Caractères virologique

a) Taxonomie et classification

Les Sapovirus appartiennent également à la famille des Caliciviridae, au genre Sapovirus et à l’espèce Sapporo [74].

A partir des séquences de nucléotides de la protéine de la capside VP1, les Sapovirus ont été classés en 5 génogroupes (GI-GV) dont les GI, GII, GIV et GV affectent les humains, alors que le génogroupe III infecte les porcs [74].

b) Structure virale

Les Sapovirus sont des petites particules icosaèdres de 30 à 38 nm de diamètre, très proches des Norovirus en terme de taille (Cf figure 7). Leur génome, ARN simple brin d’environ 7,5 kb poly-adénylé à l’extrémité 3’, comporte trois ORFs. L’ORF1 code pour une longue polyprotéine qui est traitée par la protéase virale pour donner 6 protéines non structurales et la protéine de capside majeure VP1 essentielle à l'assemblage des particules virales. L’ORF2 devrait coder pour la protéine structurelle mineure VP2, tandis que la fonction de l’ORF3 dans les souches humaines reste inconnue [74].

c) Propriétés physico-chimiques et résistance à l’environnement

Le virus n'est pas enveloppé, ce qui le rend résistant à l'environnement. Les propriétés physico-chimiques sont identiques à celles du Norovirus [75].

d) Immunité induite par le Sapovirus

Des études de séroprévalence sur des Sapovirus humains ont montré que le taux de séroprévalence augmentait progressivement avec l'âge, atteignant un niveau élevé (> 90%) chez les enfants d'âge scolaire et demeurant élevé (entre 80% et 100%) dans les sérums prélevés chez l'adulte, ce qui suggère que l'infection à Sapovirus est fréquente pendant la petite enfance. Les adultes présentant des anticorps sériques dirigés contre des Sapovirus humains antigéniquement indiscernables ne présentaient aucun symptôme clinique de réinfection [76].

Des études utilisant un modèle de culture de cellules de Sapovirus porcin ont montré l'implication de facteurs d'immunité innée, en particulier d'interféron de type I. La protection semble être spécifique à un génogroupe et à un génotype, des réinfections avec différents Sapovirus de génogroupe / génotype différents pouvant survenir [77].

2. Réservoir viral

L’Homme est le réservoir des génogroupes GI, GII, GIV et GV, alors que les porcs constituent le réservoir du génogroupe III [74].

Il existe des Sapovirus infectant les animaux, mais l'infection zoonotique n'est pas possible. Bien qu'une culture de cellules de Sapovirus porcins ait été développée dans un modèle murin, aucun modèle de culture de cellules de Sapovirus humain n'est encore disponible, ce qui limite la connaissance de son cycle de réplication [78].

3. Modes de transmission

Comme pour les Norovirus, la transmission des Sapovirus se fait par la voie féco-orale, soit directement par contact avec des matières fécales infectées, par les vomissures, soit indirectement par les surfaces, ou par la consommation d'aliments contaminés (en particulier les mollusques et crustacés) ou par l'eau (Cf figures 4 et 5) [79].

Cette transmission est facilitée par une faible dose infectieuse (1 500 à 2 800 copies génomiques), l'excrétion de grandes quantités de virus dans les selles, une grande stabilité environnementale et une résistance relative aux désinfectants [68].

4. Population à risque

Aucun facteur de susceptibilité de l'hôte au Sapovirus n'a encore été identifié. La malnutrition et les mauvaises conditions sanitaires peuvent être des facteurs de susceptibilité. Les sites de réplication au sein de l'hôte, les modifications pathologiques induites par le Sapovirus et les mécanismes sous-jacents à l'immunité contre celui-ci restent à caractériser [77].

Les Sapovirus ne semblent pas causer d'infections plus graves chez les patients immunodéprimés ni conduire à des infections chroniques dues à l'émergence de souches recombinantes, contrairement au Norovirus. Son potentiel d'épidémie nosocomiale est également encore incertain [77].

5. Répartition géographique et incidence saisonnière

Les épidémies à Sapovirus se produisent chez des personnes de tout âge et tout au long de l'année, contrairement aux cas sporadiques, qui touchent principalement les enfants de moins de 5 ans, avec un pic saisonnier en hiver [80].

6. Données épidémiologiques

Le Sapovirus devient un agent pathogène de plus en plus important responsable de la GEA sporadique et épidémique dans le monde, en particulier chez les jeunes enfants [77].

Les épidémies à Sapovirus se produisent chez des personnes de tout âge et sont particulièrement susceptibles de se produire dans des environnements semi-fermés : crèches, écoles, hôpitaux, établissements de soins de longue durée, restaurants, hôtels, etc. [81]. Un Sapovirus a été détecté dans 1,3 à 22,6% des échantillons de selles prélevés lors d'épidémies de gastro-entérite [77].

