Le brevet sur les séquences génétiques, un obstacle au partage des données

Dans les années 1990, la question du brevetage de l’information génomique devient plus pressante que jamais. La brevetabilité des gènes humains pose au moins trois problèmes éthiques majeurs :

- elle interfère avec le principe éthique et juridique de non commercialisation du corps !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

82 _{Nous traduisons de l’anglais : “In practice, this means that they are pressuring their grantees to release data} to public databases—a move that in turn affects how scientists set up their research and how they measure and develop their outputs. Many researchers now invest considerable time and resources into donating data to public repositories; and they regard the consultation of online databases as a first and crucial step toward the development of new lines of inquiry”.

humain et de ses éléments ;

- elle peut à terme conduire à l’attribution de monopoles sur l’usage de gènes et entrer en conflit avec le principe éthique d’accessibilité des produits et des services de santé pour les malades et les populations ;

- elle est susceptible de contrarier la norme de libre circulation et de partage des connaissances scientifiques.

Nous ne traiterons ici que de cette troisième dimension qui est essentielle à notre propos. C’est une question qui divise la communauté scientifique. Comme nous le verrons, elle est débattue selon des arguments largement empruntés au débat sur les FOSS, c’est-à- dire, que l’on y traite des intérêts relatifs du partage et de l’appropriation pour une finalité qui est d’abord celle de l’innovation. Cette perspective peut sembler étonnante. Personne ne nie que des intérêts privés soient en jeu : en brevetant des données de séquence, les chercheurs peuvent espérer vendre ces droits aux laboratoires pharmaceutiques, se réserver de manière exclusive des marchés comme celui des tests génétiques, gagner de la reconnaissance ou mobiliser des fonds sur les marchés financiers pour les start-ups (Cassier 2002). Mais toute la question est de savoir si cette appropriation des données constitue une entrave à la recherche biomédicale ou si elle peut au contraire non seulement stimuler la recherche en ajoutant une motivation financière à la libido sciendi des chercheurs mais aussi, et surtout, accélérer le développement d’applications en permettant de mieux organiser le transfert des connaissances de la recherche à l’industrie. C’est la position que tiennent les scientifiques qui défendent le brevet des séquences génétiques et qui sauront, tour à tour, se montrer protecteurs vis-à-vis des données produites dans les centres de recherche privés et ouverts au partage lorsqu’il s’agit de profiter de la mise à disposition des données publiques. Dans le camp opposé, c’est encore l’innovation qui est au centre de la discussion. Le partage des données de recherche génomique ne s’y trouve pas célébré en tant que valeur mais comme moyen efficace de produire de la connaissance.

« Pour certains, comme Venter, le brevetage était la meilleure façon de faire en sorte que les découvertes du génome soient utilisées à bon escient, c’est-à-dire qu’elles servent à développer des médicaments et des diagnostics. Pour d'autres, le brevetage de séquence d'ADN suggérait tout l’inverse : étouffer la collaboration scientifique et donc l'innovation83_{. » (Stevens 2015b, p.484).}

Craig Venter est un personnage incontournable de l’histoire de la génomique. Il s’illustre notamment, au moment de la course au séquençage du génome humain, en développant une méthode de séquençage innovante84. Traité tour à tour comme l’un des héros ou l’un des mauvais génies de l’aventure scientifique85, il est l’un des plus éminents défenseurs du brevetage du génome. Sa proposition, de breveter les séquences partielles d’ADN complémentaire (ADNc), constitue un épisode majeur de l’histoire de la confrontation entre appropriation privative des gènes et normes académiques du partage. L’intérêt de ces séquences tient à ce qu’elles peuvent être utilisées pour identifier des gènes. En effet, pour identifier les gènes et leur fonction, une façon de procéder consiste à partir de la séquence d’acide ribonucléique messager (ARNm), c’est-à-dire la copie de la portion d’ADN qui correspond à un plus ou plusieurs gènes et est utilisée comme intermédiaire par les cellules pour synthétiser les protéines, afin de trouver la séquence d’ADN qui l’a créée. Parce qu'il est généralement assez facile de récupérer des brins d'ARNm des cellules, les biologistes récupèrent ces séquences et les convertissent en ADNc, qui est bien plus stable. Un ARNm étant forcément l'expression d'un gène du génome, cet ADNc n'est pas une copie exacte de la séquence ADN qui a généré l'ARN car les régions non codantes de l'ADN (introns) n’ont pas été conservées. Cette méthode permet de localiser le gène dans le génome, tout en n'ayant aucune information sur le gène lui-même. Or le brevet déposé sur les séquences d’ADNc étend ses revendications aux futurs gènes qui seront identifiés grâce à lui. On retrouve ici l’un des principaux problèmes posés par le brevetage des séquences – dans la perspective qui est la nôtre c’est-à-dire en ce qu’elle peut contrarier les normes du partage – à savoir la portée de ces brevets dès lors qu’ils sont susceptibles de couvrir une « cascade » de produits dérivés.

