la polarisation lymphocytaire.
III. Les gènes de la famille des OAS et susceptibilité à la SEP
III.1. Objectifs
Ce travail avait pour objectif d’identifier de nouveaux gènes associés à une augmentation de la susceptibilité à la SEP parmi les gènes codant pour des protéines de la voie de signalisation des IFNs de type 1. En effet, cette voie est impliquée dans la pathogénie de plusieurs maladies auto-immunes dont la SEP [Theofilopoulos et al., 2005].
Dans ce but, une cohorte cas-témoins, homogène en âge et en sexe, fut réunie. Bien que modeste en taille (20 individus dans chaque groupe), cette cohorte présentait l’avantage d’inclure des individus SEP recrutés au tout début de la maladie. Le sang des patients SEP fut prélevé au moment du diagnostic, c’est-à-dire après la première ou la seconde poussée, et avant la mise en place du moindre traitement (immuno-modulateur ou immuno-suppresseur).
III.2. Résultats
III.2.1. Modification de l’expression des gènes de la voie des IFNs de type 1 chez les patients SEP
Afin d’identifier de nouveaux gènes associés à la susceptibilité à la SEP, nous avons tout d’abord étudié l’expression de 92 gènes appartenant à la voie des IFNs de type 1 par une approche en PCRarray (la liste des gènes étudiés est disponible dans le chapitre « Annexes »,
Figure S1). Cette analyse fut réalisée sur la cohorte cas-témoins comprenant les patients pris
précocement dans l’évolution de la SEP. Parmi l’ensemble des gènes présentant une différence d’expression chez les patients SEP par rapport aux témoins, seuls MxB, OAS2 et OASL démontrèrent une significativité statistique inférieure à P = 0,005 (Figure 45a). Ces 3 gènes avaient une expression augmentée chez les patients SEP par rapport aux témoins : MxB démontra une différence d’expression de 1,7 (P = 0,0005 ; Figure 45c), OAS2 de 1,9 (P = 0,002 ; Figure 45d) et OASL de 1,5 (P = 0,004 ; Figure 45e). Cependant, l’approche par PCRarray pose le problème de la localisation inconnue des sondes et de la possible amplification de l’ADN. Il était donc important de reproduire ces résultats par une approche plus traditionnelle en RT-PCR quantitative. Les différences d’expression furent confirmées
sur la même cohorte, par RT-PCR quantitative en utilisant des sondes spécifiques des ARNm et de l’ensemble des isoformes (pour les gènes en codant plusieurs ; Figure 45b).
De ce travail, il ressortit que deux gènes de la famille des OAS présentaient une différence significative d’expression entre les patients SEP et les témoins. Nous avons alors choisi d’étudier si des polymorphismes présents dans OAS2 ou OASL pouvaient être associés à la susceptibilité à la SEP.
Figure 45 : Comparaison de l’expression des gènes de la voie des IFNs de type 1 chez des patients SEP par rapport à des témoins. (a) Résumé des résultats de quantification d’expression par PCRarray pour les gènes
présentant une différence statistique de P < 0,005. N = 17 pour les témoins et N = 17 pour les patients SEP. (b) Validation de la quantification de l’expression de MxB, OAS2 et OASL par RT-PCR quantitative. N = 19 pour les témoins et N = 19 pour les patients SEP. (c-e) Représentation graphique des résultats de quantification obtenus en PCRarray pour (c) MxB, (d) OAS2 et (e) OASL. Chaque barre représente la moyenne ± s.e.m. CTR : témoins. SEP : patients SEP.
III.2.2. Association du gène OASL avec la susceptibilité à la SEP dans la population française Dans un effort d’identifier une possible association du gène OASL avec la susceptibilité à la SEP, une cohorte composée de familles trio fut utilisée. Cinq polymorphismes, répartis sur l’ensemble du gène codant pour la protéine OASL, ont été génotypés par une approche en PCR TaqMan (Figure 46a). Puis, une analyse en TDT fut pratiquée sur les 591 familles trio SEP françaises disponibles. Par cette analyse, aucun des polymorphismes étudiés ne démontra une sur-transmission significative d’un des allèles aux
enfants souffrant de SEP (Figure 46b). Ainsi, dans la population française, le gène OASL ne semble pas être un gène de susceptibilité à la SEP.
Figure 46 : Le gène OASL n’est pas associé avec la susceptibilité à la SEP dans les familles trio françaises.
