Article pp.395-410 du Vol.23 n°3 (2003)

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SCIENCES DES ALIMENTS, 23(2003) 395-410

ARTICLE ORIGINAL ORIGINAL PAPER

Rapport bénéfice/risque de la mise en place de mesures d’hygiène pour les aliments

C. Danan*¹

RÉSUMÉ

L’objectif des mesures d’hygiène des aliments consiste à éviter et/ou réduire leur contamination par des agents indésirables, pour assurer leur sécurité et leur salubrité. Pourtant, dans certaines circonstances, la mise en place de mesures d’hygiène drastiques ainsi que l’évolution de la chaîne alimentaire pourrait être à l’origine de nouveaux dangers pour lesquels une appréciation des risques devrait être approfondie. Ces dangers peuvent se traduire par l’apparition de micro-organismes résistants aux produits d’hygiène, par l’émergence de micro-organismes potentiellement virulents ou encore par des perturbations des équilibres microbiologiques d’intérêt.

Ce rapport souligne que ces dangers ne sont pas négligés par les professionnels, les scientifiques, et les services de contrôle. Au contraire, ils font l’objet de travaux d’expertise et de recherche, au niveau national et international, nécessaires à la conduite d’une appréciation des risques pour le consommateur.

Mots clés

aliment, hygiène, micro-organismes, risque, santé, sécurité.

SUMMARY

Risk/benefice balance of hygienic measures in food sector

The aim of hygiene measures in the food sector consists to avoid and/or limit the contamination by undesirable agents, in order to ensure food safety and suitability. However, new potential hazards may emerge because of a drastic application of hygiene measures and of the evolution of the food chain. Risks associated to these new hazards should be further assessed.

These hazards can consist in the emergence of micro-organisms resistant to

1.

Agence française de sécurité sanitaire des aliments – Unité d’évaluation des risques biologiques, 27-31, avenue du Général-Leclerc, 94701 MAISONS-ALFORT cedex.

* Correspondance : c.danan@afssa.fr 5-Danan(395-410) Page 395 Jeudi, 30. octobre 2003 7:07 19

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396 Sci. Aliments 23(3), 2003 C. Danan

hygiene products, appearence of potentially virulent micro-organisms or in disruption of some positive microbiological balances. This document high- lights that these hazards have been taken into account by scientists, profes- sionals and services of control. They are subject to expertise and research on a national and international level, indispensable to conduct a risk assessment for consumers.

Key words

food, hygiene, micro-organism, risk, health, safety.

INTRODUCTION

L’« hygiène des aliments », est définie par le Codex Alimentarius comme

« l’ensemble des conditions et mesures nécessaires pour assurer la sécurité et la salubrité des aliments à toutes les étapes de la chaîne alimentaire ». Leur mise en œuvre a pour objectif, soit de rendre les produits exempts de micro- organismes pour ce qui concerne les produits stérilisés (aliments appertisés ou traités à Ultra Haute Température, par exemple), soit de réduire certains taux microbiens à un niveau approprié, voire nul, pour sauvegarder l’intégrité et l’innocuité des produits alimentaires non stériles. Ces mesures répondent aux besoins du marché et aux exigences du consommateur, avec le souci de garantir un niveau de protection élevé dans le cadre de la santé publique.

À une époque où la sécurité sanitaire des aliments est une préoccupation majeure, tous les moyens sont mis en œuvre pour réduire la contamination des denrées alimentaires par des micro-organismes indésirables. Il apparaît cependant légitime de s’interroger sur les conséquences inattendues, et potentiellement défavorables pour la santé, que ces mesures pourraient entraîner dans certains cas.

Le premier paragraphe de ce rapport présente le concept d’hygiène dans le secteur alimentaire d’un point de vue microbiologique et les bénéfices associés.

Le deuxième paragraphe est consacré aux risques potentiels, en terme de sécurité sanitaire des aliments, liés à la mise en place de procédures hygiéni- ques. De nouvelles stratégies hygiéniques, fondées principalement sur le principe d’écologie microbienne dirigée, sont présentées dans un troisième paragraphe. Les domaines dans lesquels des travaux de recherche et/ou d’éva- luation nécessitent d’être poursuivis, sont également mis en évidence.

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Conséquences des mesures d’hygiène dans la chaîne alimentaire 397

1 – NOTION D’HYGIÈNE DES ALIMENTS (POINT DE VUE MICROBIOLOGIQUE)

1.1 Micro-organismes présents dans les aliments

Les micro-organismes des aliments peuvent être recherchés ou évités.

D’un point de vue technologique, de nombreux micro-organismes sont utili- sés pour la transformation des aliments, afin d’améliorer leur conservation et/ou développer leur qualité organoleptique. De nombreux produits sont ainsi obte- nus par fermentation, tels le fromage, le saucisson sec, la choucroute, le vin [1].

