, et le terme d’interaction électron-‐électron est noté
V
^e-e:H^ ^ ^ ^
!"!
!"= T+V
N-e+V
e-e!
!"= E
!"!
!"De nombreuses méthodes proposent une résolution mathématique approchée de cette équation, en travaillant directement avec Ψél comme inconnue, a]in d’en déduire la valeur de l’observable énergie électronique Eél.
Le principe de base de la technique DFT est de considérer l’énergie Eél comme une fonctionnelle de la densité électronique: ce principe, connu sous le nom de principe de Bright Wilson, énonce que la seule connaissance de la densité électronique permet d’avoir accès à toutes les observables hamiltoniennes du système, donc aux niveaux d’énergie associés.34 35
Pour alléger l’écriture, Ψél et Eél seront dans la suite notées respectivement Ψ et E.
Deux théorèmes fondamentaux, dus à Kohn et Hohenberg, découlent de cette constatation:36
Théorème 1: un système à l’état fondamental, avec toutes ses propriétés observables, est
entièrement déterminé par la seule donnée de sa densité électronique ρ(x,y,z) en tout point. Il apparaît donc, en particulier, que l’énergie de ce système est une fonctionnelle de la densité:
E = F[ρ]
Théorème 2: l’état fondamental précédemment décrit est obtenu tel que ρ(x,y,z) minimise
l’énergie E .
L’énergie E se décompose ainsi en une somme de trois fonctionnelles de la densité: un terme cinétique (T), un terme d’interaction coulombienne noyau-‐électron (VN-e) et un terme d’interaction coulombienne électron-‐électron (Ve-e) :
E[ρ] = T[ρ] + V
N-e[ρ] + V
e-e[ρ]
Seul le deuxième terme se calcule aisément; il s’agit de la somme des interactions coulombiennes de chaque électron i avec chacun des noyaux I; la charge d’un volume élémentaire dV1 centré au point de coordonnée r1 étant égale à ρ(r1)dV1 , on obtient:
VN-e[!] = "# Z
I!(r
1)dV
1|r
i-R
I|
i,I
Une partie de l’énergie d’interaction électron-‐électron peut être modélisée par l’énergie J[ρ] de répulsion de deux charges ρdV, placées en deux points distants de |r1-r2|, soit:
J[!] = "" !(r
1)!(r
2)dV
1dV
2|r
1-r
2|
Le terme J[ρ] n’est qu’une approximation de l’énergie d’interaction électron-‐électron, pour deux raisons:
-‐ il ne prend pas en compte la corrélation, c’est-‐à-‐dire le fait que les mouvements des deux électrons sont liés: en effet, si la densité ρ(r1) varie, la densité ρ(r2) doit elle aussi varier.37 Or, ces deux quantités apparaissent comme indépendantes dans l’expression de J[ρ]. De surcroît, un électron i ayant une densité de présence dé]inie en tout point de l’espace, donc en particulier aux points r1 et r2 , cette expression de J[ρ] fait interagir tout électron avec lui-‐même (self-interaction).
-‐ il ne prend pas en compte l’interaction d’échange électronique (interaction de Fermi), qui est une propriété purement quantique liée au spin de l’électron et qui stipule que deux électrons (deux fermions dans le cas général) possédant un spin identique ne peuvent se trouver en un même point de l’espace.38
La méthode proposée par Kohn et Sham repose sur une expression de la densité électronique en fonction d’une combinaison linéaire de produits d’orbitales atomiques, appelées «orbitales de Kohn-‐Sham» et notées φKS. Elles ont pour propriété de correspondre à la description d’un système ]ictif d’électrons sans interaction, mais qui possèderait la même répartition de densité que le système réel. Ceci permet d’exprimer de manière exacte les termes TS, VN-e,S, et J39 (où l’indice «S» rappelle que ces expressions concernent le système ]ictif de Kohn-‐Sham):
PARTIE I - CHAPITRE I
37 Ceci est dû au fait que, puisque l’électron i est une particule chargée, un changement de sa position spatiale (donc de sa densité ρ(ri)) induit une variation locale du champ électrostatique ressenti par les autres particules chargées; l’électron j étant lui-‐même chargé, il sera sensible à cette variation de champ et sa position spatiale, donc la densité ρ(rj) qui lui est associée, changera.
