Japon a allégué que les États-Unis avaient tenté de minimiser l'importance de toutes ces constatations. Premièrement, ils avaient rejeté les points b) et c) ci-dessus sous prétexte qu'il s'agissait d'études concernant des "fruits non mûrs". À cette fin, ils avaient demandé à M. van der Zwet et au professeur Thomson de préciser si ces études portaient sur des fruits mûrs. Or, le professeur Thomson avait observé dans Thomson (2000) que "van der Zwet et al. (1990) avaient découvert E. amylovora à l'intérieur de pommes mûres".⁷⁴ En outre, dans un compte rendu antérieur de la même prospection géographique, les auteurs avaient résumé les caractéristiques des pommes analysées en utilisant les termes "mûres d'apparence saine". Qui plus est, le document de Roberts et al. (1998), dont M. van der Zwet était l'un des auteurs, indiquait clairement que les pommes récoltées dans l'Utah, en Virginie occidentale, dans l'État de Washington et dans l'Ontario, mentionnées dans le tableau 4 de van der Zwet et al. (1990), étaient mûres et asymptomatiques.

73 Op. cit., Dueck (1974).

74 Op. cit., Thomson (2000).

4.94 Les États-Unis ont reconnu que le document de van der Zwet (1990) avait créé une certaine confusion car il faisait état de nombreuses expériences différentes menées en divers lieux sans faire de distinction entre les fruits non mûrs et les fruits mûrs. Toutefois, les données expérimentales de la

"prospection géographique", compte tenu en particulier des précisions données ultérieurement par les deux principaux auteurs du document, étayaient la position selon laquelle les pommes mûres asymptomatiques n'abritaient pas de populations internes de la bactérie.⁷⁵ Les États-Unis ont fait valoir que les documents de Roberts et al. (1998) et de Thomson (2000) étaient des documents de synthèse, donc censés passer en revue la littérature. Des exposés inexacts des constatations formulées dans van der Zwet et al. (1990) ne pouvaient pas être utilisés pour établir un fait qui n'était pas étayé par ce document, en particulier lorsque des efforts avaient été faits pour corriger les erreurs d'interprétation qui avaient découlé de ces travaux. Dans Thomson (2000), il était écrit ce qui suit:

"van der Zwet et al. (1990) ont découvert E. amylovora à l'intérieur de pommes mûres uniquement lorsque celles-ci avaient été cultivées dans un rayon de 60 cm autour de points visibles d'infection par le feu bactérien". Or, ces résultats étaient présentés dans le tableau 3 de van der Zwet et al. (1990), qui avait clairement indiqué que les fruits en question avaient été récoltés en juillet et août 1986 et étaient donc des pommes non mûres. Par conséquent, Thomson (2000) n'étayait pas l'affirmation du Japon selon laquelle van der Zwet et al. (1990) avaient découvert des bactéries endophytes dans des pommes mûres. M. van der Zwet lui-même avait confirmé dans sa déclaration que ces fruits n'étaient pas mûrs.⁷⁶

4.95 Le Japon a aussi dit que les États-Unis avaient minimisé l'importance des symptômes de la brûlure interne du fruit que les pommes Rome Beauty mûres avaient développés pendant l'entreposage au froid, vraisemblablement à cause de bactéries endophytes, lorsqu'ils ont cité l'observation figurant dans l'article selon laquelle "il était difficile de distinguer les symptômes de la brûlure interne du fruit des autres pourritures du fruit". Toutefois, l'article poursuivait ainsi: "des prélèvements aléatoires de la surface des fruits atteints pendant l'entreposage ont permis de découvrir E. amylovora". En conclusion l'article disait ce qui suit: "Quelques fruits de la variété Rome Beauty qui n'ont pas été inoculés et ont été entreposés à une température de 1 °C ont développé le feu bactérien. Par conséquent, des fruits asymptomatiques provenant d'un cultivar sensible, récoltés sur des arbres atteints, peuvent développer le feu bactérien pendant l'opération commerciale d'entreposage."⁷⁷ Les auteurs ont explicitement indiqué que les symptômes développés étaient ceux du "feu bactérien".