Ces micro-organismes peuvent être des bactéries, des levures ou des moisissures ; leur origine est soit indigène (contamination naturelle de la matière première), soit exogène (ajout de ferments standardisés). Au cours du processus de fermentation, le métabolisme de ces micro-organismes d’intérêt contribue également à l’inhibition de micro-organismes d’altération ou de pathogènes potentiellement présents, principalement par une acidification de la matrice et/

ou la production de bactériocine. Ils constituent à ce titre une protection biolo- gique de la denrée alimentaire.

En revanche, deux catégories de micro-organismes sont à éviter dans le secteur agro-alimentaire.

– Une catégorie rassemble les micro-organismes responsables de l’altéra- tion de la denrée alimentaire (notion de salubrité). Ces micro-organismes sont responsables de modifications organoleptiques de l’aliment, le ren- dant inacceptable pour le consommateur. Dans cette catégorie, citons par exemple, certaines levures et moisissures ainsi que Pseudomonas, bacté- rie fréquemment rencontrée dans les produits conservés au froid [1].

– Une autre catégorie rassemble les micro-organismes potentiellement pathogènes pour le consommateur (notion de sécurité). Les micro-organismes pathogènes sont associés à des intoxications (ou intoxinations) provoquées par l’ingestion d’aliments contaminés. Parmi les pathogènes alimentaires, certains font l’objet d’une surveillance par les services sanitaires. En France, les données indiquent qu’en 1997 les dangers rencon- trés dans les aliments étaient dans l’ordre décroissant de foyers déclarés, Salmonella (201 foyers), Staphylococcus aureus (32 foyers), Clostridium perfringens (13 foyers) , Bacillus cereus (1 foyer)[2]. Le nombre de cas de listeriose recensés par le système de la déclaration obligatoire était de 270 en 1999 [3].

Le risque lié au caractère pathogène d’un micro-organisme doit cependant être relativisé selon sa capacité à se développer dans l’aliment (donc de la concentra- tion susceptible de se trouver dans l’aliment au moment de sa consommation), de la quantité d’aliment consommé, de l’utilisation raisonnablement prévisible de l’aliment, de l’état physiologique du consommateur, de la dose minimale infec- tieuse, etc. Actuellement des travaux de recherche sont menés pour apprécier l’exposition du consommateur aux principaux micro-organismes identifiés comme des dangers. L’appréciation des risques liés à ces dangers résulte d’une expertise conduite au niveau national et international. Elle est menée depuis quelques années sur les principaux dangers reconnus dans le domaine alimentaire, telles que par exemple l’appréciation des risques liés à Listeria monocytogenes

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dans certains aliments [4-6], l’appréciation des risques liés à Salmonella dans les œufs [7], l’appréciation des risque liés à Vibrio dans les produits de la mer [8, 9], l’appréciation des risques liés à Campylobacter jejuni/coli chez la volaille [9].

Les mesures de gestion des risques prises par les autorités compétentes sont en partie fondées sur les résultats de ces expertises.

1.2 Objectif des mesures d’hygiène

L’objectif des mesures d’hygiène consiste à éviter et/ou réduire la contamination des denrées alimentaires par des agents indésirables, pour assurer leur sécurité et leur salubrité. La démarche repose à la fois sur le respect de règles d’hygiène générale appropriées définies par la directive cadre 93/43/CEE et la mise en place d’un système d’identification des dangers, et des points critiques à maîtriser (HACCP), démarche préconisée au niveau international par le Codex Alimentarius. Par ailleurs, des guides de bonnes pratiques d’hygiène d’application volontaire, conçus par et pour les professionnels et validés par les pouvoirs publics après évaluation par l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa), constituent une aide pour respecter ces exigences. Jusqu’à pré- sent la législation en matière d’hygiène, notamment dans le secteur des produits d’origine animale, fournissait une description détaillée des mesures à prendre selon les différentes catégories de denrées. Aujourd’hui, une démarche intégrée « de la ferme à la table » est mise en avant dans un projet de règlement européen relatif à l’hygiène des denrées alimentaires. Ce règlement souligne en particulier le concept d’objectifs de sûreté alimentaire (OSA) : les aliments doivent être sûrs pour le consommateur, c’est à dire conformes à des dispositions communautaires ou nationales spécifiques de la législation.

D’un point de vue microbiologique, cet objectif n’est pas synonyme d’absence de micro-organisme dans l’aliment. En effet, la sûreté alimentaire peut être jugée relativement à des critères microbiologiques. Ces critères sont définis comme « les caractéristiques microbiologiques essentielles attendues d’un produit donné et qu’il est possible d’atteindre par des interventions appropriées » [10]. Ils déterminent « l’acceptabilité d’un produit ou d’un lot de produits compte tenu de l’absence, de la présence ou du nombre de micro- organismes, y compris les parasites, et/ou de la quantité de leurs toxines/méta- bolites, par unité de masse, de volume ou de superficie ou par lot ». Ces critè- res sont imposés par la réglementation, et le cas échéant proposés par les professionnels [10] ou recommandés par les instances scientifiques d’évalua- tion des risques. Par exemple, le critère actuellement retenu en France relatif à Listeria monocytogenes, 100 CFU/g (Colonies Formant Unité par gramme) au moment de la consommation, a été proposé en 1992 par le Conseil supérieur d’hygiène publique de France, pour les produits pour lesquels la contamination ne peut être évitée et pour lesquels il n’est pas possible de garantir l’absence de Listeria monocytogenes.

