7. Bibliographie
2.5.2. Composition taxonomique et diversité phylogénétique des
Les séquences assignées à chaque OTU et leurs abondances ont été classifiées et réparties en fonction des essences forestières. La répartition des séquences selon chacune des essences a permis d’obtenir 23 espèces pour l’essence D. glaucescens, 28 pour J. bifoliolata et 28 pour S.
ochocoa. Parallèlement, il y en avait 30 à CEB, 28 à SBL et 22 à la SEEF.
Dans la répartition des OTUs, beaucoup d’espèces de champignons sont spécifiques à chacune des trois essences et seulement cinq OTUs (OTU 1, 2, 3, 4, et 5) sont partagées. Ces OTUs partagées à la fois par les essences forestières et les sites sont représentées respectivement par les espèces
Pestalotiopsis mangiferae, Penicillium sclerotiorum, Pestalotiopsis heterocornis, Cladosporium cladosporioides et Nigrospora oryzae.
L’ensemble des séquences représentant les 62 OTUs n’a pas été utilisé pour la reconstruction de l’arbre phylogénétique. Six OTUs (8, 60, 90, 92,
positions ambiguës dans l’arbre. Les 56 OTUs restantes combinées aux séquences de référence ont générées un arbre avec 14 clades soutenus par des valeurs de bootstrap de plus de 85% (Fig. 2.3). Ces clades étaient représentés par des champignons endophytes, constitués à 98% par des Ascomycota et à environ 2 % de Basidiomycota (Agaricales, Tremellales et Ustilaginales). Les Ascomycota étaient composés par deux sous- embranchements, celui des Saccharomycetina (5.4 %) représenté par la classe des Saccharomycètes renfermant l’ordre des Saccharomycetales et celui des Pezizomycotina (94.6 %), composé de quatre classes, dont celles des Sordariomycètes, Dothideomycètes, Eurotiomycètes et
Leotiomycètes. La classe des Sordariomycètes était dominante dans cette
étude, suivi des Dothideomycètes puis des Eurotiomycètes et
Leotiomycètes. Ils étaient représentés par les ordres des
Botryosphaeriales, Capnodiales, Diaporthales, Dothideales, Eurotiales, Helotiales, Hypocreales, Pleosporales, Saccharomycetales, Sordariales, Xylariales.
KY597625 isolate CIRMF W163
JN116689 Stephanonectria keithii strain PSU-ES172 Thailand MG748668 Stephanonectria keithii isolate M57 Brazil
HQ022471 Bionectria aff. ochroleuca ROG-2010 strain LA238b USA KY597464 isolate CIRMF W2
HM061306 Bionectria ochroleuca isolate wxm1 China KY597517 isolate CIRMF W55
KY597516 isolate CIRMF W54 HQ022506 Bionectria sp. LA215 Peru
MH859764 Acremonium zonatum strain CBS 400.70 Zaire MH267846 Bionectriaceae sp. strain AHB01 5B Peru
KY597465 isolate CIRMF W3 KY597584 isolate CIRMF W122
MK552405 Trichoderma harzianum clone HC-1 China MK007293 Trichoderma harzianum isolate DB Taiwan
KY597627 isolate CIRMF W165
MT355643 Trichoderma longibrachiatum isolate B13 M2 Brazil MT634694 Trichoderma longibrachiatum isolate S13G India
KY784636 Trichoderma longibrachiatum strain Culture collection Mexico MK751759 Trichoderma longibrachiatum isolate JL 5 India FJ798599 Myrothecium sp. PMBCDC014 Brazil NR 155387 Myxospora musae CBS 265.71 Madagascar KY597628 isolate CIRMF W166
MH865281 Nectria pseudotrichia strain CBS 129367 Taiwan MG557984 Nectria pseudotrichia strain OJ201712 China
KY597475 isolate CIRMF W13
JF832640 Nectria pseudotrichia strain ICMP 2245 Papua New Guinea
Hypocreales
KY597595 isolate CIRMF W133 FJ904827 Cytospora sp. Gr177 Kenya MH863003 Cytospora nitschkei strain CBS 116854 Ethiopia MK876386 Cytospora pavettae culture CBS:145562 South Africa KY597524 isolate CIRMF W62
