Une fois que les épidémiologistes ont étudié la grappe par variables de temps, personne et lieu, ils peuvent commencer à s’intéresser de plus près aux liens épidémiologiques. Comme évoqué précédemment dans ce chapitre, les données de génotypage et les informations relatives au patient recueillies lors d’une enquête sur une flambée épidémique peuvent fournir des preuves d’une transmission dans un environnement spécifique, comme une prison, une école, un lieu de travail ou un quartier, et permettre d’identifier des liens épidémiologiques entres les cas. L’épidémiologiste doit absolument compiler et présenter ces données de façon à ce que ces liens potentiels soient mis en évidence. Cela permet d’identifier les personnes ou les environnements sur lesquels les programmes de lutte contre la tuberculose devraient se concentrer en renforçant le dépistage ou d’autres interventions de santé publique. Les Figures 2 et 3 montrent comment un épidémiologiste peut représenter des liens épidémiologiques et des zones de transmission de façon visuelle. De tels schémas peuvent être créés à l’aide d’un logiciel spécialisé (Figure 2) ou d’un logiciel de base comme PowerPoint (Figure 3). Les épidémiologistes peuvent adapter les Figures en ajustant les symboles pour montrer les informations les plus pertinentes pour leur enquête.
Chapitre 3 108
ENCADRÉ 4
Royaume-Uni – Exemple 4
Dans la grappe B1006, la Patiente Cinq est le seul cas ayant connu un épisode antérieur de tuberculose. Il est important de comprendre si l’épisode actuel de la Patiente Cinq fait partie de la même chaîne de transmission que celui des Patients Un, Deux, Trois et Quatre. Nous enquêtons donc sur les détails de son épisode de tuberculose précédent. Un suivi auprès du médecin traitantde la Patiente Cinq révèle que son épisode de tuberculose précédent remonte à juin 2012. Un frottis positif a permis de lui diagnostiquer une tuberculose pulmonaire mais elle n’a pas observé le traitement prescrit. Bien que l’information relative au facteur de risque n’ait pas été consignée à l’époque, il s’avère que la patiente était toxicomane.
À la lumière de cette nouvelle information au sujet de la Patient Cinq, nous devons envisager les cas de figure suivants. Il est possible que la Patiente Cinq ait fait une rechute due à l’échec thérapeutique et qu’elle ait maintenant développé une TB-MR en n’observant pas son traitement (réactivation). Cela signifierait que la patiente ne fait pas partie de la chaîne de transmission récente. Dans ce cas, il se pourrait que cette personne ne soit pas impliquée dans la flambée et qu’il ne soit pas nécessaire de procéder à une enquête approfondie sur les liens épidémiologiques entre cette personne et les autres. Cependant, si son épisode précédent avait été causé par une souche différente, les données de génotypage pourraient indiquer que la maladie de la Patiente 5 était due à sa réinfection par la tuberculose. Elle pourrait donc appartenir à la chaîne de transmission récente, ce qui fait que son cas devrait être étudié dans le cadre de la flambée actuelle.
Dans tous les cas, une recherche des contacts s’impose pour la Patiente Cinq, afin de déterminer si elle est la source de la flambée, étant donné qu’elle est la première pour laquelle le diagnostic a été posé, qu’elle était contagieuse et qu’elle présentait un facteur de risque social (la toxicomanie) commun aux autres cas. Si cette patiente est identifiée comme étant le cas index, on peut supposer que la recherche n’a pas permis d’identifier de contacts. Les contacts doivent donc être réexaminés pour s’assurer que tous les cas actifs ont été diagnostiqués.
Étant donné que des liens épidémiologiques éventuels ont été identifiés, une enquête plus approfondie de la grappe s’impose pour confirmer ces liens et identifier un environnement de transmission à partir duquel une recherche
Utilisation des données de génotypage poUr l’investigation des flambées épidémiqUes 109 Suite de l’Encadré 4
étendue des contacts pourra être entreprise. On procède ainsi pour prévenir toute propagation de la tuberculose, en identifiant et en traitant tout cas de maladie active supplémentaire au sein de la communauté qui n’aurait pas encore été détecté par le PNLT. Dans ce cas, on pourrait poursuivre l’enquête en recueillant plus d’informations au sujet des cas, comme le cadre dans lequel la consommation de drogues a eu lieu, des détails concernant l’emprisonnement, comme l’établissement carcéral et la période d’incarcération, la profession, les lieux de fréquentation sociale, les déplacements, les visiteurs réguliers et le lieu de résidence précédent.
