Partie III : Analyse de la variabilité du VIH-1 et de son importance dans la TME :
IV. DISCUSSION et PERSPECTIVES :
Tableau 24 : Variation et sélection chez les rétrovirus :
HTLV FeLV VIH Effet sur la
diversité
Source de mutations
Réplication par mitoses ++++ ++ + Faible
Turnover viral Æ erreur de la
transcriptase inverse + ++ ++++ Important
Forces de sélection
CTL +++ ++* +++ Variable**
Anticorps +/- ++* +++ Variable
Tropisme cellulaire - +++ ++ Elevé
Génération de variation
Intra-individu Faible Modérée*** Elevé
Entre hôtes Faible Faible Elevé
* Peu de choses sont connues sur la sélection immunitaire du FeLV, il ne s’agit donc que de présomptions
** L’effet de la sélection immunitaire sur la diversité de séquences dépend du degré de détection du virus
par l’hôte et de l’ampleur de la réponse immunitaire générée
*** Sans tenir compte de la variation qui a lieu lors de recombinaison avec des séquences cellulaires qui
peut générer une divergence de près de 20% par rapport à la séquence mère.
IV. DISCUSSION et PERSPECTIVES :
Chaque maladie virale présente une situation de relation hôte-virus originale, générée
autant par les particularités du génome et la stratégie de réplication du virus que par les
capacités de réponse de l’hôte. Infection aiguë et infection persistante correspondent en fait, à
deux stratégies mises en œuvre par les virus qui doivent survivre dans l’environnement hostile
constitué par les organismes qu’ils infectent et surtout, le système immunitaire des animaux
supérieurs. Le système hôte-virus est stable lorsque le compromis optimal pour la survie de
l’ensemble des partenaires est trouvé (305). Schématiquement, certains virus utilisent une
stratégie aiguë et profitent de la période de déphasage entre leur invasion de l’organisme cible
et la réponse immunitaire qui doit se mettre en place, pour se multiplier intensément. Ils se
transmettent avant que la réponse immunitaire ne soit suffisamment efficace, éventuellement
vers un hôte intermédiaire (influenza, arbovirus, rabdovirus…etc.), ou avant que leur hôte ne
soit détruit (ebola…etc.). D’autres virus (herpesvirus, poliovirus…etc.), comme les lentivirus,
ont une multiplication moindre, mais une persistance prolongée dans les organismes qu’ils
infectent, et leur stratégie de survie met en place des mécanismes leur permettant d’échapper à
la réponse immunitaire. Bien que tous les rétrovirus possèdent une transcriptase inverse qui
génère un haut taux d’erreur lors de la multiplication virale, la diversité génétique et le taux
d’évolution diffèrent fortement entre rétrovirus. Deux forces de sélection en sont responsable :
le système immunitaire, mais également le nombre de cellules cibles disponibles (306). A ce
sujet, une comparaison a été réalisée par J. Overbaugh et C. Bangham entre certains oncovirus
et lentivirus qui est résumée dans le tableau 24. FeLV-A et HTLV-1 ont 2% et de 1 à 4% de
variabilité dans l’enveloppe respectivement, entre les différentes souches observées, ce qui est
relativement peu au regard de la variabilité de l’enveloppe chez les lentivirus. Ceci serait
expliqué partiellement chez HTLV-1 par le fait que ce virus subit une sélection positive de la
part des CTL dès l’expression de la protéine de régulation Tax et avant qu’un cycle de
réplication complet puisse être réalisé. La haute charge provirale observée serait donc
essentiellement due aux mitoses cellulaires qui ne génèrent pas de variabilité, et la charge
virale libre reste basse (306). Au contraire, le VIH et le SIV dans le modèle macaque, ont une
haute charge virale libre, un haut taux de mutations généré par les erreurs de la transcriptase
inverse et de fortes pressions de sélection de la part du système immunitaire, autant par la
réponse cellulaire que celle en anticorps, entraînant un switch dans l’usage des corécepteurs.
De plus, l’on sait depuis peu que, pour le VIH, huit séquences provirales peuvent être
présentes en même temps dans la même cellule (51). Dès lors, les phénomènes de
recombinaison participent plus que spéculé auparavant, à la production de diversité du VIH. A
fortiori, lors de co-infection et/ou de surinfection.
