LES GASTRO-ENTERITES VIRALES

UNIVERSITE MOHAMMED V

FACULTE DE MEDECINE ET DE

ANNEE : 2019

LES GASTRO

Présentée et soutenue publiquement le

Mlle

Née le

Pour l'Obtention du Diplôme de

Docteur en Médecine

MOTS CLES :

Gastro-entérite aiguë, virus, diarrhée, réhydratation, vaccination

Mr M. ZOUHDI

Professeur de Microbiologie

Mr T. DOUBLALI

Professeur de Microbiologie

Mr R. ABLIKASSEM

Professeur de Pédiatrie

Mr Y. SEKHSOKH

Professeur de Microbiologie

UNIVERSITE MOHAMMED V-RABAT

FACULTE DE MEDECINE ET DE

PHARMACIE RABAT

THESE N°:

LES GASTRO-ENTÉRITES

VIRALES

THESE

Présentée et soutenue publiquement le : ………..

PAR

Mlle Hafsa Al-Hassanate LOKMAN

Née le 22 Janvier 1995 à Rabat

Pour l'Obtention du Diplôme de

Docteur en Médecine

entérite aiguë, virus, diarrhée, réhydratation, vaccination

PRESIDENT

Microbiologie

RAPPORTEUR

Microbiologie

Pédiatrie

Microbiologie

JUGES

THESE N°: 464

ENTÉRITES

………..

entérite aiguë, virus, diarrhée, réhydratation, vaccination

PRESIDENT

RAPPORTEUR

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٨٥

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DOYENS HONORAIRES :

1962 – 1969 : ProfesseurAbdelmalek FARAJ 1969 – 1974 : Professeur Abdellatif BERBICH 1974 – 1981 : Professeur Bachir LAZRAK 1981 – 1989 : Professeur Taieb CHKILI

1989 – 1997 : Professeur Mohamed Tahar ALAOUI 1997 – 2003 : Professeur Abdelmajid BELMAHI 2003 – 2013 : Professeur Najia HAJJAJ – HASSOUNI

ADMINISTRATION :

Doyen

Professeur Mohamed ADNAOUI

Vice Doyen chargé des Affaires Académiques et estudiantines Professeur Brahim LEKEHAL

Vice Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération Professeur Taoufiq DAKKA

Vice Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie Professeur Jamal TAOUFIK

Secrétaire Général

Mr. Mohamed KARRA

UNIVERSITE MOHAMMED V

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE RABAT

1-

ENSEIGNANTS-CHERCHEURS MEDECINS ET PHARMACIENS

PROFESSEURS :

Décembre 1984

Pr. MAAOUNI Abdelaziz Médecine Interne – Clinique Royale

Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation

Pr. SETTAF Abdellatif pathologie Chirurgicale

Novembre et Décembre 1985

Pr. BENSAID Younes Pathologie Chirurgicale

Janvier, Février et Décembre 1987

Pr. LACHKAR Hassan Médecine Interne

Pr. YAHYAOUI Mohamed Neurologie

Décembre 1989

Pr. ADNAOUI Mohamed Médecine Interne –Doyen de la FMPR

Pr. OUAZZANI Taïbi Mohamed Réda Neurologie

Janvier et Novembre 1990

Pr. HACHIM Mohammed* Médecine-Interne

Pr. KHARBACH Aîcha Gynécologie -Obstétrique

Pr. TAZI Saoud Anas Anesthésie Réanimation

Février Avril Juillet et Décembre 1991

Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation –Doyen de la FMPO

Pr. BAYAHIA Rabéa Néphrologie

Pr. BELKOUCHI Abdelkader Chirurgie Générale

Pr. BENCHEKROUN Belabbes Abdellatif Chirurgie Générale

Pr. BENSOUDA Yahia Pharmacie galénique

Pr. BERRAHO Amina Ophtalmologie

Pr. BEZZAD Rachid Gynécologie ObstétriqueMéd Chef Maternité des Orangers

Pr. CHERRAH Yahia Pharmacologie

Pr. CHOKAIRI Omar Histologie Embryologie

Pr. KHATTAB Mohamed Pédiatrie

Pr. SOULAYMANI Rachida Pharmacologie – Dir. du Centre National PV Rabat

Pr. TAOUFIK Jamal Chimie thérapeutique V.D à la pharmacie+Dir

duCEDOC+Directeur du Médicament

Décembre 1992

Pr. AHALLAT Mohamed Chirurgie Générale Doyen de FMPT

Pr. BENSOUDA Adil Anesthésie Réanimation

Pr. CHAHED OUAZZANI Laaziza Gastro-Entérologie

Pr. CHRAIBI Chafiq Gynécologie Obstétrique

Pr. EL OUAHABI Abdessamad Neurochirurgie

Pr. GHAFIR Driss* Médecine Interne

Pr. JIDDANE Mohamed Anatomie

Pr. TAGHY Ahmed Chirurgie Générale

Pr. ZOUHDI Mimoun Microbiologie

Mars 1994

Pr. BENJAAFAR Noureddine Radiothérapie

Pr. BEN RAIS Nozha Biophysique

Pr. CAOUI Malika Biophysique

Pr. CHRAIBI Abdelmjid Endocrinologie et Maladies Métaboliques Doyen de la

FMPA

Pr. EL AMRANI Sabah Gynécologie Obstétrique

Pr. EL BARDOUNI Ahmed Traumato-Orthopédie

Pr. EL HASSANI My Rachid Radiologie

Pr. ERROUGANI Abdelkader Chirurgie Générale- Directeur CHIS -Rabat

Pr. ESSAKALI Malika Immunologie

Pr. ETTAYEBI Fouad Chirurgie Pédiatrique

Pr. HASSAM Badredine Dermatologie

Pr. IFRINE Lahssan Chirurgie Générale

Pr. MAHFOUD Mustapha Traumatologie – Orthopédie

Pr. RHRAB Brahim Gynécologie –Obstétrique

Pr. SENOUCI Karima Dermatologie

Mars 1994

Pr. ABBAR Mohamed* Urologie Directeur Hôpital My Ismail Meknès

Pr. ABDELHAK M’barek Chirurgie – Pédiatrique

Pr. BENTAHILA Abdelali Pédiatrie

Pr. BENYAHIA Mohammed Ali Gynécologie – Obstétrique

Pr. BERRADA Mohamed Saleh Traumatologie – Orthopédie

Pr. CHERKAOUI Lalla Ouafae Ophtalmologie

Pr. LAKHDAR Amina Gynécologie Obstétrique

Pr. MOUANE Nezha Pédiatrie

Mars 1995

Pr. ABOUQUAL Redouane Réanimation Médicale

Pr. AMRAOUI Mohamed Chirurgie Générale

Pr. BAIDADA Abdelaziz Gynécologie Obstétrique

Pr. BARGACH Samir Gynécologie Obstétrique

Pr. DRISSI KAMILI Med Nordine* Anesthésie Réanimation

Pr. EL MESNAOUI Abbes Chirurgie Générale

Pr. ESSAKALI HOUSSYNI Leila Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. HDA Abdelhamid* Cardiologie -Directeur du Service de Santé des FAR

Pr. IBEN ATTYA ANDALOUSSI Ahmed Urologie

Pr. OUAZZANI CHAHDI Bahia Ophtalmologie

Pr. SEFIANI Abdelaziz Génétique

Décembre 1996

Pr. AMIL Touriya* Radiologie

Pr. BELKACEM Rachid Chirurgie Pédiatrie

Pr. BOULANOUAR Abdelkrim Ophtalmologie

Pr. EL ALAMI EL FARICHA EL Hassan Chirurgie Générale

Pr. GAOUZI Ahmed Pédiatrie

Pr. MAHFOUDI M’barek* Radiologie

Pr. OUZEDDOUN Naima Néphrologie

Pr. ZBIR EL Mehdi* Cardiologie Directeur Hôp. Mil.d’Instruction Med V Rabat

Novembre 1997

Pr. ALAMI Mohamed Hassan Gynécologie-Obstétrique

Pr. BEN SLIMANE Lounis Urologie

Pr. BIROUK Nazha Neurologie

Pr. ERREIMI Naima Pédiatrie

Pr. FELLAT Nadia Cardiologie

Pr. KADDOURI Noureddine Chirurgie Pédiatrique

Pr. KOUTANI Abdellatif Urologie

Pr. LAHLOU Mohamed Khalid Chirurgie Générale

Pr. MAHRAOUI CHAFIQ Pédiatrie

Pr. TAOUFIQ Jallal Psychiatrie Directeur Hôp. Arrazi Salé

Pr. YOUSFI MALKI Mounia Gynécologie Obstétrique

Novembre 1998

Pr. BENOMAR ALI Neurologie – Doyen de la FMP Abulcassis

Pr. BOUGTAB Abdesslam Chirurgie Générale

Pr. ER RIHANI Hassan Oncologie Médicale

Pr. BENKIRANE Majid* Hématologie

Janvier 2000

Pr. ABID Ahmed* Pneumophtisiologie

Pr. AIT OUMAR Hassan Pédiatrie

Pr. BENJELLOUN Dakhama Badr.Sououd Pédiatrie

Pr. BOURKADI Jamal-Eddine Pneumo-phtisiologie Directeur Hôp. My Youssef

Pr. CHARIF CHEFCHAOUNI Al Montacer Chirurgie Générale

Pr. ECHARRAB El Mahjoub Chirurgie Générale

Pr. EL FTOUH Mustapha Pneumo-phtisiologie

Pr. EL MOSTARCHID Brahim* Neurochirurgie

Pr. MAHMOUDI Abdelkrim* Anesthésie-Réanimation

Pr. TACHINANTE Rajae Anesthésie-Réanimation

Pr. TAZI MEZALEK Zoubida Médecine Interne

Novembre 2000

Pr. AIDI Saadia Neurologie

Pr. AJANA Fatima Zohra Gastro-Entérologie

Pr. BENAMR Said Chirurgie Générale

Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Selma Anesthésie-Réanimation

