Protéines uniquement quantifiées dans au moins quatre échantillons du groupe « sensible » « sensible »

L’interprétation des résultats est faite en considérant ces neuf protéines comme étant présentes dans le groupe « sensible » et absentes dans le groupe « réfractaire » (tableau 21).

Protéine Gène Nombre total de peptides uniques Intensité normalisée moyenne (x105)

UAP56-interacting factor FYTTD1 3 7,48

Oxygen-dependent

coproporphyrinogen-III oxidase, mitochondrial ^{CPOX 6 7,02}

Paired box protein Pax-5 PAX5 3 6,00

B-lymphocyte antigen CD19 CD19 5 6,03

TBC1 domain family member 22A TBC1D22A 3 5,21

CUGBP Elav-like family member 1 CELF1 2 5,44

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Z UBE2Z 2 5,28

LIM and cysteine-rich domains protein 1 LMCD1 4 9,06

Protein NDRG3 NDRG3 3 5,39

Tableau 21

Liste des neuf protéines quantifiées dans au moins quatre échantillons sur six du groupe "sensible" et non quantifiées dans le groupe "réfractaire".

122

La protéine UAP56-interacting factor (UIF) est la seule parmi ces neuf à avoir été quantifiée dans l’ensemble des échantillons du groupe « sensible ». Cette protéine est codée par le gène FYTTD1 et joue un rôle d’adaptateur dans l’export des ARN messagers du noyau vers le cytoplasme. Ce processus d’export est notamment médié par la protéine NXF1 et nécessite le recrutement au niveau des ARNm de l’adaptateur canonique REF/ALY. Ce recrutement est réalisé par l’intermédiaire de la protéine UAP56.134 La protéine UIF se co-localise quant à elle sur les mêmes ARNm que l’adaptateur canonique REF/ALY.135 D’autres protéines intervenant dans cette voie d’export des ARNm ont pu être identifiées et quantifiées dans les deux groupes de patients, mais sans différence significative d’expression :

- NXF1 a pu être quantifiée dans cinq échantillons (deux échantillons du groupe « réfractaire » et trois échantillons du groupe « sensible »),

- UAP56 et REF/ALY ont été quantifiées dans les douze échantillons.

La protéine PAX5 est un facteur de transcription qui joue un rôle majeur dans la lymphopoïèse. Il permet d’orienter les cellules vers la lignée lymphoïde B tout en réprimant l’expression des gènes impliqués dans la différenciation lymphoïde T.¹³⁶ Son rôle dans le développement des hémopathies lymphoïdes B est encore mal connu. Des anomalies du gène PAX5 (délétions ou translocations) sont fréquemment décrites dans les leucémies aiguës lymphoblastiques.137,138 Des travaux récents réalisés sur des lignées cellulaires de lymphomes à cellules du manteau ont montré que l’inhibition de l’expression du gène PAX5 était associée à un phénotype plus agressif avec augmentation de la prolifération cellulaire et des capacités d’infiltration des cellules tumorales. Cette inhibition du gène

PAX5 est également associée à une résistance au traitement plus importante ainsi qu’au

développement de formes agressives de type blastoïdes.139

Le CD19 appartient à la superfamille des immunoglobulines. Cette protéine est un marqueur des lymphocytes B. Elle participe à leur activation par la voie du BCR.¹⁴⁰ Son expression est notamment régulée par PAX5.¹⁴¹ Cette protéine est une cible thérapeutique¹⁴² avec, en particulier, le développement d’anticorps bi-spécifiques anti-CD19 / anti-CD3 (BiTE, Bi-specifique T-cell Engager). Dans cette classe thérapeutique d’anticorps monoclonaux, le blinatumomab a récemment obtenu une autorisation de mise sur le marché pour le traitement des leucémies aiguës lymphoblastiques.143 Un essai de phase II récemment publié a évalué cet anticorps dans le traitement des LBDGC réfractaires : un taux de réponse global de 43 % a pu être obtenu.¹⁴⁴ Dans cet essai il n’y a pas de donnée disponible concernant le niveau d’expression du CD19. Ce niveau d’expression pourrait éventuellement permettre de mieux identifier les patients éligibles à ce type de traitement.

