Pour la confection du souchier humain, nous avons ciblé le Service de microbiologie (Laboratoire de bactériologie) du CHU de Constantine qui reçoit toutes sortes de prélèvements biologiques en provenance des divers services du CHU de Constantine (Annexe 37, Annexe 38), afin de récolter un maximum d’Isolats d’E. coli et obtenir ainsi un échantillonnage important de souches multirésistantes d’Escherichia coli.
C1.1 Paramètres cliniques
Une fiche d’identification du prélèvement, appelée « Fiche descriptive du souchier d’E.coli humain », est établie pour définir la traçabilité (depuis le service source jusqu’au service de réception) de chaque prélèvement (Annexe 37, Annexe 38), et comprend : le service de provenance, la nature du prélèvement, ainsi que l’identification du patient (nom et prénom, âge et sexe du patient). Pour préserver l’identité du patient, son nom et son prénom sont remplacés par un numéro de série (Annexe 37, Annexe 38). C’est à travers tous ces éléments recueillis que nous avons fixé les paramètres cliniques suivants :
C1.1.1 Service de provenance du prélèvement biologique : ce paramètre nous permet de distinguer les patients hospitalisés pouvant contracter des infections nosocomiales (ou infections intra-hospitalières) des patients ambulatoires contractant des infections de type communautaires seulement (ou infections extra-hospitalières) et de se faire une idée exacte sur l’antibiothérapie (Annexe 37, Annexe 38).
C1.1.2 Nature du prélèvement biologique : il est capital de définir la nature ou l’origine biologique exacte du prélèvement afin de déterminer les sites anatomiques infectieux les plus significativement atteints (Annexe 37, Annexe 38).
C1.1.3 Age du patient : nous avons souhaité regrouper nos prélèvements selon des catégories d’âge suivantes : nouveau-nés, nourrissons, enfants, adolescents, adultes, personnes âgées ; mais face à la complexité des définitions pour indiquer et identifier les tranches d’âges
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respectives à ces différentes catégories, nous avons préféré les regrouper directement et juste après la première tranche (représentant la première année de vie), par des tranches de 10 ans comme ceci : 1ère tranche (0 - 1an), 2ème tranche (>1an - 10ans), 3ème tranche (>10ans - 20ans), 4ème tranche (>20ans - 30ans), 5ème tranche (>30ans - 40ans), 6ème tranche (>40ans - 50ans), 7ème tranche (>50 - 60ans), 8ème tranche (>60ans - 70ans), 9ème tranche (>70ans - 80ans), 10ème tranche (>80ans - 90ans), 11ème tranche (>90ans - 100ans), 12ème tranche (>100ans) (Annexe 37, Annexe 38).
C1.1.4 Sexe du patient : ce paramètre nous permet d’établir un ratio « Féminin/Masculin » global mais également un ratio « Féminin/Masculin » spécifique selon la nature du prélèvement et l’âge (ou tranche d’âge) des patients (Annexe 37, Annexe 38).
C1.2 Prélèvements biologiques « Tout-venants »
Des prélèvements biologiques « tout-venant », réalisés sur des patients du CHU de Constantine (Hospitaliers et ambulatoires), sont tous acheminés vers le laboratoire de bactériologie (Service de Microbiologie du CHU de Constantine), où ils sont orientés vers l’une des quatre paillasses composant le service de microbiologie (Bactériologie Générale, Uroculture, Coproculture et Hémoculture) pour y être analysé, selon la nature du prélèvement et les examens microbiologiques demandés. C’est au niveau de chaque paillasse que les isolats d’E.coli « tout-venant » sont récoltés à partir de ces prélèvements biologiques, après avoir subi des analyses d’isolement et d’identification biochimiques et un antibiotypage de routine propre au laboratoire de bactériologie. A l’issu de cette dernière étape, chaque isolat d’E. coli, présentant une multirésistance aux divers antibiotiques composant l’antibiogramme de routine, est retenu pour confectionner le souchier d’E. coli humain de notre étude (Annexe 38).
Cette récolte s’est faite sur deux périodes bien distinctes :
- 1ère période (début Octobre 2008 jusqu’à fin Aout 2009) : sur 11 mois, on a récolté 1152 isolats d’E.coli « tout-venant ».
- 2ème période (début Aout 2012 jusqu’à fin Décembre 2012) : sur 05 mois, on a récolté 619 isolats d’E.coli « tout-venant ».