Pr. EL HASSANI Amine Pédiatrie Directeur Hôp. Chekikh Zaied

Pr. EL KHADER Khalid Urologie

Pr. EL MAGHRAOUI Abdellah* Rhumatologie

Pr. GHARBI Mohamed El Hassan Endocrinologie et Maladies Métaboliques

Pr. MDAGHRI ALAOUI Asmae Pédiatrie

Pr. ROUIMI Abdelhadi* Neurologie

Décembre 2000

Pr. ZOHAIR ABDELAH* ORL

Décembre 2001

Pr. BALKHI Hicham* Anesthésie-Réanimation

Pr. BENABDELJLIL Maria Neurologie

Pr. BENAMAR Loubna Néphrologie

Pr. BENAMOR Jouda Pneumo-phtisiologie

Pr. BENELBARHDADI Imane Gastro-Entérologie

Pr. BENNANI Rajae Cardiologie

Pr. BENOUACHANE Thami Pédiatrie

Pr. BEZZA Ahmed* Rhumatologie

Pr. BOUCHIKHI IDRISSI Med Larbi Anatomie

Pr. BOUMDIN El Hassane* Radiologie

Pr. CHAT Latifa Radiologie

Pr. DAALI Mustapha* Chirurgie Générale

Pr. DRISSI Sidi Mourad* Radiologie

Pr. EL HIJRI Ahmed Anesthésie-Réanimation

Pr. EL MAAQILI Moulay Rachid Neuro-Chirurgie

Pr. EL MADHI Tarik Chirurgie-Pédiatrique

Pr. EL OUNANI Mohamed Chirurgie Générale

Pr. ETTAIR Said Pédiatrie Directeur. Hôp.d’Enfants Rabat

Pr. GAZZAZ Miloudi* Neuro-Chirurgie

Pr. HRORA Abdelmalek Chirurgie Générale

Pr. KABBAJ Saad Anesthésie-Réanimation

Pr. KABIRI EL Hassane* Chirurgie Thoracique

Pr. LAMRANI Moulay Omar Traumatologie Orthopédie

Pr. LEKEHAL Brahim Chirurgie Vasculaire Périphérique

Pr. MAHASSIN Fattouma* Médecine Interne

Pr. MEDARHRI Jalil Chirurgie Générale

Pr. MIKDAME Mohammed* Hématologie Clinique

Pr. MOHSINE Raouf Chirurgie Générale

Pr. NOUINI Yassine Urologie Directeur Hôpital Ibn Sina

Pr. SABBAH Farid Chirurgie Générale

Pr. SEFIANI Yasser Chirurgie Vasculaire Périphérique

Décembre 2002

Pr. AL BOUZIDI Abderrahmane* Anatomie Pathologique

Pr. AMEUR Ahmed * Urologie

Pr. AMRI Rachida Cardiologie

Pr. AOURARH Aziz* Gastro-Entérologie

Pr. BAMOU Youssef * Biochimie-Chimie

Pr. BELMEJDOUB Ghizlene* Endocrinologie et Maladies Métaboliques

Pr. BENZEKRI Laila Dermatologie

Pr. BENZZOUBEIR Nadia Gastro-Entérologie

Pr. BERNOUSSI Zakiya Anatomie Pathologique

Pr. BICHRA Mohamed Zakariya* Psychiatrie

Pr. CHOHO Abdelkrim * Chirurgie Générale

Pr. CHKIRATE Bouchra Pédiatrie

Pr. EL ALAMI EL FELLOUS Sidi Zouhair Chirurgie Pédiatrique

Pr. EL HAOURI Mohamed * Dermatologie

Pr. FILALI ADIB Abdelhai Gynécologie Obstétrique

Pr. HAJJI Zakia Ophtalmologie

Pr. IKEN Ali Urologie

Pr. JAAFAR Abdeloihab* Traumatologie Orthopédie

Pr. KRIOUILE Yamina Pédiatrie

Pr. MABROUK Hfid* Traumatologie Orthopédie

Pr. MOUSSAOUI RAHALI Driss* Gynécologie Obstétrique

Pr. OUJILAL Abdelilah Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. RACHID Khalid * Traumatologie Orthopédie

Pr. RAISS Mohamed Chirurgie Générale

Pr. RGUIBI IDRISSI Sidi Mustapha* Pneumophtisiologie

Pr. RHOU Hakima Néphrologie

Pr. SIAH Samir * Anesthésie Réanimation

Pr. THIMOU Amal Pédiatrie

Pr. ZENTAR Aziz* Chirurgie Générale

Janvier 2004

Pr. ABDELLAH El Hassan Ophtalmologie

Pr. AMRANI Mariam Anatomie Pathologique

Pr. BENBOUZID Mohammed Anas Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. BENKIRANE Ahmed* Gastro-Entérologie

Pr. BOUGHALEM Mohamed* Anesthésie Réanimation

Pr. BOULAADAS Malik Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale

Pr. BOURAZZA Ahmed* Neurologie

Pr. CHAGAR Belkacem* Traumatologie Orthopédie

Pr. CHERRADI Nadia Anatomie Pathologique

Pr. EL FENNI Jamal* Radiologie

Pr. EL HANCHI ZAKI Gynécologie Obstétrique

Pr. EL KHORASSANI Mohamed Pédiatrie

Pr. EL YOUNASSI Badreddine* Cardiologie

Pr. JABOUIRIK Fatima Pédiatrie

Pr. KHARMAZ Mohamed Traumatologie Orthopédie

Pr. MOUGHIL Said Chirurgie Cardio-Vasculaire

Pr. OUBAAZ Abdelbarre* Ophtalmologie

Pr. TARIB Abdelilah* Pharmacie Clinique

Pr. TIJAMI Fouad Chirurgie Générale

Pr. ZARZUR Jamila Cardiologie

Janvier 2005

Pr. ABBASSI Abdellah Chirurgie Réparatrice et Plastique

Pr. AL KANDRY Sif Eddine* Chirurgie Générale

Pr. ALLALI Fadoua Rhumatologie

Pr. AMAZOUZI Abdellah Ophtalmologie

Pr. AZIZ Noureddine* Radiologie

Pr. BAHIRI Rachid Rhumatologie Directeur. Hôp. Al Ayachi Salé

Pr. BARKAT Amina Pédiatrie

Pr. BENYASS Aatif Cardiologie

Pr. DOUDOUH Abderrahim* Biophysique

Pr. EL HAMZAOUI Sakina* Microbiologie

Pr. HAJJI Leila Cardiologie (mise en disponibilité)