38 On retrouve ici le principe d’exclusion de Pauli.
39 Dans ces expressions, la densité intervient implicitement via les orbitales de Kohn-‐Sham: en effet, on a par dé]inition:
! = " # |$
KS(i)(r
1)|
2dV
1T
!= - 12 !
i <"
KS(i)|#
i2|"
KS(i)>
VN-e,! = ! $ !Z
I|"
KS(i)(r
1)|
2dV
1|r
i-R
I|
i i,I
Ve-e,! = ! $$ |"
KS(i)(r
1)|
2|"
KS(j)(r
2)|
2dV
1dV
2= J
i,j>i
1
|r
1-r
2|
Evidemment, les termes exprimés ci-‐dessus ne correspondent pas aux énergies cinétique et potentielle réelles puisque toute la partie «interaction» entre les électrons a été omise dans l’expression des orbitales φKS(i). Toute cette contribution est regroupée dans un nouveau terme, appelé énergie d’échange-corrélation, et noté Exc. Elle est elle aussi une fonctionnelle de la densité électronique ρ; ainsi, l’énergie du système réel est égale à:
E = T
S+ V
N-e,S+ J + E
xcL’énergie d’échange-‐corrélation est quant à elle décomposée en un terme d’échange, et un terme de corrélation:
E
xc= E
x+ E
cIl n’existe pas de forme analytique universelle de cette fonctionnelle d’échange-‐corrélation: ainsi, des systèmes où les termes de corrélation sont plutôt forts et des systèmes où domine le terme d’échange seront-‐ils décrits différemment.
La technique la plus simple permettant d’évaluer l’énergie d’échange-‐corrélation est la méthode de la densité locale (LDA pour Local Density Approximation), qui considère localement la densité électronique comme un gaz uniforme d’électrons. L’avantage est que le gaz uniforme d’électrons est le seul système pour lequel on dispose d’excellentes interpolations des énergies d’échange et de corrélation. L’inconvénient est que, dans la plupart des systèmes, la répartition électronique est loin d’être localement uniforme, ce qui conduit notamment à une très mauvaise estimation des énergies de liaison. Une méthode palliant les lacunes de la description LDA est la méthode des gradients généralisés (ou GGA, pour Generalized Gradient Approximation): là où la méthode LDA considère comme localement homogène la densité électronique, la méthode GGA prend en compte les variations spatiales de cette dernière en faisant intervenir la dérivée spatiale première de la densité dans sa fonctionnelle d’échange-‐corrélation.
Un inconvénient majeur des méthodes LDA et GGA est qu’elle ne prennent pas en compte le phénomène de self-interaction, ainsi que les effets de corrélation à grande distance (corrélation non-‐locale). A l’heure actuelle, la théorie Hartree-‐Fock, antérieure au développement de la méthode DFT, permet d’af]iner ces modèles.
Une nouvelle classe de fonctionnelles d’échange-‐corrélation est ainsi apparue: il s’agit de la famille des fonctionnelles hybrides, introduite par A.Becke en 1993.40 Ces fonctionnelles décrivent une fraction du terme d’échange par l’énergie d’échange issue de la théorie Hartree-‐ Fock, l’énergie de corrélation étant obtenue via des fonctions de la densité.
De nombreuses fonctionnelles hybrides existent dans la littérature et possèdent chacune leur spéci]icité. En ce qui concerne la modélisation de systèmes organiques et organométalliques, la fonctionnelle hybride de Perdew, Burkhe, et Ernzerhof (notée PBE),41 initialement de type GGA et rendue hybride par Adamo et Barone,42 a montré de bons résultats en accord avec l’expérience. C’est la fonctionnelle qui sera utilisée dans ce travail.