Ces critères doivent être applicables et adaptés aux risques microbiologiques dont l’évaluation dépend notamment de la consommation des aliments, des technologies de recherche et d’identification des micro-organismes et de la sensibilité des consommateurs. Ainsi, l’existence de critères microbiologiques spécifiques pour certains aliments destinés à une alimentation particulière traduit une exigence plus stricte pour certaines catégories de consommateurs

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plus sensibles aux infections alimentaires. Il existe par exemple des critères microbiologiques relatifs aux aliments lactés destinés aux enfants en bas âge, femmes enceintes et personnes âgées et des critères relatifs aux aliments dié- tétiques de l’enfance¹.

En outre, des précautions supplémentaires sont prises pour des malades fortement immunodéprimés : les repas sont stérilisés par autoclavage ou irra- diation pour les patients ayant subi une transplantation d’organe [11]. Pour des personnes atteintes du SIDA ou d’autres déficiences immunitaires, une pasteu- risation des aliments est recommandée [12].

Lorsque la modification d’un critère s’impose (notamment pour des raisons de sécurité), cela peut impliquer, outre un renforcement des mesures d’hygiène de la chaîne alimentaire, une adaptation des techniques d’analyse, une modification des caractéristiques physico-chimiques du produit, des modalités diffé- rentes de fabrication, de distribution et/ou de consommation. Par exemple, suite aux recommandations de l’Afssa de janvier 2000, le renforcement du cri- tère relatif à Listeria monocytogenes dans certains produits de charcuterie à risque a conduit à réduire la durée de vie de ces produits à moins de 30 jours.

Actuellement, la pertinence des critères microbiologiques des aliments (mis en place dès les années 1970) fait l’objet d’une réévaluation sanitaire au niveau euro- péen, associant les scientifiques, les professionnels et les services de contrôle.

Cette réflexion devrait se traduire par une réglementation nouvelle et harmonisée, adaptée aux objectifs de sûreté alimentaire.

L’objectif de la mise en place de mesures d’hygiène peut être également d’ordre technologique notamment dans l’industrie de fermentation. En effet, ces mesures visent à homogénéiser les caractéristiques microbiologiques de la flore indigène présente sur la matière première, et dont la nature peut varier selon les conditions météorologiques, la géologie du terrain et l’environnement. Elles régularisent donc le déroulement de la fermentation et standardisent la production en minimisant les disparités d’une fabrication à une autre [1].

1.3 Stratégies hygiéniques classiques

De nombreuses méthodes sont à la disposition des professionnels pour atteindre le niveau d’hygiène exigé pour garantir la sécurité et la salubrité des aliments.

Certaines de ces méthodes consistent à réduire toute ou partie de la contamination microbienne, tels que les traitements thermiques, l’ionisation, la filtration.

D’autres méthodes consistent à maîtriser la nature (qualitative et quantitative) des micro-organismes présents et s’appliquent en fonction de la denrée alimentaire et des moyens matériels de l’opérateur : rejet des matières premières non conformes aux critères microbiologiques, choix d’un équipement permettant un nettoyage efficace, vérification de l’efficacité des opérations de nettoyage/

désinfection, modification des caractéristiques physico-chimiques de la denrée afin de limiter la croissance bactérienne, choix du conditionnement, détermination

1. Arrêté du 11 janvier 1994 modifiant l’arrêté du 1^er juillet 1976 relatif aux aliments diététiques et de régime de l’enfance et l’arrêté du 30 mars 1978 relatif aux aliments lactés diététiques. J.O. n˚ 38 du 15 février 1994 page 2552.

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d’une date limite de consommation appropriée, formation du personnel à l’hygiène, respect de la chaîne du froid, etc. Ces méthodes peuvent être complé- mentaires au cours de la vie du produit.

En ce qui concerne les procédures de nettoyage/désinfection, les obliga- tions hygiéniques sont identiques quel que soit le secteur agroalimentaire¹ : les locaux doivent pouvoir être nettoyés et/ou désinfectés de manière convenable, éviter l’encrassement, permettre la mise en œuvre de bonne pratiques d’hygiène.

Cependant l’élimination des micro-organismes dans les ateliers peut être une opération difficile, car ils peuvent adhérer aux surfaces et former des biol- films plus résistants aux agents antimicrobiens que des cellules isolées. Ainsi, les prescriptions hygiéniques des ateliers nécessitent de mettre en place des moyens plus importants pour les filières de transformation de matières sensibles d’un point de vue microbiologique, telles que le lait ou la viande (par rapport à d’autres produits comme la farine ou le sucre, par exemple) [13], voire au sein d’une entreprise, pour un atelier défini comme zone plus sensible.