Pr. HESSISSEN Leila Pédiatrie

Pr. JIDAL Mohamed* Radiologie

Pr. LAAROUSSI Mohamed Chirurgie Cardio-vasculaire

Pr. LYAGOUBI Mohammed Parasitologie

Pr. RAGALA Abdelhak Gynécologie Obstétrique

Pr. SBIHI Souad Histo-Embryologie Cytogénétique

Pr. ZERAIDI Najia Gynécologie Obstétrique

Avril 2006

Pr. ACHEMLAL Lahsen* Rhumatologie

Pr. AKJOUJ Said* Radiologie

Pr. BELMEKKI Abdelkader* Hématologie

Pr. BENCHEIKH Razika O.R.L

Pr. BIYI Abdelhamid* Biophysique

Pr. BOUHAFS Mohamed El Amine Chirurgie - Pédiatrique

Pr. BOULAHYA Abdellatif* Chirurgie Cardio – Vasculaire

Pr. CHENGUETI ANSARI Anas Gynécologie Obstétrique

Pr. DOGHMI Nawal Cardiologie

Pr. FELLAT Ibtissam Cardiologie

Pr. FAROUDY Mamoun Anesthésie Réanimation

Pr. HARMOUCHE Hicham Médecine Interne

Pr. HANAFI Sidi Mohamed* Anesthésie Réanimation

Pr. IDRISS LAHLOU Amine* Microbiologie

Pr. JROUNDI Laila Radiologie

Pr. KARMOUNI Tariq Urologie

Pr. KISRA Hassan Psychiatrie

Pr. KISRA Mounir Chirurgie – Pédiatrique

Pr. LAATIRIS Abdelkader* Pharmacie Galénique

Pr. LMIMOUNI Badreddine* Parasitologie

Pr. MANSOURI Hamid* Radiothérapie

Pr. OUANASS Abderrazzak Psychiatrie

Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie

Pr. SEKKAT Fatima Zahra Psychiatrie

Pr. SOUALHI Mouna Pneumo – Phtisiologie

Pr. TELLAL Saida* Biochimie

Pr. ZAHRAOUI Rachida Pneumo – Phtisiologie

Decembre 2006

Pr SAIR Khalid Chirurgie générale Dir. Hôp.Av.Marrakech

Octobre 2007

Pr. ABIDI Khalid Réanimation médicale

Pr. ACHACHI Leila Pneumo phtisiologie

Pr. ACHOUR Abdessamad* Chirurgie générale

Pr. AIT HOUSSA Mahdi* Chirurgie cardio vasculaire

Pr. AMHAJJI Larbi* Traumatologie orthopédie

Pr. AOUFI Sarra Parasitologie

Pr. BAITE Abdelouahed* Anesthésie réanimation Directeur ERSSM

Pr. BALOUCH Lhousaine* Biochimie-chimie

Pr. BENZIANE Hamid* Pharmacie clinique

Pr. BOUTIMZINE Nourdine Ophtalmologie

Pr. CHARKAOUI Naoual* Pharmacie galénique

Pr. EHIRCHIOU Abdelkader* Chirurgie générale

Pr. EL BEKKALI Youssef * Chirurgie cardio-vasculaire

Pr. ELABSI Mohamed Chirurgie générale

Pr. EL MOUSSAOUI Rachid Anesthésie réanimation

Pr. EL OMARI Fatima Psychiatrie

Pr. GHARIB Noureddine Chirurgie plastique et réparatrice

Pr. HADADI Khalid* Radiothérapie

Pr. ICHOU Mohamed* Oncologie médicale

Pr. ISMAILI Nadia Dermatologie

Pr. KEBDANI Tayeb Radiothérapie

Pr. LALAOUI SALIM Jaafar* Anesthésie réanimation

Pr. LOUZI Lhoussain* Microbiologie

Pr. MADANI Naoufel Réanimation médicale

Pr. MAHI Mohamed* Radiologie

Pr. MARC Karima Pneumo phtisiologie

Pr. MASRAR Azlarab Hématologie biologique

Pr. MRANI Saad* Virologie

Pr. OUZZIF Ez zohra* Biochimie-chimie

Pr. RABHI Monsef* Médecine interne

Pr. SEFFAR Myriame Microbiologie

Pr. SEKHSOKH Yessine* Microbiologie

Pr. SIFAT Hassan* Radiothérapie

Pr. TABERKANET Mustafa* Chirurgie vasculaire périphérique

Pr. TACHFOUTI Samira Ophtalmologie

Pr. TAJDINE Mohammed Tariq* Chirurgie générale

Pr. TANANE Mansour* Traumatologie orthopédie

Pr. TLIGUI Houssain Parasitologie

Pr. TOUATI Zakia Cardiologie

Décembre 2008

Pr TAHIRI My El Hassan* Chirurgie Générale

Mars 2009

Pr. ABOUZAHIR Ali* Médecine interne

Pr. AGDR Aomar* Pédiatre

Pr. AIT ALI Abdelmounaim* Chirurgie Générale

Pr. AIT BENHADDOU El hachmia Neurologie

Pr. AKHADDAR Ali* Neuro-chirurgie

Pr. ALLALI Nazik Radiologie

Pr. AMINE Bouchra Rhumatologie

Pr. ARKHA Yassir Neuro-chirurgie Directeur Hôp.des Spécialités

Pr. BELYAMANI Lahcen* Anesthésie Réanimation

Pr. BJIJOU Younes Anatomie

Pr. BOUHSAIN Sanae* Biochimie-chimie

Pr. BOUI Mohammed* Dermatologie

Pr. BOUNAIM Ahmed* Chirurgie Générale

Pr. BOUSSOUGA Mostapha* Traumatologie orthopédique

Pr. CHTATA Hassan Toufik* Chirurgie vasculaire périphérique

Pr. DOGHMI Kamal* Hématologie clinique

Pr. EL MALKI Hadj Omar Chirurgie Générale

Pr. EL OUENNASS Mostapha* Microbiologie

Pr. ENNIBI Khalid* Médecine interne

Pr. FATHI Khalid Gynécologie obstétrique

Pr. HASSIKOU Hasna * Rhumatologie

Pr. KABBAJ Nawal Gastro-entérologie

Pr. KABIRI Meryem Pédiatrie

Pr. KARBOUBI Lamya Pédiatrie

Pr. LAMSAOURI Jamal* Chimie Thérapeutique

Pr. MARMADE Lahcen Chirurgie Cardio-vasculaire

Pr. MESKINI Toufik Pédiatrie

Pr. MESSAOUDI Nezha * Hématologie biologique

Pr. MSSROURI Rahal Chirurgie Générale

Pr. NASSAR Ittimade Radiologie

Pr. OUKERRAJ Latifa Cardiologie

Octobre 2010

Pr. ALILOU Mustapha Anesthésie réanimation

Pr. AMEZIANE Taoufiq* Médecine interne

Pr. BELAGUID Abdelaziz Physiologie

Pr. CHADLI Mariama* Microbiologie

Pr. CHEMSI Mohamed* Médecine aéronautique

Pr. DAMI Abdellah* Biochimie chimie

Pr. DARBI Abdellatif* Radiologie

Pr. DENDANE Mohammed Anouar Chirurgie pédiatrique

Pr. EL HAFIDI Naima Pédiatrie

Pr. EL KHARRAS Abdennasser* Radiologie

Pr. EL MAZOUZ Samir Chirurgie plastique et réparatrice

Pr. EL SAYEGH Hachem Urologie

Pr. ERRABIH Ikram Gastro entérologie

Pr. LAMALMI Najat Anatomie pathologique

Pr. MOSADIK Ahlam Anesthésie Réanimation

Pr. MOUJAHID Mountassir* Chirurgie générale

Pr. NAZIH Mouna* Hématologie biologique

Pr. ZOUAIDIA Fouad Anatomie pathologique

Decembre 2010

Pr.ZNATI Kaoutar Anatomie Pathologique

Mai 2012

Pr. AMRANI Abdelouahed Chirurgie Pédiatrique

Pr. ABOUELALAA Khalil* Anesthésie Réanimation

Pr. BENCHEBBA Driss* Traumatologie Orthopédique

Pr. DRISSI Mohamed* Anesthésie Réanimation

Pr. EL ALAOUI MHAMDI Mouna Chirurgie Générale

Pr. EL KHATTABI Abdessadek* Médecine Interne

Pr. EL OUAZZANI Hanane* Pneumophtisiologie

Pr. ER-RAJI Mounir Chirurgie Pédiatrique

Pr. JAHID Ahmed Anatomie pathologique

Pr. MEHSSANI Jamal* Psychiatrie

Pr. RAISSOUNI Maha* Cardiologie

Février 2013

Pr. AHID Samir Pharmacologie – Chimie

Pr. AIT EL CADI Mina Toxicologie

Pr. AMRANI HANCHI Laila Gastro-Entérologie

Pr. AMOUR Mourad Anesthésie Réanimation

Pr. AWAB Almahdi Anesthésie Réanimation

Pr. BELAYACHI Jihane Réanimation Médicale

Pr. BELKHADIR Zakaria Houssain Anesthésie Réanimation

Pr. BENCHEKROUN Laila Biochimie-Chimie

Pr. BENKIRANE Souad Hématologie biologique

Pr. BENNANA Ahmed* Informatique Pharmaceutique

Pr. BENSGHIR Mustapha* Anesthésie Réanimation

Pr. BENYAHIA Mohammed* Néphrologie

Pr. BOUATIA Mustapha Chimie Analytique et Bromatologie

Pr. BOUABID Ahmed Salim* Traumatologie Orthopédie

Pr. BOUTARBOUCH Mahjouba Anatomie

Pr. CHAIB Ali* Cardiologie

Pr. DENDANE Tarek Réanimation Médicale

Pr. DINI Nouzha* Pédiatrie

Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Mohamed Ali Anesthésie Réanimation

Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Najwa Radiologie

Pr. ELFATEMI Nizare Neuro-Chirurgie

Pr. EL GUERROUJ Hasnae Médecine Nucléaire

Pr. EL HARTI Jaouad Chimie Thérapeutique

Pr. EL JOUDI Rachid* Toxicologie

Pr. EL KABABRI Maria Pédiatrie

Pr. EL KHANNOUSSI Basma Anatomie Pathologie

Pr. EL KHLOUFI Samir Anatomie

Pr. EL KORAICHI Alae Anesthésie Réanimation

Pr. EN-NOUALI Hassane* Radiologie

Pr. ERRGUIG Laila Physiologie

Pr. FIKRI Meryim Radiologie

Pr. GHFIR Imade Médecine Nucléaire

Pr. IMANE Zineb Pédiatrie

Pr. IRAQI Hind Endocrinologie et maladies métaboliques

Pr. KABBAJ Hakima Microbiologie

Pr. KADIRI Mohamed* Psychiatrie

Pr. LATIB Rachida Radiologie

Pr. MAAMAR Mouna Fatima Zahra Médecine Interne

Pr. MEDDAH Bouchra Pharmacologie

Pr. MELHAOUI Adyl Neuro-chirurgie

Pr. MRABTI Hind Oncologie Médicale

Pr. NEJJARI Rachid Pharmacognosie

Pr. OUBEJJA Houda Chirurgie Pédiatrique

Pr. RAHALI Younes Pharmacie Galénique

Pr. RATBI Ilham Génétique

Pr. RAHMANI Mounia Neurologie

Pr. REDA Karim* Ophtalmologie

Pr. REGRAGUI Wafa Neurologie

Pr. RKAIN Hanan Physiologie

Pr. ROSTOM Samira Rhumatologie

Pr. ROUAS Lamiaa Anatomie Pathologique

Pr. ROUIBAA Fedoua* Gastro-Entérologie

Pr. SALIHOUN Mouna Gastro-Entérologie

Pr. SAYAH Rochde Chirurgie Cardio-Vasculaire

Pr. SEDDIK Hassan* Gastro-Entérologie

Pr. ZERHOUNI Hicham Chirurgie Pédiatrique

Pr. ZINE Ali* Traumatologie Orthopédie

Avril 2013

Pr. EL KHATIB Mohamed Karim* Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale

MAI 2013

Pr.BOUSLIMAN Yassir Toxicologie

MARS 2014

Pr. ACHIR Abdellah Chirurgie Thoracique

Pr. BENCHAKROUN Mohammed * Traumatologie- Orthopédie

Pr. BOUCHIKH Mohammed Chirurgie Thoracique

Pr. EL KABBAJ Driss * Néphrologie

Pr. EL MACHTANI IDRISSI Samira * Biochimie-Chimie

Pr. HARDIZI Houyam Histologie- Embryologie-Cytogénétique

Pr. HASSANI Amale * Pédiatrie

Pr. HERRAK Laila Pneumologie

Pr. JANANE Abdellah * Urologie

Pr. JEAIDI Anass * Hématologie Biologique

Pr. KOUACH Jaouad* Génycologie-Obstétrique

Pr. LEMNOUER Abdelhay* Microbiologie

Pr. MAKRAM Sanaa * Pharmacologie

Pr. OULAHYANE Rachid* Chirurgie Pédiatrique

Pr. RHISSASSI Mohamed Jaafar CCV

Pr. SABRY Mohamed* Cardiologie

Pr. SEKKACH Youssef* Médecine Interne

Pr. TAZI MOUKHA Zakia Génécologie-Obstétrique

AVRIL 2014

PROFESSEURS AGREGES :

DECEMBRE 2014

Pr. ABILKASSEM Rachid* Pédiatrie

Pr. AIT BOUGHIMA Fadila Médecine Légale

Pr. BEKKALI Hicham * Anesthésie-Réanimation Pr. BENAZZOU Salma Chirurgie Maxillo-Faciale Pr. BOUABDELLAH Mounya Biochimie-Chimie

Pr. BOUCHRIK Mourad* Parasitologie Pr. DERRAJI Soufiane* Pharmacie Clinique Pr. DOBLALI Taoufik* Microbiologie Pr. EL AYOUBI EL IDRISSI Ali Anatomie

Pr. EL GHADBANE Abdedaim Hatim* Anesthésie-Réanimation Pr. EL MARJANY Mohammed* Radiothérapie

Pr. FEJJAL Nawfal Chirurgie Réparatrice et Plastique Pr. JAHIDI Mohamed* O.R.L

Pr. LAKHAL Zouhair* Cardiologie

Pr. OUDGHIRI Nezha Anesthésie-Réanimation

Pr. RAMI Mohamed Chirurgie Pédiatrique

Pr. SABIR Maria Psychiatrie

Pr. SBAI IDRISSI Karim* Médecine préventive, santé publique et Hyg.

AOUT 2015

Pr. MEZIANE Meryem Dermatologie Pr. TAHRI Latifa Rhumatologie

JANVIER 2016

Pr. BENKABBOU Amine Chirurgie Générale Pr. EL ASRI Fouad* Ophtalmologie Pr. ERRAMI Noureddine* O.R.L

Pr. NITASSI Sophia O.R.L

JUIN 2017

Pr. ABI Rachid* Microbiologie Pr. ASFALOU Ilyasse* Cardiologie

Pr. BOUAYTI El Arbi* Médecine préventive, santé publique et Hyg. Pr. BOUTAYEB Saber Oncologie Médicale

Pr. EL GHISSASSI Ibrahim Oncologie Médicale Pr. OURAINI Saloua* O.R.L

Pr. RAZINE Rachid Médecine préventive, santé publique et Hyg. Pr. ZRARA Abdelhamid* Immunologie

2- ENSEIGNANTS – CHERCHEURS SCIENTIFIQUES

PROFESSEURS / PRs. HABILITES

Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie

Pr. ALAMI OUHABI Naima Biochimie – chimie

Pr. ALAOUI Katim Pharmacologie

Pr. ALAOUI SLIMANI Lalla Naïma Histologie-Embryologie

Pr. ANSAR M’hammed Chimie Organique et Pharmacie Chimique

Pr. BARKIYOU Malika Histologie-Embryologie

Pr. BOUHOUCHE Ahmed Génétique Humaine

Pr. BOUKLOUZE Abdelaziz Applications Pharmaceutiques

Pr. CHAHED OUAZZANI Lalla Chadia Biochimie – chimie

Pr. DAKKA Taoufiq Physiologie

Pr. FAOUZI Moulay El Abbes Pharmacologie

Pr. IBRAHIMI Azeddine Biologie moléculaire/Biotechnologie Pr. KHANFRI Jamal Eddine Biologie

Pr. OULAD BOUYAHYA IDRISSI Med Chimie Organique Pr. REDHA Ahlam Chimie

Pr. TOUATI Driss Pharmacognosie Pr. ZAHIDI Ahmed Pharmacologie

Mise à jour le 10/10/2018 Khaled Abdellah

À ALLAH.

Au bon DIEU Le Tout-Puissant, Le Clément, Le Miséricordieux. Qui m’a

inspiré, qui m’a guidé dans le bon chemin. Je vous dois ce que je suis devenue.

À ma très chère mère Houria AMEUR

A la source inépuisable de tendresse, de patience et de sacrifice. À la personne qui m’a tout donné sans compter.

Sans toi, j'aurais certainement manqué de repères, je n'aurais pas su sur qui m'appuyer lorsque tout allait de travers, je n'aurais pas eu la certitude que quelqu'un m'aimerait

quoi que je fasse, inconditionnellement.

Ton altruisme, ton dévouement, tes encouragements et tes prières m’ont été d’un grand soutien. Merci d'être celle que tu es.

Merci pour ce que tu as fait pour ma réussite, mon instruction et mon bien être. Merci de faire de moi ta priorité absolue. Je te dois ce que je suis aujourd’hui et ce que je

serai demain.

Que ce modeste travail soit l’exaucement de tes vœux tant formulés, le fruit de tes innombrables sacrifices.

Puisse Dieu, le Très Haut, t’accorder santé, bonheur et longue vie. Je t’aime Maman.

A mon très cher père Mokhtar LOKMAN

Malgré les aléas de la vie, tu as su rester un homme comme on n’en fait plus, avec des principes et des valeurs. Des valeurs que tu as su m’inculquer afin que je devienne une

adulte optimiste, indépendante et responsable. Tes conseils ont toujours guidé mes pas vers la réussite.

Ton écoute, ta compréhension et ton encouragement sont pour moi le soutien indispensable que tu as toujours su m’apporter.

J’espère rester toujours digne de ton estime. Ma réussite est la tienne ! Qu’Allah te préserve, t’accorde santé, bonheur, quiétude d’esprit et longue vie.

A mon grand frère Fadl-Allah LOKMAN

A nos souvenirs et caprices d’enfants. Pour toute la complicité et l’entente qui nous unissent aujourd’hui, pour toute l’ambiance dont tu m’as entouré, pour toute ta spontanéité et ton élan chaleureux, ce travail est un témoignage de mon attachement et

de mon amour.

Tu es mon frère mais surtout mon ami, ma bouffée d’oxygène. Ma vie serait si monotone et ennuyeuse sans toi.

Je te souhaite tout ce qu’il y a de meilleur dans la vie, auprès de ta bien aimée,

A ma cousine le Docteur Salma LOKMAN

A ma sœur de cœur, ma confidente, ma complice et mon modèle pour la vie. Tu es pour moi un exemple d’excellence, de discipline et de grande passion. Merci d’avoir été toujours présente pour moi. Merci pour ton soutien continu, tes

encouragements et tes incitations à faire toujours de mon mieux. Que ce modeste travail soit l’expression de mon amour et ma tendresse.

