Année: 2021
Thèse N°: 54
COVID-19
ET SYSTEME CARDIOVASCULAIRE
THESE
Présentée et soutenue publiquement le : / /2021
PAR
Madame Loubna EL BAHRI
Née le 29 Décembre 1995 à Témara
Médecin Interne du CHU Ibn Sina de Rabat
Pour l'Obtention du Diplôme de
Docteur en Médecine
Mots Clés : Covid-19; Cœur; Vaisseaux sanguins; Thérapies anti-covid-19; Vaccination
Membres du Jury :
Monsieur Mimoun ZOUHDI Président
Professeur de Microbiologie
Monsieur Taoufik DOBLALI Rapporteur
Professeur de Microbiologie
Monsieur Yassir BOUSLIMANE Juge
Professeur de Toxicologie
Monsieur Mourad BOUCHRIK Juge
ROYAUME DU MAROC
UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT FACULTE DE MEDECINE
ET DE PHARMACIE RABAT
ﺎﻨﺘﻤﻠﻋ ﺎﻣ ﻻﺇ ﺎﻨﻟ ﻢﻠﻋ ﻻ ﻚﻧﺎﺤﺒﺳ
ﻢﻴﻜﳊﺍ ﻢﻴﻠﻌﻟﺍ ﺖﻧﺃ ﻚﻧﺇ
:ﺔﻳﻵﺍ :ﺓﺮﻘﺒﻟﺍ ﺓﺭﻮﺳ
31
UNIVERSITE MOHAMMED V
FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE RABAT
DOYENS HONORAIRES :
1962 – 1969: Professeur Abdelmalek FARAJ 1969 – 1974: Professeur Abdellatif BERBICH 1974 – 1981: Professeur Bachir LAZRAK 1981 – 1989: Professeur Taieb CHKILI 1989 – 1997: Professeur Mohamed Tahar ALAOUI 1997 – 2003: Professeur Abdelmajid BELMAHI 2003 - 2013: Professeur Najia HAJJAJ – HASSOUNI
ADMINISTRATION :
Doyen Professeur Mohamed ADNAOUI
Vice-Doyen chargé des Affaires Académiques et Estudiantines
Professeur Brahim LEKEHAL Vice-Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération
Professeur Toufiq DAKKA Vice-Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie
Professeur Younes RAHALI Secrétaire Général
Mr. Mohamed KARRA
1 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS MEDECINS ET PHARMACIENS
PROFESSEURS DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR :
Décembre 1984
Pr. MAAOUNI Abdelaziz Médecine Interne – Clinique Royale
Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation
Pr. SETTAF Abdellatif Pathologie Chirurgicale
Décembre 1989
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Janvier et Novembre 1990
Pr. KHARBACH Aîcha Gynécologie -Obstétrique
Pr. TAZI Saoud Anas Anesthésie Réanimation
Février Avril Juillet et Décembre 1991
Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation- Doyen de FMPO
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Mars 1994
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Mars 1995
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Décembre 1996
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Janvier 2000
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Décembre 2001
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Janvier 2005
Pr. ABBASSI Abdellah Chirurgie Réparatrice et Plastique
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Pr. ACHEMLAL Lahsen* Rhumatologie
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Pr. BENCHEIKH Razika O.R.L
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Pr. BOUHAFS Mohamed El Amine Chirurgie - Pédiatrique
Pr. BOULAHYA Abdellatif* Chirurgie Cardio – Vasculaire. Directeur Hôpital Ibn Sina Marr.
