Une fois que l’on a pu établir que l’augmentation du nombre de cas était réelle, on peut passer à l’étude des informations démographiques, cliniques et portant sur les facteurs de risque pour déterminer s’il existe des liens épidémiologiques entre les cas de la grappe.
Pour qu’un lien épidémiologique soit confirmé, il faut des preuves tangibles que les cas se trouvaient au même endroit, au même moment qu’un cas présentant une tuberculose active et contagieuse (frottis d’expectoration positif pour la tuberculose pulmonaire). Un lien épidémiologique possible peut concerner des cas s’étant trouvés au même endroit mais à un moment indéterminé. Les épidémiologistes étudient les liens épidémiologiques en examinant les caractéristiques des cas de tuberculose au sein d’une grappe. Ils peuvent par exemple comparer les facteurs de risque sociaux ou les lieux de résidence des différents cas. S’il y a des similitudes et qu’elles sont plausibles, les cas pourraient être liés.
Il existe différentes façons d’organiser les données des grappes pour voir les liens épidémiologiques. Il est au départ plus facile de représenter la grappe sous la forme d’une liste descriptive des cas, en affichant tous les facteurs de risquepertinents sur le plan démographique, social, clinique et biologique, comme les antécédents de toxicomanie, de consommation élevée d’alcool, d’incarcération et d’itinérance. L’objectif est de chercher les similitudes et les différences d’un cas de tuberculose à l’autre. Il est très utile d’étudier les cas dans l’ordre chronologique de présentation clinique ou de notification pour établir la chaîne de transmission éventuelle et déterminer la personne susceptible d’être le cas index. Par exemple, le cas index(c’est-à-dire la personne ayant à l’origine contracté une maladie pulmonaire et infecté d’autres personnes) pourrait être le premier cas à avoir été diagnostiqué ou notifié dans la grappe, ou il/elle pourrait être la personne ayant présenté les premiers symptômes le plus tôt.
Chapitre 3
1 01/05/2013 26 F Londres NW11 5BT
Royaume-Uni NA P + Non 14/02/2013
Toxico-manie Non
2 20/06/2013 33 F Londres NW11 8EL
Royaume-Uni NA P + Non 12/05/2013
Toxico-manie Non
3 28/08/2013 26 M Londres NW11
8EE Jamaïque 13 P - Non 25/07/2013
Incar-cération Non
4 01/09/2013 31 F Londres NW11
3AZ Inde 10 EP N/A Non 06/05/2013
Toxico-manie Ré-sistance à
l’isonia-zide 5 12/12/2013 52 F Londres NW11
9EQ
Royaume-Uni NA EP N/A Oui 04/11/2013 Aucun
Tubercu-lose-MR
TABLEAU 2
Rapport d’examen de la grappe (Royaume-Uni)
Numéro de la grappe: B1006*
MIRU-VNTR: 424352332517333456443372**
* Les données sont fictives.
** Une grappe se définit comme deux cas ou plus présentant des génotypes de la tuberculose non différenciables. On part généralement du principe que les souches uniques proviennent d’une réactivation et n’appartiennent pas à une chaîne de transmission récente. Un isolat avec une souche présentant un loci différent ne serait pas considéré comme faisant partie de la grappe.
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Après avoir étudié les données sous la forme d’une liste, il nous sera ensuite utile de les examiner sous une forme graphique ou visuelle. Il est plus facile de repérer les variables clés d’intérêt lorsqu’on représente les données du Tableau 2 dans un schéma. Cela permet également d’identifier plus facilement les liens épidémiologiques (Figure 1). Dans ce schéma, l’épidémiologiste a placé chaque cas de tuberculose sur la ligne de temps en se basant sur la date de notification du cas. Les formes et les couleurs des individus indiquent le site de la maladie. Les barres partant de l’arrière de chaque cas individuel montrent le temps écoulé entre l’apparition des symptômes et la date de notification du cas. Les facteurs de risque, notamment la consommation de drogues et les antécédents d’incarcération, sont également représentés sur le schéma. Enfin, des informations supplémentaires concernant l’âge et le sexe sont affichées dans un tableau à gauche du schéma.