123 3.2. Protéines uniquement quantifiées dans au moins quatre échantillons du groupe

« réfractaire »

L’interprétation des résultats est faite en considérant les onze protéines comme étant présentes dans le groupe « réfractaire » et absentes dans le groupe « sensible » (tableau 22).

Protéine Gène ^{Nombre total de}

peptides uniques

Intensité normalisée moyenne (x10⁵)

stromal interaction molecule 1 (STIM1) STIM1 4 10,8

DENN domain-containing protein 1C DENND1C 2 3.70

Guanine nucleotide-binding protein

subunit beta-4 ^{GNB4 3 13,3}

Very long-chain acyl-CoA synthetase SLC27A2 5 7,53

Endonuclease domain-containing 1

protein ^{ENDOD1 3 7,65}

Integrin alpha-5 ITGA5 5 5,94

Lysosomal acid phosphatase ACP2 4 6,33

Tyrosine-protein kinase ZAP-70 ZAP70 5 6,81

Reticulocalbin-2 RCN2 3 11,1

Tripartite motif-containing protein 47 TRIM47 2 6,39

COMM domain-containing protein 3 COMMD3 3 8,54

Tableau 22

Liste des onze protéines quantifiées dans au moins quatre échantillons sur six du groupe "réfractaire" et non quantifiées dans le groupe "sensible".

La protéine stromal interaction molecule 1 (STIM1) est la seule à avoir été quantifiée dans les six échantillons. Elle est codée par le gène STIM1. Les protéines STIM 1 et 2 jouent un rôle important dans le contrôle de l’homéostasie intracellulaire du calcium et dans la régulation des signaux calciques. Elles sont localisées au niveau du réticulum endoplasmique et interagissent notamment avec les canaux calciques Orai1.^145,146 Des travaux récents d’une équipe française ont montré que le rituximab pouvait entrainer une co-localisation au niveau de la membrane cytoplasmique du CD20, du CD95, des canaux calciques Orai1 et de la protéine STIM1. Le signal calcique ainsi généré pourrait inhiber l’apoptose induite par le CD20. L’inhibition de ces canaux calciques pourrait donc représenter une piste potentielle pour restaurer l’action pro-apoptotique du rituximab.¹⁴⁷

124

Les protéines de la famille COMMD (Copper Metabolism gene MURR1 Domain-containing) sont des protéines ubiquitaires intervenant dans la régulation de la voie NF-κB. L’activation de la voie NF-κB est est décrite dans de nombreux types de lymphomes,148 en particulier le sous-type ABC des LBDGC.¹⁴⁹ Parmi les protéines de la famille COMMD, COMMD1 est la mieux connue. Elle participe à l’inhibition de la voie NF-κB par l’ubiquitination de RELA et sa dégradation au niveau du protéasome.150 Les mécanismes impliquant COMMD3 sont quant à eux moins bien connus. Son expression tissulaire la plus importante se trouve dans le thymus et COMMD3 peut s’associer à COMMD1.151 Contrairement à COMMD3, la protéine COMMD1 a été quantifiée dans les deux groupes de patients, mais uniquement dans deux échantillons du groupe « réfractaire » et trois du groupe « sensible ». Ces résultats suggèrent que la protéine COMMD3 pourrait donc un rôle spécifique dans la régulation de la voie NF-κB dans les LBDGC chimio-résistants.

La protéine ZAP70 (Zeta-Chain Associated Protein kinase 70 kDa) est une protéine cytoplasmique à activité tyrosine kinase qui intervient dans la voie de signalisation du récepteur des lymphocytes T.152 Son expression aberrante dans les hémopathies lymphoïdes B est connue, tout particulièrement dans la leucémie lymphoïde Chronique au cours de laquelle son expression est associée à un pronostic plus péjoratif.153 Beaucoup moins de données sont disponibles concernant l’expression de ZAP70 dans les LBDGC, mais elle pourrait être plus importante dans le sous-type ABC.154