Le caractère hybride introduit par Adamo et Barone a abouti à l’obtention d’une nouvelle fonctionnelle notée PBE0:
E
xc(PBE0) = E
xcPBE+ 0,25(E
xHF-E
xPBE)
où ExcPBE et ExPBE correspondent aux énergies d’échange-‐corrélation et d’échange de la fonctionnelle GGA originelle (ici PBE), et où ExHF correspond à la part d’énergie d’échange de type Hartree-‐Fock introduite dans l’hybridation.
II.3.a.4) Bases d’orbitales atomiques
Les orbitales de Kohn-‐Sham précédemment décrites sont des orbitales moléculaires: il est donc nécessaire de les exprimer en fonction des orbitales atomiques du système.
On se place pour ce faire dans l’approximation LCAO (Linear Combination of Atomic Orbitals) qui consiste à exprimer chaque orbitale moléculaire comme une combinaison linéaire d’orbitales atomiques. Il est ainsi nécessaire d’obtenir une bonne description des fonctions d’onde atomiques avant de pouvoir obtenir les orbitales de Kohn et Sham.
L’idée la plus simple est de partir des seules orbitales connues sans approximation, à savoir les orbitales de l’atome d’hydrogène et des atomes hydrogénoïdes. Cette base est entièrement décrite par le triplet de nombres quantiques {n,l,ml} et a pour forme:
|n,l,m
l> = N.Y
l,m.r
l.P
n,l(r).exp(-2r/na
0)
loù r est la distance noyau-‐électron, Pn,l(r) le polynôme de Laguerre de degré n-‐l-‐1, Yl,ml la fonction
angulaire (harmonique sphérique), a0 le rayon de l’atome d’hydrogène de Bohr (52,9 pm)43 et N une constante de normalisation.
PARTIE I - CHAPITRE I
40 Becke, A.D. J. Chem. Phys., 1993, 98, 1372
41 Perdew, J.P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett., 1996, 77, 3865-‐3868; et Phys. Rev. Lett., 1997, 78, 1396
42 Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys., 1999, 110, 6158
43 a0 = h2ε0/πm(e)q2 ~52,9 pm (où h est la constante de Planck, ε0 la permittivité diélectrique du vide, m(e) la masse de l’électron et q sa charge).
Slater a ainsi proposé par extension pour un atome quelconque des fonctions orbitales (notées «STO» pour Slater-Type Orbitals) de la forme:
!(STO) = N.Y
l,m l.r
n-1.exp(-"r)
où ζ est un paramètre lié à la charge du noyau, le plus souvent déterminé par des règles empiriques.44
Cependant, la présence du terme exponentiel rend les calculs relativement lourds à partir d’un système contenant plus de deux atomes. Elles sont donc remplacées par une combinaison linéaires de fonctions gaussiennes (où le terme exponentiel est quadratique et de la forme
exp(-a/r2), avec a>0).
Dans le cas le plus général où trois gaussiennes sont combinées, ce qui permet d’avoir une interpolation acceptable de la partie radiale de la fonction d’onde, on obtient ainsi la base d’orbitales atomiques nommée STO-‐3G45 la plus simple incluse dans le logiciel Gaussian09. La description de la fonction d’onde d’un atome est d’autant plus précise qu’elle est interpolée par le maximum de fonctions gaussiennes; la contrepartie est évidemment un temps de calcul de plus en plus lourd. Il convient donc de déterminer quelles seront les propriétés importantes des systèmes étudiés dans le choix des fonctions de modélisation.