Niveau de multiplication virale, et procédure d’évasion face à la réponse immunitaire
sont donc les deux clés de la persistance des virus. Ce sont les deux aspects qui ont été
abordés dans le cadre de ce travail.
De 1994 à 1998, s’est déroulé l’essai clinique DITRAME qui a démontré, pour la
première fois, l’acceptabilité, la tolérance et l’efficacité d’un traitement court de ZDV sur la
diminution de la TME dans des pays où les populations allaitent (la Côte d’Ivoire et le
Burkina Faso) et où il semble difficile de l’éviter. La tolérance était généralement bonne,
malgré le fait que bon nombre de femmes puissent être anémiées, mais, une supplémentation
en fer et acide folique était systématiquement donnée dans le contexte de l’essai (307).
La diminution relative de la TME était de plus d’un tiers à six mois de vie de l’enfant
(38%) pour une population à l’immunodéficience moyennement avancée.
Ces résultats sont comparables à ceux d’autres équipes, qui présentaient une plus
grande efficacité pour des populations où l’allaitement pouvait être évité (19), ou une
efficacité similaire pour des populations où il est difficile de l’éviter (308, 309).
L’efficacité maximale de la ZDV a été évaluée entre J3 et J8, et les courbes
d’acquisition de l’infection VIH en fonction du temps, des populations traitées et non traitées,
ont évolué ensuite de manière quasi parallèle jusqu’à six mois. A six mois, aucun effet rebond
d’augmentation de la transmission post-partum dû à l’arrêt de la ZDV ne fut observé. Mais,
l’efficacité mesurée était influencée par l’état immunitaire maternel (nombre de CD4+/µl),
bien que la fréquence d’immunodéficiences sévères étaient faible, comme souvent dans les
pays en développement (308, 309).
La probabilité d’être allaité à 6 mois était de 90,7% pour le groupe ZDV et de 93,8%
pour le groupe placebo et à 15 mois, il était de 45.6% et 40.1%, respectivement, sans
différence entre les deux groupes (p=0.56) (populations ivoirienne et burkinabè confondues).
La probabilité d’être infecté à 3, 6 et 15 mois était significativement plus basse dans le groupe
ZDV que dans le groupe placebo (overall log-rank test p=0.022) et l’efficacité de la ZDV à 15
mois, fut estimée à 30% pour diminuer la TME (95% CI 22 to 52) (299).
Néanmoins, une analyse plus fine réalisée à 24 mois, entre 2 essais cliniques de PTME
dont les données furent compilées (DITRAME et RETRO-CI) a permis de démontrer qu’un
effet significatif de la ZDV n’est mesurable qu’auprès de femmes dont le nombre de cellules
CD4+ dépasse 500 cellules/µl. En-dessous de ce seuil, aucune différence n’est significative, et
à un an, il n’y a plus aucune différence mesurable entre le groupe placebo et le groupe ayant
reçu une prophylaxie ZDV (310). Par ailleurs, l’analyse de la mortalité à 18 mois de l’étude
DITRAME, nous avait déjà appris qu’un nombre de CD4+ <200 cellules/µl augmente de plus
de trois fois le risque de mortalité des enfants. De plus, parmi les enfants infectés, la
prophylaxie ZDV devenait délétère à partir de 230 jours puisque la probabilité de décès
devenait plus importante pour ce groupe à partir de cette date. De même, pour ces enfants
infectés, la probabilité de décès mesurée à 18 mois était plus importante pour le groupe ayant
reçu une prophylaxie ZDV que pour les femmes ayant reçu un placebo (590/1000 vs
510/1000).
On peut donc comprendre que l’efficacité de telles prophylaxies périnatales est
intimement liée à la pratique de l’allaitement en même temps qu’à l’état d’immunodéficience
de la mère. Mais, dans le contexte de l’Afrique de l’Ouest, et surtout au Burkina Faso,
l’allaitement est profondément ancré dans les traditions et véhicule de nombreuses
représentations (17). De plus, il est très difficile pour une femme de prendre la décision de ne
pas allaiter son enfant ; en général, elle devra se plier aux exigences de ses paires et de son
entourage direct (311). Les progrès doivent donc s’orienter selon deux axes majeurs pour ce
qui concerne la PTME : promouvoir l’état immunitaire de la femme en lui donnant des
traitements adaptés, et orienter les pratiques d’allaitement selon le contexte (312).