4.96 Les États-Unis ont répondu que, dans l'article de 1990, M. van der Zwet avait clairement indiqué qu'il ne pouvait pas déterminer avec certitude si les symptômes de pourriture interne que présentaient les fruits correspondaient au feu bactérien ou à une pourriture fongique. Par conséquent, son diagnostic de la présence du feu bactérien dans les fruits entreposés – selon ses termes,

"vraisemblablement" à cause de bactéries endophytes – aurait été validé uniquement: 1) si les fruits avaient été analysés pour détecter la présence de bactéries endophytes avant l'entreposage et ces bactéries avaient été découvertes; et 2) si les pourritures internes avaient été soumises à une analyse microbiologique et E. amylovora avait été isolée. Aucune de ces conditions n'avait été remplie à en croire les méthodes et les résultats expérimentaux décrits dans l'article.

4.97 Le Japon a allégué qu'en dépit de leurs tentatives pour réviser l'article de van der Zwet et al.

(1990), les États-Unis n'avaient pas mis en doute: 1) l'expression du feu bactérien dans les pommes

"mûres asymptomatiques", vraisemblablement à cause de bactéries endophytes; 2) la découverte de la bactérie dans des sections de l'endocarpe de pommes récoltées en juillet et août, dont certaines étaient mûres; et 3) la découverte de la bactérie dans des pommes mûres d'apparence saine récoltées en

75 Déclaration de M. van der Zwet, 16 juillet 2002 (pièce n° 18 des États-Unis) et lettre de S.V. Thomson, Université d'État de l'Utah, adressées à R.G. Roberts, Département de l'agriculture des États-Unis, 23 août 2002 (pièce n° 19 des États-Unis).

76 Op. cit., (pièce n° 18 des États-Unis).

77 Op. cit., van der Zwet et al. (1990).

juillet, août ou septembre. Van der Zwet et al. (1990) avaient montré que les pommes mûres risqueraient d'abriter des bactéries endophytes. Tout en désapprouvant cette évaluation objective des preuves, les États-Unis ont admis que la bactérie pourrait être présente à l'intérieur de pommes presque mûres. L'allégation des États-Unis ne pourrait être compatible avec la présence des bactéries observée à l'intérieur de pommes presque mûres uniquement si ces bactéries disparaissaient pendant les quelques jours ou semaines critiques précédant la maturation. Toutefois, les États-Unis n'avaient pas avancé de théorie, et encore moins de preuves, pour expliquer la disparition implicite des bactéries.

4.98 Les États-Unis ont fait valoir qu'en précisant qu'aucune bactérie endophyte n'avait été découverte dans des fruits mûrs au cours de n'importe laquelle des expériences relatées dans l'article de van der Zwet et al. (1990), les auteurs avaient simplement confirmé ce qu'une lecture attentive de l'article de 1990 donnait à penser. Les seuls fruits expressément qualifiés dans l'article de 1990 de

"mûrs" étaient ceux qui avaient été utilisés pour l'expérience concernant l'entreposage présentée dans le tableau 2; comme les experts scientifiques l'avaient noté, la bactérie endophyte n'avait pas été découverte dans ces fruits "mûrs" (les fruits n'avaient même pas été analysés pour détecter la présence de bactéries internes) et il n'avait donc pas été confirmé que les symptômes suspects correspondaient au feu bactérien. Aucun des fruits utilisés pour l'expérience géographique présentée dans le tableau 4 n'avait été qualifié de "mûr" dans l'article de 1990 et les auteurs avaient confirmé qu'aucune bactérie endophyte n'avait été découverte dans un fruit mûr ou peut-être mûr au cours de cette expérience. Par conséquent, l'article de 1990 lui-même n'alléguait pas que des bactéries internes avaient été isolées dans un quelconque fruit "mûr"; les déclarations récentes des auteurs confirmaient simplement ce fait.

4.99 En outre, le Japon a fait valoir que la notion de "maturité" était ambiguë. La "maturité" et l'"immaturité" faisaient partie d'un processus continu. Ainsi, la maturité était foncièrement une notion subjective et autorisait diverses interprétations. Le professeur Thomson avait défini la "maturité" en termes de maturité "commerciale" ou de dates de récolte. Ce faisant, dans sa lettre de "clarification", l'auteur avait reculé les dates de "maturité" de telle sorte que les pommes de l'Utah dont l'analyse avait été positive au cours de la prospection étaient devenues "non mûres". Toutes ces pommes auraient très bien pu être mûres selon les critères de maturité "physiologique", car cette maturité était censée précéder la maturité commerciale. En outre, le Japon soupçonnait fortement que les auteurs de l'article de van der Zwet et al. (1990) auraient pu estimer que les pommes analysées pendant l'étude étaient "physiologiquement mûres" en se fondant sur la couleur et la fermeté de la chair et sur d'autres caractéristiques qu'ils observaient. Sinon, il était inconcevable que les auteurs aient continué à plusieurs reprises de qualifier les pommes de "mûres" dans des publications ultérieures.⁷⁸ Le Japon a maintenu qu'il n'y avait pas de preuve montrant que les pommes "physiologiquement mûres"