Entre 2002 et 2009, les services de santé publique de l'Oregon et du Minnesota aux Etats-Unis ont enquêté sur plus de 2 000 épidémies de gastro-entérite à divers endroits, notamment des établissements de soins de longue durée, des écoles, des prisons et des établissements d'hébergement. 52% étaient dues à un Norovirus et 22% étaient dues à un agent non viral. Parmi ces épidémies négatives à la fois pour le Norovirus et pour les bactéries, 66% ont fait l'objet d'une enquête plus approfondie. Parmi celles-ci, 23% étaient dues à un Sapovirus et la recherche des épidémies a montré que 66% de ces cas avaient eu lieu dans des établissements de soins de longue durée et 10% dans des écoles ; 67% ont survenus pendant les mois les plus froids ; et 86% des infections impliquaient une transmission de personne à personne [82]. À ce jour, la plus grande épidémie de Sapovirus d'origine alimentaire s'est produite au Japon en 2010 ; le virus s'est transmis par des boîtes à lunch manipulées par des personnes travaillant dans une seule entreprise de restauration [83].

Des co-infections avec d'autres virus entériques (Adénovirus, Norovirus, etc.) ou d'autres génogroupes / génotypes de Sapovirus ont été rapportés [77].

C. Astrovirus

1. Caractères virologiques

Les astrovirus ont été décrits pour la première fois en 1975 par Madeley et Cosgrove [84]. Ces auteurs ont observé en ME, dans les selles d'enfants souffrant de gastroentérites, un petit virus de 28 nm de diamètre avec des motifs de surface en étoile à 5 ou 6 branches. Ces motifs caractéristiques, observables sur environ 10 % des particules virales, leur ont valu le nom d'astrovirus, du grec « astron », qui signifie étoile (Figure 9) [85].

Figure 9 : Astrovirus en microscopie électronique. On distingue la morphologie caractéristique en étoile des virions [86].

a) Classification

L'étude de ces virus a considérablement progressé et a permis une description plus précise de l'épidémiologie et des structures protéiques et génomiques de ces virus. Les données obtenues ont conduit à classer les Astrovirus dans une nouvelle famille : les Astroviridæ dont l'importance dans l'étiologie des gastroentérites semble avoir été sous-estimée [87].

Ils sont divisés en deux principaux genres : les Avastrovirus, présents chez les espèces aviaires, et les Mamastrovirus, infectant de nombreux mammifères, dont l'Homme. À ce jour, 8 sérotypes d'astrovirus (human astrovirus : HAstV1-8) ont été décrits, le sérotype 1 étant de loin le plus fréquent (70% des infections à astrovirus). Les sérotypes 2, 3, 4 et 5 représentent chacun 6 à 8% des infections. Les sérotypes 6,7 et 8 sont plus rares (Figure 10) [85].

Figure 10 : Arbre phylogénétique des

b) Structure virale

Les Astrovirus sont des petits

diamètre. Leur génome est composé d'un ARN simple brin à polarité positive long d'environ 6 800 bases. La taille du génome varie entre 6,17kb (astVs humains de souche MLB) et 7,7 kb (AvAstV) selon les astrovirus

Le génome viral est constitué de 3

structurales, et l'ORF2 code les protéines structurales. Il possède également des UTR aux extrémités 3' et 5' du génome (Figure 11

- L'ORF1a est composé d'environ 2 800

clivé en quatre protéines, dont une protéase. Aucune région codant l'hélicase n'a, à l'heure actuelle, été identifiée dans le génome des

simple brin de taille supérieure à 6 000 nt. L'hélicase joue, e

réplication du génome. Une région en amont de la protéase codant pour 6 motifs transmembranaires qui présentent des sites de liaison et de catalyse similaires à ceux retrouvés chez l'hélicase, existe néanmoins. Deux autre

: Arbre phylogénétique des Astroviridae [85]

petits virus non enveloppés, icosaédriques, mesurent 28 à 30 nm de génome est composé d'un ARN simple brin à polarité positive long d'environ 6 La taille du génome varie entre 6,17kb (astVs humains de souche MLB) et 7,7 kb

[88].

Le génome viral est constitué de 3 ORF : les ORF 1a et ORF lb codent les protéines non structurales, et l'ORF2 code les protéines structurales. Il possède également des UTR aux

(Figure 11) [89]:

sé d'environ 2 800 nt et code un polypeptide d'environ 900

clivé en quatre protéines, dont une protéase. Aucune région codant l'hélicase n'a, à l'heure actuelle, été identifiée dans le génome des Astroviridae, ce qui est rare chez les virus a ARN simple brin de taille supérieure à 6 000 nt. L'hélicase joue, en effet, un rôle important dans la réplication du génome. Une région en amont de la protéase codant pour 6 motifs transmembranaires qui présentent des sites de liaison et de catalyse similaires à ceux retrouvés chez l'hélicase, existe néanmoins. Deux autres protéines peu caractérisées sont également

[85].