Pr. CHENGUETI ANSARI Anas Gynécologie Obstétrique
Pr. DOGHMI Nawal Cardiologie
Pr. FELLAT Ibtissam Cardiologie
Pr. FAROUDY Mamoun Anesthésie Réanimation
Pr. HARMOUCHE Hicham Médecine Interne
Pr. IDRISS LAHLOU Amine* Microbiologie
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Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie
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Octobre 2007
Pr. ABIDI Khalid Réanimation médicale
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Pr. ACHOUR Abdessamad* Chirurgie générale
Pr. AIT HOUSSA Mahdi * Chirurgie cardio vasculaire
Pr. AMHAJJI Larbi * Traumatologie orthopédie
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Pr. BAITE Abdelouahed * Anesthésie réanimation
Pr. BALOUCH Lhousaine * Biochimie-chimie
Pr. BENZIANE Hamid * Pharmacie clinique
Pr. BOUTIMZINE Nourdine Ophtalmologie
Pr. CHERKAOUI Naoual * Pharmacie galénique
Pr. EHIRCHIOU Abdelkader * Chirurgie générale
Pr. EL BEKKALI Youssef * Chirurgie cardio-vasculaire
Pr. EL ABSI Mohamed Chirurgie générale
Pr. EL MOUSSAOUI Rachid Anesthésie réanimation
Pr. EL OMARI Fatima Psychiatrie
Pr. GHARIB Noureddine Chirurgie plastique et réparatrice
Pr. HADADI Khalid * Radiothérapie
Pr. ICHOU Mohamed * Oncologie médicale
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Pr. KEBDANI Tayeb Radiothérapie
Pr. LOUZI Lhoussain * Microbiologie
Pr. MADANI Naoufel Réanimation médicale
Pr. MAHI Mohamed * Radiologie
Pr. MARC Karima Pneumo phtisiologie
Pr. MASRAR Azlarab Hématologie biologique
Pr. MRANI Saad * Virologie
Pr. OUZZIF Ez zohra * Biochimie-chimie
Pr. RABHI Monsef * Médecine interne
Pr. RADOUANE Bouchaib* Radiologie
Pr. SEFFAR Myriame Microbiologie
Pr. SEKHSOKH Yessine * Microbiologie
Pr. SIFAT Hassan * Radiothérapie
Pr. TABERKANET Mustafa * Chirurgie vasculaire périphérique
Pr. TACHFOUTI Samira Ophtalmologie
Pr. TAJDINE Mohammed Tariq* Chirurgie générale
Pr. TANANE Mansour * Traumatologie-orthopédie
Pr. TLIGUI Houssain Parasitologie
Pr. TOUATI Zakia Cardiologie
Mars 2009
Pr. ABOUZAHIR Ali * Médecine interne
Pr. AGADR Aomar * Pédiatrie
Pr. AIT ALI Abdelmounaim * Chirurgie Générale
Pr. AKHADDAR Ali * Neuro-chirurgie
Pr. ALLALI Nazik Radiologie
Pr. AMINE Bouchra Rhumatologie
Pr. ARKHA Yassir Neuro-chirurgie Directeur Hôp.des Spécialités
Pr. BELYAMANI Lahcen * Anesthésie Réanimation
Pr. BJIJOU Younes Anatomie
Pr. BOUHSAIN Sanae * Biochimie-chimie
Pr. BOUI Mohammed * Dermatologie
Pr. BOUNAIM Ahmed * Chirurgie Générale
Pr. BOUSSOUGA Mostapha * Traumatologie-orthopédie
Pr. CHTATA Hassan Toufik * Chirurgie Vasculaire Périphérique
Pr. DOGHMI Kamal * Hématologie clinique
Pr. EL MALKI Hadj Omar Chirurgie Générale
Pr. EL OUENNASS Mostapha* Microbiologie
Pr. ENNIBI Khalid * Médecine interne
Pr. FATHI Khalid Gynécologie obstétrique
Pr. HASSIKOU Hasna * Rhumatologie
Pr. KABBAJ Nawal Gastro-entérologie
Pr. KABIRI Meryem Pédiatrie
Pr. KARBOUBI Lamya Pédiatrie
Pr. LAMSAOURI Jamal * Chimie Thérapeutique
Pr. MARMADE Lahcen Chirurgie Cardio-vasculaire
Pr. MESKINI Toufik Pédiatrie
Pr. MESSAOUDI Nezha * Hématologie biologique
Pr. MSSROURI Rahal Chirurgie Générale
Pr. NASSAR Ittimade Radiologie
Pr. OUKERRAJ Latifa Cardiologie
Pr. RHORFI Ismail Abderrahmani * Pneumo-Phtisiologie
Octobre 2010
Pr. ALILOU Mustapha Anesthésie réanimation
Pr. AMEZIANE Taoufiq* Médecine Interne Directeur ERSSM
Pr. BELAGUID Abdelaziz Physiologie
Pr. CHADLI Mariama* Microbiologie
Pr. CHEMSI Mohamed* Médecine Aéronautique
Pr. DAMI Abdellah* Biochimie- Chimie
Pr. DARBI Abdellatif* Radiologie
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Pr. EL KHARRAS Abdennasser* Radiologie
Pr. EL MAZOUZ Samir Chirurgie Plastique et Réparatrice
Pr. EL SAYEGH Hachem Urologie
Pr. ERRABIH Ikram Gastro-Entérologie
Pr. LAMALMI Najat Anatomie Pathologique
Pr. MOSADIK Ahlam Anesthésie Réanimation
Pr. MOUJAHID Mountassir* Chirurgie Générale
Pr. NAZIH Mouna* Hématologie
Pr. ZOUAIDIA Fouad Anatomie Pathologique
Decembre 2010
Pr. ZNATI Kaoutar Anatomie Pathologique
Mai 2012
Pr. AMRANI Abdelouahed Chirurgie pédiatrique