(a) Les polymorphismes étudiés sont représentés sur la carte génétique par des boules bleues numérotées. 1 : rs4556628, 2 : rs10849832, 3 : rs3213545, 4 : rs3213546, 5 : rs12819210. Les triangles noirs représentent les blocs de polymorphismes en déséquilibre de liaison. (b) Résultats du génotypage, par une approche en PCR TaqMan, de 591 familles trio françaises pour 5 polymorphismes répartis sur l’ensemble du gène codant pour OASL. aFréquence des chromosomes parentaux. bChromosomes transmis, non-transmis, et ratio de transmission (T/U).
III.2.3. Association du gène OAS2 avec la susceptibilité à la SEP dans la population française La même approche que celle menée pour le gène OASL fut pratiquée pour le gène
répartis sur l’ensemble du gène OAS2 (Figure 47a). Les résultats du génotypage de 591 familles trio SEP françaises furent analysés en TDT. Cette analyse révéla une association entre deux polymorphismes d’OAS2, rs12815666 et rs1298301, et la susceptibilité à la SEP (Figure 47b). Le polymorphisme rs12815666 démontra une sur-transmission de l’allèle T aux enfants souffrant de SEP (P = 0,016). Pour le polymorphisme rs1298301, c’était l’allèle G qui était sur-transmis (P = 0,007). Pour augmenter la puissance statistique, 49 familles trio supplémentaires furent génotypées pour ces deux polymorphismes, portant ainsi la cohorte disponible pour cette étude à une taille de 640 familles. De cette extension, l’association du polymorphisme rs12915666 ressortit renforcée (P = 0,008), alors que celle du polymorphisme rs1298301 atteignit la limite de la significativité (P = 0,059).
Afin de valider ces résultats d’association d’OAS2 avec la susceptibilité à la SEP dans la population française, les polymorphismes rs12815666 et rs1298301 furent génotypés dans une cohorte cas-témoins (Tableau IV et Tableau V). Les résultats obtenus ne sont que préliminaires à cause du faible nombre d’individus disponibles (environ 600 cas et 350 témoins). L’approche cas-témoins ne révéla pas d’association significative ni pour le polymorphisme rs12815666 (P = 0,803 ; Tableau IV), ni pour le polymorphisme rs1298301 (P = 0,450 ; Tableau V).
Figure 47 : Le gène OAS2 est associé avec la susceptibilité à la SEP dans les familles trio françaises. (a) Les
polymorphismes étudiés sont représentés sur la carte génétique par des boules bleues numérotées. 1 : rs12815666, 2 : rs1298301, 3 : rs2072138, 4 : rs1293764, 5 : rs1293755, 6 : rs2239193, 7 : rs1293749, 8 : rs1293747, 9 : rs15895. Les triangles noirs représentent les blocs de polymorphismes en déséquilibre de liaison. (b) Résultat du génotypage, par une approche en PCR TaqMan, des familles trio françaises pour 9 polymorphismes répartis sur l’ensemble du gène codant pour OAS2. aFréquence des chromosomes parentaux.
bChromosomes transmis, non-transmis, et ratio de transmission (T/U). cRésultats du génotypage effectué sur 591
Tableau IV : Analyse d’association du polymorphisme rs12815666 d’OAS2 dans la SEP par une approche en cas-témoins. rs12815666 N No d’ allèles T Freq de l’allèle T No d’ allèles C Freq de l’allèle C RR (95% c.i.) χ2 P Cas 600 194 0,16 1006 0,84 1,03 (0,83-1,27) 0,059 0,803 Témoins 362 114 0,16 610 0,84
N, nombre d’individus. « No d’allèles » fait référence au nombre d’allèles du polymorphisme rs34536443. RR, risque relatif. c.i., intervalle de confiance
Tableau V : Analyse d’association du polymorphisme rs1298301 d’OAS2 dans la SEP par une approche en cas-témoins. rs1298301 N No d’ allèles G Freq de l’allèle G No d’ allèles A Freq de l’allèle A RR (95% c.i.) χ2 P Cas 588 990 0,84 186 0,16 0,98 (0,95-1,02) 0,572 0,450 Témoins 358 612 0,85 104 0,15
N, nombre d’individus. ‘No d’allèles’ fait référence au nombre d’allèles du polymorphisme rs34536443. RR, risque relatif. c.i., intervalle de confiance.
L’ensemble de ces résultats ne permet pas de conclure de manière certaine que le gène OAS2 constitue un gène de susceptibilité à la SEP dans la population française. Le génotypage d’autres cohortes, de taille plus importantes, permettrait de confirmer ou non les données que nous avons obtenues.