Identification des polypores

Lors de la collecte d’échantillons, cent deux (102) carpophores de champignons ont été récoltés dans les trois sites et traités en laboratoire. De ces analyses, 70 séquences ont été retenues après obtention des résultats du séquençage dont 8 à SBL, 30 à SEEF et 32 à CEB (Tableau 1.1). Les comparaisons effectuées dans Genbank nous ont permis d’obtenir des similitudes à des pourcentages variables. Les identités probables déduites de ces pourcentages correspondent à 53 séquences au niveau de l’espèce, à l’instar de Amauroderma subresinosum,

Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius. Treize séquences ont été

identifiées au niveau du genre (3 Perenniporia sp. et 10 Inonotus sp.), une séquence l’a été au niveau de l’ordre (Hymenochaetales sp) et trois autres identifiées comme non cultivées (Uncultured fungus). Le champignon R. ulmarius était présent dans les trois sites et représentait à lui seul près de 59 % des séquences soumises. Quant aux carpophores de Inonotus sp., ils représentaient 14 % des séquences et tout comme les espèces Uncultured fungus et Perenniporia sp., elles ont été trouvées dans les sites des chantiers CEB et SEEF. Les autres espèces, très peu représentées, ont été identifiées dans un seul site. L’espèce F. nobilissima a été collectée au chantier SBL et P. noxius à CEB. Quant aux espèces A.

subresinosum, F. gilva et H. murina, ils ont été collectés dans le permis

de la SEEF. Les espèces identifiées dans cette étude appartenaient aux familles des Ganodermataceae, Hymenochaetaceae, Meripilaceae et

Tableau 1. 1 Isolats des champignons polypores utilisés dans cette étude, ayant obtenus une similitude d’au moins 90% et numéros d’accession Genbank.

Sites # des isolats Réponse Blast (%)

Identité

probable # accession Genbank

SEEF-Milole isolate ENEF1 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981303 isolate ENEF2 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981304 isolate ENEF3 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981305 isolate ENEF4 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981306 isolate ENEF5 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981307

isolate ENEF7 Fuscoporia gilva (95) Fuscoporia gilva KU981309

isolate ENEF8 Fuscoporia gilva (95) Fuscoporia gilva KU981310

isolate ENEF9 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981311

isolate ENEF10 Hymenochaete murina (96) Hymenochaete murina KU981312 isolate ENEF11 Hymenochaete murina (96) Hymenochaete murina KU981313

isolate ENEF16 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981318

isolate ENEF17 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981319

isolate ENEF18 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981320

isolate ENEF19 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981321

isolate ENEF21 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981323

isolate ENEF22 Perenniporia sp. (93) Perenniporia sp. 1 KU981324

isolate ENEF23 Perenniporia sp. (93) Perenniporia sp. 1 KU981325

isolate ENEF57 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981359 isolate ENEF58 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981360 isolate ENEF59 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981361 isolate ENEF60 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981362 isolate ENEF61 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981363 isolate ENEF62 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981364 isolate ENEF63 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981365 isolate ENEF64 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981366 isolate ENEF65 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981367 isolate ENEF66 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981368 isolate ENEF67 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981369

isolate ENEF70 Uncultured fungus (93) Meripilus sp. 1 KU981372

CEB-Milole isolate ENEF12 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981314

isolate ENEF13 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981315

isolate ENEF14 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981316

isolate ENEF15 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981317

isolate ENEF24 Perenniporia sp. (93) Perenniporia sp. 1 KU981326

isolate ENEF25 Phellinus noxius (97) Phellinus noxius KU981327

isolate ENEF35 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981337 isolate ENEF36 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981338 isolate ENEF37 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981339 isolate ENEF38 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981340 isolate ENEF39 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981341 isolate ENEF40 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981342 isolate ENEF41 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981343 isolate ENEF42 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981344 isolate ENEF43 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981345 isolate ENEF44 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981346 isolate ENEF45 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981347 isolate ENEF46 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981348 isolate ENEF47 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981349 isolate ENEF48 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981350 isolate ENEF49 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981351 isolate ENEF50 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981352 isolate ENEF51 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981353 isolate ENEF52 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981354 isolate ENEF53 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981355 isolate ENEF54 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981356 isolate ENEF55 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981357 isolate ENEF56 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981358

isolate ENEF68 Uncultured fungus (99) Meripilus sp. 1 KU981370

SBL_Chantier19 isolate ENEF6 Fomitiporia nobilissima (99) Fomitiporia nobilissima KU981308 isolate ENEF27 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981329 isolate ENEF28 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981330 isolate ENEF29 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981331 isolate ENEF30 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981332 isolate ENEF31 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981333 isolate ENEF32 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981334 isolate ENEF33 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981335

1.5.2. Analyses phylogénétiques

La taille des séquences produites dans cette étude variait entre 522 et 852 paires de bases.