2 – CONSÉQUENCES POTENTIELLEMENT DÉFAVORABLES DES MESURES HYGIÉNIQUES SUR L’ÉCOLOGIE MICROBIENNE DES ALIMENTS

L’ensemble des mesures hygiéniques prises à chaque stade de la chaîne alimentaire permet d’améliorer la sécurité sanitaire des aliments. Toutefois, l’industrialisation du système de production, le développement des réseaux de distribution et les changements de comportement des consommateurs, ainsi que l’amélioration des techniques de détection ont fait apparaître, aux différen- tes étapes de la chaîne alimentaire, des dangers microbiologiques [14]. La nou- veauté de ces dangers peut être due soit à l’apparition de caractéristiques biologiques nouvelles chez une espèce connue, soit à la possibilité technique d’identifier des micro-organismes jusqu’alors non détectés. Les risques que ces dangers représentent pour le consommateur restent cependant à préciser.

2.1 Apparition de résistance microbienne

Une attention croissante est portée sur le risque d’apparition de micro-organismes présentant des caractères de résistance aux agents anti-microbiens uti- lisés dans le secteur agro-alimentaire.

Des réflexions sont menées sur les conséquences sanitaires de l’utilisation de certains antibiotiques au niveau des élevages soit pour le traitement et la prévention des infections, soit comme additifs alimentaires. En effet, l’usage sur du long terme des antibiotiques change l’écologie microbienne selon le principe

1. Directive 93/43/CEE du Conseil, du 14 juin 1993, relative à l’hygiène des denrées alimentaires Journal officiel n˚ L 175 du 19/07/1993 p. 0001-0011.

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darwinien : les bactéries sensibles aux antibiotiques disparaissent alors que cel- les présentant une résistance survivent et se multiplient [15].

Un des risques est de transmettre à l’homme, par son alimentation, des bactéries pathogènes qui seraient résistantes aux antibiotiques utilisés en médecine humaine. Ainsi, par exemple, l’augmentation d’enterococci résistant à la vancomycine, de Listeria résistant à la trétracycline, de Campylobacter résistant aux quinolones ou de Salmonella présentant une résistance à un large spectre d’antibiotiques pourraient être liées à une plus grande utilisation de ces antibiotiques dans les élevages [16].

Un autre risque tient à la possibilité de transfert de gènes de résistance, principalement par échange de plasmides ou de transposons, entre les populations bactériennes. L’acquisition de gènes de résistance par les bactéries com- mensales de l’homme ou de l’animal pourrait constituer un réservoir de facteurs de résistance potentiellement transmissibles à des pathogènes.

Ainsi, par mesure de précaution, les agents anti-microbiens utilisés en alimentation animale en tant qu’additifs ont été progressivement éliminés.

Aujourd’hui seules quatre substances qui n’appartiennent pas aux catégories utilisées en médecine humaine et/ou vétérinaire (avilamycine, salinomycine, diclazuril, maduramicine) sont encore autorisées à l’échelle européenne en tant que facteur de croissance¹. Une proposition visant à supprimer ces quatre additifs antimicrobiens d’ici 2006 est en cours de discussion.

Dans certaines conditions, l’utilisation de produits de nettoyage/désinfection pourrait également s’accompagner de résistance bactérienne. L’acquisition de cette résistance entraînerait une diminution de la sensibilité de micro-organismes potentiellement pathogènes à divers agents anti-microbiens, et pourrait rendre leur élimination plus difficile. D’une manière générale, les bactéries pré- sentes sur les surfaces des matériaux se développent sous la forme d’un agré- gat particulier, appelé biofilm. La résistance de ces biofilms aux agents désinfectants est reconnue avec plusieurs explications possibles : (a) la diffi- culté qu’ont les agents antimicrobiens à pénétrer au sein du biofilm, (b) l’état de vie ralentie des cellules moins sensibles aux agents microbiens et (c) un phéno- type biofilm résultant de l’expression de gènes activés lors de la formation d’un biofilm [17].

Par ailleurs, il a été démontré que des bactéries potentiellement pathogènes pour l’homme, ont la possibilité d’acquérir une résistance à des produits de désinfection utilisés dans le secteur agroalimentaire. Ces résistances pourraient avoir un effet de synergie avec les phénomènes de résistance des biofilms, tels que décrits ci-dessus.

Ainsi, des travaux ont montré que des souches de Staphylococcus aureus isolés d’usine d’abattoirs de poulets pouvaient présenter une résistance à des produits chlorés utilisés lors des procédures de nettoyage/désinfection [18].

Des expériences in vitro démontrent que des souches d’Escherichia coli, préa- lablement stressées, présentent une résistance à des agents chlorés. Les

1. Règlement CE N˚ 26967/2000 de la Commission du 27 novembre 2000 concernant les autorisations pro- visoires d’additifs dans les aliments des animaux.

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auteurs suggèrent que le mécanisme de défense vis-à-vis de ces agents antimicrobiens repose sur l’homéostasie du glutation intracellulaire [19,20].