On distingue habituellement trois zones spatiales dans la description d’un atome qui requièrent des modélisations assez différentes:
-‐ la zone de cœur, où les électrons sont très fortement liés au noyau,
-‐ la zone de valence, qui est la zone la plus délicate à traiter puisqu’elle concerne les électrons qui participent à la réactivité de l’atome étudié. Ceci implique deux conséquences pratiques:
-‐ la prise en compte de multiples gaussiennes décrivant les orbitales de valence (split
valence): par exemple, une orbitale s pourra être décrite par une combinaison linéaire
de deux orbitales s de rayons différents. Ceci pourra permettre de modéliser la contraction ou l’extension du nuage électronique porté par cette orbitale.46
-‐ la prise en compte de fonctions de polarisation: ceci consiste, pour un atome donné, à ajouter à sa description des gaussiennes de nombre quantique l supérieur. Pour décrire PARTIE I - CHAPITRE I
par exemple un atome d’hydrogène, cela revient à lui ajouter des orbitales p, d, etc. Ceci permet de prendre en compte le caractère directionnel du nuage électronique.47
-‐ la zone de diffusion, où priment les interactions faibles de type Van der Waals (essentiellement les interactions dipolaires, les liaisons hydrogène ou les liaisons halogène). Il convient alors de prendre en compte des orbitales dites diffuses, c’est-‐à-‐dire qui s’étendent relativement loin des noyaux et qui permettent de modéliser ces interactions qui sont de plus longue portée que les interactions aboutissant à la formation de liaisons covalentes. En pratique, on décrit un atome diffus de nombres quantiques {n,l} en lui ajoutant un ensemble d’orbitales {(n+1)s ;(n+1)p}. Une base d’orbitales B se nomme comme suit dans le formalisme de Pople, couramment utilisé dans les logiciels de calculs comme Gaussian09:
B = n-‐n’n’’...(++)G(**)
Où, pour un atome donné, n désigne le nombre de gaussiennes de la couche interne, n’, n’’, ... désignent le nombre de gaussiennes utilisées dans chaque couche de valence, (++) désigne s’il y a lieu l’emploi d’un (+) ou deux (++) ensemble d’orbitales diffuses, et (**) désigne s’il y a lieu l’utilisation d’orbitales d sur les atomes de la deuxième période (utilisation d’un seul astérisque «*») et d’orbitales p sur les atomes d’hydrogène (utilisation de deux astérisques «**»). On utilise parfois la notation «G(d,p)» au lieu de «**».
Dans ce travail, tous les atomes ont été modélisés dans la base 6-‐31(+)G(*), ce qui permet de prendre en compte d’éventuelles interactions de Van der Waals.
II.3.a.5) Notion de pseudo-‐potentiels
Il est courant d’introduire une approximation supplémentaire visant à séparer la description quantique des électrons de cœur, fortement liés aux noyaux, et celle des électrons de valence. En effet, avec une très bonne approximation, ces derniers peuvent être considérés comme les seuls responsables de la réactivité des molécules et des complexes étudiés:48 49 ainsi, il est commode de considérer que les électrons de cœur n’interagissent pas avec les électrons de valence comme PARTIE I - CHAPITRE I
47 Par exemple, la modélisation d’une liaison H-‐X (où X est un atome électronégatif) sans la prise en compte d’orbitales p de polarisation donnerait la géométrie suivante pour le niveau LUMO:
H =
s
X = ns + np
LUMO (X-H) =
X H
Cette modélisation est erronée car la zone électrophile d’une telle molécule est essentiellement développée sur l’atome d’hydrogène et dans le prolongement de la liaison X-‐H à l’extérieur de la molécule. Prendre en compte une contribution de polarisation p sur l’atome d’hydrogène permet de retranscrire de ce phénomène:
H = +
s p
X = ns + np
LUMO (X-H) =
X H
48 Cette approximation a pour extrême limite la théorie de Fukui des orbitales frontières, où l’on considère que seules la plus haute orbitale occupée et la plus basse orbitale vacante suf]isent à décrire la réactivité des molécules étudiées.
49 Cette approximation n’est évidemment plus valable dès lors que les niveaux de cœur interviennent dans les processus sondés (comme par exemple l’étude de l’effet Auger, la spectroscopie photoélectronique, ...). Ce ne sera pas le cas des résultats présentés dans ce manuscrit.
des particules indépendantes à part entière, mais que les électrons de valence évoluent dans un
potentiel électrostatique moyen créé par les électrons de cœur.