« (…) le monopole dérivé d’un brevet de séquence est d’autant plus étendu que

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patenting DNA sequence suggested quite the opposite: stifling scientific collaboration and therefore innovation”.

84 _{Il s’agit de la méthode globale ou Shotgun, fortement tributaire de l'informatique. Pour réaliser un séquençage}

de génome complet à l'aide de cette technique, on commence par découper de façon aléatoire le génome en différentes sections de longueur prédéterminée et à en générer des clones. Des algorithmes mathématiques permettent ensuite d'assembler les fragments qui se suivent et de leur attribuer leur véritable emplacement sur le génome. Les avantages par rapport au séquençage par ordonnancement hiérarchique sont la rapidité de la technique et un coût plus faible. L'inconvénient est que le traitement informatique ne permet pas d'aligner des fragments comportant des séquences répétées de grande taille qui sont fréquemment présentes dans les génomes des mammifères.

85 _{Craig Venter a fait l’objet de biographies, de documentaires télévisés, d’ouvrages scientifiques, d’articles}

la séquence génétique est porteuse de l’information génétique qui met en forme d’autres produits – des protéines – et qui peut être inscrite dans des matières biologiques diversifiées. Or, ces produits et ces matières biologiques dérivés sont susceptibles d’être revendiqués par le propriétaire du gène. De fait les brevets de séquence revendiquent souvent une cascade de produits dont la séquence, la protéine codée par le gène, les anticorps vis-à-vis de la protéine, les vecteurs porteurs du gène, les cellules hôtes, les animaux génétiquement modifiés utilisés pour le screening des médicaments, etc. » (Cassier 2003, 71)

Par conséquent l’appropriation exclusive d’une séquence, fût-elle partielle, implique que l’ensemble des produits dérivés de l’information contenue dans cette séquence, soient à leur tour potentiellement exclus du domaine public. Le brevetage ne peut donc qu’inquiéter ceux qui défendent une vision de la recherche permettant de produire des connaissances publiques, librement accessibles à tout utilisateur potentiel.

Il ne faudrait pas pour autant réduire le débat sur le brevetage à la seule opposition des perspectives, entre tenants de positions idéalistes et défenseurs du pragmatisme. La décision de breveter des gènes a des conséquences importantes sur l’économie de la santé. En Europe, l’on connaît surtout l’affaire ayant opposé l’entreprise américaine Myriad Genetics à des cliniciens à propos des tests génétiques de susceptibilité au cancer du sein et des ovaires (Wadman 2001). En 1996, l'entreprise américaine, qui possède les brevets de séquences de gènes impliqués dans le cancer héréditaire du sein et le cancer des ovaires, lance le premier diagnostic moléculaire pour tester la susceptibilité des patientes à risque. Ce test est appelé

BRAC Analysis. Dans un premier temps, l’entreprise utilise son monopole légal pour se

réserver le marché des tests pour cette pathologie, aux États-Unis. Les laboratoires hospitaliers qui souhaitent utiliser ces tests se voient alors imposer le laboratoire diagnostic de

Myriad Genetics. Dans un second temps, l’entreprise part à la quête du marché européen.

En 2001, l’Office Européen des Brevets délivre les brevets demandés par Myriad

Genetics sur la séquence du gène BRCA1 et sur son utilisation diagnostique du cancer du

sein. Alors que l’entreprise propose ses services aux laboratoires hospitaliers européens, sur le même modèle que ce qui s’est passé aux Etats-Unis, les médecins européens « se rebellent ». Entre temps, les laboratoires européens ont en effet développé leurs propres tests, sans déposer de brevet. Comme l’indique le sociologue Maurice Cassier, « (l)a confrontation entre,

techniques de tests et, d’autre part, le modèle du marché privé et réservé du diagnostic protégé par un portefeuille de brevets, devenait inévitable » (Cassier 2003, 76). Certains généticiens, français d’abord, puis issus de différents laboratoires européens, contestent alors l’étendue des brevets qui les empêche de développer des méthodes de tests alternatives, fussent-elles plus fiables. Au nom de la santé publique, certains pays, comme la France, continuent ainsi à réaliser leurs tests et refusent de reconnaître les brevets de la société américaine.

Si dans l’affaire Myriad, laboratoires privés et publics, s’opposent, il serait faux de croire que le secteur public reste radicalement étranger à la tentation de breveter des séquences de gènes. Les institutions publiques, qu’elles soient médicales, académiques et de recherche, participent fortement à ce mouvement d’appropriation des séquences génétiques. L’obtention d’un brevet est un gage de reconnaissance pour la carrière des chercheurs et des ingénieurs et reste, à titre personnel, un élément de leur évaluation. À l’échelle institutionnelle, le brevet est utilisé pour organiser le transfert de connaissances vers l’industrie (grâce aux licences vers des firmes existantes ou par la création de sociétés de biotechnologies). Enfin, le brevet peut être utilisé de façon stratégique pour prévenir l’émergence de monopoles et préserver le libre usage médical des gènes86.

