Influence de l’épigénome sur le phénotype métabolique

De nombreux mécanismes d'interaction entre la méthylation de l'ADN, l'expression génique et le profil métabolique participent au phénotype métabolique. La variation génétique sur les sites CpG ou dans leur voisinage pourrait influencer la méthylation de l'ADN. De nouvelles approches associant la génétique (GWAS) aux traits métaboliques en lien avec de maladies, ont identifié

des métabotypes. Ces métabotypes sont influencés génétiquement (GIM) (Suhre and Gieger

2012). Cette approche est intéressante pour prédire la survenue de maladies métaboliquement complexes. Les associations entre les caractéristiques métaboliques et la méthylation de l'ADN peuvent résulter d'interactions complexes contrairement à GIM, où une variante génétique peut être causale directe d'une association entre un SNP et un phénotype. La méthylation de l'ADN est un mécanisme important de régulation génétique et joue un rôle majeur dans la détermination des métabotypes. liées aux maladies. Par exemple, la méthylation de l'ADN peut influencer le tryptophane C-glycosyle, un métabolite, qui est également associé au poids de naissance. Peu d'études longitudinales ont comparé l'influence respective de l'environnement et le métabolisme de monocarbones au cours de la vie. Une étude a évalué les changements temps-dépendant dans la méthylation globale de l'ADN dans un panel de 1505 dinucléotides CpG de 807 gènes au sein de 337 personnes à partir de 2 populations de zones géographiques très distinctes et sur 2 périodes de temps éloignés (Bjornsson et al. 2008). Les auteurs ont montré que, entre 8 % à 10 % des personnes dans les deux populations avaient des changements de sites CpG de plus de 20 % pendant une période de temps compris entre 11 à 16 ans. Les changements sur la méthylation soulève la possibilité que la méthylation pourrait être directement liée à l’activité des

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méthyltransférases de l'ADN ou au métabolisme de monocarbones qui sont sous le contrôle des gènes.

La méthylation de l'ADN est considérée comme une « clé » pour la compréhension des mécanismes moléculaires du vieillissement normal et prématuré. À ce jour, la plupart des connaissances portant sur l'influence de l'épigénome et l’apparition ultérieure des évènements pathologiques comme le syndrome métabolique, est générée à partir de données expérimentales et ne peuvent pas être facilement extrapolées à des situations chez l’homme. Une augmentation de la masse du tissu adipeux a été associée à une sécrétion élevée d’adipokines pro-inflammatoires, telles que le TNF-α et la leptine, dont l'expression est déterminée par l'état épigénétique des gènes concernés (Hermsdorff et al. 2010). Un groupe de femmes obèses qu’ont bien répondu à un régime de restrictif en calories avait un niveau de méthylation faible sur le promoteur de gènes codant pour le TNF-a et la leptine (Cordero et al. 2011), ce qui suggère que le niveau méthylation de ces gènes pourrait être utilisé en tant que biomarqueur épigénétique dans la prédiction de la réponse à la régime restrictif en calories. En outre, une étude réalisée chez des hommes obèses soumis à un régime, a montré de niveaux de méthylations d'ADN différents sur plusieurs sites CpG situés sur les gènes ATP10A et CD44, après la perte de poids (Milagro et al. 2011). En outre, la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) est considérée comme une manifestation viscérale du syndrome métabolique, elle est associée avec toutes les composantes du syndrome métabolique. Dans une étude de biopsies hépatiques de patients atteints de NAFLD, la méthylation du promoteur PGC1-α, co-régulateur impliqué dans le métabolisme énergétique a été liée au HOMA-IR et l'insuline plasmatique à jeun (Sookoian et al. 2010).

En conclusion, la déficience en donneurs de méthyles alimentaires avant et pendant la grossesse

produit des effets importants sur le développement des enfants et les évènements sur la santé à long terme. L'obésité et le syndrome métabolique sont deux problèmes majeurs en matière de santé publique. Il y a maintenant des preuves expérimentales suggérant que la déficience maternelle en donneurs de méthyles crée un environnement tel que peut programmer la vie fœtal et avoir un risque accru de maladie dans la vie à long terme, en influençant les profils épigénomiques prénatales, Les variantes génétiques et l’épigénome sont de déterminants clés du développement et des événements sur la santé qui prédisent et / ou participent à l’apparition et à la progression de maladies chroniques liées au vieillissement. Les observations décrites jusqu'à présent sont encourageantes pour de nouvelles perspectives des études intégrées en associant l’épigénome, le profil métabolique et les facteurs nutritionnels qui influencent la méthylation, en particulier ceux liés au métabolisme de monocarbones.