Pr. ABOUELALAA Khalil * Anesthésie Réanimation
Pr. BENCHEBBA Driss * Traumatologie-orthopédie
Pr. DRISSI Mohamed * Anesthésie Réanimation
Pr. EL ALAOUI MHAMDI Mouna Chirurgie Générale
Pr. EL OUAZZANI Hanane * Pneumophtisiologie
Pr. ER-RAJI Mounir Chirurgie Pédiatrique
Pr. JAHID Ahmed Anatomie Pathologique
Pr. RAISSOUNI Maha * Cardiologie
Février 2013
Pr. AHID Samir Pharmacologie
Pr. AIT EL CADI Mina Toxicologie
Pr. AMRANI HANCHI Laila Gastro-Entérologie
Pr. AMOR Mourad Anesthésie Réanimation
Pr. AWAB Almahdi Anesthésie Réanimation
Pr. BELAYACHI Jihane Réanimation Médicale
Pr. BELKHADIR Zakaria Houssain Anesthésie Réanimation
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Pr. BENKIRANE Souad Hématologie
Pr. BENNANA Ahmed* Informatique Pharmaceutique
Pr. BENSGHIR Mustapha * Anesthésie Réanimation
Pr. BENYAHIA Mohammed * Néphrologie
Pr. BOUATIA Mustapha Chimie Analytique et Bromatologie
Pr. BOUABID Ahmed Salim* Traumatologie orthopédie
Pr. BOUTARBOUCH Mahjouba Anatomie
Pr. CHAIB Ali * Cardiologie
Pr. DENDANE Tarek Réanimation Médicale
Pr. DINI Nouzha * Pédiatrie
Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Mohamed Ali Anesthésie Réanimation Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Najwa Radiologie
Pr. ELFATEMI Nizare Neuro-chirurgie
Pr. EL GUERROUJ Hasnae Médecine Nucléaire
Pr. EL HARTI Jaouad Chimie Thérapeutique
Pr. EL JAOUDI Rachid * Toxicologie
Pr. EL KABABRI Maria Pédiatrie
Pr. EL KHANNOUSSI Basma Anatomie Pathologique
Pr. EL KHLOUFI Samir Anatomie
Pr. EL KORAICHI Alae Anesthésie Réanimation
Pr. EN-NOUALI Hassane * Radiologie
Pr. ERRGUIG Laila Physiologie
Pr. FIKRI Meryem Radiologie
Pr. GHFIR Imade Médecine Nucléaire
Pr. IMANE Zineb Pédiatrie
Pr. IRAQI Hind Endocrinologie et maladies métaboliques
Pr. KABBAJ Hakima Microbiologie
Pr. KADIRI Mohamed * Psychiatrie
Pr. LATIB Rachida Radiologie
Pr. MAAMAR Mouna Fatima Zahra Médecine Interne
Pr. MEDDAH Bouchra Pharmacologie
Pr. MELHAOUI Adyl Neuro-chirurgie
Pr. MRABTI Hind Oncologie Médicale
Pr. NEJJARI Rachid Pharmacognosie
Pr. OUBEJJA Houda Chirugie Pédiatrique
Pr. OUKABLI Mohamed * Anatomie Pathologique
Pr. RAHALI Younes Pharmacie Galénique Vice-Doyen à la Pharmacie
Pr. RATBI Ilham Génétique
Pr. RAHMANI Mounia Neurologie
Pr. REDA Karim * Ophtalmologie
Pr. REGRAGUI Wafa Neurologie
Pr. RKAIN Hanan Physiologie
Pr. ROSTOM Samira Rhumatologie
Pr. ROUAS Lamiaa Anatomie Pathologique
Pr. ROUIBAA Fedoua * Gastro-Entérologie
Pr SALIHOUN Mouna Gastro-Entérologie
Pr. SAYAH Rochde Chirurgie Cardio-Vasculaire
Pr. SEDDIK Hassan * Gastro-Entérologie
Pr. ZERHOUNI Hicham Chirurgie Pédiatrique
Pr. ZINE Ali * Traumatologie Orthopédie
AVRIL 2013
Pr. EL KHATIB MOHAMED KARIM * Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale
MARS 2014
Pr. ACHIR Abdellah Chirurgie Thoracique
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Pr. EL MACHTANI IDRISSI Samira * Biochimie-Chimie
Pr. HARDIZI Houyam Histologie- Embryologie-Cytogénétique
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Pr. MAKRAM Sanaa * Pharmacologie
Pr. OULAHYANE Rachid* Chirurgie Pédiatrique
Pr. RHISSASSI Mohamed Jaafar CCV
Pr. SEKKACH Youssef* Médecine Interne
Pr. TAZI MOUKHA Zakia Génécologie-Obstétrique
DECEMBRE 2014
Pr. ABILKACEM Rachid* Pédiatrie
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Pr. BEKKALI Hicham * Anesthésie-Réanimation
Pr. BENAZZOU Salma Chirurgie Maxillo-Faciale
Pr. BOUABDELLAH Mounya Biochimie-Chimie
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Pr. EL GHADBANE Abdedaim Hatim* Anesthésie-Réanimation
Pr. EL MARJANY Mohammed* Radiothérapie
Pr. FEJJAL Nawfal Chirurgie Réparatrice et Plastique
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AOUT 2015
Pr. MEZIANE Meryem Dermatologie
Pr. TAHIRI Latifa Rhumatologie
PROFESSEURS AGREGES :
JANVIER 2016
Pr. BENKABBOU Amine Chirurgie Générale
Pr. EL ASRI Fouad* Ophtalmologie
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JUIN 2017
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Pr. BOUAYTI El Arbi* Médecine préventive, santé publique et Hyg.
