MOTS ET CONCEPTS CLEFS concernant le cours sur les PROTEINES A la fin du chapitre sur les PROTEINES , vous devez pouvoir :
GENERALITES :
Distinguer Transports actifs /passifs
Donner la loi de diffusion libre des gaz à travers une membrane et commenter l'influence des différents paramètres (MM; coefficient de solubilité, coefficient de perméabilité)
Comparer le comportement de l'O2 et du CO2 dans l'eau (en fonction de la température : variation du coefficient de solubilité; pression partielle; volume dissout)
Mettre en évidence la structure quaternaire C, H, O, N des protéines
Chiffrer la quantité (en % ou en nombre de molécules différentes) de protéines dans un organismes / dans une cellule
Distinguer les différents niveaux structuraux d'une protéine (SI, SII, SIII et SIV) et les spécificités qui sont liées à chacun de ces niveaux
CAS de la SI des PROTEINES:
Présenter la structure générale d'un acide aminé et donner leurs propriétés physicochimiques générales
Regrouper les 20 aa standards en fonctions des propriétés de leurs radicaux
Citer quelques aa non standards présents dans des protéines connues
Donner les caractéristiques générales de la liaison peptidique et la représenter en conformation TRANS en indiquant et
Citer l'ex. de mutation de HbS sur un seul aa et ses conséquences physiologiques CAS de la S3D des PROTEINES (SII, SIII, SIV)
Définir "conformation native" des protéines
Lire un diagramme de Ramachandran (en sachant situer feuillets et hélices) et un Index d'hydropathie
Mettre en évidence l'autoreploiement des protéines par l'expérience de Afinsen (1957)
Expliquer le()s rôle(s) de chaque type de liaison faible (ponts salins, liaison H, de Van der Waals, hydrophobe) dans la S3D des protéines et donner si possible un ordre de grandeur des forces mise en jeux
Représenter un feuillet parallèle/antiparallèle avec échelle et liaisons H
Représenter une hélice avec échelle et liaisons H en C.L. et C.T. (résidus en périphérie)
Donner les caractéristiques générales des protéines de structure et citer un ex. en feuillets et un ex.
en hélices
CAS particulier d'un TRANSPORTEUR : Hb :
Représenter la SIII de la myoglobine (avec les 8 hélices ) et représenter l'hème (4 noyaux pyrrol)
Représenter et comparer les courbes de cinétique d'oxygénation de Mb et Hb (sans effecteurs) : définir la notion d'allostérie, de transition entre les états T / R
Interpréter au niveau moléculaire le transition T/R lors de la fixation de O2 sur Hb
Représenter et comparer les courbes de cinétique d'oxygénation de Hb avec et sans effecteurs : définir la notion d'effecteur. Positionner le site de fixation du 2,3 BPG sur Hb.
Représenter et comparer les courbes de cinétique d'oxygénation de Hb avec effecteurs positifs et négatifs : définir la notion d'effecteur positif / négatif / homotrope / hétérotrope et donner un exemple de chaque
Interpréter la régulation allostérique de la fixation de O2 sur Hb dans les conditions physiologiques (capillaires des poumons / des muscles)
CAS particulier d'une enzyme : l'ATCase
Citer la voie métabolique à laquelle participe l'ACase et rappeler ses 2 substrats et son activité catalytique
Représenter SIV de l'ATCase (6C+6R)
Représenter et comparer les courbes de cinétique enzymatique de ATCase en fonction de [Asp]
avec effecteurs positifs et négatifs : dégager la notion d'allostérie
Citer un effecteur positif / négatif de l'ATCase et replacer les différents effecteurs dans les voies métaboliques des NTP
Illustrer la transition T (fermée) /R (ouverte) de l'ATCase et positionner les sites de fixation des effecteurs
