Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium ochocoa, dans les forêts du Sud-est du Gabon
Inès Nelly MOUSSAVOU BOUSSOUGOU1,4, Jean BERUBE2, Auguste NDOUTOUME3, Louis BERNIER1
1Université Laval, Centre d’Étude de la forêt (CEF), Département des sciences du bois et de la forêt, Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Pavillon Charles-Eugène Marchand, 1030 avenue de la Médecine, local 2263, G1V 0A6, Québec, Canada. Tel: (418) 656-7655 2Ressources naturelles Canada, Centre de foresterie des Laurentides, 1055, rue du PEPS, C.P. 10380, succ. Sainte-Foy, G1V 4C7, Québec, Canada. Tel : (418) 648-7174
3Institut de Recherche Agronomique et Forestière, Laboratoire de Protection des Végétaux, BP 2246, Gros-Bouquet, Libreville, Gabon. Tel : (241) 7760 9268 / 6626 1654
4École Nationale des Eaux et Forêts, Département Aménagement des Forêts et Environnement, BP 3960, Cap-Estérias, Libreville, Gabon. Tel: (241) 7460 1392 / 6678 8615
3.1. Résumé
La richesse et la diversité en champignons polypores ont été caractérisées sur des coursons de bois d’Alep (Desbordesia glaucescens), de Béli (Julbernardia bifoliolata) et de Sorro (Scyphocephalium ochocoa) déposés le long des routes forestières dans trois sites du sud-est du Gabon. À partir des basidiomes de polypores, l’ADN génomique a été extrait, amplifié et séquencé. Soixante-quatre (64) champignons polypores regroupés au sein de 28 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTU) ont été identifiés. Quatorze nouvelles espèces ont été obtenues, dont 9 sont connues au niveau du genre, les autres étant seulement identifiées au niveau de la famille ou de l’ordre. Parmi celles identifiées à l’espèce,
Flavodon flavus, Fomitopsis meliae, Leiotrametes lactinea, Hyphodontia
tropica, Fomitopsis ostreiformis, Peniophorella rude et
Pseudolagarobasidium acaciicola sont des premières mentions au Gabon.
Les autres, Coriolopsis caperata, Trametes elegans et T. polyzona, avaient déjà été répertoriés ailleurs en Afrique. Toutefois, les espèces identifiées dans cette étude sont une première mention sur les essences forestières de notre étude. Les espèces étaient disséminées au sein de 13 familles appartenant aux ordres des Polyporales (64%), Russulales (12%), Hymenochaetales (11%), Corticiales (11%) et Trechisporales (2%). La diversité variait entre les essences d’une part et les sites d’autre part. Elle était plus élevée chez le Béli suivi du Sorro, tandis que le site de la SEEF avait la plus grande diversité, suivi du site de SBL. Ces recherches constituent une première étude sur la diversité des champignons polypores associés au bois mort d’Alep, de Béli et de Sorro dans les forêts du Sud – est du Gabon.
Mots clés : Champignons polypores, décomposition du bois, indice de diversité de Shannon et Simpson, région ITS- ADNr, Gabon.
3.2. Abstract
Richness and diversity of Polypore fungi were characterized on Alep (Desbordesia glaucescens), Beli (Julbernardia bifoliolata) and Sorro (Scyphocephalium ochocoa) logs laid down along forest roads in three sites in southeastern Gabon. From harvested basidiocarps, genomic DNA was extracted, amplified, and sequenced. Sixty-four (64) polypore fungi grouped within 28 Operational Taxonomic Units (OTU) were identified. Fourteen new species were obtained, of which 9 are known at the genus level. Among those identified to the species, Flavodon flavus, Fomitopsis
meliae, Leiotrametes lactinea, Hyphodontia tropica, Fomitopsis ostreiformis, Peniophorella rude and Pseudolagarobasidium acaciicola are
first reports for Gabon. The others, Coriolopsis caperata, Trametes
elegans and T. polyzona, had already been found elsewhere in Africa.
Species were scattered among 13 families belonging to Polyporales (64%), Russulales (12%), Hymenochaetales (11%), Corticiales (11%) and Trechisporales (2%) orders. The diversity varied among species on one hand and sites on other. It was higher in Beli followed by Sorro, while SEEF site had the greatest diversity, followed by the SBL site. This research constitutes a first study on the diversity of polypore fungi associated with the dead wood of Alep, Beli and Sorro in southeastern forests of Gabon.
Key words: Polypore fungi, Wood decay, Shannon and Simpson diversity index, ITS-rDNA region, Gabon.