Que Dieu te bénisse et te protège. Je t'aime au-delà des liens du sang et à jamais.

A la mémoire de mon grand-père maternel Eleid AMEUR

A la mémoire de mon grand-père paternel Mohamed Bensaïd LOKMAN

Je n’ai malheureusement pas eu la chance de vous connaitre dans la vraie vie, je sais que nous nous serions tellement bien entendus.

Que la clémence de Dieu règne sur vous et que sa miséricorde apaise vos âmes. Que Dieu le miséricordieux vous accueille dans son éternel paradis.

A ma grand-mère Maazouza OUALI

Merci pour tes encouragements, tes prières et l’enthousiasme que tu exprimais toujours de la même ferveur à chaque fois que je réussissais une étape de mon cursurs.

Qu’Allah t’accorde santé et longue vie.

A mes tantes maternelles Salima, Souad, Najia et Latifa A mes oncles maternels Simohamed, Mourad et Driss

J’ai une chance inestimable d’être née dans une famille si aimante et si généreuse. Vous êtes pour moi, un modèle de générosité, de force et de rigueur.

Veuillez tous, trouver dans ce travail l’expression de ma reconnaissance, ma gratitude et mon respect le plus profond, en réponse à vos encouragements, gentillesse, et l’amabilité

avec laquelle vous m’avez entourée le long de mon parcours et sans cesse. Qu’ALLAH puisse vous accorder une longue vie, santé, et paix.

A mes cousins et cousines maternels, Je vous dédie ce travail et j’espère que l’avenir sera plein de belles choses pour vous tous.

A ma grand-mère paternelle Oum Eleid BOUKHTAL A ma tante paternelle MokhtariaLOKMAN,

Que ce modeste travail, soit l’expression des vœux que vous n’avez cessé de formuler dans vos prières. Que Dieu vous préserve santé et longue vie.

A ma chère Yousra Sadqi

En souvenir des bons moments passés ensemble et pour l’amitié inconditionnelle qui nous réunit. Pour les aventures que nous avons vécues et pour toutes celles qui nous

attendent. Grâce à toi, ma vie est plus riche en souvenirs et en émotions. Yousra, notre amitié ne s'explique pas, notre amitié se ressent.

A tous ceux qui me sont chers et que j’ai omis de citer.

A tous ceux qui ont participé de près ou de loin à l’élaboration de ce travail. A tous ceux qui ont croisé mon chemin et à tous ceux qui le croiseront encore.

A tout ceux qui ont cru, croient et croiront toujours en moi. A tous ceux qui m’ont permis de me remettre en question.

A tous ceux qui m’ont inspiré à devenir la meilleure version de moi-même. A tous les patients que j’ai rencontré durant toutes ces années d’études,pour toutes

les précieuses leçons que vous m’avez enseignées, pour la vie que vous m’avez faite découvrir, pour votre confiance, votre patience et vos prières, et pour m’avoir rappelé

chaque jour pourquoi j’ai choisi cette voie.

A tous ceux qui ont pour mission de soulager l’être humain et d’essayer de lui procurer le bien-être physique, psychique et social.

A NOTRE MAITRE ET PRESIDENT DE JURY

MONSIEUR MIMOUN ZOUHDI,

PROFESSEUR DE MICROBIOLOGIE.

Vous nous faites un grand honneur en acceptant de juger notre thèse.

Votre compétence, votre rigueur et vos qualités humaines ont suscité en

nous une grande admiration.

Vous serez pour nous, l’exemple de droiture et de sérieux dans l’exercice

de la profession.

Veuillez accepter Maître, l’assurance de mon estime et de mon profond

respect.

A NOTRE MAITRE ET RAPPORTEUR DE THESE

MONSIEUR LE PROFESSEUR TAOUFIK DOBLALI

PROFESSEUR DE MICROBIOLOGIE.

Pour vos conseils judicieux, pour les efforts que vous avez déployés pour

que ce travail soit élaboré.

Pour votre soutien indéfectible et votre compétence à toutes les étapes

de ce travail.

Nous avons apprécié votre gentillesse inégalée et nous vous remercions

pour vos efforts inlassables.

Veuillez trouver ici l’expression de notre vive gratitude, notre profond

respect et nos sincères remerciements.

A NOTRE MAITRE ET JUGE DE THESE

MONSIEUR LE PROFESSEUR RACHID ABILKASSEM

PROFESSEUR DE PEDIATRIE

Je vous remercie pour la grande amabilité avec laquelle vous m’avez

accueilli ainsi que pour avoir accepté de juger ce travail. Pour cet

A NOTRE MAITRE ET JUGE DE THESE

MONSIEUR LE PROFESSEUR SEKHSOKH YASSINE,

PROFESSEUR DE MICROBIOLOGIE.

C’est pour nous un honneur et un grand privilège de vous avoir dans

notre jury de thèse. Nous vous témoignons tout notre respect et notre

profonde admiration devant vos compétences professionnelles, vos

qualités humaines et votre générosité tant loués. Soyez assuré, cher

LISTE DES FIGURES

Figure 1 : Particules de rotavirus en ME en coloration négative au grossissement x198000

(collection du Pr. M. Castets, CHU de Poitiers). ... 3

Figure 2 : Organisation du génome et structure du Rotavirus. ... 5 Figure 3 : Schéma du cycle de réplication du Rotavirus. ... 7 Figure 4 : Voies de transmission des virus des gastro-entérites. ... 10 Figure 5 : Modes de contamination de l’eau. ... 11 Figure 6 : Arbres phylogénétiques au sein de la famille des Caliciviridae. ... 16 Figure 7 : Virus Norwalk (Norovirus, à gauche) et Sapporo (Sapovirus, à droite) observés en

microscopie électronique. ... 18

Figure 8 : Organisation du génome des Calicivirus humains. Positions sur le virus Norwalk

(Genbank accession n° M87661) pour les norovirus et Manchester (Genbank accession n° X86560) pour les sapovirus. ... 19

Figure 9 : Astrovirus en microscopie électronique. On distingue la morphologie

caractéristique en étoile des virions. ... 32

Figure 10 : Arbre phylogénétique des Astroviridae. ... 33 Figure 11 : Organisation du génome des Astroviridae. ... 34 Figure 12 : Cycle de réplication des astrovirus (modifié d’après Mendéz et al.). ... 37 Figure 13 : Particule virale Adénovirus, avec les protéines hexon, penton, fibre, et l’ADN

bicaténaire. ... 42

Figure 14 : Structure de l’épithélium de l’intestin grêle (A) et localisation des cibles des virus

à tropisme gastro-intestinal (B). ... 52

Figure 15 : Physiopathologie de la diarrhée due au rotavirus et à l’entérotoxine NSP4. ... 54 Figure 16 : Principales méthodes de détection des virus responsables de gastro-entérites. .... 63 Figure 17 : Représentation d'un test immuno-chromatographique. ... 65 Figure 18 : Explorations des diarrhées aiguës. ... 69 Figure 19 : Procédures de diagnostic des gastro-entérites aiguës virales. ... 70 Figure 20 : Orientations étiologiques des diarrhées aiguës. ... 71

Figure 21 : Prise en charge d'une diarrhée aiguë de l'enfant. ... 82 Figure 22 : Le lavage des mains. ... 92

LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Propriétés de persistance des Norovirus humains en fonction de paramètres physiques et chimiques. ... 23 Tableau II: Méthodes de diagnostic des virus de GEA ... 61

Tableau III : Principaux virus responsables de gastro-entérites infantiles ... 68 Tableau IV : Principaux médicaments (hors antibiotiques) responsables de diarrhées. 74 Tableau V : Composition de la solution de réhydratation orale à osmolarité réduite. .... 77 Tableau VI : Composés antiviraux potentiels pour le traitement des GEA à Norovirus .

