cofffeae Japon (Saitama) Ipomoea batata 0,87 1,33 1,05

P. cofffeae Japon (Okinawa) Bambusa sp. 1,80 0,77 1,01

P. cofffeae Brésil Coffeasp. 2,06 1,39 0,54

P. cofffeae Indonésie (Java) Coffeasp. 1,25 2,87 3,10

P. cofffeae Indonésie (Java) Coffeasp. (Collection) 1,53 2,43 1,14

P. gutierrezi (P) Costa Rica Coffeasp. 4,26 3,81 2,40

P. gutierrezi (T) Costa Rica Coffeasp. 2,17 2,99 1,44

P. gutierrezi Costa Rica Coffeasp. 2,23 2,53 0,81

Pratylenchus sp.

(P. gutierrezi ?) Costa Rica Coffeasp. * 1,83 3,37 2,39

Pratylenchus sp.

(P. gutierrezi ?) Guatemala** Coffeasp. * 2,88 4,68 4,23

P. panamaensis Panama Coffeasp. 1,92 1,74 0,04

(P) : Paratypes ; (T) : Topotypes

* : Isolats élevés sur rondelles de carottes in vitro ** : Isolât Buena Vista

Chapitre 3 : Résultats-Discussion

1. Etudes morpho-anatomiques des isolats de Pratylenchus

dont une population topotype sont proches l’une de l’autre. L’isolat dont elles se rapprochent le plus est l’isolat Chitalon D2 = 0,81 et D2 = 1,44 (topotype).

Parmi les deux populations paratypes de P. pseudocoffeae prélevées toutes deux sur astéracées, celle de Nagasaki prélevée sur Artemisia se rapproche du centre de gravité de Chitalon (D2 = 0,87) alors que celle de Miazaki prélevée sur Chrysanthemum se rapproche du centre de gravité de Chamtaca (D2 =1,17). Ces deux populations paraissent plus proches des populations de P. coffeae que des populations de P. gutierrezi.

Etude comparée de la longueur des mâles:

Les moyennes de longueur de corps des mâles des isolats Moca, Chamtaca et Chitalon sont toutes les trois différente (P < 0,05) (tableau 3.11 et figure 3.20).

Pour les trois isolats, les mâles ont une longueur de corps inférieure (P <, 0,05) à celle des femelles. Le rapport entre longueurs moyennes des femelles et des mâles est similaire pour les trois isolats (de 1,13 à 1,19). De ce fait, le classement de ces trois isolats selon la longueur de corps des mâles est le même que celui observé selon la longueur de corps des femelles à savoir que la longueur des mâles de l’isolat Moca est supérieure (P < 0,05) à celle de l’isolat Chamtaca, elle- même supérieure (P < 0,05) à celle de l’isolat Chitalon. Les intervalles de confiance à 95% de la longueur des mâles des deux isolats Chamtaca et Chitalon se chevauchent entre eux mais ne se chevauchent pas avec celui de l’isolat Moca.

La comparaison graphique de la longueur des mâles des trois isolats étudiés avec celle observée chez d’autres espèces morphologiquement proches : P. coffeae, P. pseudocoffeae,

P. gutierrezi, et P. loosi n’est réalisée qu’à titre indicatif (figure 3.20). Ne disposant en effet que

des valeurs moyennes des populations de référence, il n’est pas possible de réaliser de tests statistiques. On observe que l’intervalle de confiance à 95% de la longueur de corps des mâles de l’isolat Chitalon montrent des données inférieure aux moyennes des autres populations.

Tableau 3.11. L o n g u eu r de co rp s des m âles d e trois isolats de Pratylenchus.

