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3. Le plan du rapport

1.2. Le contexte historique

La plate-forme publique PACA regroupe différents moyens humains et techniques dans le domaine du « transcriptome ». Ces moyens existaient, en partie au moins, dans différentes unités de recherche publique avant d’être réunis en une même opération dans le but d’effectuer une réponse collective à un appel d’offre des pouvoirs publics. Le regroupement de biologistes et de médecins marseillais autour de ce projet a permis de constituer une plate-forme multisites, ou un système de plate-formes.

Les différents acteurs de quatre unités de recherche académiques et hospitalières marseillaises, parties prenantes de ce projet, avaient déjà, entre 1995 et 1999, développé en interne et indépendamment les unes des autres des savoirs et des savoir-faire permettant de produire et

13 Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique.

14 Nguyen, Rocha, Granjeaud, Baldit, Bernard, Naquet, Jordan. “Differential gene expression in the murine thymus assayed

by quantitative hybridization of arrayed cDNA clones”. Genomics, 1995; 156.

15 Entretien de Bertrand Jordan avec Anne Branciard (Branciard, 1999).

d’analyser, pour leurs propres besoins, des biopuces à partir de la technologie transcriptome. La politique nationale de développement des SDV et des biotechnologies à l’origine des génopoles et de différents autres dispositifs publics menée à la fin des années 1990 (plateaux des IFR, plates- formes RIO…) a incité les directions de ces unités à présenter une stratégie de coordination de leurs moyens techniques et humains, afin que leurs plateaux techniques soient reconnus comme appartenant à un dispositif unique et puissent ainsi obtenir des ressources financières supplémentaires et une légitimité institutionnelle. Par la suite, deux unités, l’une du CNRS, l’autre de l’INRA, installées à Nice et à Sophia Antipolis ont constitué une plate-forme transcriptome. La question essentielle qui se pose, dans ce cas, est la capacité des différents acteurs à coordonner et à articuler leurs moyens pour constituer effectivement une même plate-forme multisites, système de plates-formes ou réseau, tout en restant innovants et performants au niveau national. Trois périodes peuvent être distinguées dans l’ « histoire » de la plate-forme17 : une période

« artisanale », où chaque équipe s’équipe techniquement pour participer à une dynamique scientifique (1990-1999), la constitution du système de plates-formes (1999-2003), et les tentatives d’adaptation au modèle prescrit dans un contexte en évolution (à partir de 2003). Du fait de la variété (histoire, technologies, acteurs etc.) et de la dissémination géographique des dispositifs, les différentes « périodes » de la trajectoire de la plate-forme s’entremêlent, la chronologie décrite ci-dessous est donc une schématisation des différentes inflexions observées.

La période « artisanale » (1990-1999) : Une première équipe a d’abord été constituée, dès le

début des années 1990, par Bertrand Jordan, directeur de recherche au CNRS qui a commencé sa carrière en physique nucléaire et l’a poursuivi au sein du département de Biologie moléculaire de

Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy (CIML). La thématique de cette équipe, construite

après de nombreux échanges avec des scientifiques, au niveau mondial (tour du monde des laboratoires de biologie moléculaire), mais aussi national et local (B. Jordan, 1993) et à partir de certaines avancées technologiques réalisées en particulier aux USA (Branciard 1999 ; 2005) est l’expression des gènes à grande échelle. Les choix technologiques de l’équipe marseillaise sont, à cette époque, focalisés sur le développement de la technique transcriptome sur des ressources propres, simultanément mises en œuvre, et non sur des ressources séquencées18. Les années 92, 93 et 94 sont celles du « montage » du transcriptome. Les premiers résultats concrets qui sont publiés en 1995 par l’équipe marseillaise récompensent leurs travaux, qui sont reconnus comme ayant permis une avancée scientifique notable. Plus tard et parallèlement, les laboratoires de biologie réunis au sein de l’Institut de Biologie Structurale et de Microbiologie (IBSM) installés sur le campus du CNRS, chemin Joseph Aiguier et deux unités hospitalières (L’Unité de

Méthodologie et d’Analyse Globale du transcriptome -UMAGT- de l’hôpital Nord et l’unité de l’Inserm « Génétique médicale et développement »-U491- de l’hôpital La Timone) rassemblent

chacun sur leur site quelques moyens techniques leur permettant d’effectuer l’analyse de gènes et de participer à divers titres aux premiers développements de la génomique française. Cependant, travailler simultanément sur des ADNcs séquencés s’est rapidement avéré obligatoire, l’interprétation des résultats étant intimement liée aux gènes concernés. La « biologie intégrative » a conduit à de nouvelles formes d’organisation entre laboratoires en raison du coût de l’instrumentation, de la nécessité de réunir diverses spécialités (Hatchuel, Le Masson, 2004) et à une industrialisation encore très partielle de la production du matériel biologique.