TABLE DES MATIERES

I. Introduction ... 1 II. Epidémiologie des agents pathogènes responsables de gastroentérites virales ... 2

A. Rotavirus ... 3 1. Caractères virologiques ... 3 a) Classification ... 4 b) Structure virale ... 4 i. Le génome viral ... 4 ii. La capside virale ... 4 c) Réplication et culture virale... 5 d) Propriétés physico-chimiques et résistance à l’environnement ... 7 e) Immunité induite par le Rotavirus ... 8 2. Réservoir viral ... 9 3. Modes de transmission ... 9 4. Population à risque ... 11 5. Répartition géographique et incidence saisonnière ... 12 6. Données épidémiologiques ... 12 B. Calicivirus ... 15 B.1. Norovirus………16 1. Caractères virologiques ... 16 a) Classification ... 17 b) Structure virale ... 18 i. L’organisation génomique ... 18 ii. Protéines virales ... 19

• Protéines non structurales ... 19

• Protéines structurales ... 19
Protéine de capside VP1 ... 19
Protéine VP2 : ... 20 c) Multiplication in vitro ... 20 d) Propriétés physico-chimiques et résistance à l’environnement ... 22

e) Immunité induite par le Norovirus ... 24 i. Réponse immunitaire humorale ... 24 ii. Réponse immunitaire cellulaire ... 25 2. Réservoir viral ... 25 3. Modes de transmission ... 25 4. Population à risque ... 26 5. Répartition géographique et incidence saisonnière ... 27 6. Données épidémiologiques ... 27 B.2. Sapovirus………..……….……….30

1. Caractères virologique ... 28 a) Taxonomie et classification ... 28 b) Structure virale ... 29 c) Propriétés physico-chimiques et résistance à l’environnement ... 29 d) Immunité induite par le Sapovirus ... 29 2. Réservoir viral ... 29 3. Modes de transmission ... 30 4. Population à risque ... 30 5. Répartition géographique et incidence saisonnière ... 30 6. Données épidémiologiques ... 30 C. Astrovirus ... 31 1. Caractères virologiques ... 31 a) Classification ... 32 b) Structure virale ... 33 c) Cycle de réplication ... 35 i. Entrée du virus dans la cellule ... 35 iii. Multiplication du virus ... 35 iv. Assemblage et sortie des virions ... 36 d) Propriétés physico-chimiques et résistance à l’environnement ... 37 e) Immunité induite par les Astrovirus ... 37 2. Réservoir viral ... 38 3. Modes de transmission ... 38 4. Population à risque ... 38

5. Répartition géographique et incidence saisonnière ... 39 6. Données épidémiologiques ... 39 D. Adénovirus ... 40 1. Caractères virologiques ... 40 a) Taxonomie et classification ... 40 b) Structure virale ... 41 c) Cycle de multiplication virale ... 42 d) Propriétés physico-chimiques et résistance à l’environnement ... 43 e) Immunité induite par l’Adénovirus entérique ... 43 2. Réservoir viral ... 44 3. Modes de transmission ... 44 4. Population à risque ... 44 5. Répartition géographique et incidence saisonnière ... 45 6. Les données épidémiologiques ... 45 E. Autres virus responsables de gastroentérites ... 45 1. Virus Aichi ... 46 2. Torovirus ... 48 3. Entérovirus ... 49 4. Picobirnavirus ... 50

III. Physiopathologie ... 51

A. Physiologie de la paroi intestinale ... 51 B. Mécanisme des diarrhées aiguës ... 51 C. Physiopathologie de la gastro-entérite à rotavirus ... 53

IV. Clinique ... 55

A. Gastro-entérite à Rotavirus ... 55 B. Gastro-entérite à Norovirus ... 57 1. L'infection chez les patients immunocompétents ... 57 2. L'infection chez les patients immunodéprimés... 58 C. Gastro-entérite à Sapovirus ... 58 D. Gastro-entérite à Astrovirus ... 59 E. Gastro-entérite à Adénovirus ... 60

A. Circonstances de demande ... 62 B. Phase pré analytique : Modalités de prélèvement et de conservation ... 62 C. Phase analytique ... 63 1. Diagnostic direct... 63 a) Visualisation par microscopie électronique ... 63 b) Détection des antigènes viraux ... 64 i. Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (ELISA) ... 64 ii. Les tests de diagnostic rapide ... 64

• Le test d’agglutination au latex ... 64

• Les tests immuno-chromatographique ... 65 c) Détection du génome viral... 66 2. Diagnostic sérologique ... 67 3. Démarche diagnostic ... 69

VI. Diagnostic différentiel ... 71

A. Les gastroentérites d'origine infectieuse ... 71 B. Les gastroentérites d'origine non infectieuse ... 73 1. Les diarrhées aiguës rapidement résolutives ... 73 2. Les diarrhées médicamenteuses (autres que les antibiotiques) ... 74 3. Les diarrhées post antibiothérapie ... 75

VII. Traitement ... 76

A. La réhydratation ... 76 1. Evaluation de la déshydratation ... 77 a) Signes de déshydratation ... 77 b) Critères d'hospitalisation en urgence ... 78 2. La réhydratation chez les nourrissons et les enfants... 79 3. La réhydratation chez l’adulte ... 82 4. Cas des personnes âgées ... 83 B. La réalimentation ... 83 C. Thérapeutiques adjuvantes ... 85 1. Les anti-diarrhéiques ... 85 a) Les ralentisseurs du transit intestinal : Le lopéramide ... 85 b) Les inhibiteurs de l'enképhalinase : Le Racécadotril... 85

c) Les adsorbants : La diosmectite ... 86 2. Les antiémétisants ... 86 a) La métopimazine ... 87 b) La dompéridone ... 87 c) Le métoclopramide ... 88 3. Les antispasmodiques ... 88 4. Les probiotiques et levures ... 88 D. Antiviraux et perspectives ... 89

VIII. Prophylaxie ... 90

A. Mesures d’hygiènes classiques ... 90 1. Le lavage des mains ... 91 2. Désinfections des surfaces ... 91 3. Règles d'hygiène en milieu hospitalier ... 92 4. Contrôle des épidémies d’origine alimentaire ... 93 5. Contrôle des épidémies liées à l’environnement ... 93 6. Autres moyens d’hygiène ... 94 B. Prévention vaccinale ... 94 1. Vaccination anti-rotavirus (schéma national de vaccination) ... 94 2. Vaccination contre le Norovirus ... 97 C. Rôle du lait maternel dans la lutte contre l'infection par Rotavirus ... 99

LISTE DES ABREVIATIONS

3D Trois dimensions

aa Acide aminé

ADN Acide désoxyribonucléique

AiV Aichivirus

AMM Autorisation de mise sur le marché

AMPc Adénosine monophosphate cyclique

ANSM Agence nationale de sécurité du médicament et des produits

de santé

ARN Acide ribonucléique

ARN- Acide ribonucléique à polarité négative ARN+ Acide ribonucléique à polarité positive ARNm Acide ribonucléique messager

ARNsg Acide ribonucléique sous-génomique astVs Astrovirus

CAR Coxsackie-adenovirus receptor

CHU Centre hospitalier universitaire

CIVD Coagulation intravasculaire disséminée

CMH Complexe majeur d’histocompatibilité

CPM Colite pseudomembraneuse

CS Centre de santé

DMSO Diméthylsulfoxyde

DPA Diarrhée post-antibiothérapie

DSH Déshydratation

EDTA Acide éthylènediaminetétraacétique

ELISA Enzyme linked immuno sorbent assay

ESPGHAN Société européenne de gastroentérologie, d’hépatologie et de

nutrition pédiatriques

GAVI Global alliance for vaccines and immunization

HBGAs Histo-blood group antigens

ICTV Comité international de taxonomie des virus

IFN Interféron

IgA Immunoglobine de type A

IgG Immunoglobine de type G

IgM Immunoglobine de type M

IL Interleukine

in/del Insertion/délétion

INH Institut national d’hygiène

IRES Site d’entrée ribosomal interne

IS Immunosuppresseur

kb Kilobase

KDa Kilodalton

ME Microscopie électronique

Mg/L Milligramme(s) par Litre

min Minute

mL Millilitre

mmol Millimole

NLV Norwalk Virus

nm Nanomètre

NSP Non structural protein

nt Nucléotide

OMS Organisation mondale de la santé

ORF Open reading frame

PBMC Peripheral blood mononuclear cell

PCR Réaction de polymérisation en chaîne

pH Potentiel hydrogène

PM Poids moléculaire

PNI Programme national de l’immunisation

RdRp ARN polymérase ARN-dépendante

RE Réticulum endoplasmique

RT-PCR Reverse transcriptase polymerase chain reaction

RV Rotavirus

SIDA Syndrome d’immunodéficience acquise

SRAS Syndrome respiratoire aigu sévère

SRO Soluté de réhydratation orale

TDR Test de diagnostic rapide

UNICEF United Nations international children's emergency fund

UTR Untranslated region

UV Ultraviolet

VIH Virus de l’immunodéficience humaine

VLPs Virus-like particles

VP Viral protein

I.

INTRODUCTION

Les maladies diarrhéiques sont reconnues chez l'homme depuis l'Antiquité. Jusqu'au début des années 1970, une étiologie bactérienne, virale ou parasitaire pouvait être détectée dans moins de 30% des cas. En 1973, Bishop et ses collègues ont observé une particule virale dans le tissu intestinal d’enfants atteints de diarrhée en utilisant la microscopie électronique (ME).

La gastroentérite est une inflammation de la paroi de l’estomac et de celle de l’intestin, qui provoque des vomissements et de la diarrhée. La diarrhée se définit par l’émission d’au moins trois selles molles ou liquides par jour, ou à une fréquence anormale pour l’individu.

La majorité des gastroentérites sont d’origine infectieuse, même si l’agent n’est souvent pas identifié. Les virus sont reconnus comme les premiers agents responsables de gastroentérites à travers le monde, aussi bien chez l'adulte que chez l'enfant (environ 60 % des cas). En France, plus de 21 millions d'épisodes de gastro-entérites surviennent chaque année, plus fréquemment au cours des mois de décembre et de janvier.

