I. Matériel végétal

Les deux matériels végétaux utilisés pour ce travail sont:

- Pour l’espèce, C. arabica, le cultivar Catuai est choisi pour les raisons déjà décrites précédemment.

- Pour l’espèce C. canephora, le matériel génétique utilisé ici est une descendance libre (pollinisation non contrôlée) d’un des clones parents du cultivar hybride Nemaya : le T3751 (1 -2).

Le substrat utilisé pour les germoirs et l’empotage consiste en un mélange de cendres volcaniques et de terre dans une proportion de 1:2. Ce substrat est stérilisé au bromure de méthyle dans un bac de traitement prévu à cet effet durant 15 jours. Le substrat est ensuite laissé 1 mois et demi à l’air Ubre et brassé périodiquement.

Après germination, les plantules au stade feuilles cotylédonaires, environ 50 jours après semis, sont mises en pots de 0,015 dm3. Les plants sont disposés dans une serre couverte par un filet double filtrant les rayonnements solaires. Les conditions de température et d’hygrométrie

Chapitre 2 : Matériels et méthodes

3. Caractérisation biologique de trois isolats de Pratylenchus spp.

3.Z.2.2. Méthodes d ’inoculation

Les inoculums sont récupérés de la même manière que pour l’étude de dynamique de pénétration. Les suspensions sont ajustées pour avoir des concentrations d ’environ 40 nématodes/ml. Chaque plant est inoculé 90 jours après germination (stade 2 paires de feuilles) avec 200 nématodes (adultes et juvéniles confondus) sur la surface du substrat autour du collet à l’intérieur d ’un cercle de 2 cm environ. Le volume d ’inoculum est d ’environ 5 ml en fonction de la concentration de la suspension et est appliqué à l’aide d ’un Pipetman 2000 ®. Pour chaque isolât, et chaque matériel végétal, 30 caféiers sont ainsi inoculés. Trente plants témoins de chacun des deux matériels végétaux sont également conservés sans inoculation. Un jour avant l’inoculation des nématodes, les plants sont arrosés au point de saturation puis ceux ci restent sans arrosage durant 3 jours avec seulement une humectation des feuilles afin d ’éviter au maximum le lessivage de l’inoculum. Les plants sont ensuite quotidiennement arrosés par jet d’eau à faible pression.

3.2.2.3. Variables observées et analyses des données

Afin d ’évaluer la capacité parasitaire des isolats sur les deux matériels végétaux, la population de nématodes présente dans les racines est évaluée après extraction des nématodes par la méthode de centrifugation-flottation (voir dans ce chapitre § 4.1.2) à 50, 100 et 150 jours après inoculation. Les données de populations de nématodes ayant pénétré dans les racines sont transformées en log [x+1] pour homogénéiser les variances et réaliser les analyses de variance à l’aide du logiciel STATU'CF. Une analyse de variance est réalisée pour chaque date d ’observation sur l’ensemble des données de populations obtenues sur C. arabica et C. canephora pour les trois isolats. Les moyennes sont classées par le test de Newman et Keuls (P < 0,05). Pour la deuxième observation, 100 jours après l’inoculation, le comptage est effectué en distinguant les différents stades de développement, oeufs, juvéniles, adultes, et le sexe pour ces derniers. Une analyse de variance est réalisée sur l’indice andrique et le taux [oeufs+juvéniles]/femelles ([W +J]/?) observés sur C. arabica et C. canephora pour les trois isolats. La relation entre la densité de populations de nématodes dans les racines et le taux [W+J]/? est analysée et le modèle le mieux ajusté à ces données est recherché au moyen des logiciels CurvX et Statistica.

Chapitre 2 : M atériels et méthodes

3. Caractérisation biologique de trois isolats de Pratylenchus spp.

Les effets du parasitisme par les nématodes sur les plants sont évalués, également à 50, 100 et 150 jours après inoculation en mesurant : la hauteur de tige (du collet à l’apex de la tige orthotrope) ; les poids frais des racines et de la partie aérienne (séparation au niveau du collet). On en déduit le poids frais total des plants. Afin de pouvoir comparer les résultats des variables végétatives mesurées sur les deux matériels végétaux différents, on calcule les poids frais relatifs des plants par rapport au poids frais moyen des plants témoins non inoculés, du même matériel génétique, C. arabica ou C. canephora, à la même date.

La relation entre les dommages observés sur la plante et la densité de nématodes dans les racines est analysée. Dans un premier temps, on étudie la relation entre la capacité de chaque isolât à réaliser des dommages et sa capacité parasitaire. Pour cela on analyse la relation entre le poids frais moyen des racines ou de la partie aérienne de tous les plants sur lesquels a été inoculé un isolât donné, 150 jours après inoculation et la moyenne des effectifs de nématodes par g de racines, observés 50 et 100 jours après inoculation du même isolât et transformés en log [x+1]. Cette variable de densité de populations de nématodes calculée à partir des données observées à deux dates permet une meilleure évaluation de la croissance des populations de nématodes. le modèle le mieux ajusté à ces données est recherché au moyen des logiciels CurvX et Statistica. Dans un deuxième temps cette relation entre les dommages observés sur la plante et la densité de nématodes dans les racines est analysée au niveau individuel des plants en utilisant les poids frais relatifs afin de pouvoir comparer les données observées sur les deux matériels génétiques C. arabica et C. canephora. Cette relation est étudiée avec les données observées 100 jours après l ’inoculation des nématodes lorsque les populations sont encore en croissance ou bien à leur niveau maximum, pour les trois isolats. On analyse donc la relation entre le poids frais relatif des racines ou de la partie aérienne de chaque plant et la moyenne des densités de nématodes dans les racines transformés en log [x+1]. La recherche d ’un modèle s’ajustant aux données observées est effectuée au moyen des logiciels CurvX et Statistica.

Chapitre 2 : Matériels et méthodes

4. Etudes sur la bioécologie de quelques populations naturelles de Pratylenchus

4 . E t u d e s s u r l a b i o é c o l o g i e d e q u e l q u e s p o p u l a t i o n s n a t u r e l l e s d e

Pr a t y l e n c h u s