Nous avons utilisé 70 séquences ITS de l’ADNr de bonnes qualités issues de notre étude pour produire l’arbre phylogénétique auxquelles ont été associées des séquences de références issues du Gabon et des régions tropicales provenant toutes de Genbank, à l’instar de Amauroderma

subresinosum (KP965914 et JQ409358), Fomitiporia nobilissima

(GU461966, GU461967 et KP965915), Fuscoporia gilva (KP771705),

Hymenochaete murina (KJ769183), Inonotus obliquus (MN318441), I. nidus-pici (MN318440), I. andersonii (MN318443), Meripilus sp.

(KR349636), Perenniporia sp. (KP012910), Phellinus noxius (HQ400698 et KP965916), et Rigidoporus ulmarius (KP965917, KJ559445, AY593868). L’arbre phylogénétique a été reconstruit par la méthode du Neighbor-joining. Les séquences de notre étude combinées à celles provenant de Genbank formaient 9 clades bien distincts et fortement soutenus au sein de l’arbre phylogénétique (Fig. 1.2). Les séquences étaient regroupées selon le statut générique. Il s’agit des genres

Amauroderma, Fomitiporia, Fuscoporia, Hymenochaete, Inonotus, Meripilus, Perenniporia, Phellinus et Rigidoporus.

L’ensemble des séquences récupérées dans Genbank et provenant également des basidiomes prélevés sur J. bifoliolata étaient placées proches des séquences similaires de notre étude dans l’arbre phylogénétique.

KU981338 KU981352 KU981350 KU981354 KU981351 KU981353

KP965917 | Rigidoporus ulmarius Gabon KU981357 KU981348 KU981356 KU981345 KU981344 KU981343 KU981340 KU981349 KU981358

KJ559445 | Rigidoporus ulmarius voucher N407 Cameroon KU981336 KU981355 KU981341 KU981347 KU981342 KU981367 KU981369 KU981368 KU981365 KU981337 KU981361 KU981362 KU981359 KU981339 KU981364

AY593868 | Rigidoporus ulmarius UK KU981329 KU981331 KU981332 KU981335 KU981334 KU981330 KU981333 KU981363 KU981346 KU981360 KU981366 Rigidoporus genus KU981327 KU981328

HQ400698 | Phellinus noxius isolate FRIM638 Malaysia KP965916 | Phellinus noxius Gabon

Phellinus genus KP771705 | Fuscoporia gilva voucher UOC-MINNP-MK71 Sri Lanka

KU981309 KU981310 Fuscoporia genus KU981370 KU981371 KU981372

KR349636 | Meripilus sp. BAB-5175 India

Meripilus genus KU981324

KU981325 KU981326

KP012910 | Perenniporia sp. 1 GMB-2014 voucher MEL:2382729 Australia

Perenniporia genus KP965914 | Amauroderma subresinosum Gabon

JQ409358 Amauroderma subresinosum strain ML288 Malaysia KU981306 KU981305 KU981303 KU981304 KU981307 Amauroderma genus KU981312 KU981313

KJ769183 | Hymenochaete murina isolate KS-F3 Singapore

Hymenochaete genus GU461966 | Fomitiporia nobilissima strain MUCL 47580 Gabon

GU461967 | Fomitiporia gabonensis strain MUCL 51291 Gabon KU981308

KP965915 | Fomitiporia nobilissima Gabon

Fomitiporia genus MN318443 | Inonotus andersonii voucher JV1209 66 Costa Rica

MN318440 | Inonotus nidus-pici voucher JV0107 6 Czech Republic MN318441 | Inonotus obliquus voucher JV0408 36 Czech Republic KU981314 KU981316 KU981315 KU981318 KU981320 KU981323 KU981321 KU981319 KU981317 KU981311 Inonotus genus 100 100 94 100 96 80 100 100 100 100 100 100 73 100 100 100 97 100 83 100 97 99 98 87 100 94 78 96 90 77 70 83 71 100

Figure 1. 2 Analyse phylogénétique

des 70 isolats des champignons polypores récoltés sur les arbres de Béli de l’étude ainsi que des séquences de référence d’ITS de l’ADNr provenant de Genbank. La méthode de distance du Neighbor- joining et le modèle de substitution p-distance ont été utilisés, les valeurs de bootstrap affichées (supérieurs ou égales à 70 %) ont été obtenues à partir de 1000 répétitions. Les branches en gras montrent le regroupement des séquences au sein des différents genres.

Les dix isolats identifiés dans Genbank comme Inonotus obliquus sont une nouvelle espèce appartenant au genre Inonotus provenant de notre échantillonnage. La figure 1.2 indique qu’ils appartiennent au genre

Inonotus, mais pas aux espèces connues de ce genre.