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2 OBJECTIFS ET HYPOTHESES

Notre unité Inserm U954 est engagée depuis longtemps dans l'étude des maladies métaboliques

et les effets d’une carence en micronutriments (vitamines B9 et B12) sur la «programmation

fœtale». En effet, les vitamines B9-B12 sont donneurs de groupements méthyles

(mono-carbones), indispensables pour l’organisme et jouent un rôle essentiel dans les mécanismes épigénétiques et épigénomiques (méthylation, acétylation). Ces mécanismes influencent l’expression des gènes et la signalisation cellulaire et jouent un rôle important dans la physiopathologie du retard de croissance intra-utérin avec des répercussions au cours du développement et tout au long de la vie (Dolinoy et al. 2007). Lors d'une carence en donneurs de méthyles, la dysrégulation de ces mécanismes épigénétiques et épigénomiques est observée dans le cerveau, le foie, le cœur et l’estomac. Nous avons montré que la carence maternelle en donneurs de méthyles provoque un

petit poids de naissance chez le nouveau-né, (S. Blaise et al. 2007)(Bossenmeyer-Pourié et al. 2010), ce qui augmente potentiellement le risque ultérieur de développer un syndrome métabolique ou d’un diabète de type 2. La carence en donneurs de méthyles produit aussi des troubles de la neuroplasticité cérébrale et du métabolisme énergétique, ces troubles mettent en jeu l’expression de gènes

clés du transport vésiculaire synaptique et du métabolisme oxydatif. Au niveau hépatique et cardiaque, la carence induit une dysrégulation épigénomique des récepteurs nucléaires, notamment PPAR-alpha, ERR-alpha et ER-alpha, en lien avec leur hypométhylation et un déséquilibre de la balance acétylation-méthylation du co-activateur PGC1-α (Garcia et al. 2011)(Pooya et al. 2012). Ces dysrégulations perturbent l’oxydation mitochondriale des acides gras et produisent une stéatose hépatique et une cardiomyopathie hypertrophique chez les ratons à J21. (Figure 14). De manière intéressante, la mise en place d’un régime normal entre J21 et J50 restitue d’une part la structure histologique sur le foie et le cœur, et d’autre part, l’expression des protéines nucléaires qui devient similaire à celle des contrôles.

Figure 13. Les mécanismes moléculaires expliquant le lien entre la carence en donneurs de méthyles et le métabolisme énergétique dans le cœur et le foie. (NR :

Récepteurs Nucléaires) (Modifié d'après

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Figure 14. Effets de la carence maternelle en donneurs de méthyles sur le cœur et le foie de nouveaux nés.

(21 jours de vie).

Afin d’évaluer le rôle de donneurs de groupements méthyles dans l’apparition de complications de l’obésité, nous avons réalisé dans une étude de population et une étude expérimentale chez l’animal.

Chez l’animal, nous nous posons les questions suivantes :

Existe-t-il un effet fœtal programming de la carence gestationnelle en donneurs de

méthyles sur le cœur de rats devenus adultes et soumis à un régime hyper-énergétique ?

Les mécanismes de dysrégulation épigénomique du métabolisme énergétique produits par la carence en donneurs de méthyles avant et pendant la gestation sont-ils impliqués dans une augmentation du risque de syndrome métabolique liée à une programmation fœtale, en cas de surnutrition à l’âge adulte ?

Quelles sont les conséquences au niveau cardiaque, consommateur des acides gras ?

L’effet fœtal programming d’une carence précoce en donneurs de méthyles entraîne-t-il des

dysrégulations cardiaques chez des rats exposés à un régime hyper-énergétique (HF) ? Quels sont les effets à long terme de la carence sur le vieillissement ?

Parallèlement, une étude menée au sein de notre unité sur deux populations contrastées (France et Italie) a montré un lien entre l'homocystéine et les acylcatnitines et entre l’homocystéine, l’acylcarnitines et le NT-pro-BNP ou le BNP. Les mécanismes impliqués dans ces associations sont probablement liés à un défaut d’utilisation mitochondriale des acides gras. (Guéant Rodriguez et al. 2013) (Figure 15)

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Figure 15. Corrélations entre homocystéine et NT-pro-BNP, NT-pro-BNP et acylcarnitines à chaînes courtes, moyennes et longues.

(Cohorte Français et Italienne) (Guéant Rodriguez et al. 2013)

Dans ce travail de thèse, nous voudrions évaluer s’il existe une relation entre le métabolisme de monocarbones et l’apparition ou la gravité du syndrome métabolique chez le sujet obèse.

Nous nous posons les questions suivantes :

- Existe-t-il une relation entre le métabolisme de monocarbones et l’apparition du syndrome métabolique ?

- Le nombre de composants du syndrome métabolique dépend-il du statut en donneurs de méthyles ?

-Chez le sujet obèse, y a-t-il des troubles de la béta-oxydation ? Sont-ils en lien avec le statut en donneurs de méthyles ?

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