Si les Rotavirus sont classiquement associés à cette étiologie, l’incidence des Calicivirus (Norovirus et Sapovirus), des Astrovirus et des Adénovirus est moins présente dans les esprits.

Les Norovirus sont responsables des principales gastroentérites aiguës (GEA) communautaires non bactériennes touchant toutes les populations d'âges. Les Rotavirus sont, à l'échelle mondiale, les principaux virus responsables de gastroentérites aiguës sévères chez les enfants moins de 5 ans.

Cependant, depuis la mise sur le marché des vaccins anti-Rotavirus en 2006, introduit par le Ministère de la Santé Publique Marocain dans le programme national de l’immunisation (PNI) en 2010 et recommandés pour les nourrissons, une réduction très importante du nombre d'infections à Rotavirus a été observée, au profit des infections à Norovirus.

La transmission des gastro-entérites virales est oro-fécale, hydrique ou alimentaire. Elle constitue un problème majeur de santé publique dans le monde, surtout dans les collectivités et à l’hôpital et notamment chez les enfants. Cependant, une infection symptomatique peut également survenir chez l'adulte en cas de diminution de l’immunité acquise. De plus, les adultes asymptomatiques peuvent favoriser la propagation des infections en éliminant le virus dans les selles.

Le rôle du biologiste est primordial dans le diagnostic virologique de ces affections qui repose surtout sur des techniques de diagnostic direct notamment (tests rapide, ELISA et PCR). Nombreux enfants décèdent chaque année de diarrhée aiguë et de déshydratation, notamment dans les pays en voie de développement. La malnutrition, la déficience de l’hygiène individuelle et collective et la sous-utilisation des solutés de réhydratation orale (SRO) sont des facteurs qui concourent à la gravité de l’expression clinique des gastroentérites dans ces pays. En contrepartie, dans les pays industrialisés, de telles épidémies sont plutôt le fait du développement lui-même, par l’intermédiaire des collectivités notamment les crèches, cantines, hôpitaux…

Ce taux de mortalité dans le monde reste élevé, mais il s'est amélioré au cours des dernières décennies grâce aux traitements précoces, notamment au recours à la thérapie de réhydratation orale et à l'amélioration de la nutrition et des mesures d'assainissement de l'eau. La plupart des gens se rétablissent complètement sans aucune complication, à condition d'éviter la déshydratation. Le traitement médicamenteux n'est que secondaire.

Notre travail a pour objectif de faire le point sur les principaux virus à l’origine de gastroentérites virales et leurs importances épidémiologiques, ainsi que sur les recommandations en terme de traitement et de prophylaxie.

II.

EPIDEMIOLOGIE

DES

AGENTS

PATHOGENES

RESPONSABLES DE GASTROENTERITES VIRALES

De nombreux virus ont accès au système immunitaire humain par le biais du tractus intestinal. Certains de ces virus ne provoquent que peu ou pas de symptômes gastro-intestinaux, mais peuvent provoquer des maladies graves aux sites extra-intestinaux. Ces virus sont appelés «virus entériques» et incluent les Picornaviridae (échovirus, coxsackie virus ou poliovirus) ou Coronaviridae, tels que le virus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) [1].

En revanche, les «agents pathogènes viraux responsables de la gastro-entérite» provoquent principalement des symptômes de la gastro-entérite et ces virus sont au centre de la présente analyse. Les quatre principaux groupes d'agents pathogènes viraux à l'origine de la gastro-entérite aiguë dans le monde sont le Rotavirus, les Calicivirus (principalement le norovirus), l'astrovirus et les adénovirus [2].

En outre, il existe d’autres causes virales présumées de gastro Torovirus [4] et les Entérovirus

entérite virale.

Enfin, certains virus, tels que le picobirnavirus, ont été impliqués en tant qu'agents responsables de la gastro-entérite chez les immunodéprimés, ma

une importance majeure chez les hôtes immunocompétents

A.

Rotavirus

Les rotavirus (RV) ont été découvert pour la première fois dans les années 1950 et 1960 dans des prélèvements rectaux de singes et une biopsie intestinale

Chez l'homme, le RV a été découvert pour la première fois en 1973 par Bishop et ses collègues sur des biopsies duodénales de neuf enfants atteints de diarrhée aiguë

Le rotavirus a ensuite été détecté en grande quantité dans des hospitalisés par ME [9].

1.

Caractères virologiques

Le terme latin -rota- a été choisi en raison de la ressemblance entre le virus observé en microscopie électronique et une roue

Figure 1 : Particules de rotavirus en

x198000 (collection du Pr. M. Castets, CHU de Poitiers)

En outre, il existe d’autres causes virales présumées de gastro-entérite : le virus Aichi et les Entérovirus [5] qui font partie des causes moins connues de gastro Enfin, certains virus, tels que le picobirnavirus, ont été impliqués en tant qu'agents

entérite chez les immunodéprimés, mais ils ne semblent pas revêtir une importance majeure chez les hôtes immunocompétents [6].

Les rotavirus (RV) ont été découvert pour la première fois dans les années 1950 et 1960 dans des prélèvements rectaux de singes et une biopsie intestinale de souris par ME

a été découvert pour la première fois en 1973 par Bishop et ses collègues sur des biopsies duodénales de neuf enfants atteints de diarrhée aiguë

Le rotavirus a ensuite été détecté en grande quantité dans des échantillons de selles d'enfants

Caractères virologiques

a été choisi en raison de la ressemblance entre le virus observé en microscopie électronique et une roue (Figure 1) [10].

: Particules de rotavirus en ME en coloration négative au grossissement x198000 (collection du Pr. M. Castets, CHU de Poitiers)

le virus Aichi [3], les font partie des causes moins connues de gastro-Enfin, certains virus, tels que le picobirnavirus, ont été impliqués en tant qu'agents

is ils ne semblent pas revêtir

Les rotavirus (RV) ont été découvert pour la première fois dans les années 1950 et 1960 dans ME [7].

a été découvert pour la première fois en 1973 par Bishop et ses collègues sur des biopsies duodénales de neuf enfants atteints de diarrhée aiguë [8].

échantillons de selles d'enfants

a été choisi en raison de la ressemblance entre le virus observé en

négative au grossissement

a)

Classification

Le RV est un virus non enveloppé appartenant à la famille des Reoviridae, à la sous-famille des Sedoreovirinae et au genre Rotavirus [11].

A partir de ses propriétés antigéniques, le genre Rotavirus est classé en huit espèces reconnues (A à H) et deux espèces proposées (I et J), identifiées récemment chez des chiens protégés en Hongrie et des chauves-souris en Serbie, bien que la confirmation par le Comité international de la taxonomie des virus (ICTV) soit en attente [12] [13].

Parmi ceux-ci, seuls les Rotavirus (A, B et C) sont pathogènes pour l’Homme. Le groupe A est de loin le groupe le plus important en pathologie humaine, et a été clairement montré comme responsable des GEA épidémiques souvent sévères chez l’enfant en bas âge [14]. De nombreuses espèces animales sont infectées par des Rotavirus, y compris les vaches et les singes. Ces souches animales sont antigéniquement distinctes de celles qui causent une infection chez l'homme et causent rarement une infection chez l'homme. Cette pathologie vétérinaire présente un intérêt comme modèle expérimental et vaccinal [15].

b)

Structure virale

Les RV sont des virus nus, mesurant en moyenne 70 à 75 nm de diamètre (figure 2) [16].

i.

Le génome viral

Le génome des RV a une taille d'environ 18,5 Kb, et comprend 11 segments d’ARN double brin, codant 6 protéines structurales (VP = viral protein) : VP1, VP2, VP3, VP4, VP6, VP7 ; et 6 protéines non structurelles (NSP = non stuctural protein) : NSP1, 2, 3, 4, 5, 6 [16].

Le génome viral est à polarité négative et n’est donc pas infectieux par lui-même : l’intervention d’une ARN-polymérase d’origine virale (VP1) est nécessaire à la transcription de chaque segment en ARNm [16].

ii.La capside virale

La capside virale de forme icosaédrique avec une symétrie cubique ; elle est composée de trois couches protéiques concentriques. Elle contient les enzymes nécessaires à la réplication virale dont une ARN-polymérase ARN-dépendante. On distingue deux protéines formant ensemble la couche de capside externe : VP4 (type P pour protéase-sensible) et VP7 (type G pour glycoprotéine). Ils déterminent les sérotypes des Rotavirus et représentent les cibles principales de l'immunité humorale et induisent la synthèse d’anticorps neutralisants [17].

À ce jour, 35 génotypes G et 50 génotypes P ont été signalés dans le monde entier fait, il existe une diversité considérable de souc

mondiale et d’autres limitées à certaines régions. Quelques combinaisons génotypiques expliquent à elles seules plus de 90% des infections à RV

appartenant au même sérogroupe peuvent s lors de coïnfections pour créer de nouveaux virus

La protéine VP6 forme la couche intermédiaire, tandis que la couche interne est formée de VP2 qui interagit avec l’ARN viral (Figure 2), et

polymérase dépendante de l'ARN) et VP3 (enzyme de coiffage viral).

