Légende des figures

Figure 1: Les Contrôleurs du VIH présentent une forte proportion de cellules T CD4+ spécifiques de Gag293.

Analyse FACS des cellules T CD4+ spécifiques de Gag293 provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). (A) Graphique FACS en nuage de points représentatifs décrivant la stratégie de sélection des cellules T CD4+. Les cellules T CD4+ viables ont été sélectionnées de la manière suivante : CD20- CD14- Marqueur de viabilité- CD3+ CD4+ CD8-. (B) Graphique FACS en nuage de points représentatifs décrivant la stratégie de sélection utilisée pour réaliser une analyse des cellules T CD4+ mémoires spécifiques de Gag293. Panneau haut: Graphique FACS en nuage de points décrivant un marquage tétramère de HLA-DR chargé, soit avec un peptide contrôle CLIP (panneau gauche), soit avec le peptide immunodominant de la réponse VIH Gag293 (panneau droite). En vert, sélection des cellules négatives pour le marquage tétramère Gag293 (Tet-), et en orange, sélection des cellules positives pour le marquage tétramère Gag293 (Tet+). Panneau bas : Sélection des cellules mémoires (CD45RA-) pour la population Tet- (panneau gauche) et Tet+ (panneau droite). (C) Comparaison de la fréquence de cellules positives pour le tétramère Gag293 entre les Contrôleurs du VIH et les patients traités.

Les barres représentent les médianes. Les différences significatives (P<0,05) obtenues par le test statistique Mann-Whitney sont reportées.

Figure 2: Les cellules T CD4+ spécifiques de Gag sont activées et engagées dans une différenciation Th1 à profil cytotoxique

Analyse phénotypique sur cellule unique, de 371 cellules T CD4+ mémoires spécifiques du VIH et 360 cellules non spécifiques provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). Nous avons divisé ces cellules en quatre groupes, les cellules triées par marquage tétramère de HLA-DR chargé avec le peptide Gag293 (HIC CD45RA- Tet+: 191 ; HAART CD45RA- Tet+:180) et les cellules non spécifiques (HIC CD45RA- Tet-: 171 ; HAART CD45RA- Tet- : 189) (cf stratégie de tri présentée en Figure 1). L’expression ARNm de 44 gènes a été rapportée à l’expression ARNm de la GAPDH (post tri) et l’expression de 6 protéines à la membrane est représentée par leurs MFI détectées par cytométrie en flux (pendant le tri) (cf liste dans la section matériels et méthodes) par cellule. (A) Diagramme de dispersion des cellules dérivant de

l’analyse linéaire discriminante (LDA) permettant la séparation de nos quatre sous-groupes d’intérêts (HIC Tet- : rouge ; HAART Tet- : vert ; HIC Tet+: bleu ; HAART Tet+ : violet) décrits par le statut « Groupe de patients » selon l’axe LD1 et le statut « Tet » selon l’axe LD2 en fonction de l'information contenue dans les données (expression ARNm et MFI). (B-C) Les graphiques en barres présentent les variables (MFI ou expression ARN) qui montrent les corrélations les plus significatives (p-value<0,0001, représentée par la barre en pointillées) avec l’axe LD1 (statut « patient ») (B) ou LD2 (statut « Tet ») (C). Les corrélations positives sont représentées en barres pleines et les négatives en barres rayées. Les variables sont regroupées par couleur en fonction de leur appartenance à un programme de différenciation (Th1 : bleu ; cytotoxique : orange ; Tfh : violet ; Autres : gris) ou à des marqueurs d’activation (rouge) ou des médiateurs inflammatoires (marron) ou des chaines variables de TCR (vert).

Figure 3 : Les cellules T CD4+ spécifiques de Gag293 chez les Contrôleurs montrent un profil Th1 plus prononcé mais sont moins activées

Analyse phénotypique sur cellule unique, de 371 cellules T CD4+ mémoires spécifiques du VIH et 360 cellules non spécifiques provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). Nous avons divisé ces cellules en quatre groupes, les cellules triées par marquage tétramère de HLA-DR chargé avec le peptide Gag293 (HIC CD45RA- Tet+: 191 ; HAART CD45RA- Tet+:180) et les cellules non spécifiques (HIC CD45RA-Tet-: 171 ; HAART CD45RA- Tet- : 189) (cf stratégie de tri présentée en Figure 1). L’expression ARNm de 44 gènes a été rapportée à l’expression ARNm de la GAPDH (post tri) et l’expression de 6 protéines à la membrane est représentée par leurs MFI détectées par cytométrie en flux (pendant le tri) (cf liste dans la section matériels et méthodes) par cellule. (A) Graphique en barres comparant les p-values discriminant l’expression des gènes entre les groupes de cellules HIC Tet+ et HAART Tet+. (B-C) Distribution des cellules en « violin plot » par groupe respectif (HIC Tet-: rouge ; HAART Tet-: vert ; HIC Tet+: bleu ; HAART Tet+ : violet) pour les gènes significativement différents entre les groupes de cellules HIC Tet+ et HAART Tet+, TRBV2 (B) et CCL5 (C). (D) Graphique en barres comparant les p-values discriminant les MFI entre les groupes de cellules HIC Tet+ et HAART Tet+. (E-G) Distribution des cellules en « violin plot » par groupe respectif (HIC Tet-: rouge ; HAART Tet-: vert ; HIC Tet+: bleu ; HAART Tet+ : violet) pour les MFI significativement différentes entre les groupes de cellules HIC Tet+ et