L’acquisition d’une résistance modérée aux ammoniums quaternaires a été observée pour plusieurs souches de Listeriamonocytogenes isolées d’aliment [21,22] ainsi que pour plusieurs espèces de staphylocoques isolés d’ateliers de fabrication [23]. Les auteurs ont suggèré une dissémination possible des facteurs de résistance à ce type d’agent désinfectant entre les différentes espè- ces de staphylocoques. Cette conclusion est supportée par le fait que des gènes de résistance aux ammoniums quaternaires sont portés par des plasmides [24]. La possibilité de transferts de caractères de résistance entre les gen- res Listeria et Staphylococcus a en outre été suggérée [25]. Les mécanismes de la résistance aux ammoniums quaternaires, chez Listeria monocytogenes et les staphylocoques, pourraient s’expliquer en partie par l’expression d’un ou plusieurs gènes codant pour des protéines impliquées dans les transports transmembranaires. L’induction d’un phénomène d’efflux commandé par une pompe à protons, par des concentrations sublétales d’ammonium quaternaire a été démontrée [21,26]. D’autres études chez Listeria monocytogene suggè- rent que cette résistance serait liée à des modifications structurelles de la paroi bactérienne [22].

Dans tous les cas, le risque d’apparition de ces phénomènes de résistance microbienne souligne toute l’importance de respecter les consignes de nettoyage et de désinfection pour une action optimale des agents désinfectants.

Un respect des conditions d’utilisation des produits (dose, température, temps de contact) , un nettoyage efficace avant l’étape de désinfection et un rinçage suffisant restent des moyens simples de prévention. Dans le secteur hospitalier, par mesure de précaution, l’utilisation en alternance de produits désinfectants ayant des modes d’action différents est toutefois recommandée pour minimiser le risque d’apparition des résistances microbiologiques. Il importe cependant, quel que soit le secteur, de tenir compte des conséquences d’un changement d’agent désinfectant notamment en terme de toxicité du produit, de corrosion du matériel et de rejet dans l’environnement.

Les risques sanitaires d’une résistance aux produits biocides utilisés pour la désinfection pourraient également être liés à l’apparition d’une résistance croi- sée à certains antibiotiques.

En effet, les efflux actifs et la diminution de la perméabilité de la membrane externe des bactéries sont des mécanismes de résistance communs aux antibiotiques et aux biocides [27]. Ce risque potentiel fait principalement l’objet de réflexions au sein de la communauté scientifique du secteur hospitalier. Dans le secteur agro-alimentaire, HEIRet col. [23] indiquent que la résistance à l’ampi- cilline et la péniciline G est plus fréquente chez les souches de Staphylococcus aureus présentant les gènes de résistance aux ammoniums quaternaires.

D’autres expériences ont au contraire démontré que des bactéries psychrotro- phes isolées de produits végétaux, qui présentaient un large spectre de résis- tance aux antibiotiques, restaient sensibles à des solutions de désinfection (ammonium quaternaire et hypochlorite de sodium) utilisées dans des conditions standard [28]. De même, AASE et col. [21] n’ont pas démontré de corréla- tion entre l’acquisition de la résistance aux ammonium quaternaires chez Listeria monocytogenes et leur sensibilité à 15 antibiotiques testés.

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Par ailleurs, l’apparition de bactéries présentant des caractères de résis- tance multiple aux antibiotiques pourrait être également une conséquence de transferts de gènes de résistance à d’autres agents anti-bactériens utilisés dans le secteur agro-alimentaire, et ceci au sein ou non d’une même espèce. Ainsi, ANGULO et GRIFFIN [29] suggèrent que la résistance au chloramphénicol de Sal- monella enterica serovar Typhimurium DT104, bactérie présentant une résis- tance à cinq familles d’antibiotiques et impliquée depuis les années 1980 dans des toxi-infections alimentaires [30], pourrait s’expliquer par un transfert de gènes entre des pathogènes des poissons et le genre Salmonella. En effet, la résistance au chloramphénicol des Salmonella Typhimurium DT104 serait liée à des gènes de résistance au florfénicol, antibactérien utilisé en aquaculture dans les pays asiatiques [31].

Enfin, soulignons qu’en ce qui concerne l’acquisition de ces résistances croisées, les phénomènes ont toujours été étudiés in vitro, mais restent à démontrer sur le terrain.

Outre la pression de sélection exercée par l’utilisation des agents antimicrobiens, la capacité des micro-organismes, ou de leurs gènes, à être disséminés constitue un facteur supplémentaire de risque pour l’homme [32]. Des réflexions sont en cours au niveau international, sur l’appréciation des risques liés à la biorésistance, la surveillance et les recommandations à faire dans ce domaine.

Les travaux de recherche devraient se poursuivre notamment sur les consé- quences écologiques globales de l’apparition des résistances antimicrobiennes [33-35].

2.2 Émergence de microorganismes indésirables

À tous les stades de la chaîne alimentaire, l’application de mesures d’hygiène, en réduisant certaines catégories de micro-organismes, peut être également associée à l’émergence de nouveaux micro-organismes potentiellement dangereux pour le consommateur final.