Iso lât n L ongueur m oyenne ± E cart Type (M inim um -M axim um ) M oca 43 464.0 ± 17.5 (427.92 - 499.0) a C ham taca 43 416.5 ± 2 1 .6 (362.1 -4 6 0 .8 ) b C hitalon 43 390.9 ± 2 5 .7 (356.9 - 519.7) c

Les m oyennes suivies d ’une m êm e lettre ne sont p as significativem ent différentes selon le te s t de N ew m an et Keuls (P < 0,001). 650-r 600 -_ 5 5 0 -dL

I

fw

d=i

Quarti les O Médiane X Moyenne

de

CD

M oca Cham taca Chitalon P .p seuM i P .pseuN ag P .^ it

cri

P.cof

en

cri

P.pan

Moy. +/_ E.T. Min. / Max

P.pseu Mi : Allotypes (n = 11) de P. pseudocoffeae (Miyazaki) (Mizukubo, 1992a) P.pseu Nag : Allotypes (n = 1) de P. pseudocoffeae (Nagasaki) (Mizukubo, 1992a) P.gut : Allotypes (n = 20) de P. gutierrezi (Golden et al., 1992)

P .cof : Allotypes (n = ?) de P. coffeae (Loof, 1960) P.loo : Allotypes (n = ?) de P. loosi (Loof, 1960)

P. Pan : Allotypes (n = 11) de P. panamensis (Siddiqi et al., 1991)

Figure 3.20. Comparaison de la longueur de corps des mâles de trois isolats de Pratylenchus avec celles d ’allotypes (mâles) de différentes espèces morphologiquement proches de P. coffeae.

Chapitre 3 : Résultats-Discussion

1. Etudes morpho-anatomiques des isolats de Pratylenchus

1.2.2. Discussion

Différenciation des isolats d ’après les descripteurs morphométriques des femelles:

L’analyse de variance (tableau 3.4) sur les dix variables retenues pour l’AFD montre, à l’exception de la longueur du stylet (STY) et la position de la vulve (V), des différences significatives entre les trois isolats. Malgré ces différences significatives observées entre isolats, la forte variabilité de ces variables au sein de chaque isolât entraîne des chevauchements importants des rangs de valeurs observées pour chacun des isolats (figure 3.16). Les différents descripteurs morphométriques pris isolément ne permettent donc pas de classer tous les individus des trois isolats de l’étude. De ce fait, ces caractères ne peuvent être utilisés séparément à des fins de diagnose.

En revanche le pseudo-F du premier axe factoriel discriminant est très supérieur au plus grand des F calculés pour chacun des dix descripteurs (tableau 3.5) et atteste de la pertinence de l’AFD pour discriminer les trois isolats étudiés par rapport à la simple analyse de variance. Même le pseudo-F du second axe reste largement supérieur au plus grand F des descripteurs. De fait, cette AFD permet un bon niveau de discrimination des isolats Moca, Chamtaca et Chitalon, soit : 88,9% ; 95,4% et 93,5%, respectivement (tableau 3.8 et figure 3.17). Il faut cependant tenir compte du fait que l’estimation du nombre d’individus reclassés selon la statistique de Mahalanobis est biaisée et qu’il en résulte une sous-estimation de ce nombre du fait de la méthode employée par le logiciel STATITCF, utilisé dans cette étude (Tomassone, 1988 ; Tomassone

etal., 1988).

Les dix descripteurs utilisés pour l’AFD semblent pertinents. Les deux descripteurs longueur du stylet (STY) et la position relative de la vulve (V) qui ne montraient pas de différence significative (P < 0,05) entre les trois isolats selon la simple analyse de variance participent fortement à l’AFD comme le montrent leurs r2 canoniques respectifs (tableau 3.6). Cela peut s’expliquer par le fait que pour ces deux descripteurs, la variance inter-isolat qui est utilisée dans l’analyse de variance simple est faible alors que le rapport variance inter-isolat / variance intra- isolat qui est utilisé dans l’AFD est élevé.

La pertinence d’utilisation de la longueur du corps dans la discrimination de populations de Pratylenchus selon leur morphologie est remise en question par différents auteurs. Mizukubo

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1. Etudes morpho-anatomiques des isolats de Pratylenchus