EF026147 Amphilogia gyrosa isolate 91123101 Taiwan KY597535 isolate CIRMF W73
MT199847 Diaporthe tectonendophytica isolate SAUCC0463 China JX436797 Diaporthe phaseolorum strain Ck14a7 Cameroon
LN552212 Diaporthe longicolla Ghana
KC343064 Diaporthe elaeagni strain CBS 504.72 Netherlands KY597579 isolate CIRMF W117
KX986785 Diaporthe velutina strain LC4788 China KY597512 isolate CIRMF W50
Diaporthales
MH860572 Asordaria conoidea strain CBS 563.72 China AY681174.1 Asordaria prolifica strain CBS 567.72 China
KY597525 isolate CIRMF W63
Sordariales
KM514680 Muscodor coffeanum strain CDA739 Brazil KY597587 isolate CIRMF W125 MN421890 Muscodor yucatanensis isolate 43 Ecuador
KY597523 isolate CIRMF W61 JQ341079 Xylaria sp. D8b5a Cameroon KY597539 isolate CIRMF W77 MG434528 Nigrospora oryzae strain AME-95 India MT601897 Nigrospora oryzae isolate Y35 China
MK304099 Arthrinium malaysianum China AB220241 Arthrinium euphorbiae Japan KY494714 Arthrinium thailandicum strain LC5630 China KY597589 isolate CIRMF W127
KJ572185 Arthrinium sacchari isolate SC37 China KY597597 isolate CIRMF W135
KY597469 isolate CIRMF W7 KY597605 isolate CIRMF W143
JN943628 Pestalotiopsis heterocornis strain 3.9157 USA KY597619 isolate CIRMF W157
KJ002769 Pestalotiopsis mangiferae isolate MKJ12 India KC255404 Pestalotiopsis mangiferae strain m110615-0-1 China MF495464 Pseudopestalotiopsis theae strain LCM 985.01 Panama
MH472583 Pseudopestalotiopsis theae isolate FAFU01 China MK120119 Pseudopestalotiopsis theae isolate P3BS3 B Indonesia
KY597515 isolate CIRMF W53
MK936320 Pseudopestalotiopsis theae isolate T0241 India
Xylariales
KY597471 isolate CIRMF W9 KF679808 Hymenoscyphus sp. Trtsf14 1530 Pakistan
KY597473 isolate CIRMF W11 MH712177 Sclerotinia sclerotiorum strain AH21 China
Helotiales
KY597580 isolate CIRMF W118
MH329696 Pseudosydowia eucalypti strain LTL117 Brazil Dothideales GQ922507 Lasiodiplodia theobromae isolate 20/2/Kifu/Grevillea Uganda
KY597538 isolate CIRMF W76
KU377523 Lasiodiplodia theobromae strain D048 Venezuela GQ469968 Endomelanconiopsis endophytica strain CMW28552 Cameroon MK336523 Endomelanconiopsis endophytica strain Y. H. Yeh I1011 Taiwan
KY597468 isolate CIRMF W6
MN637809 Endomelanconiopsis endophytica isolate BR98 Malaysia
Botryosphaeriales 83 100 100 99 100 99 100 100 91 72 100 100 90 100 99 70 100 94 97 94 100 100 92 100 79 99 98 100 77 100 100 94 100 100 99 100 100 94 85 100 100 100 99 80 80 100 71 98 78 97 100 100 100 89 100 99 100 94 86 100 100 94
KY597466 isolate CIRMF W4
MT043890 Cladosporium cladosporioides isolate UKM Malaysia MK116457 Cladosporium cladosporioides isolate 44b Taiwan MT258647 Cladosporium cladosporioides strain MCCC3A00182 China
LN834392 Cladosporium subuliforme USA MK111499 Cladosporium sp. isolate CLAD93 South Africa
MN794465 Cladosporium aggregatocicatricatum isolate AMF65 Algeria
Capnodiales
KU204471 Penicillium paxilli voucher INBio:131B Costa Rica FJ884119 Penicillium paxilli strain PP121 Peru MK120566 Penicillium paxilli isolate 23 Brazil KY597542 isolate CIRMF W80
KY597537 isolate CIRMF W75
MH865652 Penicillium oregonense strain CBS 129775 Oregon MH864873 Penicillium wisconsinense strain CBS 128279 Wisconsin KY597629 isolate CIRMF W167
KY597478 isolate CIRMF W16
MK811098 Penicillium herquei isolate AM02 China MK120567 Penicillium sclerotiorum isolate 24 Brazil
JN198418 Penicillium sclerotiorum China KY597481 isolate CIRMF W19