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NOVEMBRE 2018
Pr. AMELLAL Mina Anatomie
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NOVEMBRE 2019
Pr. AATIF Taoufiq * Néphrologie
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Pr. BOUCHENTOUF Sidi Mohammed * Chirurgie Générale
Pr. BOUZELMAT Hicham * Cardiologie
Pr. BOUKHRIS Jalal * Traumatologie-orthopédie
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Pr. CHERIF EL ASRI Abad * Neurochirugie
Pr. DAMIRI Amal * Anatolmie Pathologique
Pr. DOGHMI Nawfal * Anesthésie-réanimation
Pr. ELALAOUI Sidi-Yassir Pharmacie Galénique
Pr. EL ANNAZ Hicham * Virologie
Pr. EL HASSANI Moulay EL Mehdi * Gynécologie-obstétrique Pr. EL HJOUJI Aabderrahman * Chirurgie Générale
Pr. EL KAOUI Hakim * Chirurgie Générale
Pr. EL WALI Abderrahman * Anesthésie-réanimation
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Pr. MEZIANE Mohammed * Anesthésie-réanimation
Pr. MOUTAKI ALLAH Younes * Chirurgie Cardio-vasculaire
Pr. MOUZARI Yassine * Ophtalmologie
Pr. NAOUI Hafida * Parasitologie-Mycologie
Pr. OBTEL Majdouline Médecine préventive, santé publique et Hyg.
Pr. OURRAI Abdelhakim * Pédiatrie
Pr. SAOUAB Rachida * Radiologie
Pr. SBITTI Yassir * Oncologie Médicale
Pr. ZADDOUG Omar * Traumatologie Orthopédie
Pr. ZIDOUH Saad * Anesthésie-réanimation
2 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS SCIENTIFIQUES
PROFESSEURS/Prs. HABILITES
Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie
Pr. ALAMI OUHABI Naima Biochimie-chimie
Pr. ALAOUI KATIM Pharmacologie
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Pr .BARKIYOU Malika Histologie-Embryologie
Pr. BOUHOUCHE Ahmed Génétique Humaine
Pr. BOUKLOUZE Abdelaziz Applications Pharmaceutiques Pr. CHAHED OUAZZANI Lalla Chadia Biochimie-chimie
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Pr. OULAD BOUYAHYA IDRISSI Med Chimie Organique
Pr. REDHA Ahlam Chimie
Pr. TOUATI Driss Pharmacognosie
Pr. YAGOUBI Maamar Environnement,Eau et Hygiène
Pr. ZAHIDI Ahmed Pharmacologie
Mise à jour le 11/06/2020 KHALED Abdellah
Chef du Service des Ressources Humaines FMPR
À ALLAH
Au bon DIEU, Le Clément, Le Miséricordieux. Qui m’a
guidé dans le bon chemin. Je vous dois ce que je suis devenue.
Louanges et remerciements.
A mes chers parents
Pour leur patience, leur soutien, les sacrifices et tous les efforts consentis
pour mon éducation et ma formation
Je tiens à vous témoigner ma reconnaissance, mon amour et mon affection
A ma chère sœur EL BAHRI Nadia
Merci d’avoir été toujours présente pour moi. Merci pour ton soutien
continu, tes encouragements et tes incitations à faire toujours de mon
mieux.
Que ce modeste travail soit l’expression de mon amour et ma tendresse.
