Identification des champignons endophytes isolés

Parmi les 499 échantillons traités, 277 ont été positifs à l’électrophorèse sur gel d’agarose et envoyés au séquençage. Nous avons écarté 57 séquences trop courtes ou ayant des nucléotides illisibles. Afin d’attribuer une identité aux champignons représentant chaque séquence, les données de séquençage ont été soumises au programme Blastn de GenBank, ce qui nous a permis d’avoir une correspondance pour 220 séquences d’ADN de champignons. Les séquences ayant un pourcentage d’identification en dessous de 90% ont été écartées pour les analyses statistiques, nous avons donc seulement considéré 170 séquences. Ces dernières ont été soumises dans Genbank et leurs numéros d’accession (KY597463 — KY597632) ont été consignés (Tableau A.1).

Les séquences de champignons provenaient en majorité d’Ascomycota (98%) et très peu de champignons Basidiomycota (2%).

L’analyse des 170 séquences sur Mothur nous a permis d’obtenir 62 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTU : notre proxy pour espèces de champignons dans le cadre de cette étude) au seuil de similarité de 95% (Tableau 2.1), dont 37 OTUs ont été identifiées à l’espèce, 7 au niveau du genre, 3 au niveau de la famille, 3 au niveau de la classe, 2 au niveau du phylum et 10 non déterminés.

Les champignons ont été regroupés par genre et nous avons déterminé l’abondance pour l’ensemble des échantillons, par essence d’une part et par site d’autre part (Fig. 2.2 A, 2.2 B et 2.2 C). Les espèces de champignons qui étaient représentées par une séquence unique ont été regroupées dans Autres genres. Les séquences identifiées comme espèces inconnues et celles identifiées comme non cultivées ont été nommées Uncultured fungus.

Nous avons obtenu comme genres dominants, les genres Pestalotiopsis (41%) et Penicillium (14%). Ces genres représentaient à eux deux souvent plus de la moitié de l’ensemble des champignons chez l’ensemble des essences forestières et les sites. Cette tendance est encore plus marquée chez D. glaucescens et dans le site de CEB.

Chez l’ensemble des essences forestières (Fig. 2.2 A), en dehors des groupes Autres genres et Uncultured fungus, les genres Pestalotiopsis et

Penicillium étaient suivis par les genres Candida, Cladosporium, Nigrospora et puis les Basidiomycota.

Tableau 2. 1 Champignons endophytes représentant chacune des OTUs présentes dans le bois sain prélevé de trois essences forestières gabonaises présentant de la carie et le nombre de séquences composant chaque OTU à un seuil de 95%.