Les barres représentent les médianes. L’analyse des p-values a été réalisée en utilisant le modèle hurdle. Les différences significatives (P<0,05), ajustées par la procédure corrigeant les p-values pour comparaisons multiples de Benjamini and Hochberg, sont reportées. Les barres en pointillées représentent une p-value = 0,05.

Figure 4: Les cellules T CD4+ totales de patients Contrôleurs ont une expression de CCR5 limitée

Analyse FACS de l’expression de CCR5 dans les populations mémoires des cellules T CD4+ provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). (A) Graphique FACS en nuage de points représentatifs décrivant la stratégie de sélection des différentes populations mémoires des cellules T CD4+. Les cellules T CD4+ viables ont été sélectionnées de la manière suivante : CD20- CD14- Marqueur de viabilité- CD3+ CD8- CD4+. Les sous-populations mémoires ont été sélectionnées en fonction de l’expression de CD45RA et CCR7 : cellules T CD4+ Naïves (Nv : CD45RA+ CCR7+), Centrales mémoires (CM : CD45RA- CCR7+), Effectrices mémoires (EM : CD45RA- CCR7- ) et Effectrices (Eff : CD45RA+ CCR7-). (B-C) Expression de CCR5 mesurée par sa MFI dans les différentes sous-populations mémoires. Histogramme représentatif de la MFI de CCR5 (B) et comparaison de la MFI de CCR5 dans les sous-populations mémoires chez les patients Contrôleurs du VIH (C). (D) Comparaison de la MFI de CCR5 dans les cellules T CD4+ chez les patients Contrôleurs du VIH et les patients traités. (E) Comparaison de la MFI de CCR5 dans les sous-populations mémoires des cellules T CD4+ (de gauche à droite: Nv, CM, EM, Eff) entre les patients Contrôleurs du VIH et les patients traités

Les barres représentent les médianes. Les différences significatives (P<0,05) obtenues par le test statistique Mann-Whitney sont reportées.

Figure 5: Les cellules T CD4+ spécifiques de Gag293 de patients Contrôleurs ont une expression de CCR5 limitée

Analyse FACS de l’expression de CCR5 dans les cellules T CD4+ spécifiques de Gag293 provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). (A) Graphique FACS en nuage de points représentatifs, décrivant la stratégie de sélection utilisée pour réaliser une analyse des cellules T CD4+ mémoires spécifiques de Gag293. Panneau haut: Graphique FACS en nuage de points décrivant un marquage tétramère de HLA-DR chargé soit avec un peptide contrôle CLIP (panneau de gauche), soit avec le peptide immunodominant de la réponse VIH Gag293 (panneau de droite) à partir de cellules T

CD4+ viables. En vert, sélection des cellules négatives pour le marquage tétramère Gag293 (Tet-) en orange, sélection des cellules positives pour le marquage tétramère Gag293 (Tet+). Panneau bas : Marquage représentatif de CCR5 et sélection des cellules mémoires (CD45RA- ) pour la population Tet- (panneau de gauche) et Tet+ (panneau de droite). (B-C) Comparaison de la MFI de CCR5 parmi le compartiment T CD4+ mémoire (CD45RA-) entre le population Tet- et Tet+. Histogramme représentatif chez un patient Contrôleur du VIH (B), et comparaison entre patients Contrôleurs du VIH et patients traités (C). (D) Comparaison de l’expression de CCR5 mesurée par sa MFI dans le compartiment Tet+ parmi les sous- populations CM (panneau de gauche : CD45RA- CCR7+) et EM (panneau de droite : CD45RA- CCR7-) entre les patients Contrôleurs du VIH et les patients traités. (E) Corrélation entre la MFI de CCR5 dans la population Tet+ et la fréquence de cellules Tet+ dans la population T CD4+ chez les patients Contrôleurs du VIH (carrés rouges) et les patients traités (triangles bleus).

Les barres représentent les médianes et les différences significatives (P<0,05) obtenues par le test statistique Mann-Whitney (C et D) et de corrélation de Spearman (E) sont reportées.