Dans les élevages, l’éradication de certaines populations de micro-organismes pourrait être associée à l’apparition de nouvelles zoonoses. L’hypothèse de ces changements écologiques repose sur la capacité de micro-organismes à apparaître et se multiplier dans des zones rendues accessibles par l’élimina- tion de populations microbiennes initialement présentes.

Cette situation peut être illustrée par des stratégies ayant conduit à éradiquer Salmonella Gallinarum, bactérie impliquée plus spécifiquement dans les maladies du poulet, et ayant contribué à l’apparition chez les volailles, de Salmonella Enteritidis, responsable d’intoxication humaine [36]. Ce déséquilibre écologique peut s’expliquer par un changement dans la réponse immunitaire des volailles. En effet, l’élimination des animaux infectés par Salmonella Gallinarum aurait conduit à une moindre stimulation de la réponse immunitaire à l’égard des salmonelles de serogroupe D1, dont font partie Salmonella Gallinarum et Salmo- nella Enteritidis. Ce changement dans la protection immunitaire des volailles aurait ainsi permis l’apparition de ce serotype, non pathogène pour les volailles.

Les auteurs suggèrent qu’une vaccination des animaux aurait permis d’éradiquer Salmonella Gallinarum sans pour autant permettre le développement de Salmo- nella Enteritidis. Il importe cependant de souligner que cette hypothèse fait l’objet de controverses au sein du monde scientifique, du fait de la difficulté d’identifier

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la source réelle d’un agent pathogène, dans un système complexe impliquant à la fois les animaux, l’alimentation, l’environnement et les interventions humaines.

Une autre hypothèse concernant l’augmentation des intoxications alimentaires par Salmonella Enteritidis repose sur une possible dissémination dans l’environnement de cette bactérie utilisée comme rongicide [37].

Au cours de la fabrication ou de la distribution, la réduction de la flore d’un aliment par des mesures hygiéniques peut également contribuer au développe- ment ultérieur de micro-organismes potentiellement pathogènes, par défaut de compétition microbienne. Cette situation est classiquement illustrée avec Listeria monocytogenes dont la capacité de croissance à basse température représente un avantage écologique dans un aliment ne contenant pas ou peu d’autres micro-organismes [38]. À l’inverse, la présence de micro-organismes naturelle- ment présents dans les aliments (ou ajoutés intentionnellement, comme les ferments) peuvent constituer une flore de barrière aux micro-organismes exogènes.

Des études expérimentales ont ainsi démontré l’effet inhibiteur de deux souches importantes de la flore naturelle du lait cru sur la croissance de Listeria monocy- togenes, cultivé à 4 ˚C [39]. Par ailleurs, l’apparition de micro-organismes patho- gènes dans les aliments, tel que Listeria monocytogenes, pourrait également être favorisée par une augmentation de la durée de vie microbiologique des aliments fabriqués selon des règles hygiéniques performantes. En effet, lorsque les conditions hygiéniques de la fabrication ne sont pas optimales, la présence d’une flore d’altération contribue à rendre l’aliment insalubre (et donc inacceptable par le consommateur) avant qu’il ne devienne dangereux.

Soulignons cependant que l’amélioration des mesures d’hygiène, en amont de la chaîne de production et en cours de fabrication, accompagnée de mesures de contrôles renforcés depuis une dizaine d’années, est reconnue comme le facteur responsable de la réduction constatée de la contamination des aliments par Listeria monocytogenes et par conséquent celle des cas de listériose depuis quelques années¹.

Certaines méthodes de conditionnement (sous vide ou en atmosphère modifiée), dont le but principal est d’augmenter la durée de vie du produit en inhibant le développement de bactéries pathogènes aérobies, tout en réduisant l’utilisation de conservateurs, pourraient à l’inverse contribuer à sélectionner certains micro-organismes indésirables, capables de se développer dans des conditions à teneur réduite en oxygène. Ainsi, Brochothrix thermosphacta, bac- térie d’altération des viandes, a pu être identifiée comme flore dominante sur des morceaux de bœuf emballés sous-vide ou en atmosphère modifiée [40].

Différentes souches de Clostridium ont été isolées de viande conditionnées sous-vide [41, 42]. Retenons cependant que la croissance des pathogènes reste faible en dessous de 3 ˚C et que par conséquent, une chaîne du froid bien respectée associée à des conditions hygiéniques tout au long de la chaîne alimentaire, permet de maîtriser ce risque microbiologique.

1. Note de la Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes N˚ 2001-59 du 11 juin 2001. Synthèse des plans de surveillance de la contamination par Listeria mono- cytogenes des aliments à la distribution de 1997.

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2.3 Perturbations technologiques

Des mesures d’hygiène excessives pourraient avoir des conséquences technologiques défavorables pour certaines filières, en réduisant la flore ayant un inté- rêt dans les fabrications. Ceci est particulièrement redouté en France par les fabricants de fromage au lait cru, qui s’inquiètent des réglementations poussant au « tout hygiénique ». Ces pratiques sont considérées comme un danger pour la perte de spécificité des produits [43]. Notons toutefois que le projet de règlement européen relatif à l’hygiène alimentaire souligne la nécessité d’adapter les règles d’hygiène au caractère traditionnel des productions typiques européennes.