La question qui se pose est alors de savoir si, dans les faits, la possibilité même de breveter des séquences contrarie l’éthos du partage dans les sciences génomiques et post- génomiques. La réponse est oui. Les enquêtes menées dans des institutions de recherche publique intimement liées à l’industrie montrent que l’on observe une diminution des échanges scientifiques avant le dépôt d’un brevet (Blumenthal et al. 1997; Campbell and Bendavid 2003). Non seulement les chercheurs sont plus enclins à garder pour eux les données critiques qui leur permettront de faire breveter leurs recherches mais ils sont parfois dépendants d’une stratégie commerciale qui dépasse leur bon-vouloir et contrarie leur appétence au partage. En outre, le dépôt de brevets aussi étendus que ceux de séquences génétiques peut dissuader des équipes de s’engager dans des recherches qui sont déjà dépendantes de brevets déposés en amont, parce qu’ils ne peuvent espérer dégager des profits de leurs recherches.

Les conséquences de la brevetabilité du génome sont donc nombreuses. À la fois en aval des recherches mais aussi en amont. La brevetabilité suscite notamment un comportement de protection qui entrave la démarche de partage des données et ce, au !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

86_{Lap-Chi Tsui et Francis Collins usent de cette stratégie après avoir isolé le gène impliqué dans la}

détriment du progrès scientifique. Elle peut être à l’origine d’un désinvestissement de certaines recherches. Elle peut enfin conduire à la réalisation de monopoles sur les diagnostics ou des traitements et représente en ce sens un danger pour la santé publique. Pourtant, lorsque l’Organisation Génome Humain (Human Genome Organisation - HUGO) condamne la prise de brevet sur les séquences partielles, ce n’est pas au nom de ces raisons. L’organisation internationale s’en remet à des arguments de nature très juridique pour souligner le fait que le brevet ne devrait pas être attribué aux producteurs de données mais bien plutôt à ceux qui, en interprétant les données, créent à proprement parler de la connaissance.

Comme le remarque Maurice Cassier :

(…) l’argumentation de HUGO sur le brevetage des séquences d'ADN se révèle très ambivalente. HUGO s'oppose au brevetage des séquences partielles de gènes au motif que ces brevets récompensent une activité routinière. L'appropriation d'outils de recherche, en amont, risquerait de pénaliser ceux qui réaliseront le travail le plus créatif, en aval. (Cassier 2002, 248)

Les membres de HUGO n’ont donc pas à cœur d’empêcher la monopolisation de l’information génétique par le premier découvreur du gène ou de s’opposer à l’appropriation du matériel génétique humain, mais à encourager la course à l’innovation en maintenant la logique du brevet et en la repoussant à un stade ultérieur de l’élucidation du génome. C’est la raison pour laquelle ils prennent position pour le versement rapide des séquences génomiques dans le domaine public sous une forme suffisamment brute pour que les gènes caractérisés restent brevetables. Il s’agit d’un enjeu tactique bien plus que d’une prise de position idéologique. Les enjeux éthiques liés à la brevetabilité du génome restent les mêmes.

Ce type de raisonnement n’est pas isolé. On le retrouve dans la Déclaration Clinton- Blair du 14 mars 2000. Celle-ci est proclamée alors-même que la course au séquençage du génome humain bat son plein entre le Consortium Public87 et le secteur privé, notamment représenté par la société américaine Celera Genomic.88. Pourquoi cette déclaration très officielle au milieu d’une course scientifique ? Parce que les secteurs publics et privés qui sont en concurrence pour ravir le titre du plus rapide à séquencer le génome humain ne se !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

87 _{Rappelons que le Projet public du Génome Humain est piloté par les Instituts nationaux de recherche médicale}

américains (National Health Institutes - NHI) en collaboration avec le Département de l'énergie et un ensemble de laboratoires britanniques, français, allemands, japonais et chinois.

distinguent pas seulement par leurs méthodes mais s’opposent aussi par leur politique de diffusion. En effet après deux rencontres entre les responsables des NIH et les dirigeants de deux des entreprises de séquençage les plus dynamiques (Celera Genomics et Incyte

