Données épidémiologiques

Depuis sa découverte il y a plus de 40 ans, le RV est considéré comme une cause majeure de morbidité et de mortalité chez les nourrissons et les enfants, en particulier dans les pays en voie de développement. Presque tous les enfants du monde âgés de moins de 5 ans courent un risque d'infection par le rotavirus [24].

En 1980, aux États-Unis, le rotavirus était la principale cause de gastro-entérite grave chez les nourrissons et les jeunes enfants. On sait maintenant que l’infection à rotavirus est presque universelle, presque tous les enfants étant infectés avant l’âge de 5 ans. Le RV a été responsable de 20 à 60 décès par an aux États-Unis [24].

Selon une estimation de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), le RV cause environ 450 000 décès, dont plus de 90% des décès surviennent dans des pays en voie de développement d’Asie et d’Afrique, plus de 2 millions d’hospitalisations et de 25 millions de cas de consultations externes chaque année [34].

Le rotavirus infecte principalement les jeunes enfants de moins de cinq ans et est responsable de 20% à 30% de de gastro-entérite grave nécessitant une hospitalisation. Il est responsable de 124 millions de consultation chez le médecin et 9 millions d'hospitalisations avec 1,3 million de décès par an chez les enfants de moins de 5 ans dans le monde [35].

Aujourd’hui, les rotavirus du groupe A sont responsables de 29 à 45% des hospitalisations pour diarrhées sévères et plus de 600.000 morts par an dans le monde, essentiellement dans les pays à bas et à moyen revenu où la malnutrition et le mauvais état des structures sanitaires viennent aggraver le pronostic [36].

En Europe, le taux de mortalité par infection à rotavirus est d'un cas sur sept, plus de 87 000 admissions aux hôpitaux et un peu près de 700 000 consultations externes. En France, les infections à RV sont responsables annuellement chez les enfants de moins de cinq ans de près de 140.000 consultations et 18.000 hospitalisations, les décès restant exceptionnels [36]. Malheureusement, le taux de mortalité est très élevé dans les pays d’Asie du Sud et d’Afrique [34]. Selon une étude récente menée par Tate et ses collègues en 2013, quatre pays (Inde, Nigéria, Pakistan et République démocratique du Congo) représentaient la moitié (49%) de l’ensemble des décès estimés survenus dans le monde [37].

Les rotavirus sont un important problème de santé publique en milieu hospitalier car ils sont la première cause d’infection nosocomiale en milieu pédiatrique et représentent entre 27 et 32% des infections nosocomiales selon les pays. Chez l’enfant plus âgé et surtout chez l’adulte, les réinfections à RV sont assez communes mais les manifestations cliniques sont peu importantes voire totalement absentes compte tenu de la persistance d’une forte immunité

acquise pendant l’enfance. L’adulte infecté constitue néanmoins un vecteur de transmission pour les plus jeunes du fait de cette présentation pauci-symptomatique de la maladie [21]. Au Maroc, le taux de mortalité infanto-juvénile reste élevé à 36,2 pour mille. Les maladies diarrhéiques représentent la deuxième cause de mortalité infanto-juvénile (33%) après les infections respiratoires (36%). Concernant la prévalence de la diarrhée, l’enquête Nationale sur la Population et la Santé Familiale 2011 montre que, sur l’ensemble des enfants âgés de moins de 5 ans, 16,3 % ont eu une diarrhée pendant les deux semaines ayant précédé l’enquête. Cette prévalence varie de façon importante selon le groupe d’âge. Elle atteint sa valeur la plus élevée (22%) chez le groupe d’âge 6-23 mois. Plusieurs efforts ont été développés pour réduire la mortalité et la morbidité liées à la diarrhée, ainsi, un programme national de lutte contre les maladies diarrhéiques a été mis en place depuis 1987, il vise une prise en charge adéquate des cas de diarrhées autant à domicile qu’au niveau des formations sanitaires. En 1997, le Maroc a adopté une nouvelle approche : « la prise en charge intégrée des maladies de l’enfant », puis « la Prise en Charge Intégrée de l’Enfant » qu’il soit sain ou malade [38].