KU192990 Penicillium sclerotiorum isolate FS50 China MK446302 Penicillium sclerotiorum isolate JS004 India
KY597553 isolate CIRMF W91 MT582775 Penicillium mallochii strain DUCC5735 Korea
MT416214 Penicillium mallochii isolate VGZ190 Turkey NR 153273 Penicillium exsudans HMAS 248735 USA
Eurotiales 99 90 81 93 88 100 91 96 100 98 93 100 97 81 92 71 76 89 76 100
DQ885897 Microdiplodia hawaiiensis strain CBS 120025 USA EU295636 Paraconiothyrium brasiliense strain STE-U 6305 KY597599 isolate CIRMF W137
KY597463 isolate CIRMF W1
MK120561 Paraconiothyrium sp. isolate 18 Brazil MT557510 Pseudopithomyces palmicola isolate RL460 USA
KY597513 isolate CIRMF W51
MK347808 Pseudopithomyces chartarum voucher C459 China MT420612 Pithomyces chartarum isolate R13 Kenya KY597474 isolate CIRMF W12
MH483996 Letendraea helminthicola isolate BN7 China KJ774053 Letendraea helminthicola isolate A2S3-1 Malaysia MK120558 Letendraea helminthicola isolate 15 Malaysia KY597591 isolate CIRMF W129
MT138587 Periconia echinochloae strain 9Y-G56 KY597521 isolate CIRMF W59
MT112308 Roussoella mexicana strain NTUCC 18-099-3 isolate RSA 9 Taiwan KY597624 isolate CIRMF W162
NR 168860 Setoarthopyrenia chromolaenae MFLUCC 17-1444 Thailand KU529820 Dokmaia monthadangii isolate A708 China KJ188709 Dokmaia monthadangii strain DWS21m1 USA KY597467 isolate CIRMF W5
KX668621 Bipolaris sp. strain GdGj5 India MT123058 Alternaria sp. isolate YY44 China KY597592 isolate CIRMF W130 KY597594 isolate CIRMF W132
MN398962 Curvularia geniculata strain TTHF1-1 Viet Nam MK729138 Curvularia geniculata isolate OJR.ABK Nigeria
MH824517 Curvularia geniculata India MN215665 Curvularia geniculata strain LC11960 China
MN886601 Curvularia geniculata voucher JUF0045 Bangladesh LC494369 Curvularia geniculata 12007 Taiwan
Pleosporales 97 81 92 71 76 89 76 91 98 99 99 100 70 100 100 99 100 100 100 99 100 100 100 98 100 91 99 78 80 88 99 99 100 100 85 100
LC413219 Debaryomyces hansenii IFM 55255 Japan KY178315 Debaryomyces hansenii isolate XS8 China
KX218260 Debaryomyces hansenii strain AUMC 10282 Egypt MT180764 Debaryomyces hansenii isolate 3Y221 Qatar KY597534 isolate CIRMF W72
KY597582 isolate CIRMF W120
KY105409 Schwanniomyces vanrijiae var. vanrijiae culture CBS:12149 Netherlands KY105398 Schwanniomyces polymorphus var. polymorphus culture CBS:4346 Finland KY597631 isolate CIRMF W169
KT174475 Wickerhamomyces hampshirensis isolate 4Aer Pakistan KM384623 Wickerhamomyces hampshirensis strain yHKS356 USA KY597586 isolate CIRMF W124
KY597593 isolate CIRMF W131 NR 159750 Candida margitis CBS 14175 KY597527 isolate CIRMF W65 KY597528 isolate CIRMF W66
MT443918 Candida metapsilosis isolate 27 India JN989510 Candida orthopsilosis strain LEMI7681 Brazil
MT108787 Candida orthopsilosis isolate CUMB AAJ India MT482655 Candida orthopsilosis strain CU11316.9 Thailand
LC389314 Candida orthopsilosis IFM 55182 Japan FM172984 Candida orthopsilosis Kuwait
MK394127 Candida metapsilosis strain CBS 10907 KY102274 Candida orthopsilosis culture CBS:11337 Netherlands
Saccharomycetales
KY597632 isolate CIRMF W170
KY106002 Yunzhangia sonckii culture CBS:6713 Finland Ustilaginales
89 92 100 94 100 100 100 100 100 95 82 99 88 98 95 100 100 100 100
KX788176 Schizophyllum commune voucher UFMGCB 9619 Brazil MK647986 Schizophyllum commune isolate 8841 South Africa MK269269 Schizophyllum commune voucher CLZhao 1789 China KY597583 isolate CIRMF W121