17 Même si cette typologie est « glissante » pour certaines des unités techniques de la plate-forme.

18 Charles AUFFRAY, impliqué dans le cadre du Généthon, dans un des grands programme de séquençage, avait fait des

choix identiques mais avait, dès l’origine, préféré travailler sur des ressources séquencées. Sa proximité avec les industriels lui aurait permis, plus rapidement que l’équipe marseillaise, de comprendre que ce choix s’avérerait à terme plus pertinent (entretien de Catherine Nguyen avec C. Lanciano).

La constitution de la plate-forme transcriptome (1999-2002): L’équipe de Bertrand Jordan s’est

trouvée confrontée à ces nouvelles contraintes et donc à la nécessité de réunir de nouveaux moyens et de s’organiser différemment qu’à la période précédente. Parallèlement, à partir de 1996, différents financements nationaux et locaux liés à la politique de structuration de la recherche et au soutien à l’essor des biotechnologies (intégration en tant qu’« opération structurante » à la création de l’IFR 57 (Institut de Cancérologie et d’Immunologie de Marseille), participation à la Génopole de Marseille , labellisation RIO) lui sont accessibles et lui permettraient de se développer sous condition d’ouverture et de qualité de services donnés à des usagers.

Bertrand Jordan est l’un des initiateurs du projet Génopole Marseille, il porte le projet jusqu’à sa labellisation en 2000. Les quatre équipes se rassemblent pour constituer une plate-forme sous l’intitulé : « Etudes du Transcriptome dans des modèles mammifères vertébrés, non-vertébrés et

bactériologiques » Cette initiative a un double intérêt pour Bernard Jordan : elle donne à son unité

les moyens de développer ses compétences scientifiques et technologiques, et permet à la génopole de présenter un dossier de labellisation d’autant plus convaincant que la réalisation du projet est déjà très avancée. Cette stratégie intéresse les responsables des autres unités qui pensaient y gagner de nouvelles ressources. Le choix de l’ensemble des acteurs était de se réunir pour accéder à de nouvelles ressources sans partager les anciens moyens, ni oblitérer les anciennes orientations scientifiques et technologiques. D’où un projet de plate-forme multisites où chacun garde son implantation.

L’inscription en tant qu’ « opération » de la génopole incite chaque unité à « détacher » les moyens humains et techniques « transcriptome » des équipes scientifiques qui les ont constitués et de les coordonner. A l’intérieur de l’ensemble et conformément à leurs engagements antérieurs, il est défini, pour chaque entité, une fonction technique particulière. Le dispositif d’ensemble, en tant que plate-forme « multisites », résulte d’un échange entre les parties prenantes de la génopole et le ministère de la Recherche

Le projet est accepté par les responsables du Réseau des génopoles. L’ensemble des dispositifs techniques au sein des unités sont déjà reconnus comme plate-formes d’IFR, et deux d’entre eux (TAGC et IBSM) obtiennent le label RIO en 2003.

En 2002, l’équipe de C. Nguyen (ancienne équipe de Jordan qui a pris sa retraite du CNRS) quitte le CIML pour devenir une unité indépendante de l’INSERM (TAGC « Technologies Avancées

pour le Génome et la Clinique » ERM 206) toujours localisée à Luminy. Une équipe co-dirigée

par Pascal Barbry (Directeur de recherche au CNRS à l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire- IPMC dans le laboratoire de Physiologie Génomique des Eucaryotes, LAPG) pour la partie CNRS et par René Feyereisen (Directeur de recherche à l’INRA, Valbonne), pour la partie

INRA et qui a monté une plate-forme à partir de 1999, intègre le dispositif marseillais de la

génopole qui devient Marseille-Nice Génopole, MNG, en 2003 (Branciard, 2005).

1.3. Les tentatives différenciées d’adaptation au dispositif prescrit et au contexte en