Le contexte d’apparition de la maladie, la durée d’incubation et l’évolution des signes cliniques peuvent faire soupçonner l’agent pathogène responsable de la gastro
néanmoins seule la détection directe du micro-organisme dans les selles permettra de La grande majorité des investigations étiologiques est réalisée en -entérite aigue étant dans la majorité des cas bénigne et en l’absence de traitement spécifique par virus, des analyses virologiques sont rarement
n médecine de ville [151].
Le diagnostic étiologique des gastro-entérites virales repose sur la recherche directe des antigènes viraux dans les selles. Historiquement, la ME fut la première technique permettant de révéler la présence de ces virus dans les selles. Cependant, avec l’apparition de techniques plus performantes et moins fastidieuses, la ME n’est plus utilisée dans le diagnostic de routine entérites virales. Le tableau II suivant indique les techniques actuellement utilisées pour la détection des rotavirus, des norovirus et des adénovirus [151]
: Méthodes de diagnostic des virus de GEA [151]
La culture virale est possible uniquement pour les adénovirus et reste néanmoins peu quente. Ce sont surtout les méthodes immunologiques et plus récemment la biologie moléculaire qui sont utilisées pour le diagnostic des virus de gastro-entérites aigues
a maladie, la durée d’incubation et l’évolution des signes de la gastro-entérite, organisme dans les selles permettra de La grande majorité des investigations étiologiques est réalisée en étant dans la majorité des cas bénigne et en l’absence de traitement spécifique par virus, des analyses virologiques sont rarement entérites virales repose sur la recherche directe des fut la première technique permettant selles. Cependant, avec l’apparition de techniques n’est plus utilisée dans le diagnostic de routine suivant indique les techniques actuellement utilisées
[151].
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reste néanmoins peu quente. Ce sont surtout les méthodes immunologiques et plus récemment la biologie entérites aigues en routine
A. Circonstances de demande
Bien que la maladie induite par les virus soit cliniquement indissociable des gastro-entérites causées par d'autres agents infectieux induisant une diarrhée sécrétoire (tels que les Escherichia coli entérotoxinogène et Yersinia entérolitica), plusieurs facteurs peuvent indiquer une infection virale :
- Une symptomatologie polymorphe de gastro-entérite touchant l’enfant ou le nourrisson (L’étiologie virale représente plus de 80% des diarrhées infantiles)
- Une symptomatologie révélatrice : selles non sanglantes, syndrome "pseudo-grippal", céphalées, myalgies, fébricule, douleurs abdominales, vomissements, atteintes ORL
- Une durée brève avec risque de déshydratation aigue - Une lymphocytose inconstante
- Le contexte épidémique - Le contexte saisonnier
B. Phase pré analytique : Modalités de prélèvement et de conservation
Le prélèvement des selles fraîches (quelques grammes sans milieu de transport) est le seul utile. Il se fera dans un flacon stérile avec fermeture hermétique, correctement identifié en inscrivant dessus le nom et prénom du patient, ainsi que la date et l’heure du recueil, accompagné d’une feuille de prescription correctement remplie par le médecin et sur laquelle les renseignements cliniques seront notés. Ensuite le prélèvement sera transmis au laboratoire (<2h) à température ambiante. Si l’analyse devrait être différée, il sera conservé à +4°C pendant 72h afin d’éviter la dessiccation, la prolifération des bactéries commensales, et les écarts de pH ; ou alors -30°C pour un stockage prolongé [26].
C. Phase analytique
Figure 16 : Principales méthodes de détection des virus responsables de gastro-entérites [26].
1. Diagnostic direct
a) Visualisation par microscopie électronique
Bien qu'historiquement la ME ait été la technique de choix, en l'absence de réactifs adéquats, pour la découverte de nombreux virus entériques, cette approche a été progressivement remplacée par les techniques de biologie moléculaire plus simples d'utilisation. Cette technique coûteuse et insensible, n'est donc pas largement disponible dans les laboratoires de diagnostic, elle reste un outil de recherche. La limite de détection de la ME varie de 106 à 107 particules virales, cette limite peut être plus faible avec l'utilisation d'anticorps fluorescents. La ME permet la visualisation directe des particules virales et peut distinguer les particules intactes des coquilles de capside «vides» qui apparaissent généralement comme des fantômes avec un centre dense aux électrons due à l'accumulation du colorant et une périphérie extérieure brillante. Bien que la technique soit relativement insensible, elle reste utile pour la
détection d'agents pathogènes viraux émergents mais présente peu d'utilité pour la détection de la contamination dans les aliments et les échantillons environnementaux [152].
Son principe repose sur les interactions entre un faisceau d’électrons accélérés et l’échantillon, aboutissant via un système de lentilles à une image d’une très haute résolution (0,08 nm). La distinction des virus est améliorée en augmentant le contraste de l’image par coloration négative [152].
b) Détection des antigènes viraux
Les méthodes ELISA (Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay), d'agglutination latex et d'immunochromatographie sont des méthodes immunologiques basées sur la liaison spécifique antigène-anticorps. Cette liaison peut être révélée par agglutination, par coloration enzymatique ou par fluorescence. L’utilisation d’anticorps monoclonaux a permis d’augmenter leur spécificité et leur reproductibilité, cependant et contrairement à la biologie moléculaire, ces techniques ne permettent pas de distinguer les sérotypes viraux [151].
i. Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (ELISA)
Malgré une sensibilité et une spécificité satisfaisantes, les techniques ELISA sont en désuétude depuis l’arrivée de méthodes plus rapides et performantes tels que les tests immunochromatographiques et la biologie moléculaire. Adaptées aux analyses de grandes séries, elles ne le sont pas pour les analyses unitaires ou en urgence car elles exigent un minimum d'équipement de laboratoire et la durée d’analyse est relativement longue. Pour se rapprocher d’un diagnostic en temps réel fiable, simple et peu coûteux, les tests immunochromatographiques connaissent un essor important et sont préférés à ELISA [151].