Il est donc primordial de comprendre quels sont les déterminants de la TME de
manière à trouver des solutions adaptées au contexte de l’Afrique de l’Ouest ; c’est pourquoi,
notre travail s’est focalisé plus particulièrement sur certains points virologiques (charges
virales dans les différents compartiments physiologiques, variabilité du virus) mais aussi
maternels (supplémentation en vitamine A) qui nous semblaient prépondérants dans la TME
(tableau 1).
La première partie de notre travail personnel avait pour objectifs d’analyser l’influence
des charges virales de trois compartiments physiologiques (le sang, le lait maternel et les
sécrétions cervicovaginales) sur la TME, pour des mères ayant reçu une prophylaxie ZDV ou
un placebo, et s’est appelée DITRAME-VIRO.
Pour étudier la CVpl et son rôle dans la TME, nous avons utilisé une technique
adaptée au contexte africain où de nombreux variants circulent : la technique bDNA de Bayer
(ex-Chiron), qui permet, grâce à un système d’amplification du signal, et non pas de l’ADN
copie, d’avoir des résultats fiables pour tous les sous-types (313).
Il convient de préciser également le fait que l’analyse a comparé des femmes non
transmettrices à des femmes ayant transmis le virus à leur enfant jusqu’à 15 mois. Cela
signifie qu’elle prend également en compte le rôle de la CVpl durant le post-partum et de son
influence sur la transmission par l’allaitement.
A l’instar d’autres études, nous avons démontré dans notre analyse que la CVpl était
un facteur déterminant de la TME, mesurée à l’inclusion, comme à J8 post-partum, après le
traitement ZDV (1-3, 252).
Parmi toutes les femmes qui allaient recevoir de la ZDV, celles qui ont transmis le
virus avaient une CVpl plus élevée au moment de l’inclusion que celles qui avaient reçu un
placebo et qui ont transmis le virus également (+0,37 ; p=0,01). Il ressort également de
l’analyse multivariée que les facteurs « nombre de CD4 » (qui constituait une variable
d’ajustement dans cette analyse), « CVpl à l’inclusion » sont significativement et
indépendamment associés à la TME, mais également, la « diminution de la CVpl entre
l’inclusion et la fin du traitement ». L’on pouvait déjà percevoir, grâce à cette analyse, le rôle
important que joue l’état immunitaire de la mère sur l’efficacité du traitement (310).
Entre les femmes transmettrices et non transmettrices qui avaient reçu une prophylaxie
ZDV la différence de CVpl entre l’inclusion et J8 est mesurable [-0,22 log10 (-0,13 versus
-0,35)] tandis qu’entre les femmes transmettrices et non transmettrices ayant reçu un placebo,
il y a une augmentation semblable entre ces deux dates (+0,27). L’on peut donc considérer
que, dans des conditions normales, les mères de notre cohorte subissent une faible
augmentation de la CVpl au moment de l’accouchement, qui doit être mise en parallèle avec
les changements immunitaires subits par la femme en fin de grossesse : la reprise d’une
réponse immunitaire spécifique des cellules T, donc, potentiellement, leur multiplication et
l’augmentation de cibles pour le virus (306), et la fin de la réponse renforcée en monocytes
(120, 133). D’autre part, cela signifie également que la diminution de la CVpl a été moindre
pour les femmes transmettrices que pour les NT ayant reçu de la ZDV, ce qui met en avant, à
nouveau, le fait que son efficacité est limitée chez les mères qui avaient une CVpl élevée. Ces
femmes étaient sans doute moins aptes à répondre au traitement ZDV, de par une déficience
immunitaire, puisque aucune femme ne pouvait être en période de séroconversion. Cependant,
un certain nombre des mères analysées a transmis le virus malgré des CVpl très basse ; dès
lors, il ne nous a pas été possible de définir un seuil à partir duquel la transmission aurait été
systématique comme dans l’étude de Fang et al (1).
Cependant, notre étude a démontré l’importance de la CVpl dans la TME dans le
contexte africain, et le rôle que peut jouer la ZDV dans sa diminution, et donc, dans la PTME.