Que Dieu te bénisse et te protège
A mon cher frère Soufiane et mes chers sœurs Sanae et Hafsa
Merci pour vos encouragements et pour les moments quand a pu partager
ensemble
A l’âme de mon grand-père maternel ISMAIL Youssef
A l’âme de mon grand-père paternel EL BAHRI Youssef
Que la clémence de Dieu règne sur vous et que sa miséricorde apaise vos
âmes.
Que Dieu le miséricordieux vous accueille dans son éternel paradis.
A ma grand-mère ABOU TALEB Zaineb
Merci pour tes encouragements, tes prières et l’enthousiasme que tu
exprimais toujours de la même ferveur à chaque fois que je réussissais une
étape de mon cursus.
Qu’Allah t’accorde santé et longue vie
A ma grand-mère paternelle Rkia EL GHZAL
Que Dieu te bénisse et te protège
A mes oncles et tantes
Tous les mots ne peuvent exprimer tous mes sentiments de respect, et
d'amour envers vous.
A ma chère Wafae El Jirari
En souvenir des bons moments passés ensemble et pour l’amitié
inconditionnelle qui nous réunit. Pour les aventures que nous avons vécues
et pour toutes celles qui nous attendent. Que l’avenir sera plein de belles
choses pour toi
A mes chers amis chadia, youness, Mariyam, Hanane
Je vous remercie pour votre agréable compagnie et encouragement.
Je vous dédie ce travail avec mes souhaits de réussite et de succès.
A tous ceux qui me sont chers et que j’ai omis de citer
A LA PROMOTION d’internat 2018 ET A TOUTE LA FAMILLE
D’INTERNES.
A notre maitre et rapporteur de thèse
Monsieur le professeur TAOUFIK DOBLALI
Professeur de microbiologie
Pour vos conseils judicieux, pour les efforts que vous avez déployés pour que
ce travail soit élaboré.
Pour votre suivi tout au long de l’élaboration de ce travail, votre
encadrement, votre orientation, qui m’ont permis d’avoir une approche
objective de mon projet de thèse
Nous avons apprécié votre gentillesse et nous vous remercions pour vos
efforts inlassables
Veuillez trouver ici l’expression de notre vive gratitude, notre profond
A notre maitre et président de jury
Monsieur MIMOUN ZOUHDI
Professeur de microbiologie
Nous vous remercions pour l'honneur que vous nous faites en acceptant de
juger ce travail et de participer à la soutenance
Veuillez accepter Maître, l’assurance de mon estime et de mon profond
respect.
A notre maitre et juge de thèse
MONSIEUR LE PROFESSEUR YASSIR BOUSLIME
Professeur de Toxicologie
C’est pour nous un honneur et un grand privilège de vous avoir dans notre
jury de thèse
A notre maitre et juge de thèse
Monsieur le professeur BOUCHRIK MOURAD
Professeur de Parasitologie-Mycologie
Vous nous faite l’honneur d’accepter avec une très grande amabilité de
siéger parmi notre jury de thèse
Veuillez trouver ici l’expression de notre profond respect et notre sincère
reconnaissance
Abréviations
ACE2 : Enzyme de conversion de l’angiotensine 2
ACE2 : Enzyme de conversion de l’angiotensine 2
ALAT : Alanine aminotransférase
ARN : Acide ribonucléique
ARNm : Acide ribonucléique messsager
ASAT : Aspartate aminotransférases
BNP : Facteur natriurétique type B
CEC : Circulation extra-corporelle
CMD : Cardiomyopathie dilatée
COVID-19 : Coronavirus Disease 2019
CRP : Protéine C-réactive
ECG : Electrocardiogramme
ECMO : Extra corporeal membran oxygenation
ELISA : Enzyme Linked immunosorbent assay
EPI : Equipements de protection individuelle
ERGIC : Endoplasmic reticulum Golgi intermediate compartment
ETT : Echocardiographie transthoracique
FA : Fibrillation atriale
HBPM : Héparine bas poids moléculaire
HNF : Héparine non fractionnée
IC : Insuffisance cardiaque
ICTV : comité international de taxonomie des virus
IEC : Inhibiteur de l’enzyme de conversion
IFN : Interféron
IgA : Immunoglobuline type A
IgG : Immunoglobuline type G
IgM : Immunoglobuline type M
IL : Interleukine
IRM : Imagerie par résonance magnétique
