À l’origine la nature de la personnalité juridique des comités n’était pas définie dans la loi. Ceux-ci ont fonctionné dans un premier temps sous des statuts similaires aux associations. Même si désormais ils détiennent la personnalité juridique, la loi ne précise pas explicitement comment s’organise un comité de protection des personnes ou même les délibérations concernant les avis, entrainant ainsi une indépendance et une hétérogénéité dans la manière de faire. Cependant, le comité adopte un règlement intérieur conforme à un document type défini par arrêté du Ministre chargé de la Santé. Ce règlement est transmis à la Commission Nationale des recherches impliquant la personne humaine qui vérifie sa conformité et le rend public (92).
Actuellement, si la tutelle des CPP relève de la Direction Générale de la Santé et des Agences Régionales de Santé, leur coordination a longtemps été principalement assurée par une association de type Loi 1901 : la Conférence Nationale des Comités de Protection des Personnes (CNCP), créée en 1992 à l’initiative des présidents de CCPPRB de l’époque. Elle visait à jouer un rôle de coordination et d'harmonisation ; d'échange et de travail collaboratif ; d'information et d’aide à la formation. Elle organisait notamment (et organise toujours) un colloque annuel fréquenté par la majorité des CPP, qui représentait un temps important de formation et d’information. Elle s’était donnée pour mission de contribuer à l'amélioration des pratiques et à leur évaluation, et à représenter les CPP adhérents auprès des Institutions publiques et privées. La CNCP a ainsi été longtemps considérée comme l’interlocuteur principal des Autorités pour les sujets touchant aux CPP (81).
Le fonctionnement de chaque CPP est coordonné par un président, et un vice-président tous deux élus par les membres du comité (16). Selon l’Article R1123-10 du CSP, les membres titulaires élisent parmi eux le président du comité à la majorité absolue des présents. Si cette majorité n'a pu être atteinte à l'issue de deux tours de scrutin, le président est élu à la majorité relative. En cas d’égalité entre les deux candidats les mieux placés, la présidence du comité est attribuée au doyen d'âge de ces deux candidats. Le vice-président est élu dans les mêmes conditions. Si le président fait partie du premier collège, le vice-président est élu parmi les membres du deuxième collège et inversement. La durée du mandat du président et du vice-président est de trois ans renouvelable une fois (93).
Le président représente le comité dans les actes de la vie civile, notamment les dépenses. Il fixe l’ordre du jour des réunions, c’est-à-dire les protocoles de recherche à traiter, et convoque les membres à ces dernières. Le président désigne les rapporteurs, les experts et les spécialistes de son CPP, et s’assure de distribuer les protocoles de recherche de manière appropriée aux différents rapporteurs. Les membres rapporteurs sont souvent choisis en fonction de leur qualification au regard du sujet et de leur disponibilité. Ils élaborent alors un rapport écrit, puis un exposé à l’oral lors des réunions. Ce rapport résulte d’une analyse critique du dossier effectuée selon la grille standardisée du CPP afin de répondre aux attendus de la Loi (16)(94).
Le déroulement de la réunion ne peut avoir lieu que si le quorum est atteint, comme explicité précédemment (89). Si ce n’est pas le cas, la séance est annulée et reportée. Le président veille au respect de l’ordre du jour définitif de la séance et signale quels sont les membres qui ne peuvent participer à la délibération en raison de l’existence d’un éventuel conflit d’intérêt lors d’un traitement d’un dossier. Le calendrier des réunions est décidé en Assemblée Générale afin d’anticiper les réunions (94).
Généralement, une convocation écrite du président est parvenue par mail au moins une semaine avant la séance, accompagnée de l’ordre du jour prévisionnel. Ainsi, chaque membre reçoit avant la séance les documents utiles pour sa participation. L’ordre du jour doit comporter nécessairement l’approbation du relevé de décisions de la séance précédente et l’inscription de tous les dossiers à débattre en séance. Il mentionne pour chaque dossier les rapporteurs et, le cas échéant, les experts, les spécialistes éventuels et incidemment l’audition d’un promoteur (16)(94).
Les débats du CPP ne sont pas publics, les membres échangent sur la base d’une grille d’analyse standardisée, puis délibèrent. Le vote a lieu à main levée, à la majorité simple. Seuls les titulaires votent. En cas de vote avec partage égal des voix, la voix du président de séance est prépondérante (95). Généralement, les avis sont rendus de façon consensuelle et sans vote. Le président joue ici un rôle fondamental dans la modération, la délibération et enfin la décision (16).
Enfin, l’organisation matérielle du CPP doit permettre la conservation des dossiers, rapports, délibérations dans des conditions assurant leur confidentialité, pendant une période de vingt-cinq ans après la fin de la recherche ou son interruption anticipée (96). De plus, chaque comité a son siège dans un établissement public avec le représentant légal duquel le Directeur Général de l'Agence Régionale de Santé et le Comité de protection des personnes passent convention aux fins de mettre à la disposition du comité les moyens en locaux, matériels et personnels assurant les fonctions de secrétariat nécessaires pour assurer sa mission moyennant une rémunération forfaitaire (97).