Figure 6: La fusion du VIH dans les cellules T CD4+ non-stimulées corrèle avec l’expression de CCR5

Analyse FACS de la fusion du provirus R5 BlaM-Vpr-JRFL dans les populations mémoires des cellules T CD4+ provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). (A) Graphique FACS en nuage de points représentatifs décrivant la stratégie de sélection des cellules fusionnées parmi les cellules T CD4+ viables. (B) Panneau de gauche : Comparaison de la fréquence de cellules fusionnées par BlaM-Vpr- JRFL dans la population T CD4+ viables entre les Contrôleurs du VIH et les patients traités. Panneau de droite : Corrélation entre la fréquence de cellules fusionnées par BlaM-Vpr-JRFL dans la population de T CD4+ viables et la MFI de CCR5 dans la population de T CD4+ viables chez les patients Contrôleurs du VIH (carrés rouges) et les patients traités (triangles bleus). (C) Graphique FACS en nuage de points représentatifs, décrivant la stratégie de sélection des cellules fusionnées par le provirus BlaM-Vpr-JRFL dans les sous-populations mémoires : cellules T CD4+ Naïves (Nv : CD45RA+ CCR7+), Centrales mémoires (CM : CD45RA- CCR7+), Effectrices mémoires (EM : CD45RA- CCR7-) et Effectrices (Eff : CD45RA+ CCR7-). (D) Comparaison de la fréquence de cellules fusionnées dans les sous- populations mémoires chez les patients Contrôleurs du VIH. (E) Comparaison de la fréquence

de cellules fusionnées dans les sous-populations mémoires des cellules T CD4+ (de gauche à droite: Nv, CM, EM, Eff) entre les patients Contrôleurs du VIH et les patients traités

Les barres représentent les médianes et les différences significatives (P<0,05) obtenues par le test statistique Mann-Whitney (B, D et E) et de corrélation de Spearman (B) sont reportées.

Figure 7 : Les cellules T CD4+ centrales mémoires spécifiques de Gag293 chez les Contrôleurs du VIH sont peu sensibles à l’entrée virale

Analyse FACS de la fusion par le provirus R5 BlaM-Vpr-JRFL dans les cellules T CD4+ spécifiques de Gag293 provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). (A) Graphique FACS en nuage de points représentatifs, décrivant la stratégie de sélection des cellules fusionnées par le provirus BlaM-Vpr-JRFL parmi les cellules T CD4+ mémoires (CD45RA-) spécifiques du VIH, suite à un marquage tétramère de HLA-DR chargés avec le peptide immunodominant Gag293 (panel de droite: CD45RA- Tet+), ou non spécifiques (panel de gauche: CD45RA- Tet-) à partir de cellules T CD4+ viables. (B) Comparaison de la fréquence de cellules fusionnées par le provirus BlaM- VPr-JRFL dans le compartiment T CD4+ mémoire (CD45RA-), soit dans la population Tet-, soit dans la population Tet+ entre les patients Contrôleurs du VIH et les patients traités. (C) Corrélation entre la fréquence de cellules fusionnées par le provirus BlaM-Vpr-JRFL dans le compartiment T CD4+ mémoire (CD45RA-) des populations Tet- et Tet+ et de la MFI de CCR5 parmi le compartiment T CD4+ mémoire (CD45RA-) des populations Tet- et Tet+ chez les Contrôleurs du VIH (HIC Tet- CD45RA- : carrés rouges vides ; HIC Tet+ CD45RA- : carrés rouges pleins) et les patients traités (HAART Tet- CD45RA- : triangles bleus vides; HIC Tet+ CD45RA- : triangles bleus pleins). (D) Comparaison de la fréquence de cellules fusionnées par le provirus BlaM-Vpr-JRFL dans le compartiment Tet+ parmi les sous- populations CM (panneau de gauche : CD45RA- CCR7+) et EM (panneau de droite : CD45RA- CCR7-) entre les patients Contrôleurs du VIH et les patients traités. (E) Corrélation entre la fréquence de cellules fusionnées par le provirus BlaM-Vpr-JRFL dans le compartiment Tet+ parmi la sous-population CM et la MFI de CCR5 dans le compartiment Tet+ parmi la sous-population CM chez les patients Contrôleurs (carrés rouges) et les patients traités (triangles bleus).

Les barres représentent les médianes et les différences significatives (P<0,05) obtenues par le test statistique Mann-Whitney (B et D) et de corrélation de Spearman (C et E) sont reportées.

Figure supplémentaire 1 : L’expression du programme cytotoxique est corrélée dans les cellules spécifiques de Gag, chez les Contrôleurs du VIH

Analyse phénotypique sur cellule unique, de 371 cellules T CD4+ mémoires spécifiques du VIH et 360 cellules non spécifiques provenant de PBMC congelées de Contrôleurs du VIH (HIC, n=9) et de patients traités (HAART, n=9). Nous avons divisé ces cellules en quatre groupes, les cellules triées par marquage tétramère de HLA-DR chargé avec le peptide Gag293 (HIC CD45RA- Tet+: 191 ; HAART CD45RA- Tet+:180) et les cellules non spécifiques (HIC CD45RA-Tet-: 171 ; HAART CD45RA- Tet- : 189) (cf stratégie de tri présentée en Figure 1). L’expression ARNm de 44 gènes a été rapportée à l’expression ARNm de la GAPDH (post tri) (cf liste dans la section matériels et méthodes) par cellule. (A-