non enveloppés, icosaédriques, mesurent 28 à 30 nm de génome est composé d'un ARN simple brin à polarité positive long d'environ 6 La taille du génome varie entre 6,17kb (astVs humains de souche MLB) et 7,7 kb et ORF lb codent les protéines non structurales, et l'ORF2 code les protéines structurales. Il possède également des UTR aux de d'environ 900 aa qui sera clivé en quatre protéines, dont une protéase. Aucune région codant l'hélicase n'a, à l'heure , ce qui est rare chez les virus a ARN n effet, un rôle important dans la réplication du génome. Une région en amont de la protéase codant pour 6 motifs transmembranaires qui présentent des sites de liaison et de catalyse similaires à ceux retrouvés s protéines peu caractérisées sont également

codées par l'ORE lb : une superhélice à l'extrémité N terminale et une phosphoprotéine hypervariable ressemblant fortement aux protéines VPg des C

essentiel d'amorce dans la réplication traduction du génome répliqué.

- L'ORF lb est constitué d'environ 1 500 nt et contient le gène de l'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp). Cette protéine prend en charge la réplication du virus à partir du d'ARN viral.

- Un chevauchement de 10 à 148 nt entre les ORF1 a et ORF1b permet un décalage de phase nécessaire à la traduction de l'ORF

l'ORF lb et l'ORF2 est observé chez les astrovirus de mammifères.

- L'ORF2 fait environ 2 500 nt et code pour trois protéines (VP34, VP27 et astrovirus humain) qui constituent la capside du virus.

Figure 11 : Organisation du génome des

Des analyses de séquences entre astrovirus issus d'hôtes différents montrent une variabilité importante entre les protéines structurales et non structurales. Ainsi, la séquence

pour la RdRp peut présenter jusqu'à 25 % de différence entre diverses souches d'astVs humains du même groupe (HAstV

La longueur des ORFs varie également selon les astrovirus en raison des phénomènes d'insertions/délétions (in/del). La taille de l'ORF

plus fréquente d'in/del près de l'extrémité 3'. L'ORF 1

codées par l'ORE lb : une superhélice à l'extrémité N terminale et une phosphoprotéine ortement aux protéines VPg des Calicivirus, jouant un rôle essentiel d'amorce dans la réplication du génome viral, ainsi que dans l'initiation de la traduction du génome répliqué.

L'ORF lb est constitué d'environ 1 500 nt et contient le gène de l'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp). Cette protéine prend en charge la réplication du virus à partir du Un chevauchement de 10 à 148 nt entre les ORF1 a et ORF1b permet un décalage de phase nécessaire à la traduction de l'ORF lb en RdRp. Un chevauchement supplémentaire entre

lb et l'ORF2 est observé chez les astrovirus de mammifères.

L'ORF2 fait environ 2 500 nt et code pour trois protéines (VP34, VP27 et ) qui constituent la capside du virus.

: Organisation du génome des Astroviridae [89]

entre astrovirus issus d'hôtes différents montrent une variabilité importante entre les protéines structurales et non structurales. Ainsi, la séquence

pour la RdRp peut présenter jusqu'à 25 % de différence entre diverses souches d'astVs s du même groupe (HAstV-VA1 et HAstV-VA2, par exemple) [90]

La longueur des ORFs varie également selon les astrovirus en raison des phénomènes d'insertions/délétions (in/del). La taille de l'ORF 1a est la plus variable du fait de la présence l près de l'extrémité 3'. L'ORF 1b qui code la RdRp est la région la plus codées par l'ORE lb : une superhélice à l'extrémité N terminale et une phosphoprotéine alicivirus, jouant un rôle du génome viral, ainsi que dans l'initiation de la L'ORF lb est constitué d'environ 1 500 nt et contient le gène de l'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp). Cette protéine prend en charge la réplication du virus à partir du brin Un chevauchement de 10 à 148 nt entre les ORF1 a et ORF1b permet un décalage de phase lb en RdRp. Un chevauchement supplémentaire entre L'ORF2 fait environ 2 500 nt et code pour trois protéines (VP34, VP27 et VP25 chez les

[89].

entre astrovirus issus d'hôtes différents montrent une variabilité importante entre les protéines structurales et non structurales. Ainsi, la séquence d’aa codant pour la RdRp peut présenter jusqu'à 25 % de différence entre diverses souches d'astVs

[90].

La longueur des ORFs varie également selon les astrovirus en raison des phénomènes a est la plus variable du fait de la présence b qui code la RdRp est la région la plus

conservée du génome. Même si l'ORF2 ne varie pas autant que l'ORF1 a en longueur, cette portion du génome présente la plus grande variabilité de séquence nucléotidique d'un virus à l'autre. La portion codant la protéine VP34, principal composant de la coque de la capside, reste assez conservée, tandis que les régions codant les protéines VP25 et VP27, en interaction avec les récepteurs des cellules hôtes, présentent de très fortes variabilités [85].