multivariée des mesures morphométriques de différentes populations de Pratylenchus spp. L ’argument avancé par ces auteurs est la dépendance de cette variable vis à vis des conditions environnementales et en particulier trophiques qui est observée chez de nombreuses espèces de nématodes de vie libre (Arpin et al., 1988) ou phytoparasites avec pour ces derniers une influence importante de la plante hôte : espèce parasitée et rythmes phénologiques. L ’influence du milieu sur la longueur du corps a été montré chez P. brachyurus, P. coffeae (Tarjan & Frederick, 1978 ; Duncan et al., 1998) et P. loosi (Inserra et al., 1996). Dans le cas présent de cette étude, les individus observés proviennent d’élevages monoxéniques permettant d’avoir des conditions homogènes du milieu pour les trois isolats étudiés. Il est possible cependant que les rondelles de carottes utilisées pour l’élevage ne représentent pas la même qualité de milieu de croissance pour les différents isolats et ne correspondent donc pas forcément aux conditions optimales de développement de chacun de ces isolats. Il est possible par conséquent que des biotypes différents d ’une même espèce présentent des longueurs de corps différentes du fait de la dépendance de ce descripteur vis à vis du milieu. De plus, l’inoculum initial relativement réduit (environ 200 individus) pour démarrer les élevages pourrait, s’il n’était pas représentatif des populations naturelles d’origine, entraîner un phénomène de dérive génétique pouvant s’exprimer au niveau phénotypique. Le parti a quand même été pris de conserver la longueur du corps pour l’analyse morphométrique des isolats de l’étude, maintenus en élevages monoxéniques durant une même période car il a été considéré qu’étant donné la quantité de nématodes (200) ayant été inoculés au départ et la durée d’élevage préliminaire de 11 mois, les possibilités de dérive génétique étaient faibles. Mizukubo ( 1992, a) qui n’utilise pas la longueur du corps (L) utilise cependant la distance de l’extrémité antérieure au pore excréteur (PEX). Notre étude montre que ce descripteur est fortement corrélé avec la longueur du corps (tableau 3.3). On peut donc penser qu’il peut être autant dépendant des conditions du milieu. Il en est de même pour les descripteurs distance de la partie antérieure à Phémizonide (HZD) et de la partie antérieure à l’hémizonion (HZN). Ces trois descripteurs PEX, HZD et HZN ne semblent donc pas plus pertinents que la longueur de corps L et dans tous les cas ne devraient pas apporter d ’information supplémentaire par rapport à ce descripteur.

Les trois isolats montrent chacun une variabilité importante de leurs descripteurs morphométriques (tableau 3.2 et figure 3.16). Pourtant, la variabilité ici observée dans chacun des isolats constitue probablement une sous-estimation de la variabilité qui existe au sein des

Chapitre 3 : Résultats-Discussion

1. Etudes morpho-anatomiques des isolats de Pratylenchus

populations naturelles. De ce fait, même en utilisant l’AFD dont la méthode consiste à maximiser le rapport variance inter-classes sur variance intra-classes (Tomassone, 1988 a et b), il devient difficile de pouvoir bien différencier les groupes d’individus. Il en résulte une discrimination qui n’est pas totale entre les trois isolats de l’étude. L’observation d’un certains nombre d’individus à reclasser selon l’AFD de leurs descripteurs morphométriques, dans un isolât autre que celui d’appartenance, amène deux questions. Pour les raison décrites précédemment dans ce paragraphe, y-a-t-il impossibilité de distinguer morphologiquement et totalement ces isolats ou populations tout au moins avec les descripteurs utilisés du fait de la grande variabilité de ces derniers? Les isolats ont-ils en commun des individus appartenant à un même biotype ou une même espèce impliquant que dans les trois communautés de nématodes sur lesquelles ont été prélevés le isolats cohabitent donc des espèces ou biotypes différents?

En conclusion, l’étude a montré l’importante variabilité des principaux caractères morphométriques couramment utilisés pour la taxinomie chez Pratylenchus, ce qui les rend pour la plupart individuellement inintéressants. Leur utilisation n’a d’intérêt qu’en les intégrant à une étude multivariée, l’analyse factorielle discriminante permettant de plus de maximiser la variabilité entre groupes étudiés par rapport à la variabilité interne au sein de chaque groupe. Cette analyse a permis de mettre en évidence des différences significatives entres les trois isolats étudiés. L’interprétation taxinomique de ces différences morphométrique constatées entre ces trois isolats n’est cependant pas possible sans études biologiques complémentaires. Des variations morphologiques intraspécifiques importantes ont été observées entre différentes isolats géographiques, qu’ils aient été maintenus en élevages monoxéniques ou qu’ils proviennent directement des populations naturelles parasitant la plante hôte comme cela a été montré pour