Internationals), les questions liées à l'échange et à la diffusion des informations obtenues ne

trouvent pas de résolution. Les NIH mais également le Wellcome Trust britannique (principaux bailleurs de fonds du projet) souhaitent que les informations soient rendues publiques à l'issue d'un délai d'un an. Leurs interlocuteurs privés demandent cinq années d’exclusivité et la possibilité de déposer des brevets sur les tests de détection de maladies génétiques. Ce sont finalement les pouvoirs publics qui tranchent lorsque Tony Blair et Bill Clinton, unis dans une déclaration commune, demandent aux scientifiques du monde entier de placer dans le domaine public toutes les informations concernant le décodage du génome humain, actuellement en cours. Cette déclaration ne concerne cependant que la séquence brute du génome et l’industrie biotechnologique peut bien vite se rassurer quant à la possibilité de continuer à déposer des brevets sur des gènes dès qu'ils seraient identifiés. Le président des Etats-Unis et le Premier Ministre britannique précisent le sens de leur appel au partage en mettant l'accent sur la nécessité de rendre publiques les recherches de base, laissant cependant aux sociétés commerciales le droit d'utiliser commercialement les futures applications médicales, car la « protection intellectuelle des inventions à partir des gènes jouera un rôle important dans le développement de nouveaux produits pour la santé »89.

L’analyse des politiques de diffusion des données de séquence requiert donc que l’on prenne en compte les positions tactiques de ceux qui les promeuvent. Dans les cas de Hugo et de l’Appel au libre accès au génome humain, la brevetabilité du génome humain n’est pas remise en cause. Au contraire, c’est pour préserver la brevetabilité des gènes et, partant, confirmer l’opinion selon laquelle un tel système est efficace à promouvoir l’innovation, que ses promoteurs critiquent la brevetabilité des séquences partielles et insistent sur l’importance de diffuser les données brutes (c’est-à-dire pouvant par la suite faire l’objet d’un dépôt de brevet).

Pour reprendre l’opposition au sein du FOSS entre les mouvements du Libre et de l’Ouvert, c’est-à-dire entre ceux qui défendent le Libre-Accès et ceux qui se contentent de !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

89 _{Nous synthétisons et traduisons le second paragraphe de l’appel conjoint lancé par Bill Clinton et Tony Blair à}

propos du libre accès au génome humain (14 mars 2000) : "To realize the full promise of this research, raw fundamental data on the human genome, including the human DNA sequence and its variations, should be made freely available to scientists everywhere. (…) Intellectual property protection for gene-based inventions will also play an important role in stimulating the development of important new health care products."

chercher des solutions pragmatiques permettant d’allier commercialisation et souplesse de l’innovation, les déclarations comme celles de HUGO ou de B. Clinton et T. Blair, se situent très nettement du côté de l’Ouvert. Il s’agit d’ouvrir à la source pour mieux commercialiser ensuite. Les orientations qui y sont prises ne témoignent pas d’une prise en compte de la dimension éthique de la recherche en génomique et ont pour effet d’entériner un mode d’organisation de la recherche qui assume l’appropriation des connaissances.

Il existe cependant des propositions pour imaginer un système dépourvu de brevet. Les chercheurs qui le défendent s’inspirent du Logiciel Libre et proposent « que l'on applique le modèle du logiciel libre et de la licence publique générale aux séquences génétiques, qui deviendraient ainsi inappropriables » (Cassier 2002, 249-50). Cette solution est soutenue à la fois par ceux qui estiment que la séquence génétique, en tant qu’élément du corps humain, doit échapper au domaine marchand et par des chercheurs des pays du Sud qui dénoncent la confiscation des gènes humains par un petit nombre de firmes des pays du Nord.

4. « Publiez tôt, publiez souvent » : un mot d’ordre en partage pour le logiciel à code ouvert et pour la génomique

Les années 1990 et le début des années 2000 constituent un temps fort, à la fois du progrès de la génomique et du FOSS. Bien que la séquence du génome humain n’ait finalement pas fait l’objet d’une licence libre ou ouverte, les bioinformaticiens qui ont permis de renforcer la norme du partage des données génomiques, ont indéniablement été fortement influencés par le FOSS. Le mouvement du logiciel à code ouvert a fourni à la génomique des outils mais aussi une rhétorique de l’ouverture et une pratique du partage qui l’ont constitué en un modèle parmi les autres sciences biomédicales.

Comme nous l’avons vu, l’analyse computationnelle est un trait caractéristique de la génomique. Les problèmes biologiques y sont formulés de sorte que leur résolution puisse être effectuée par un ordinateur. Il existe de nombreux logiciels informatiques permettant de produire des analyses de données génomiques, mais il reste difficile de combiner les données et les résultats issus de sources multiples et souvent dotées de formats spécifiques. Au quotidien, une large part du travail effectué dans un laboratoire de bioinformatique consiste donc à écrire des programmes permettant d’effectuer cette intégration des données. Perl est l’un des langages de programmation les plus utilisés pour ces tâches. Il permet notamment de connecter des logiciels d’analyse de séquence, de convertir des formats de fichiers et

d’extraire des informations de différents types de fichiers ou programmes90. Deux de ses