Au total, 1771 isolats d’E.coli ont été récoltés (Annexe 42) au sein du laboratoire de bactériologie (Service de Microbiologie du CHU de Constantine) pour subir de nouveau, des analyses bactériologiques et antibiotypiques spécifiques à notre étude.
C1.3 Analyses bactériologiques
On procède, comme pour le souchier aviaire, à des analyses bactériologiques à partir de culture pure d’E. coli sur Milieu Hektoen (Institut Pasteur d’Algérie) ou Mac Conkey (Biomerieux, Marcy-l’Etoile, France). Après analyses d’isolement et d’identification, on effectue une confirmation biochimique (du profil numérique) par la galerie API20E des 1771 isolats d’E.coli « tout-venant », avant de réaliser leur étude antibiotypique.
C1.4 Antibiogramme
De la même manière que pour les souches d’E. coli aviaires, l’Antibiotypage des 1771 souches d’E. coli humaines isolées est réalisé sur milieu de Mueller-Hinton selon la méthode standardisée de diffusion d’antibiotiques en disque sur gélose et interprété selon le
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« Référentiel Standard » de l’étude (Annexe 12) pour l’évaluation de l’antibiorésistance vs sensibilité.
C1.4.1 Réalisation de l’antibiogramme
Comme pour le précédent souchier, un premier antibiogramme de contrôle est réalisé, testant Trente six antibiotiques sur la souche de référence E. coli ATCC 25922 du laboratoire de microbiologie du CHU de Constantine : Acide Nalidixique, Amikacine, Amoxicilline+AcideClavulanique, Ampicilline, Aztréonam, Céfalotine, Céfazoline, Céfepime, Céfixime, Céfotaxime, Céfoxitine, Céftazidime, Ceftriaxone, Chloramphénicol, Ciprofloxacine, Colistine, Doxyciline, Enrofloxacine, Ertapeneme, Fosfomycine, Gentamicine, Imipénème, Kanamycine, Minocycline, Nétilmicine, Nitrofurantoines, Norfloxacine, Ofloxacine, Pipéracilline, Streptomycine, Sulfonamides, Tetracycline, Ticarcilline, Tobramycine, Trimethoprime, Trimethoprime+Sulfamethoxazole (Lezzar, 2006). Un second antibiogramme est effectué, testant Quarante antibiotiques sur les 1771 souches d’E. coli humaines isolées : Acide Nalidixique, Amikacine, Amoxicilline, Amoxicilline+AcideClavulanique, Ampicilline, Aztréonam, Céfalexine, Céfalotine, Céfazoline, Céfepime, Céfixime, Céfotaxime, Céfoxitine, Céftazidime, Ceftriaxone, Chloramphénicol, Ciprofloxacine, Colistine, Doxyciline, Enrofloxacine, Ertapeneme, Flumequine, Fosfomycine, Gentamicine, Imipénème, Kanamycine, Minocycline, Nétilmicine, Nitrofurantoines, Norfloxacine, Ofloxacine, Pefloxacine, Pipéracilline, Streptomycine, Sulfonamides, Tetracycline, Ticarcilline, Tobramycine, Trimethoprime, Trimethoprime+Sulfamethoxazole (Annexe 01).
C1.4.2 Interprétation de l’antibiogramme
Comme pour le souchier aviaire, c’est sur la base du « Référentiel standard de l’étude » que l’on interprète les résultats de l’antibiogramme de contrôle et de l’antibiogramme des souches humaines d’Escherichia isolées.
La sensibilité de la souche de référence est évaluée selon les valeurs retenues concernant les « Valeurs limites des diamètres des zones d’inhibition pour la souche de référence E. coli ATCC 25922 utilisée pour le contrôle de qualité » (Annexe 13), alors que la sensibilité des souches d’E. coli humaines est évaluée selon les valeurs retenues concernant les « Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour les Entérobactéries » (Annexe 12).
Remarque : Comme cela a été rapporté, au tout début de cette partie pratique (cf. II. Elaboration du référentiel standard de l’étude : Remarque 3), seules les souches d’E. coli humaines présentant une multirésistance « sans valeur intermédiaire » seront retenues et mentionnées dans cette étude. Les souches multirésistantes « avec valeurs intermédiaires » quant à elles, n’y figureront pas (Annexe 42).