3.3. Introduction
La diversité fongique est considérée comme étant une des plus vastes diversités biologiques au monde. Avec un nombre minimal estimé à 712 000 (Schmit & Mueller, 2007), les estimations du nombre de champignons existants sont passées de 1,5 million d’espèces (Hawksworth, 1991) à 5.1 millions avec les découvertes et les possibilités offertes par les nouvelles technologies (Blackwell, 2011). Aussi, le nombre de champignons polypores dans le monde avoisinerait 20 000 espèces (Hawksworth, 2001). Ces champignons ont un rôle très important dans l’écosystème, car ils débarrassent la forêt des débris ligneux, recyclent de la matière organique avec d’autres microorganismes et contribuent à l’apport du sol en composés carbonés et azotés (Blanchette, 1991; Frey
et al., 2003).
La répartition des espèces de champignons polypores à travers le globe est inégale, certaines régions possédant une diversité et une richesse en champignons plus grande par rapport aux autres. Les régions de basses latitudes, contrairement à celles de hautes latitudes, renfermeraient une plus grande diversité de champignons polypores (Lodge et al., 1995). C’est le cas des régions tropicales, plus particulièrement le bassin amazonien où, d’après les études réalisées, la diversité d’habitats et des écosystèmes contribuerait à favoriser la richesse et la diversité en champignons polypores (Gilbert et al., 2002; Lodge et al., 1995).
Les champignons polypores ont pour la plupart une large gamme d’essences hôtes en milieu tropical et très peu développent une spécificité d’hôte (Lindblad, 2000). Les travaux de Gilbert et Sousa (2002) ont néanmoins montré que certains champignons polypores de forêts de mangrove des Caraïbes semblaient avoir une préférence d’hôtes. Aussi,
cette spécialisation des champignons polypores en fonction de certaines essences hôtes serait reliée à la sensibilité de l’hôte et à son environnement (Gilbert et al., 2008; Parrent et al., 2004).
Les conditions environnementales ont également un effet sur la diversité en champignons, cette dernière serait encore plus grande sur les rondins en contact avec le sol (Busse, 1994; Lindblad, 1998). De même, la diversité des champignons polypores est corrélée à la quantité de débris ligneux dans un site forestier (Yamashita et al., 2008). La taille des débris ligneux joue également un rôle majeur dans les régions humides. On retrouve en effet une grande diversité de champignons polypores dans les substrats de bois de grosses dimensions (Lindblad, 2001).
Le type de substrat joue également un rôle important, par exemple le stade de décomposition du bois (Lindblad, 1998; Schmit, 2005). La richesse en champignons polypores sur les rondins plus jeunes est significativement plus élevée que celle sur les rondins plus âgés. Il en est de même pour ceux qui ont des caries moins apparentes, celles-ci hébergeraient plus d'espèces de champignons polypores que celles avec des caries abondantes. Ce profil observable en régions tropicales n’est toutefois pas applicable à tout type de forêt. En forêt boréale par exemple, les stades de carie n’influencent pas toujours la richesse et la diversité de champignons polypores (Kebli et al., 2011).
Les données des études réalisées sur les champignons polypores des bois en régions tropicales proviennent notamment du bassin amazonien et des forêts de l’Asie (Arnold et al., 2000; Cheng et al., 2009; Connell & Lowman, 1989; Dai et al., 2007; Ferrer & Gilbert, 2003; Gilbert et al.,
Williams-Linera, 2011; Groposo & Loguercio-Leite, 2005; Lindblad, 2001) et très peu ont été faites dans les forêts d’Afrique notamment dans le Bassin du Congo. Dans les forêts de l’ouest du bassin du Congo, les études réalisées concernent notamment l’identification des espèces de champignons polypores du bois mort et les champignons comestibles (Amalfi et al., 2010; Decock, 2011; Van Dijk et al., 2003; Yombiyeni et
al., 2011). La structure des communautés des champignons dans la sous-
région de l’ouest du Bassin du Congo a déjà fait l’objet d’étude (Laessøe
et al., 1996). Dans ces études, diverses espèces de champignons
Ascomycota et Basidiomycota ont été identifiées, à l’instar des champignons polypores. Les champignons polypores associés à la carie des coursons d’essences forestières ont été peu étudiés et cette lacune a guidé notre étude.
Pour étudier la diversité des champignons polypores associés à la carie du bois chez le Béli, l’Alep et le Sorro, nous avons extrait l’ADN génomique à partir des basidiomes collectés sur des coursons de bois provenant des trois essences. Pour identifier nos basidiomes de champignons polypores, nous avons amplifié la portion du gène ITS de l’ADNr. Nos objectifs étaient (1) d’identifier les champignons polypores associés à la décomposition du bois chez ces trois essences forestières (2) de savoir si cette diversité varie entre les espèces d’arbres et les sites de prélèvement et (3) de comparer cette diversité entre les trois espèces et les sites de prélèvement.