Module ASB. Examen de rattrapage Mars 2007. Dur´ee 2h.
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T´el´ephones portables ´eteints et rang´es dans vos sacs
Exercice 1 (2 points)
Expliquer le processus de construction des matrices de substitution `a partir de donn´ees r´eelles.
Indiquer les hypoth`eses de construction et les probl´ematiques associ´ees.
1
D´ecrire les ´etapes principales de l’algorithme d’alignement multiple CLUSTALW.
2
Donner la d´efinition de motif, de profile et de consensus, ainsi que un exemple de fonction de score pour l’evaluation de la distance entre motifs.
3
Donner un algorithme Branch-and-Bound pour la d´etection d’un motif inconnu dansns´equences.
4
D´ecrire l’algorithme de Nussinov pour la pr´ediction de structures secondaires d’ARN.
5
Expliquer comment la composante al´eatoire est utilis´ee dans les algorithmes de recherche de motifs dans les s´equences.
6