C2. RESULTATS
C’est à partir des paramètres étudiés ainsi que des 1771 prélèvements récoltés et des 125 isolats d’E. coli retenus pour l’étude (Annexe 38, Annexe 42), que nous obtenons les résultats cliniques et bactériologiques suivants :
C2.1 Résultats cliniques
Selon les paramètres cliniques enregistrés, établis au début de l’étude du souchier humain et collectés à partir des différents prélèvements biologiques provenant des différents services du CHU de Constantine, nous constatons ce qui suit :
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C2.1.1 Service de provenance du prélèvement biologique
Les 125 isolats d’E. coli MR (multirésistantes) proviennent des services suivants : 29% des Traitements Ambulatoires (TA), 14% du Centre des Prélèvements (CP), 11% de l’Infectieux (Inf), 7% de la Chirurgie (Chr), 6% de la Médecine Interne (MI), 6% de la Réanimation (Rea), 4% de la Pédiatrie (Ped), 2% de la Neurologie (Neu), 2% de la Pneumologie (Pnm), 2% de l’Endocrinologie (End), 2% de l’Orthopédie (Ort), 2% de la Gynécologie (Gyn), 2% de la Nurserie (Nur), 2% de la Dermatologie (Der), 2% de la Réanimation des Urgences Chirurgicales (RUC), 1% de la Médecine Légale (ML), 1% de l’Epidémiologie (Epd), 1% de l’Ophtalmologie (Oph), 1% de l’Oncologie (Onc), 1% de l’Oto Rhino Laryngologie (ORL), 1% de la Gastro-Enterologie (G-E), 1% de la Maternité (Mat), 1% de l’Hématologie (Hmt), 1% de l’Hémodialyse (Hmd), 1% des Urgences Médicales (UrMd), 1% des Urgences Chirurgicales (UrCh) et 1% du Centre des Brûlés (CBr). (Figure 23, Annexe 38).
Il est à noter que plus d’un quart de ces prélèvements provient de patients ambulatoires contre presque trois quarts pour les patients hospitalisés (Figure 23, Annexe 38).
Figure 23. Souches d’Escherichia coli MR isolées selon le service hospitalier
C2.1.2 Nature du prélèvement biologique
Ces isolats d’E. coli MR (multirésistantes) proviennent des prélèvements biologiques suivants : 71% des urines, 10% du pus, 9% des matières fécales, 4% du sang, 4% de ponction péritonéale, 1% de ponction pleurale et 1% de prélèvement ombilical. (Figure 24, Annexe 38). Ces isolats sont à majorité écrasante d’origine urinaire et à moindre degré d’origine fécale et purulente (pus) (Figure 24, Annexe 38).
TA 29% CP 14% MI 6% ML 1% Neu 2% Inf 11% Pnm 2% End 2% Epd 1% Oph 1% Ort 2% Onc 1% ORL 1% G-E 1% Gyn 2% Mat 1% Nur 2% Ped 4% Hmt 1% Hmd 1% Der 2% Chr 7% UrMd 1% UrCh 1% Rea 6% RUC 2% CBr
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Figure 24. Souches d’Escherichia coli MR isolées selon la nature biologique du prélèvement
C2.1.3 Age du patient
Ces souches d’E. coli Multirésistantes proviennent, à pourcentages différents et décroissants, des tranches d’âge suivantes : 21% pour la 5ème tranche (>30-40 ans), 19% pour la 4ème tranche (>20-30 ans), 11% pour la 3ème tranche (>10-20 ans), 10% pour la 7ème tranche (>50-60 ans) et pour la 8ème tranche (>60-70 ans), 8% pour la 2ème tranche (>1-10 ans), 7% pour la 6ème tranche (>40-50 ans), 6% pour la 9ème tranche (>70-80 ans) et 4% pour la 1ère tranche (0-1an) ainsi que pour la 10ème tranche (>80-90ans). (Figure 25, Annexe 38).
A première vue, la multirésistance touche majoritairement les jeunes et les adultes et minoritairement les plus âgés et les plus jeunes (donc les plus vulnérables), mais d’une manière générale, il est difficile de rattacher ce pourcentage d’apparition de la multirésistance à une tranche d’âge bien définie (Figure 25, Annexe 38).
Figure 25. Souches d’Escherichia coli MR isolées selon la tranche d’âge du patient Urines 71% Matières Fecales 9% Pus