On distingue deux types de pseudopotentiels, selon qu’ils prennent en compte ou non les effets relativistes des atomes décrits. Ces effets étant relativement importants dans le cas des métaux de transition, les électrons de cœur des métaux modélisés dans ce travail (Fe et Cu) ont été traités par le potentiel SDD,50 qui permet de prendre en compte ces effets relativistes.
II.3.b) Modélisation d’une surface d’énergie potentielle
Le travail théorique présenté ici se focalise uniquement sur l’étude et la détermination de chemins réactionnels, qui consiste en la détermination, pour un système réactif donné, des extrema locaux de la surface d’énergie potentielle associée. En pratique, pour modéliser une réaction élémentaire quelconque, seuls les points stationnaires sont déterminés: il s’agit des minima locaux (états stables: réactifs, intermédiaires réactionnels), et des maxima locaux à point de selle(états instables qui correspondent aux états de transition).
Cette sous-‐partie constitue en quelque sorte la «boîte à outils» où sont regroupées les descriptions des différentes démarches à prendre en compte lorsque l’on met en pratique une modélisation d’un système par DFT. Y sont présentés les différents algorithmes utilisés, leurs limites, les éventuelles corrections à amener aux résultats numériques obtenus, ainsi que les choix de modélisation qui ont été faits en fonction des systèmes étudiés dans ce travail.
II.3.b.1) Logiciel utilisé
Tous les calculs présentés dans ce manuscrit ont été réalisés avec le logiciel Gaussian09.51
II.3.b.2) Recherche des extrema locaux
Deux catégories de structures sont modélisées lors de l’étude du mécanisme d’une transformation: les structures qui correspondent à des minima d’énergie potentielle (réactifs, produits, ou intermédiaires réactionnels), et les structures qui correspondent aux maxima d’énergie potentielle (états de transition).
Dans les deux cas (minimum ou maximum d’énergie potentielle), ces structures correspondent à un point du chemin réactionnel où la dérivée première de l’énergie potentielle est nulle par rapport à toute variation de coordonnée réactionnelle (coordonnée notée «q» dans le cas le plus général). Les algorithmes de modélisation DFT modélisent donc pas à pas une structure dont le gradient de l’énergie tend à se minimiser pour devenir nul. Ces algorithmes dits de minimisation peuvent interpoler les extrema locaux des courbes par des fonctions polynomiales (développements de Taylor) d’ordre plus ou moins élevé selon la ]inesse requise par la modélisation.
Le critère permettant de s’assurer de la bonne modélisation d’un minimum ou d’un maximum de la courbe d’énergie potentielle est l’étude vibrationnelle, à savoir le calcul des fréquences de PARTIE I - CHAPITRE I
Ceci s’interprète de la manière qui suit: pour chaque mode de vibration correspondant à une coordonnée réactionnelle «q», l’énergie potentielle de vibration selon cette coordonnée s’écrit dans l’approximation harmonique, au voisinage de la position d’équilibre:
E = k(q-q1
0)
22
où k est la constante de vibration associée au mode de vibration considéré, et q0 correspond à la valeur de la coordonnée q à l’équilibre.
L’équation précédente ainsi que la loi de Hooke, reliant la constante de vibration k à la fréquence de vibration associée f et à la masse réduite µ du système vibrant,52 impliquent immédiatement l’équation suivante:
!
2E
!q
2= k = 4"
2f
2!
Ainsi, un minimum d’énergie, correspondant à une dérivée seconde positive de l’énergie potentielle, est caractérisé par un ensemble de constantes de vibration k positives, et par les fréquences vibrationnelles f correspondantes, elles aussi toutes réelles et positives.
En revanche, un état de transition, qui correspond à une dérivée seconde négative de l’énergie potentielle par rapport à une des coordonnées de vibration q, sera caractérisé par une constante de vibration k négative associée à ce mode de vibration, la fréquence de vibration correspondante étant quant à elle imaginaire pure.
En pratique, l’abus de langage consistant à dire que c’est la fréquence de vibration et non la
constante de vibration qui est négative est couramment fait, notamment dans les listes d’analyse
vibrationnelle données par le logiciel Gaussian09.
