Double fonction pour les champignons endophytes des arbres

2007). On reconnait aux champignons endophytes plusieurs autres rôles écologiques, à l’instar de l’augmentation de la biomasse des plantes et de la tolérance au stress (Rodriguez et al., 2009).

Les champignons endophytes produisent de multiples métabolites secondaires utiles pour les plantes et les humains (Schulz et al., 2002; Tan & Zou, 2001). Ceux du genre Penicillium deuxième groupe le plus abondant dans cette étude, sont reconnus pour produire des métabolites secondaires (Ding et al., 2010) agissant comme antibactériens utiles à l’Homme (Kharwar et al., 2011; Sebastianes et al., 2012), à l’instar de la sclerotiorine, un antibiotique produit par P. sclerotiorum permettant de lutter contre les infections à Candida albicans chez l’Homme (Lucas et al., 2007). Les champignons P. herquei, P. paxilli et P. sclerotiorum sont des champignons endophytes qui produisent des métabolites secondaires agissants comme anticancéreux ou antimicrobiens (Kuriakose et al., 2018; Mantle & Weedon, 1994; Marinho et al., 2009).

Divers champignons isolés dans cette étude, bien que faiblement représentés ont déjà également été mentionnés comme endophytes. C’est le cas de Trichoderma harzianum, endophyte déjà isolé chez Cola

nitida et de T. longibrachiatum, endophyte couramment isolé dans les

racines de l’essence Azadirachta indica. Ces derniers produisent également des métabolites secondaires (Chen et al., 2015; Xuan et al., 2014). L’espèce Trichoderma spp. est d’ailleurs largement utilisée comme agent de biocontrôle (Naher et al. 2014).

De nombreuses espèces endophytes sont reliées à la production de métabolites secondaires utiles à la plante hôte (Liu et al., 2009). Par ailleurs, elles produisent des métabolites antibactériens et antifongiques et des dérivés phénoliques importants pour lutter contre les maladies

humaines (Subban et al., 2013). Elles sont également utiles dans d’autres domaines comme l’agriculture et l’industrie (Yang et al., 2012).

Le rôle que pourraient jouer les espèces des genres Pestalotiopsis et

Penicillium, espèces dominantes de cette étude, ainsi que les autres

espèces faiblement représentées mérite d’être examiné. Selon Soliman et Raizada, (2013), les champignons endophytes interagissent les uns avec les autres dans la plante pour stimuler la biosynthèse de certains métabolites secondaires.

Un champignon endophyte d’une essence donnée peut être un pathogène chez une autre essence et vice-versa ; ceci suggère que ces champignons adaptent leur comportement en fonction de différents facteurs (hôte, environnement…). Bien que diverses études réalisées en régions tropicales identifient dans certains cas Pestalotiopsis mangiferae, P.

heterocornis et Pseudopestalotiopsis theae comme étant des endophytes

(Kathiravan & Raman, 2010; Ortega et al., 2014; Subban et al., 2013; Wei et al., 2007), ils ont été répertoriés comme étant pathogènes d’autres essences (Ara et al., 2012; Chen et al., 2012; Wei et al., 2007). Il en est de même pour Nigrospora oryzae qui est responsable des taches foliaires chez Ficus religiosa (Khodke & Sandhya, 2010).

La notion de double fonction chez les champignons dans cette étude indique que les champignons endophytes identifiés peuvent être des potentiels pathogènes pour leurs hôtes ou les essences avoisinantes. Dans ce contexte, les trois essences de notre étude abritent ainsi des pathogènes latents et constituent des porteurs sains, asymptomatiques pour ces potentiels pathogènes.

2.7. Conclusion

Cette étude sur les endophytes présents dans l’aubier des arbres cariés et réalisée sur trois essences forestières gabonaises est une contribution à l’accroissement des connaissances sur les endophytes des essences forestières tropicales d’Afrique centrale en général et le Gabon en particulier. L’étude a été réalisée sur des essences forestières particulièrement abondantes dans les restes de coupe forestière. Celles- ci ont été échantillonnées dans trois sites différents à l’intérieur d’une même région géographique, la province de l’Ogooué-Lolo. Le prélèvement des carottes de bois et l’utilisation des amorces universelles n’ont pas été avantageux pour l’identification des champignons polypores associés aux caries des arbres.

L’analyse des données de séquences fait ressortir que les trois essences à l’étude, l’Alep (Desbordesia glaucescens), le Sorro (Scyphocephalium

ochocoa) et le Béli (Julbernardia bifoliolata), renfermaient dans leur

globalité une diversité relativement grande en endophytes qui pourraient être des pathogènes latents, avec beaucoup d’espèces rares. Les endophytes du groupe des Ascomycota sont nombreux et très peu de Basidiomycota sont représentés malgré la présence de carie sur le tronc des arbres. Il existait cependant des particularités entre les essences forestières. Le Sorro renfermait une diversité plus grande par rapport aux deux autres essences forestières, alors que le Béli serait comparable au Sorro en termes de diversité. Le site de CEB possédait la plus grande diversité en endophytes et était comparable à celui de la SEEF.

Plusieurs techniques sont souvent utilisées pour maximiser la quantité de champignons endophytes à identifier. La technique utilisant les milieux de culture est une pratique courante et permet d’obtenir d’autres espèces

présentes dans les échantillons biologiques (Arnold et al., 2007). Cependant, elle reste limitée par l’identification basée sur la morphologie et par les espèces non cultivables en milieu de culture (Angelini et al., 2012; Arnold et al., 2000). L’utilisation des techniques biomoléculaires pour l’identification des champignons endophytes à partir des régions ITS de l’ADNr est fortement recommandée (Arnold & Lutzoni, 2007), comme c’est le cas pour la PCR traditionnelle et la technique de séquençage par la technique Sanger utilisée dans notre étude. Dans le contexte de cette étude, la technique du pyroséquençage ou le séquençage par synthèse sur plateforme Illumina auraient permis d’affiner notre recherche (Buée

et al., 2009; Taylor et al., 2016; Tedersoo et al., 2010; 2014).

2.8. Remerciements

Ce travail a été mené grâce à la contribution financière du projet FOGRN- BC (Projet d’appui à la Formation en Gestion des Ressources Naturelles dans le Bassin du Congo).