Dans le but de comprendre les mécanismes de la TME durant la période peri-partum,
le deuxième volet de notre analyse de l’influence des charges virales sur la TME a concerné
les sécrétions cervico-vaginales. Pour cette analyse, des femmes ayant transmis le virus durant
le peri-partum ont été comparées à des femmes n’ayant pas transmis le virus. Un résultat
majeur en ressort :
Seules les charges provirales sont significativement et indépendamment associées à la
TME dans un modèle multivarié.
Ceci nous laisse supposer que la transmission de cellules infectées pourrait jouer un
rôle plus important dans la TME au moment de l’accouchement, que la CV libre. Le
processus du passage du tractus digestif, puis des muqueuses digestives intestinales pourrait
impliquer une activation cellulaire et une multiplication virale dans l’intestin puis un passage
au travers d’entérocytes ou de cellules M, par un processus de transcytose (234).
Cependant, il semble plus vraisemblable que le passage se fasse directement de cellule
à cellule (235, 314), par contact d’une cellule infectée maternelle avec un entérocyte ou une
cellule M, ce qui permettrait au virus d’échapper à la réponse immunitaire en Ac maternels.
La transmission directe cellule-cellule semble être le mode de transmission privilégié du virus
HTLV-1 (315). Ce processus pourrait faire appel à la construction d’une synapse virale, qui
fonctionnerait sur un mode similaire aux synapses neurologiques et immunologiques (316,
317). Il requerrait un recrutement des molécules CD4, CCKR5 et LFA-1 de la cellule cible
grâce aux molécules d’actine et un rapprochement des molécules Env et Gag virales dans la
cellule effectrice, suivie d’un transfert de Gag vers la cellule cible (318).
Il a été démontré que les cellules dendritiques infectées par le VIH présentent le virus
à l’interface cellulaire pour permettre le transfert cellule-cellule vers une cellule T (318).
Le processus de la TME au moment de l’accouchement pourrait donc faire appel plus
particulièrement à un principe de transmission cellule-cellule. Plus tard cependant, par
l’allaitement, le virus libre semble avoir une importance sur la transmission comme le suggère
notre analyse de la transmission postnatale.
Afin de mieux comprendre les mécanismes de la transmission postnatale, le troisième
volet de notre analyse du rôle de la charge virale sur la TME concerne le compartiment
mammaire et, plus particulièrement la charge virale libre dans le lait maternel.
A notre connaissance, il s’agit de la première étude des charges virales dans le lait
maternel après une extraction de Boom. La mise au point de cette technique pour l’étude de
lait maternel nous a permis de diminuer le seuil de sensibilité à des valeurs autour de 10
copies/mL en éliminant les inhibiteurs de PCR et en augmentant le volume analysé (800 µL).
C’est pourquoi, les niveaux de détection observés pour le groupe placebo (67,3%)
furent plus élevés que dans trois études précédentes [39%, 42,5% et 63,2% et (5, 121, 218)]. Il
s’agit aussi de la deuxième étude mettant en relation la CV dans le lait avec la transmission
postnatale, deux des études publiées mesurant un taux de transmission mère-enfant du VIH
regroupant transmission in utero, peripartum et postnatale et la troisième, ne portant que sur
six enfants ayant été infectés avec certitude par l’allaitement (121). Cinq femmes de notre
étude ont transmis le virus à leur enfant, après la naissance, malgré le fait qu’au temps
d’analyse le plus proche de la transmission, elles avaient une CVlm en deçà de 50 copies/mL
(données non présentées).
Par ailleurs, nous avons observé une différence très hautement significative entre les
charges virales libres, autant en pourcentage de détection qu’en valeurs médianes, des femmes
ayant transmis le VIH et les non transmettrices. De plus, nos analyses univariée et multivariée
démontrent que la CVlm mesurée en log10 de la lactation précoce (J8) est un facteur
indépendant très significativement associé à la TME.