FIGURE 2
épidémiologiques entre les cas et milieux de transmission dans une grappe
(Ce schéma a été élaboré dans IBM® i2® Analyst’s Notebook®, disponible ici en version française: http://www-03.ibm.com/
software/products/fr/analysts-notebook. Les informations démographiques ou cliniques pertinentes sont mentionnées sous chaque cas. La toxicomanie est indiquée par un symbole au-dessus de chaque cas. Les liens épidémiologiques entre les cas et les milieux sont représentés par les lignes).
Chapitre 3
110 FIGURE 3
Schéma illustrant les liens épidémiologiques entre des cas et milieux de transmission dans une grappe
2 1 5
3
4 Lieu de travail Foyer
Prison
Frottis d’expectoration positif pour la tuberculose pulmonaire Frottis d’expectoration négatif pour la tuberculose pulmonaire Extrapulmonaire
Lien avéré Lien potentiel Royaume-Uni Jamaïque Inde Site de la maladie
Pays de naissance
ENCADRÉ 5
Royaume-Uni – Exemple 5
Nous pouvons utiliser les Figures 2 et 3 pour visualiser les liens épidémiologiques entre les cas de cette grappe. Dans la Figure 2, nous pouvons voir quels cas pourraient présenter le plus grand nombre de liens épidémiologiques ou se trouver au centre de l’épidémie. Dans cette figure, nous observerons que la personne au centre de la flambée est directement liée à trois autres cas; elle présente un lien avec deux cas au niveau du foyer (un membre du foyer et un partenaire ayant pu y séjourner) et avec un cas au travers du travail (un collègue).
Nous voyons également que la prison où ils ont été incarcérés constitue un lien entre deux autres cas. Dans la Figure 3, les mêmes informations nous sont présentées sous une forme différente. Cette figure nous aide à évaluer les milieux communs aux personnes en plaçant les cas dans leurmilieu. Elle utilise également des symboles permettant de mieux mettre en évidence le pays de naissance et le site de la maladie.
(Ce schéma a été élaboré dans PowerPoint. Chaque cas est représenté par un symbole et la couleur ou la forme du symbole fournit les caractéristiques du patient. Les liens entre les cas sont représentés par des traits. L’ordre dans lequel les cas ont été signalés est indiqué par un chiffre au-dessus de chaque cas. Les milieux de transmission sont représentés par des cercles, comme dans un diagramme de Venn, et les cas sont placés dans le milieu correspondant).
Utilisation des données de génotypage poUr l’investigation des flambées épidémiqUes
Une fois que les épidémiologistes ont rassemblé toutes les informations pertinentes et 111
qu’ils ont effectué tous les diagrammes nécessaires, le programme de lutte contre la tuberculose devrait réfléchir aux questions suivantes:
• les contacts des patients ont-ils tous été bien identifiés pour chaque milieu? Ont-ils tous été testés?
• est-il possible que d’autres cas de tuberculose active n’aient pas été diagnostiqués ou n’aient pas été confirmés par culture?
• quelle a été l’étendue de la recherche de contacts menée pour les cas ayant connu des épisodes antérieurs de tuberculose? Est-il possible que l’on soit passés à côté de certains de leurs contacts?
Une fois que le programme a répondu à ces questions, les épidémiologistes devraient parachever l’enquête sur la flambée avec les responsables de la santé publique et le personnel clinique. Cela signifie qu’ils doivent d’abord identifier les contacts des cas associés au(x) milieu(x) de transmission. Ils invitent ensuite les contacts à se soumettre à un test de dépistage de la tuberculose. Enfin, ils s’assurent que les personnes infectées par la tuberculose ou ayant développé la maladie commencent rapidement à prendre un traitement antituberculeux conformément aux lignes directrices nationales.
3.4 Analyse des grappes de grande taille
Il est facile d’étudier les grappes de génotype sous la forme d’une liste ou d’un schéma lorsqu’on a affaire à un petit nombre de cas, comme dans la section précédente. Cependant, si une grappe regroupe de nombreux cas (>10), les épidémiologistes doivent envisager différemment l’analyse des données et les approches en matière de présentation. Lorsque le nombre de données d’une grappe est important, les épidémiologistes représentent généralement les informations liées au temps, à la personne et au lieu de façon séparée, avant de les superposer pour disposer d’une image complète de la grappe et pour pouvoir identifier les liens épidémiologiques au travers d’une analyse visuelle.