OTUs Identité probable Essences

Fonction écologique connue D. glaucescens bifoliolata J. S. ochocoa

1 Pestalotiopsis mangiferae 21 20 15 Endophyte, Pathogène

2 Penicillium sclerotiorum 6 6 3 Endophyte

3 Pestalotiopsis heterocornis 5 1 7 Endophyte, Pathogène

4 Cladosporium cladosporioides 1 2 2 Endophyte

5 Nigrospora oryzae 2 2 1 Endophyte, Pathogène

6 Trichoderma harzianum 2 0 2 Endophyte, Mycoparasite

7 Penicillium paxilli 3 1 0 Endophyte

8 Arthrinium malaysianum 1 2 0 Endophyte

9 Pseudopestalotiopsis theae 0 0 3 Endophyte, Pathogène

11 Dokmaia monthadangii 0 1 1 Saprophyte

12 Bionectria ochroleuca 0 2 0 endophyte

13 Cytospora pavettae 1 1 0 NA

14 Candida orthopsilosis 2 0 0 Endophyte, Symbiose

15 Uncultured fungus 0 2 0 NA

16 Hymenoscyphus sp. 0 0 2 Endophyte

17 Sordariomycetes sp. 0 1 1 NA

18 Penicillium mallochii 0 1 0 Endophyte, Pathogène

19 Lasiodiplodia theobromae 0 1 0 Endophyte

20 Phomopsis sp. 0 1 0 Endophyte, Pathogène

21 Ascomycota sp. 1 0 0 NA

22 Asordaria sp. 0 0 1 Endophyte

23 Uncultured fungus 1 0 0 NA

24 Candida metapsilosis 0 1 0 Endophyte, Symbiose

25 Amphilogia gyrosa 0 1 0 Pathogène

26 Pithomyces chartarum 0 0 1 Saprophyte

27 Schizophyllum commune 1 0 0 Endophyte, Saprophyte

28 Pseudosydowia eucalypti 1 0 0 Endophyte, Pathogène

29 Penicillium sp. 1 0 0 Endophyte

30 Xylariaceae sp. 0 0 1 NA

31 Sordariomycetes sp. 0 0 1 NA

32 Fungal endophyte 0 1 0 NA

34 Wickerhamomyces sp. 0 0 1 Endophyte

35 Trichoderma longibrachiatum 0 0 1 Endophyte, Mycoparasite

36 Paraconiothyrium brasiliense 0 0 1 Endophyte, Pathogène

37 Candida margitis 0 0 1 Endophyte, Symbiose

38 Uncultured fungus 0 1 0 NA

39 Uncultured fungus 0 1 0 NA

40 Setoarthopyrenia chromolaenae 0 1 0 Endophyte

41 Fungal endophyte 0 1 0 NA

42 Curvularia geniculata 0 1 0 Endophyte

43 Penicillium sp. 0 0 1 Endophyte

44 Yunzhangia sonckii 1 0 0 Endophyte

45 Stephanonectria keithii 1 0 0 Endophyte, Saprophyte

46 Curvularia lunata 1 0 0 Endophyte, Pathogène

47 Xylariaceae sp. 0 0 1 NA

48 Uncultured Candida 0 0 1 Endophyte, Symbiose

49 Saccharomycetes sp. 0 0 1 NA

50 Pestalotiopsis sp. 0 0 1 Endophyte, Pathogène

51 Diaporthe phaseolorum 0 0 1 Endophyte, Pathogène

52 Debaryomyces hansenii 0 0 1 Endophyte

53 Letendraea helminthicola 0 1 0 Endophyte

54 Endomelanconiopsis endophytica 0 0 1 Endophyte

57 Fungal sp. 0 1 0 NA

58 Nectria speudotrichia 0 1 0 Endophyte, Pathogène

59 Bionectriaceae sp. 1 0 0 NA

60 Fungal endophyte 1 0 0 NA

61 Kwoniella mangroviensis 1 0 0 Endophyte

62 Sclerotinia sclerotiorum 1 0 0 Pathogène

Les champignons du genre Pestalotiopsis ont été retrouvés dominants également chez toutes les trois essences étudiées, de même que dans l’ensemble des sites (Fig. 2.2 B et 2.2 C). Ce genre présentait à lui seul plus du tiers de l’ensemble des champignons endophytes échantillonnés. L’essence J. bifoliolata renfermait moins d’espèces du genre Pestalotiopsis que les deux autres essences forestières (35% contre respectivement 44 et 43%). Au niveau des sites, le genre Pestalotiopsis était plus abondant à la SEEF (49% contre 38 et 37% respectivement à SBL et CEB).

Le genre Penicillium était plus abondant chez D. glaucescens et J.

bifoliolata, les proportions étaient quasiment identiques, respectivement

18 et 17 % ; en revanche, il était près de 50% moindre chez S. ochocoa (7%) par rapport aux deux autres essences (Fig. 2.2 B). On relève cependant que le genre Penicillium n’est pas présent dans le graphique du site du Chantier SEEF. Il a été incorporé dans le groupe Autres genres (Fig. 2.2 C), car représenté par une seule séquence. Le genre Nigrospora, bien que faisant partie des genres minoritairement présents dans l’ensemble des échantillons, était présent chez les essences D.

glaucescens et J. bifoliolata d’une part et dans les Chantiers CEB et SBL

d’autre part. Ce genre était toutefois représenté par une séquence unique chez S. ochocoa et dans le site de la SEEF. Il en était de même pour les champignons du genre Cladosporium chez J. bifoliolata et S. ochocoa, puis dans les Chantiers CEB et SBL. Une séquence unique a été répertoriée chez D. glaucescens et dans le site de la SEEF. Les champignons Basidiomycota (genres Yunzhangia, Schizophyllum et Kwoniella) ont été retrouvés chez les essences D. glaucescens et J. bifoliolata, puis dans l’ensemble des sites.

Des particularités existaient entre les essences forestières et entre les sites échantillonnés. Les champignons du genre Candida étaient représentés chez D. glaucescens. On retrouvait en revanche les genres

Arthrinium et Bionectria chez J. bifoliolata, suivi de Candida et Hymenoscyphus chez S. ochocoa.

Au niveau des sites échantillonnés, c’est le genre Candida qui était particulièrement représenté à CEB. En revanche, on retrouvait les genres

Arthrinium et Cytospora, à la SEEF.

2.5.2. Composition taxonomique et diversité phylogénétique des