ISTH : International Society of Thrombosis and Haemostasis
IVSE : Intraveineux à la seringue électrique
LCR : Liquide céphalo-rachidien
LDH : Lactate déshydrogénase
MERS-CoV : Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
NK : Natural killer
NO : Monoxyde d’Azote
NSPS : Non structural proteins of SARS-CoV-2
NSTEMI : Non-ST elevation myocardial infarction
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
ORF : Open reading frame
PCR : Réaction de polymérisation en chaine
RBD : Receptor binding domain
RdRp : ARN polymérase ARN-dépendante
RT-PCR : Reverse transcriptase polymerase chain reaction
SARS-CoV-2 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
SCA : Syndrome coronarien aigu
SDRA : Syndrome de détresse respiratoire aigu
STEMI : ST elevation myocardial infarction
TCA : Temps de cephaline activée
TdP : Torsade de pointe
TLR : Toll-like receptors
TMPRSS2 : Transmembrane protease serine 2
TP : Temps de prothrombine
TV : Tachycardie ventriculaire
UTRs : Untranslated regions
UV : Ultra-violet
Vero : Verda Reno
Liste des figures
Figure 1: Arbre phylogénétique construit à partir de 51 génomes complets de coronavirus par la
méthode de Neighbour-joining ...6
Figure 2: Structure de SARS –CoV 2 ...9 Figure 3: Organisation du génome du SARS CoV 2 ... 10 Figure 4: Représentation de l’entrée du SARS-CoV-2 dans la cellule, principalement le
pneumocyte de type 2, et de son cycle de réplication . ... 13
Figure 5: Évolution des coronavirus et réservoirs animaux. ... 16 Figure 6: chronologie des évènements pendant l’épidémie du 2019 n-CoV ... 22 Figure 7: Mécanismes d’échappement du SARS-CoV-2 et du MERS-CoV à la réponse
immunitaire innée. ... 26
Figure 8: Mécanismes suspectées de la réaction immunitaire dans l’infection par le SARS-CoV-2 .. 27 Figure 9: Poumon d'un patient de sexe masculin de 51 ans, ayant des antécédents d'hépatite C et
des symptômes à type de toux sèche et d’essoufflement pendant trois semaines. Aucun voyage récent ou contact connu avec des personnes infectées ... 31
Figure 10: Emballage et transport des prélèvements pour le diagnostic du SARS-CoV-2 ... 35 Figure 11 : Principe de la PCR quantitative en temps réel avec sonde TaqMan ... 36 Figure 12: (a) tapis cellulaire non abîmé par les virus (b) tapis cellulaire avec effet cytopathogène
(ECP) visible, les cellules infectées par le virus sont détruites. ... 38
Figure 13 : Image de ME d’un coronavirus ... 39 Figure 14 : Schéma de la technique immuno-enzymatique ELISA ... 40 Figure 15 : Schéma du principe de l’immunoflurescence indirecte (IFI) ... 41 Figure 16 : Test de neutralisation de coronavirus ... 43 Figure 17 : Test rapide pour le diagnostic du COVID-19 ... 44 Figure 18: Cinétique des anticorps au cours du COVID-19 ... 45 Figure 19: Représentation schématique des cavités cardiaques, des orifices auriculo-ventriculaire,
Figure 20: Coupe transversale du cœur montrant les orifices auriculo-ventriculaire avec les
valvules tricuspide et mitral et les orifices ventriculo-atriaux avec les valvules sigmoïde aortique et pulmonaire ... 49
Figure 21: Vascularisation artérielle et veineuse du cœur ... 51 Figure 22: Diagramme expliquant les deux processus majeurs conduisant au décès d’un patient.
L’atteinte virale peut être directe et conduire à un tableau aigu, ou indirect et faire intervenir des processus inflammatoires. ... 53
Figure 23: Manifestations cardiovasculaires associées au COVID-19 ... 54 Figure 24: Femme de 65 ans avec infection COVID-19 confirmée et myocardite aiguë confirmée
en IRM cardiaque. Séquences T1 mapping pré-injection et T2 mapping en faveur d'un œdème important : augmentation du T1 à 1454 ms (valeur normale sur 3T < 1256 ms) et du T2 . ... 59
Figure 25: Mécanismes possibles conduisant à un SCA lors qu’un patient est atteint du COVID-19.