VP3 sont associées au génome et possèdent des activités enzymatiques indispensables à l’infectiosité du virion. Les protéines non structurales son

dans la virulence du virus et la pathogenèse de la diarrhée

Figure 2 : Organisation du génome et structure du Rotavirus

c)

Réplication et culture virale

La majorité des informations détenues concernant la réplication des Rotavirus se base sur des données concernant le groupe A (plus facile à cultiver in vitro).

Les rotavirus humains peuvent être cultivés sur une assez grande variété de cellules, les plus classiques étant la lignée continue de rein de singe MA104 où leur réplication est rapidement obtenue en 10 à 12 heures, ou des lignées différenciées d’épithélium intestinal humain de type À ce jour, 35 génotypes G et 50 génotypes P ont été signalés dans le monde entier

fait, il existe une diversité considérable de souches de rotavirus avec des souches à diffusion mondiale et d’autres limitées à certaines régions. Quelques combinaisons génotypiques s plus de 90% des infections à RV chez l’Homme. Les souches appartenant au même sérogroupe peuvent se réarranger par échange de fragments génomiques

pour créer de nouveaux virus [19].

forme la couche intermédiaire, tandis que la couche interne est formée de qui interagit avec l’ARN viral (Figure 2), et renferme deux protéines VP1 (ARN polymérase dépendante de l'ARN) et VP3 (enzyme de coiffage viral). Les protéines VP1 et VP3 sont associées au génome et possèdent des activités enzymatiques indispensables à l’infectiosité du virion. Les protéines non structurales sont quant à elles fortement impliquées dans la virulence du virus et la pathogenèse de la diarrhée [20].

: Organisation du génome et structure du Rotavirus

Réplication et culture virale

rmations détenues concernant la réplication des Rotavirus se base sur des données concernant le groupe A (plus facile à cultiver in vitro).

Les rotavirus humains peuvent être cultivés sur une assez grande variété de cellules, les plus lignée continue de rein de singe MA104 où leur réplication est rapidement obtenue en 10 à 12 heures, ou des lignées différenciées d’épithélium intestinal humain de type À ce jour, 35 génotypes G et 50 génotypes P ont été signalés dans le monde entier [18]. De ce hes de rotavirus avec des souches à diffusion mondiale et d’autres limitées à certaines régions. Quelques combinaisons génotypiques chez l’Homme. Les souches e réarranger par échange de fragments génomiques forme la couche intermédiaire, tandis que la couche interne est formée de ux protéines VP1 (ARN Les protéines VP1 et VP3 sont associées au génome et possèdent des activités enzymatiques indispensables à t quant à elles fortement impliquées

: Organisation du génome et structure du Rotavirus [20].

rmations détenues concernant la réplication des Rotavirus se base sur des Les rotavirus humains peuvent être cultivés sur une assez grande variété de cellules, les plus lignée continue de rein de singe MA104 où leur réplication est rapidement obtenue en 10 à 12 heures, ou des lignées différenciées d’épithélium intestinal humain de type

Caco-2 en 20 à 24 heures à 37°C. L’isolement en culture cellulaire est complexe et n’est pas envisageable comme technique de diagnostic en routine [21].

La multiplication, exclusivement cytoplasmique, présente plusieurs particularités (Figure 3) : - La fixation des virus à la surface des cellules cibles,

- Endocytose médiée par des récepteurs ou d'une pénétration directe du virus sous la dépendance d’enzymes protéolytiques nécessaires au clivage de la protéine externe de la capside VP4 et à la perméabilisation de la membrane cellulaire,

- Le virus apporte sa propre polymérase (VP1) qui est alors activée par la décapsidation partielle du virus,

- La transcription aboutit à des brins d'ARN positifs synthétisés à partir des brins d'ARN génomiques négatifs.

- Les processus d’assemblage et de maturation sont complexes : les 11 segments d’ARN positifs néosynthétisés s’assemblent au niveau d’inclusions cytoplasmiques appelées viroplasmes.

- L’assemblage avec les protéines externes VP4 et VP7 conduit à la perte de l’enveloppe et à la libération de particules virales matures néoformées triple couche (Les particules virales qui ont perdu leur enveloppe transitoire et ont acquis leur capside externe définitive deviennent infectieuses).

Au final, les particules virales sont libérées par lyse cellulaire pour les cellules intestinales non polarisées ou par déstabilisation de la bordure en brosse pour les cellules villositaires intestinales [21].

Figure 3 : Schéma du cycle de réplication du Rotavirus

d)

Propriétés physico-chimiques et résistance à l’environnement

De manière générale, les Rotavirus milieu extérieur [22]:

- Peuvent persister dans l’air et sur les surfaces entre +4°C et 20°C pendant des semaines ou des mois s'ils ne sont pas désinfectés.

- Insensibles aux solvants des li

serait même accru par la trypsine et d'autres enzymes protéolytiques, malgré une légère perte de titre.

- Les détergents non ioniques augmenteraient eux aussi le pouvoir infectieux des Rotavirus en disloquant les agrégats.

- Ils restent stables 24 heures à température ambiante, une heure à 37°C, mais sont détruits après 30 minutes à 50°C.

- Les agents chélateurs du calcium, type EDTA, agissent sur la capside externe et réduisent leur pouvoir infectieux.

: Schéma du cycle de réplication du Rotavirus [21]

chimiques et résistance à l’environnement

Rotavirus sont des virus nus très résistants et très stables dans le Peuvent persister dans l’air et sur les surfaces entre +4°C et 20°C pendant des semaines ou des mois s'ils ne sont pas désinfectés.

nsensibles aux solvants des lipides et aux enzymes digestives. Le pouvoir infectieux serait même accru par la trypsine et d'autres enzymes protéolytiques, malgré une légère perte Les détergents non ioniques augmenteraient eux aussi le pouvoir infectieux des

quant les agrégats.

Ils restent stables 24 heures à température ambiante, une heure à 37°C, mais sont détruits après 30 minutes à 50°C.

Les agents chélateurs du calcium, type EDTA, agissent sur la capside externe et réduisent leur pouvoir infectieux.

[21].

chimiques et résistance à l’environnement

sont des virus nus très résistants et très stables dans le Peuvent persister dans l’air et sur les surfaces entre +4°C et 20°C pendant des pides et aux enzymes digestives. Le pouvoir infectieux serait même accru par la trypsine et d'autres enzymes protéolytiques, malgré une légère perte Les détergents non ioniques augmenteraient eux aussi le pouvoir infectieux des Ils restent stables 24 heures à température ambiante, une heure à 37°C, mais sont Les agents chélateurs du calcium, type EDTA, agissent sur la capside externe et

- L'alcool à 95° ainsi que les produits chlorés et le formaldéhyde dégradent très rapidement les RV. L'alcool à 95°, qui agit sur la capside externe, est peut-être l'agent le plus efficace.

- Ils résistent à des pH compris entre 3 et 9, mais sont rapidement inactivés à un pH compris entre 1,8 et 2,1 (pH de l'estomac). Il faut savoir que les aliments protègent les RV de l'action du pH gastrique en augmentant ce dernier.

e)

Immunité induite par le Rotavirus

L'infection à rotavirus ou la vaccination induisent une immunité innée (non spécifique) et une immunité adaptative (spécifique) [23].

Après une primo-infection de l’enfant par le RV, le système immunitaire inné est rapidement déclenché, entrainant une réponse immunitaire de sérotype vis-à-vis les antigènes de capside ce qui fournit un état antiviral puissant permettant de supprimer la réplication du RV dans la cellule hôte. Le système immunitaire inné a comme médiateurs les macrophages et produit des interférons de type I et de type III (IFN) et d'autres cytokines en réponse à cette infection virale [23].

Mais la grande variabilité génétique de ces virus est à l'origine des réinfections chez le jeune enfant. L'immunité innée est cruciale pour l’immunité adaptative efficace, qui apparaît ensuite. L'immunité adaptative stimule la réponse immunitaire à médiation humorale et cellulaire et est caractérisée par la spécificité de l'antigène et la mémoire immunitaire. La réponse immunitaire adaptative est alors renforcée par les expositions successives et protège contre les infections ultérieures. 90% des enfants de plus de 2 ans ont acquis des anticorps. Avant 3 mois, l'allaitement (IgA et facteurs non spécifiques contenus dans le lait) et le faible nombre de récepteurs sur les entérocytes semblent protéger les nourrissons des infections sévères [22].

Les anticorps sériques contre VP7 et VP4 sont probablement importants pour la protection contre la maladie. La guérison d’une 1ère infection à RV ne conduit généralement pas à une immunité permanente. Après une seule infection naturelle, 38% des enfants sont protégés contre toute infection ultérieure à RV, 77% contre la diarrhée à RV et 87% contre les diarrhées sévères. La réinfection peut survenir à tout âge. Les infections ultérieures confèrent une protection progressivement plus grande et sont généralement moins graves que les