Utilisation des données de génotypage poUr l’investigation des flambées épidémiqUes 103 EnCAdRé 1
Royaume-Uni – Exemple 1
Utilisons les données présentées dans le Tableau 2 pour apprendre comment on peut utiliser les données de génotypage pour évaluer une épidémie potentielle.
Ce tableau dresse la liste des cas classés par les scientifiques dans la grappe B1006 au Royaume-Uni. Ces cas appartiennent à une même grappe parce que chacun présentait un génotype non différenciable des autres par la méthode MI-RU-VNTR (424352332517333456443372). Cela signifie qu’une transmission entre les cas est possible, nous devons donc maintenant déterminer si des liens épidémiologiques ayant pu permettre une transmission existent (un espace ou une période en communpar exemple). Il est à noter que si les génotypes avaient tous été différents, ils ne constitueraient pas une grappe, il n’y aurait donc au-cune preuve d’un lien entre les cas et il ne serait pas nécessaire d’enquêter sur une flambée épidémique.
Lorsque nous étudions une grappe, la première chose à observer est la période à laquelle les sujets sont tombés malades. Nous observons qu’au sein de la grappe B1006, cinq cas de tuberculose ont été notifiés sur une période de sept mois.
Nous utilisons la date de notification du cas pour définir une période de temps parce qu’il s’agit d’une date vérifiable; il s’agit de la date à laquelle le cas de tu-berculose a été confirmé par un laboratoire ou un diagnostic clinique. De plus, pour que les données soient complètes, la date de notification du cas est une variable obligatoire. La date d’apparition des symptômes n’est généralement pas utilisée car c’est le patient qui en fait état directement. Le risque d’inexact-itudes ou d’omissions est donc plus grand. Cependant, si la date d’apparition des symptômes est connue, il est important de l’exploiter pour évaluer la durée des symptômes avant que le diagnostic de tuberculose n’ait été posé ou avant le début du traitement. Cela nous permet de déterminer depuis combien de temps le cas est infectieux au sein de la communauté et la mesure dans laquelle le cas aurait pu transmettre la tuberculose à d’autres personnes. En nous fondant sur ces informations, nous pouvons réévaluer l’ordre d’apparition des cas dans la grappe. Il est possible que le sujet soit tombé malade plusieurs mois avant la date de notification en cas de retard dans la notification.
Après avoir étudié le laps de temps (par exemple la date de notification du cas et la date d’apparition des symptômes), nous pouvons nous pencher sur les autres variables. Dans ce cas de figure, d’après les codes postaux, il semble-rait que tous les cas aient été des personnes résidant dans un même quartier à
Chapitre 3 104
FIGURE 1
Exemple de schéma d’une grappe, Royaume-Uni (Grappe V1014)
EnCAdRé 2
Royaume-Uni – Exemple 2
Comme évoqué précédemment, lorsqu’on cherche à évaluer la probabilité d’une transmission entre des cas au sein d’une grappe, la date de notification du cas, la date à laquelle les symptômes sont apparus, si disponible, le site de la maladie, le caractère contagieux ou non des cas (tuberculose pulmonaire ou non), ainsi que le degré de contagiosité(les cas pour lesquels le frottis d’expectoration est positif sont considérés comme plus contagieux que les frottis négatifs) doivent être pris en compte. Bien que toutes ces informations soient contenues dans le Tableau 2, il est plus aisé de les interpréter à l’aide de la Figure 1. En plaçant ces Box 2 - continued
Londres. La majorité des cas présentaient également d’autres caractéristiques clés en commun: il s’agissait de sujets féminins, âgés de 25 à 35 ans, nés au Royaume-Uni pour la plupart et ayant des antécédents de toxicomanie et de maladie pulmonaire, avec des frottis d’expectoration positifs dans deux des cas.
Les deux cas nés dans d’autres pays vivaient au Royaume-Uni depuis plus de dix ans. Sur la base de cette information, il semble très probable que des liens épidémiologiques existent entre ces cas (étant donné que les cas auraient pu se trouver au même endroit au même moment). Nous pouvons émettre l’hypothèse que le partage des articles utilisés pour l’injection de drogues constitue le lien épidémiologique le plus probable, mais il convient d’examiner les données plus en détail pour confirmer cette hypothèse.
Utilisation des données de génotypage poUr l’investigation des flambées épidémiqUes 105