ARDS: syndrome de détresse respiratoire aigu, IC : insuffisance cardiaque. ... 61
Figure 26: Algorithme recommandé de principes de l’utilisation de 2 dosages de troponine
ultrasensible à 3 heures d’intervalle. ... 64
Figure 27: stratification du risque ischémique au cours d’un NSTEMI ... 66 Figure 28: Prise en charge du syndrome coronarien aigu sans sus-décalage du segment ST
NSTEMI dans le COVID-19 ... 68
Figure 29: Prise en charge du syndrome coronarien aigu avec sus-décalage du segment ST STEMI
dans le COVID 19 ... 71
Figure 30: physiopathologie du choc cardiogénique... 73 Figure 31: Les types d’arythmie cardiaque qui apparaissent au cours de l’infection à COVID-19 .... 82 Figure 32: Tachycardie sinusale (ondes P positives en DII et conduites aux ventricules avec des
troubles de repolarisation secondaires) ... 83
Figure 33: Bloc auriculo-ventriculaire ... 84 Figure 34: fibrillation auriculaire ... 85 Figure 35: salves de Tachycardie ventriculaire (≥ complexes QRS) ... 86 Figure 36: Fibrillation ventriculaire ... 87
Figure 37: Torsade de pointe (l’allongement de QT favorise la torsade qui survient lorsqu’une
autre Extrasystole ventriculaire tombe au sommet de l’onde T, dans la période vulnérable de la repolarisation ventriculaire) ... 87
Figure 38: Traitement de torsade de pointe. ... 89 Figure 39: Triade de Virchow dans la thrombogenèse dans COVID-19 : triade qui se compose
d'une paroi vasculaire anormale (endothéliite, dysfonctionnement endothélial avec perte de glycocalyx), écoulement anormal (dû à une hyperviscosité, une activation immunitaire) ... 92
Figure 40: Demande d'écho-Doppler veineux en période de pandémie SARS-CoV 2 ... 94 Figure 41: Mesure de l’intervalle QT . ... 100 Figure 42: Surveillance cardiologique du traitement à l’hydroxychloroquine COVID 19. ... 102 Figure 43: Relation entre la pathogénicité virale, les récepteurs ACE2 et la protection pulmonaire,
ainsi que les effets potentiels sur l’inhibition de la rénine-angiotensine aldostérone ... 103
Figure 44 : La technique de lavage des mains ... 106 Figure 45 : Masque respiratoire FFP1 sans valve ... 108 Figure 46 : Masque FFP2 ... 108 Figure 47 : Masque FFP3 ... 109 Figure 48 : Illustration montrant la distanciation physique . ... 110 Figure 49 : Image l’équipement de protection individuelle du personnel prodiguant les soins au
patient COVID19 ... 111
Figure 50 : Thermomètre infrarouge qui peut être utilisé dans le triage des malades ... 112 Figure 51: Approches du développement d'un vaccin contre le SRAS-CoV-2. ... 115 Figure 52: Procédure de réalisation d’un prélèvement naso-pharyngé ... 124 Figure 53: Procédure de réalisation d’un prélèvement oro-pharyngé. ... 125 Figure 54: Ecouvillons pour prélèvement naso-pharayngé et oro-pharayngé. ... 125
Liste des tableaux
Tableau 1: Classification des coronaviridae selon le comité internationale de taxonomie des virus
(ICTV) . ...8
Tableau 2: Modalités de prélèvement et de conservation des prélèvements pour le diagnostic du
COVID-19. ... 35
Tableau 3: Les contres indications de la fibrinolyse médicamenteuse ... 70 Tableau 4: Traitement pharmacologique du choc cardiogénique ... 78 Tableau 5: Listes des médicaments entrainant un allongement de l'intervalle QT ... 88 Tableau 6: Niveaux d’anticoagulation pour les patients hospitalisés pour COVID-19 proposés par
le Groupe d’Etude sur l’Hémostase et la Thrombose (GEHT) et le Groupe d’intérêt en hémostase périopératoire (GIHP). ... 96
Tableau 7: Interactions des antiviraux et ajustement thérapeutiques ... 101 Tableau 8: Candidats vaccinaux en phase clinique pour le COVID-19 ... 114
I. Introduction ... 2 II. Rappel sur la COVID-19 ... 5