En]in, lorsqu’un état de transition a été modélisé (i.e. une structure possédant une fréquence de vibration négative), il est nécessaire de s’assurer que cette fréquence de vibration corresponde bien au mode de vibration de l’acte élémentaire que l’on souhaite modéliser. En d’autres termes, il convient de s’assurer que ce mode de vibration permet bien de passer des réactifs aux produits de la réaction étudiée et donc que l’état de transition modélisé corrèle bien les réactifs aux produits.
On utilise pour cela l’algorithme IRC (pour Intrinsic Reaction Coordinate),53 implémenté dans Gaussian09 et qui permet, à partir de la structure d’un état de transition, de recalculer différents points de la courbe d’énergie potentielle situés «avant» l’état de transition (système pré-‐réactif), et différents points situés «après» l’état de transition (formation des produits): ainsi, il est possible d’obtenir l’intégralité du chemin réactionnel correspondant à la réaction modélisée (voir schéma 1.29) et donc de s’assurer que l’état de transition modélisé est correct.
PARTIE I - CHAPITRE I
52 Pour une vibration correspondant à l’élongation d’une liaison A-‐B, la masse réduite du système est
µ = m(A)m(B)/(m(A)+m(B)) où m(i) est la masse de l’atome i.
X X X X X X X
•
obtention de points à droite qui corrèlent aux produits obtention de pointsà gauche qui corrèlent aux réactifs ET P R Energie potentielle Coordonée réactionnelle
Schéma 1.29: Principe du calcul IRC: à partir d’un état de transition ET, on obtient différents points de la courbe d’énergie («x») qui permettent de connaître les réactifs (R) et les produits (P) reliés à
cet état de transition.
II.3.b.3) Contamination de spin
L’un des problèmes majeurs de la description des systèmes possédant un ou plusieurs électrons célibataires est qu’elle fait la plupart du temps intervenir une technique «non-‐restreinte», c’est-‐ à-‐dire une technique dans laquelle les électrons de spin 1/2 et de spin -‐1/2 sont décrits par des répartitions spatiales a priori différentes.
La principale conséquence est que la fonction d’onde optimisée n’est plus valeur propre de l’opérateur de spin S2. Or, cet opérateur commutant avec l’opérateur hamiltonien du système, la fonction d’onde exacte décrivant le système doit donc en théorie être à la fois valeur propre de l’opérateur hamiltonien et de l’opérateur S2 .
On peut montrer que le spin total associé à une fonction d’onde non-‐restreinte qui décrit un état paramagnétique est systématiquement surévalué: concrètement, cela veut dire que la fonction d’onde optimisée pour un système de spin S est contaminée par les fonctions d’onde des états excités de spin supérieur:
ΨNON-‐RESTREINTE(S) = Ψexacte(S) + λ1.Ψ(S+1) + λ2.Ψ(S+2) + ...
Plusieurs algorithmes de correction de la fonction d’onde non-‐restreinte «polluée» existent; celui qui est utilisé ici est implémenté dans le code Gaussian09, et consiste en la suppression du premier contaminant de spin («Ψ(S+1)» dans la formule ci-‐dessus, qui est supposé apporter la «pollution» la plus importante) à chaque pas du calcul: il s’agit de l'algorithme d’annihilation de Löwdin.54 Cette méthode est relativement indiquée lorsque la contamination de la fonction d’onde de base par des états de multiplicité de spin élevée est faible.
L’énergie des deux réactifs séparés est aisément calculable et vaut E{A+A’} = EB{A} + EB’{A’}
Le problème se pose lorsque l’on calcule l’énergie d’un système où interagissent A et A’ (par exemple, l’énergie d’un état de transition de réaction entre A et A’): en effet, ces deux réactifs se retrouveront modélisés dans le même calcul, ce qui va permettre au réactif A «d’emprunter» à A’ des fonctions de la base B’, de même que cela permettra à A’ «d’emprunter» à A des fonctions de