Dans la même optique, en 2006 un réseau de surveillance sentinelle des GEA à Rotavirus chez les enfants de moins de 5 ans, a été mis en place au niveau de 5 régions. Les sites sentinelles étaient représentés par les services de pédiatrie au niveau des hôpitaux régionaux d’Oujda, Tanger, Bénimellal, Casablanca et l’hôpital d’enfant du centre hospitalier universitaire (CHU) de Rabat. En 2009, le système a été élargi aux centres de santé (CS) à raison d’un centre de santé par site sentinelle [38].

Une étude de la base des données collectées au niveau des sites sentinelles, entre 2006 et 2010, a permis de décrire l’épidémiologie des gastro-entérites aigues à Rotavirus au Maroc. Elle a montré que les GEA à Rotavirus évoluent selon une saisonnalité automnale, avec une activité plus élevée durant les mois d’octobre et novembre. La tranche d’âge de 3 à 8 mois est la plus touchée. La proportion des cas positif au Rotavirus par rapport à l’ensemble des prélèvements réalisés est de 41% pour les hôpitaux, et 18% pour les centres de santé sentinelles. Les génotypes circulant au Maroc sont le G1P[8] (55%) suivie de G9P[8] (12%), G1G2P[8] (7%), G2P[6] (7%) et G1P[6] (2%). Cependant, cette même étude a montré un

relâchement de la surveillance au niveau des différents sites, le site d’Oujda étant le plus performant en matière de recrutement des cas [38].

Les cas sévères et/ou compliqués de déshydratation aigue grave ont nettement régressé grâce à de nombreuses interventions, entre autres, les progrès de l’hygiène alimentaire, l’approvisionnement en eau potable et l’élimination des déchets, la mise en place en 1980-87 du Programme de Lutte contre les Maladies Diarrhéiques et la généralisation de la vaccination anti-rotavirus depuis Octobre 2010 [39].

B. Calicivirus

Si les Rotavirus sont la principale cause de gastroentérites virales aigües sévères chez le nourrisson, l’incidence de ces infections a largement diminué après l’introduction de la vaccination, cédant aux Calicivirus (et principalement les Norovirus) la place de la cause majeure des gastroentérites toutes classes d’âges confondues et quels que soient les pays [40]. Il est maintenant admis que les norovirus sont des agents majeurs de gastro-entérites aiguës sporadique d’origine alimentaire ou hydrique, dans toutes les tranches d’âge dans la communauté et en médecine générale, ainsi que chez les enfants en consultation spécialisée ou hospitalisés [41].

Les Calicivirus ont dans un premier temps été classés selon des critères morphologiques de ME, dont le prototype est le virus de Norwalk. Cette classification était floue et s’est révélée inadéquate lorsqu’on a connu la séquence génomique de ces virus conduisant l’ICTV a proposé la création d’une nouvelle famille nommée Caliciviridae. Le nom de Calicivirus vient du mot latin «calyx» qui signifie «calice», la surface des virus présentant, en ME des dépressions en forme de calices. Récemment la famille des Caliciviridae a été divisée en 5 genres (Figure 6) : Norovirus (anciennement Norwalklike virus), Sapovirus (anciennement Sapporolike virus), Vesivirus, Lagovirus et Nebovirus basée sur les différences dans l'organisation du génome, les stratégies de codage ou encore l'hôte. Les Calicivirus pathogènes pour l’homme sont classés dans deux genres, Norovirus et Sapovirus qui sont responsables de gastro-entérites aiguës très contagieuses [42].

Figure 6 : Arbres phylogénétiques au sein de la famille des

B.1. Norovirus

1. Caractères virologiques

En 1968, une épidémie de gastro

Norwalk aux Etats-Unis. Malgré de nombreuses analyses n’avait pu être identifié dans les prélèvements collectés. C coll., ont mis en évidence à l

particules de 27 nm dans des échantillons de matières fécales provenant de cette épidémie ainsi que dans des prélèvements de volo

même épidémie [43].

Ce petit virus fut baptisé « Norwalk » (NLV) ou Agent de la «

souche prototype d'un grand groupe de virus non cultivables, constituant à l’heure actuelle principaux agents d’épidémie de

la souche Norwalk en 1990, a permis le séquençage du génome complet, ce qui par la suite a

: Arbres phylogénétiques au sein de la famille des Caliciviridae