Dans ce domaine, une évaluation de la nature des flores des ateliers en fonction du type de production et de leur participation au processus technologique permettrait de mieux connaître le rapport « intérêt sanitaire/intérêt technologique » des mesures d’hygiène.

3 – PERSPECTIVES POUR LES STRATÉGIES HYGIÉNIQUES

Plutôt que de réduire au maximum la présence des micro-organismes, de nouvelles stratégies hygiéniques se développent dans le secteur agro-alimentaire selon le concept « d’écologie microbienne dirigée ». Ce concept consiste à prendre en compte les équilibres microbiologiques des élevages, des ateliers et des aliments. Son objectif est de favoriser le développement de certaines populations bactériennes non pathogènes, pour limiter les contaminations par des micro-organismes indésirables.

3.1 Utilisation de flore de barrière

Au niveau des élevages, ce concept connu depuis les années 1970 [44], se traduit par l’ensemencement précoce de jeunes animaux (dont l’équilibre de la flore intestinale n’est pas encore atteint) avec une flore d’adulte dépourvue de pathogène. L’installation de cette flore artificielle constitue une barrière microbiologique, destinée à limiter les infections potentielles des animaux par des bacté- ries pathogènes. Dans ce domaine, des travaux en laboratoire démontrent une prévention efficace d’une flore de barrière chez le poulet à l’égard de Salmonella [45, 46]. Quelques produits sont actuellement commercialisés pour cette application, bien que les mécanismes de cette protection ne soient pas encore élucidés.

Différentes hypothèses sont émises, parmi lesquelles la stimulation du système immunitaire par la flore de barrière, la production de substances antibactériennes par les bactéries inoculées artificiellement, une compétition métabolique entre les bactéries pathogènes et la flore non pathogène, ou encore une occupation stéri- que des sites de fixation des bactéries pathogènes.

Au niveau des ateliers de fabrication, une partie de la flore naturelle est consi- dérée comme constituant une flore de barrière naturelle environnementale (« biofilms positifs ») minimisant les risques de contamination des ateliers par des micro-organismes indésirables. Dans certains secteurs, maintenir un équili- bre microbiologique dans les ateliers de fabrication est un élément indispensable

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à la maîtrise de la qualité des aliments. Il est en effet difficile de concevoir une maturation d’aliments fermentés (en particulier le saucisson ou le fromage) dans des ambiances dépourvues de micro-organismes. Sur le terrain, des réense- mencements de surface se pratiquent déjà de façon empirique avec la flore technologique suite aux opérations de nettoyage et de désinfection dans le but d’occuper l’environnement avant le développement d’une flore pathogène. Les mécanismes de cette protection restent également à déterminer.

Parmi les hypothèses avancées, la flore naturelle prédominante des ateliers qui présente un avantage dans la compétition métabolique, pourrait également affecter la sensibilité des pathogènes aux solutions acides utilisées lors des procédures de désinfection [47].

Par ailleurs, les micro-organismes d’intérêt technologique pourraient pro- duire des composants, appelés « biosurfactants », inhibant l’adhésion ultérieur des bactéries potentiellement pathogènes [48, 49]. Ainsi, de nouvelles straté- gies préventives, pourraient s’orienter vers le bioconditionnement des surfaces par ces bactéries ou directement par les surfactants actifs. Des travaux ont démontré en effet que l’adhésion de souches de Candida était significativement réduite sur des matériaux en caoutchouc recouvert d’une souche de Strepto- coccus thermophilus isolé de produit laitier [50]. Les auteurs ont démontré que cette inhibition était due à la production de biosurfactant de nature glycolipidi- que, par la souche de streptocoque. MEYLHEUC et col. [51] ont démontré que l’adhésion d’une souche de Listeria monocytogenes était significativement réduite sur de l’acier inoxydable recouvert d’un biosurfactant produit par Pseu- domonas aeruginosa. De même, des essais en laboratoire démontrent que l’implantation d’une souche de Staphylococcus sciuri non pathogène inhibe l’adhésion de Listeria monocytogenes sur de l’acier inoxydable [52]. Les auteurs suggèrent que cette inhibition résulterait à la fois d’une compétition nutrition- nelle entre les deux bactéries et la production, par la souche de staphylocoque, de polysaccharides extracellulaires ayant un effet préventif sur l’adhésion de Listeria monocytogenes. Des études ont également démontré que des surfac- tants produits par des souches de Lactobacillus acidophilus pouvaient réduire l’adhésion d’enterocoques pathogènes sur des matériaux en verre ou en caout- chouc [53]. Dans tous les cas, les premiers résultats de ces études expérimen- tales, qui devront être confirmés avant une réelle utilisation, suggèrent des applications potentielles dans l’industrie agro-alimentaire.