De même, lorsqu’on s’attache plus particulièrement à l’analyse des femmes ayant
transmis durant le peri-partum (PCR positive à J8 ou indéterminée et positive ensuite), l’on
peut remarquer que la CVlm à une importance très marquée puisqu’elle reste
significativement différente de celles des MNT aux trois dates étudiées ce qui suggère, pour la
transmission globale, une importance non négligeable de la transmission par le colostrum, le
premier lait de la lactation (217). Cependant, elle est aussi significativement différente aux
trois dates aux CVlm mesurées pour les TP ; de plus, les médianes mesurées en c/ml ont une
diminution marquée entre J8, J45 et J90 (330, 228 et 38,1 c/ml respectivement) tandis que
pour les TP, on observe un rebond important à J45 (196,5, 413 et 190,5 respectivement).
Notre analyse démontre également, pour la première fois, qu’une monothérapie ZDV
diminue de manière significative la CVlm puisque celle-ci fut moins souvent détectable à J8
et à un niveau significativement plus bas chez les femmes traitées à la ZDV que chez les
femmes ayant reçu un placebo.
Chez les femmes ayant transmis le virus durant le post-partum et non traitées à la
ZDV, la CVlm médiane a décru de 1608 copies/mL à J8 à 346 copies/mL à J45 et à 95,5
copies/mL à J90. Cette régression progressive correspond à la charge cellulaire plus
importante dans le lait en début de lactation (319) et vraisemblablement, à un nombre plus
important de cellules qui pourraient produire du virus. Des variations dans la réponse
immunitaire maternelle qui suivent la période de l’accouchement et plus particulièrement,
sans doute, la diminution progressive de la suppression immunitaire de la grossesse peuvent
vraisemblablement expliquer également cette régression au cours du temps comme c’est
décrit pour le VIH dans les SCV (320), mais également pour d’autres agents pathogènes tel
que le Plasmodium falciparum (321).
Par contre, chez les femmes ayant transmis le virus après la naissance, mais ayant reçu
un traitement ZDV, la CVlm médiane évolue de 56 copies/mL à J8 à 470,5 copies/mL à J45
bien que ces différences, avec les femmes ayant transmis le virus et ayant reçu un placebo, ne
soient plus significatives après J8, du fait de nos faibles effectifs (J90 n’est calculé que pour
deux femmes) (figure 15).
Cette tendance s’est encore trouvée confirmée par l’analyse de femmes de la cohorte
de Bobo-Dioulasso, ayant transmis durant le post-partum et ayant des CVlm disponibles (19
femmes) où trois femmes ayant reçu une prophylaxie ZDV ont transmis le virus avant J90
(sur 9 femmes), et dont deux ont une CVlm qui augmente, alors qu’une seule femme ayant
reçu un placebo a transmis le virus durant cette période, avec une évolution de la charge virale
au cours du temps très faible (tableau 14).
L’analyse des mesures de CVlm à des temps plus rapprochés, qui avaient été réalisée
auprès de femmes sélectionnées de manière aléatoire, conforte également l’idée que certaines
femmes traitées à la ZDV pourraient transmettre le virus à leur enfant suite à un rebond de la
CVlm. En effet, la seule femme ayant transmis le virus parmi les femmes ayant reçu de la
ZDV, était aussi celle qui avait le nombre de cellules CD4+ le plus bas (264 cellules/µl), bien
que trois autres femmes avaient un nombre de CD4+ plus bas que 500 cellules/µl ; cependant,
elle a eu une CVlm qui a évolué de façon importante à J 20 (16230 copies/ml), mais qui s’est
abaissée considérablement jusque J 45 (630 copies/ml). Ce pic de CVlm n’aurait donc pas été
détecté dans notre analyse princeps. Son enfant a été diagnostiqué positif à J45 ; il avait une
CVpl de 1534478 copies/ml et est décédé à 3 mois (données non présentées).
De plus, parmi les 9 femmes ayant reçu de la ZDV et les huit ayant reçu un placebo, 6
ont une CVlm en augmentation dans le groupe ZDV, versus 2 dans le groupe placebo
(tableaux 14 et 15).
D’autre part, les analyses univariée et multivariée de notre analyse princeps
démontrent que l’augmentation de la charge virale entre J8 et J45 est très significativement et
indépendamment associée à la TME.
La question de l’évolution de la CVlm au cours du temps en fonction du groupe de
traitement est très importante parce qu’elle a des implications potentielles sur les interventions
préventives.
Cette tendance marquée à un effet rebond de la CVlm à J45 laisse penser que la TME