O uso e ocupação do solo em torno das bacias hidrográficas influenciam diretamente na qualidade dos corpos de água pertencentes a essa bacia. Os rios, por serem ambientes complexos, sofrem influências de diversos fatores que acabam afetando o desenvolvimento das comunidades fitoplanctônicas. Dentre esses fatores os que mais se destacam são os físicos e químicos. A dinâmica dos sistemas lóticos depende amplamente de fatores alóctone, da bacia a qual o sistema está inserido juntamente com o fluxo das correntes (TUNDISI, 1999b; TUNDISI e MATSUMURA- TUNDISI, 2008).
A área da bacia do Tietê/Jacaré delimitada administrativamente pela Lei no 9034 de 27 de dezembro de 1994 da Secretaria de Recursos Hídricos, Saneamento e Obras do Governo do Estado de São Paulo (Brasil, 1994) como Unidade de Gerenciamento de Recursos Hídricos (UGRHi 13) apresenta uma extensão de 11.537 km2 com uma população de 1.106.832 habitantes distribuídos em 32 municípios (DAEE, 2008), dos quais os principais municípios com uma população maior do que 100.000 habitantes são as cidades de Araraquara, Bauru, Jaú e São Carlos. Essa área compreende 5 sub bacias: a sub bacia do Rio Jacaré Guaçu que tem como principais afluentes o rio do Chibarro que se encontra no município de Araraquara; rio Boa Esperança, no município de Boa Esperança e o córrego da Água Branca que atravessa a cidade de Itirapina recebendo todo o seu esgoto doméstico. Este córrego desemboca no rio Itaqueri que por sua vez irá se desembocar na Represa do Lobo (Broa), desta sub bacia. As sub bacias do Rio Jacaré Guaçu e a do Jacaré Pepira econtram-se relativamente bem preservadas apesar do solo ser utilizado para plantação de cana de açúcar, laranja e pastagem.
Há pouca área urbanizada em relação à área total de ambas as bacias, favorecendo a preservação do ambiente. A sub bacia do Jacaré Guaçu apesar de possuir um município populoso como a cidade de Araraquara, a qual possui uma estação de tratamento de esgoto eficaz, produz pouco impacto nos corpos hídricos que possuem correnteza forte. A maioria dos corpos de água desta sub bacia e do Jacaré Pepira apresentam uma boa oxigenação (concentração maior do que 5,0mg/L, pH entre 6,0 a 8,0, condutividade baixa - inferior a 50µS/cm), baixo teor de sólidos totais dissolvidos (< 0,04g/L). Somente o córrego da Água Branca que percorre a cidade de Itirapina recebendo o esgoto domestico com tratamento pouco eficiente apresentou teor de oxigênio baixo (3,39mg/L), principalmente no periodo de chuva, assim como baixo potencial redox (< a 200mV), altos teores de amônio (> 2,0mg/L) e de nitrito (250µg/L), no período da seca. Esse córrego apresentou também altas concentrações de nitrogênio total e de fósforo total.
Os demais ambientes lóticos como o rio Bauru e o rio Jaú pertencentes às sub bacias que levam os respectivos nomes, apresentaram qualidade de água considerada ruim, com baixo teor de oxigênio principalmente o Rio Bauru, tanto na época da chuva (4,5mg/L) como na seca (2,12mg/L). Esses rios apresentaram também alta condutividade acima de 200µS/cm e altos teores de TDS (0,12g/L). O Rio Bauru é um rio altamente impactado por receber o esgoto doméstico não tratado da cidade de Bauru, que possui uma população de 347.661 habitantes (IBGE, 2009). Apresenta alto teor de fósforo total (574,0 µg/L), e altas concentrações da maioria dos compostos químicos analisados tais como fluoretos, cloretos, brometos e sulfatos.
A concentração desses elementos químicos presentes nos rios Bauru, Jaú e no rio Jacaré Guaçu no trecho em confluência com rio Tietê (IBI 04) em uma quantidade muito maior, como de sulfato (30,0mg/L), cloreto (120,0mg/L) que a registrada nos rios da América do Sul, numa média de 9,6mg/L e 4,9mg/L respectivamente (PAYNE 1986 apud TUNDISI e MATSUMURA-TUNDISI, 2008), causa preocupação sobre os danos ambientais e à saúde humana.
Souza e Tundisi (2000) nos estudos feitos nos rios Jaú e Jacaré-Guaçu verificaram que as águas mais ricas ionicamente apresentavam menor oxigenação, enquanto as menos ricas ionicamente apresentavam maior oxigenação. Tais diferenças na composição dos íons destes rios foram atribuídas às diferenças que ocorrem na composição química do substrato geológico e pedológico, presença
maior ou menor de impactos pontuais, e também a quantidades diferentes de matas ciliares nas bacias em questão. Os trabalhos realizados por Maier (1978), Nakane et al (1981), Neto et al (1993), Sabater et al (1990) e Whitfield (1983), mostraram que
as características fisico-químicas dos corpos d’água, e a qualidade de suas águas sofrem grande influência do perfil litológico da bacia, tipo de solo em que se encontram, e outras peculiaridades geológicas bem como a presença de matas ciliares e outras categorias do uso e ocupação do solo nas bacias hidrográficas.
Trabalho realizado por Moretto e Nogueira (2003) mostra dois rios, próximo a cidade de Botucatu pertencentes à bacia do Tietê Jacaré dos quais um, o rio Capivara, possui características semelhantes aos rios Jacaré Guaçu e Jacaré Pepira, com valores de condutividade abaixo de 65 µS/cm, oxigênio dissolvido acima de 5 mg/L e pH variando de levemente ácido a neutro, para os períodos de seca e chuva. O outro ponto é o rio Lavapés, que é considerado degradado, com as variáveis condutividade (acima de 140 µS/cm), pH (próximos a neutralidade) e oxigênio próximo de 5mg/L semelhantes aos pontos localizados no rio Bauru e rio Jaú. Trabalhos realizados em rios preservados em outros estados, como o de Matsumura-Tundisi e Tundisi (2007), em rios amazônicos, mostram corpos de água com condições de boa oxigenação (acima de 7,5 mg/L) e baixos valores de condutividade (máximo de 90µS/cm).
O índice do estado trófico calculado pela equação de Carlson, (1977) em relação à concentração de fósforo, mostrou que os corpos de água lóticos da sub bacia do Jacaré Guaçu variam de oligotrófico tais como o córrego do Chibarro (com concentração de fósforo até 12,0 µg/L), a eutrófico (entre 24-48 µg/L) e hipereutrófico (acima de 61 µg/L); o córrego da Água Branca tanto na época da seca como na de chuva apresentou-se como hipereutrófico. O rio Jacaré Pepira se apresentou de mesotrófico a eutrófico, enquanto que os rios Bauru e Jaú se apresentaram respectivamente hipereutrófico e eutrófico em ambos os períodos estacionais.
A qualidade da água e o estado trófico vêm refletir na estrutura da comunidade fitoplanctônica em termos de diversidade e dominância dos diversos grupos de fitoplâncton.
Peres (2002) em trabalho realizado no rio Monjolinho atribui um aumento de cargas orgânicas no sentido nascente-foz a entrada de efluentes domésticos, o que também pode explicar a diferença de estado trófico no rio Jacaré Guaçu, uma vez
que essas cargas orgânicas são ricas em nutrientes, principalmente nitrogênio e fósforo.