Au niveau des aliments, l’effet inhibiteur de la flore des aliments fermentés peut être observé à l’égard de micro-organismes pathogènes, telle par exemple la flore de certains fromages à l’égard de Listeria monocytogenes [54]. Des travaux expé- rimentaux pratiqués sur l’aliment ont ainsi exploité l’activité antimicrobienne de certaines bactéries (lactiques notamment) dans un but spécifique de protection des aliments. Pour ne citer que quelques exemples, des expériences démontrent qu’une souche alimentaire de Lactobacillus sakei (isolée d’aliment carné), peut inhiber la croissance d’Escherichia coli O157-H7 et Listeria monocytogenes sur des tranches de viande emballées sous vide [55, 56]. Les mêmes résultats ont été trouvés à l’égard d’E. coli O157-H7 sur des produit végétaux (olives) ensemencés artificiellement avec une souche de Lactobacillus plantarum [57].

Soulignons qu’actuellement, la connaissance et la maîtrise de l’écologie microbienne dirigée, dans ces différents domaines, dérive principalement d’études expérimentales réalisées en laboratoire. En pratique, la maîtrise de ces stratégies

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soulève encore de nombreuses questions qui font l’objet de programmes de recherche. Il s’agit notamment d’aller plus loin dans la connaissance de la diversité des espèces microbiennes des aliments fermentés et de l’environnement (artisanal ou industriel), de l’innocuité des souches, de la nature des interactions microbiennes (synergie, antagonisme, compétition…), et de l’évolution de la flore en fonction des procédures de nettoyage/désinfection.

3.2 Décontamination sélective

De nouvelles stratégies s’orientent vers l’utilisation d’agents anti-microbiens sélectifs, qui auraient une action ciblée sur certains micro-organismes indésira- bles, tout en préservant les micro-organismes d’intérêt. Ainsi, des expériences réalisées en laboratoire ont démontré un effet antibactérien sélectif d’une solu- tion d’acide acétique, d’un mélange de monolaurine et de sulfate de sodium ou d’un stress osmotique, à l’égard de bactéries d’altération et/ou pathogène iso- lées d’un atelier de fabrication de saucissons secs, par rapport à la flore d’inté- rêt technologique [58]. Les résultats de ces expériences pourraient contribuer à envisager de nouvelles procédures pour le nettoyage et la désinfection des ateliers de fabrication.

CONCLUSION

Un affaiblissement des mesures d’hygiène apparaîtrait aujourd’hui tout à fait inapproprié du fait de leur objectif principal : assurer la sécurité sanitaire des aliments. Atteindre cet objectif nécessite de maîtriser la quantité des micro-organismes indésirables et/ou leur développement. Il faut souligner, que cet objectif ne peut être atteint que si la démarche est suivie tout au long de la chaîne alimentaire, de la production des matières premières à l’étape finale de la consommation. Ainsi, tous les acteurs portent une part de responsabilité pour atteindre cet objectif. À ce propos, et bien que des recommandations soient régulièrement communiquées par l’Institut de veille sanitaire [59, 60], les enquê- tes réalisées auprès des consommateurs révèlent un manque de connaissance, aussi bien sur les exigences en matière de conservation des aliments que sur les caractéristiques des appareils frigorifiques (zones de froid du réfrigérateur, température). Aussi, des efforts d’information des consommateurs sur la nature des produits sensibles, les conditions de conservation et de préparation des aliments, selon les dangers microbiologiques potentiellement présents dans les aliments, devraient être poursuivis.

Si l’évolution des techniques d’élevage, des conditions de fabrication et de la consommation, a fait émerger des dangers microbiologiques nouveaux, l’appréciation des risques réels pour le consommateur nécessite d’être approfondie. Les exemples présentés dans ce rapport soulignent que ces risques ne sont pas négligés par les professionnels, les scientifiques, et les services de contrôle. Au contraire, ils font l’objet de travaux d’expertise et de recherche au niveau national et international. De plus, on assiste aujourd’hui à une harmonisation, entre différents pays, des mesures à prendre pour maîtriser

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ces risques. Cette évolution ne peut que renforcer l’efficacité des actions menées.

Par ailleurs, dans le domaine de l’hygiène des aliments, de nouvelles straté- gies, que l’on pourrait qualifier de « raisonnées », et allant à l’encontre du tout stérile, consistent à étudier et maîtriser les écosystèmes à tous les niveaux de la chaîne alimentaire (élevage, ateliers de fabrication, aliments), en favorisant le développement de certains micro-organismes au dépens de ceux considérés comme étant indésirables. Ces stratégies pourraient également concerner le stade ultime de la chaîne alimentaire, le tube digestif du consommateur. En effet, des réflexions sont actuellement menées sur les conséquences d’une alimentation pauvre en micro-organisme sur la physiologie de l’hôte, et en parti- culiers sur le développement des maladies atopiques.

Les conséquences sanitaires de ces méthodes alternatives nécessitent d’être explorées dans une perspective à long terme.

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