subiraient par ailleurs un processus décisif au cours duquel toutes les bactéries endophytes seraient éliminées avant la récolte. Il était donc probable que les bactéries endophytes dont la présence avait été constatée à l'intérieur des pommes "physiologiquement" mûres survivraient jusqu'à la maturité

"commerciale" compte tenu de l'écologie et des autres propriétés connues des bactéries et des pommes. Le critère "asymptomatique" était encore plus difficile à gérer car il n'y avait pas de normes objectives. Le Japon a noté que dans Roberts et al. (1989), étude qui n'avait pas permis de découvrir la bactérie du feu bactérien dans des pommes mûres asymptomatiques, l'échantillonnage n'avait pas été aléatoire. Le Japon a en outre noté que, selon lui, les experts étaient d'accord sur le fait que le

"symptôme" (qui devait être visible) serait le principal indicateur du risque et qu'il ne pourrait pas toujours être détecté. En effet, l'ambiguité/la subjectivité, confirmée par les experts, a été encore accentuée par les pratiques peu satisfaisantes entourant l'exportation des pommes américaines. Bien que les États-Unis aient allégué que "tout fruit infecté non mûr ne passerait pas le cap des opérations normales de récolte, de tri et d'entreposage élaborées et effectuées par les producteurs, les distributeurs et les exportateurs, et que … tout fruit infecté non mûr ne passerait pas le cap des

78 Op. cit., Thomson (2000) et Roberts et al. (1998).

opérations de classement et d'inspection effectuées par les inspecteurs fédéraux ou ceux des États, y compris l'application des normes établies par la Loi des États-Unis sur les pommes d'exportation", des éléments prouvaient au contraire clairement qu'aucune des sauvegardes (y compris l'inspection par les inspecteurs fédéraux ou ceux des États) ne fonctionnait.⁷⁹

4.100 Les États-Unis ont soutenu qu'E. amylovora n'était pas présente dans les fruits mûrs car les fruits non mûrs qui étaient infectés par le feu bactérien n'arriveraient pas à maturité, comme cela avait déjà été indiqué. En outre, l'utilisation des notions de maturité physiologique et de maturité commerciale reposait sur des bases scientifiques, commerciales et horticoles anciennes.⁸⁰ Les États-Unis estimaient que les experts scientifiques avaient confirmé ces deux points.

4.101 Le Japon a rappelé qu'aucune étude n'avait été menée concernant l'infection (latente) causée par E. amylovora à travers le pédoncule des pommes. Par conséquent, à partir de 2002, Tsukamoto et al. avaient procédé à des expériences pour préciser la capacité d'invasion et de multiplication d'E. amylovora par le pédoncule.⁸¹ L'étude apportait des preuves préliminaires indiquant qu'E. amylovora pouvait entrer et se multiplier dans le système pédonculaire des pommes. Le Japon était d'avis que la cause du brunissement interne des pommes dans cette expérience méritait d'être étudiée plus avant.

4.102 Les États-Unis ont observé que la tentative infructueuse du Japon de découvrir des bactéries endophytes dans les pommes en entaillant les pédoncules et en leur inoculant un grand nombre de bactéries ne pouvait pas être considérée comme un effort visant à obtenir les renseignements additionnels nécessaires pour justifier les restrictions qu'il avait imposées afin de lutter contre le feu bactérien. Les résultats préliminaires indiquaient que la présence d'E. amylovora n'avait pas été constatée et que le brunissement des fruits pouvait avoir de nombreuses causes. L'étude ne fournissait aucun renseignement additionnel au sujet des étapes de la filière hypothétique du Japon – dont les experts avaient dit qu'elle ne serait pas suivie jusqu'au bout.