Agaricales MK794600 Kwoniella heveanensis isolate NWHC 46373-1405 1SD USA
KY597472 isolate CIRMF W10
KY103928 Kwoniella bestiolae culture CBS:10118 Viet Nam NR 119822 Kwoniella botswanensis Botswana
HE984340 Kwoniella europaea Spain
EF174042 Kwoniella mangroviensis strain ML5064 USA
Tremellales 96 100 100 93 82 74 97 100
Figure 2. 3 Relations phylogénétiques de 56 espèces de champignons
endophytes représentant chacune des OTUs constituant la richesse totale des essences forestières Desbordesia glaucescens, Julbernardia
bifoliolata et Scyphocephalium ochocoa. L’arbre consensus a été
généré selon la méthode du Neighbor-Joining à partir de la région ITS des séquences, avec un bootstrap évalué à 1000 répétions. Les branches (valeur du bootstrap supérieure à 70%) épaisses représentent les 14 clades regroupant les espèces par ordre taxonomique.
Les clades les plus représentés étaient ceux appartenant aux ordres des Pleosporales, Xylariales, suivi des Hypocréales, Eurotiales, et Saccharomycetales. Ainsi, l’ordre des Pleosporales était représenté par plusieurs espèces, dont Curvularia lunata (endophyte, pathogène),
Curvularia geniculata (endophyte), Dokmaia monthadangii (saprophyte), Letendraea helminthicola (endophyte), Paraconiothyrium brasiliense
(endophyte, pathogène), Setoarthropyrenia chromalaenae (endophyte), et Pithomyces chartarum (saprophyte). Les espèces identifiées dans l’ordre des Xylariales étaient Arthrinium malaysianum (endophyte),
Nigrospora oryzae (endophyte, pathogène), Pestalotiopsis heterocornis, P. mangiferae, et Pseudopestalotiopsis theae (endophytes, pathogènes).
Celui des Hypocreales comprenait les espèces Bionectria ochroleuca (endophyte), Nectria pseudotrichia (endophyte), Stephanonectria keithii (endophyte, saprophyte), Trichoderma harzianum et T. longibrachiatum (endophytes, mycoparasites). L’ordre des Eurotiales comprenait uniquement les espèces du genre Penicillium (endophyte, pathogène). On y retrouvait Penicillium sp., P. herquei, P. mallochii, P. paxilli et P.
sclerotiorum. Les Saccharomycetales étaient représentés les espèces Candida margitis, C. metapsilosis, C. orthopsilosis (endophyte,
symbiotique), Debaryomyces hansenii (endophyte) et Wickerhamomyces
hampshirensis (saprophyte), puis finalement les Diaporthales comprenait
les espèces Amphilogia gyrosa (pathogène), Cytospora pavettae. (pathogène), Diaporthe phaseolorum (endophyte, pathogène), Diaporthe
elaeagni et Phomopsis sp. (pathogène, endophyte). Les autres clades
étaient moins diversifiés, celui formé par l’ordre des Capnodiales comprenait l’espèce Cladosporium cladosporioides (endophyte) et une espèce non identifiée (Uncultured fungus). De même, l’ordre des Helotiales était représenté par l’espèce Hymenoscyphus sp. (endophyte).
Dans cet ordre s’est greffée l’espèce identifiée comme Sclerotinia
sclerotiorum (pathogène). Les clades Botryosphaeriales et Dothideales
comprenaient respectivement les espèces Endomelanconiopsis
endophytica, Lasiodiplodia theobromae (endophytes) et Pseudosydowia eucalypti (endophyte, pathogène). Le clade des Sordariales était
représenté uniquement par l’espèce Asordaria prolifica (endophyte). Les clades contenant les Basidiomycota étaient composés de celui des Tremellales, représenté par Kwoniella mangroviensis (endophyte), les Ustilaginales, représenté par Yunzhangia sonckii (endophyte), et celui des Agaricales, composé de Schizophyllum commune (endophyte, saprophyte).