A. Agent pathogène ...5 1. Classification et taxonomie ...5 2. Structure du virus ...8 3. Génome du virus ... 10 4. Propriétés physicochimique du virus... 11 5. Cycle de réplication du virus ... 11 6. Variabilité génétique du virus ... 14 B. Epidémiologie ... 15 1. Réservoir du virus ... 15 2. Les modes de transmission ... 16 a. Transmission aérienne ... 16 b. Transmission oro-fécale ... 17 c. Transmission oculaire ... 17 d. Transmission verticale ... 18 e. Autres voies de transmission ... 19 3. Facteurs favorisants ... 19 4. Données épidémiologiques ... 20 C. Physiopathologie ... 22 1. Action directe du virus sur la cellule hôte ... 22 2. Réponse immunitaire antivirale ... 24 a. Réponse immunitaire antivirale immédiate ... 24 a. 1 Mécanismes de la réponse immunitaire immédiate ... 24 a. 2 . Mécanismes d’échappement du virus au système immunitaire ... 24 b. Mécanismes de la réponse immunitaire amplifiée à la 2ème phase d’infection ... 26 b. 1.1 Orage cytokinique ... 26 b. 1.2 Epuisement lymphocytaire et lymphopénie... 27 b. 1.3 Réponse humorale ... 28
D. Diagnostic de l’infection par le SARS-CoV-2 ... 28 1. Circonstances clinique du diagnostic de la COVID-19 ... 28 a. Atteinte respiratoires ... 29 b. Atteinte du tube digestif ... 29 c. Atteinte neurologique ... 29 d. Atteinte dermatologique ... 29 e. Atteinte rénale ... 30 f. Atteinte ophtalmologique ... 30 g. Atteinte cardiovasculaire ... 30 h. L’hyperglycémie ... 30 i. Atteinte hépatique ... 30 2. Diagnostic radiologique de l’infection par le COVID-19... 31 3. Diagnostic biologique de l’infection par le COVID-19... 32 a. Diagnostic biologique non spécifique ... 32 b. Diagnostic biologique spécifique ... 33 b. 1. Phase pré-analytique ... 33 b. 1.1 .Précautions à prendre par le personnel avant le prélèvement ... 33 b. 1.2 Prélèvements ... 34 b. 1.3 . Modalités de conservation et de transport ... 34 b. 2. Phase analytique ... 36 b. 2.1 Diagnostic direct ... 36 b. 2.1. 1 Biologie moléculaire... 36 b. 2.1. 2 Isolement du virus par culture cellulaire ... 37 b. 2.1. 3 Microscopie électronique ... 38 b. 2.1. 4 Recherche antigénique ... 39 b. 2.2 Diagnostic indirect ... 39 b. 2.2. 1 Technique immuno-enzymatique (ELISA) ... 39 b. 2.2. 2 Immunofluorescence indirecte (IFI) ... 40 b. 2.2. 3 Test de neutralisation ... 42 b. 2.2. 4 Test rapide d’orientation diagnostique ... 43
b. 2.2. 5 Cinétique des anticorps dans la COVID-19 ... 44
III. Rappel sur le système cardio-vasculaire ... 47
1. Définition ... 47 2. Anatomie fonctionnelle du cœur et des vaisseaux coronaires ... 47 3. La vascularisation du cœur ... 49
IV. Complications cardio-vasculaire du COVID-19 ... 53
1. La myocardite ... 54 A. Définition ... 54 B. Hypothèses sur la physiopathologie de la myocardite dans le Covid 19 ... 55 C. Tableau clinique ... 56 c.1. Douleur thoracique mimant un syndrome coronarien aigue ... 56 c.2. Insuffisance cardiaque aigue ... 56 c.3. Insuffisance cardiaque chronique ... 56 c.4. Tableau clinique des myocardites à COVID-19 ... 56 D. Diagnostic positif ... 57 d. 1. L’échocardiographie transthoracique (ETT) ... 57 d. 2. Electrocardiogramme (ECG) ... 57 d. 3. Biologie ... 57 d. 4. IRM cardiaque ... 58 d. 5. Biopsie myocardique ... 59 E. Le traitement de la myocardite à COVID-19 ... 60 2. Le Syndrome coronarien aigue (SCA) ... 60 A. Définition et mécanismes ... 60 B. Diagnostic positif... 62 b. 1. Tableau clinique ... 62 b. 2. Electrocardiogramme (ECG) ... 62 b. 3. Examens Biologiques ... 63 b. 3.1 La Troponine ... 63 b. 3.2 Autres examens ... 64 C. Prise en charge thérapeutique d’un syndrome coronarien aigu ... 65
c.1. Prise en charge du syndrome coronarien aigu sans sus décalage de ST (NSTEMI) ... 65 c.2. Prise en charge du syndrome coronarien aigu avec sus décalage du segment ST (STEMI) ... 68
c.2.1 Traitement médicamenteux initial ... 68 c.2.2 Revascularisation ... 69 3. Le choc cardiogénique... 72 A. Définition ... 72 B. Physiopathologie ... 72 C. Le choc cardiogénique et la COVID-19 ... 74 D. Diagnostic ... 74 D. 1. Diagnostic clinique ... 74 D. 2. Diagnostic para clinique ... 75 D. 2. 1. Electrocardiogramme (ECG) ... 75 D. 2. 2. Radiographie de thorax... 75 D. 2. 3. Biologie ... 75 D. 2. 4. Echocardiographie trans-thoracique (ETT) ... 76 D. 2. 5. Hémodynamique ... 76 E. Prise en charge thérapeutique ... 77 E. 1. Traitement symptomatique ... 77 E. 2. Traitement étiologique... 78 4. L’Arythmie ... 79 A. Physiopathologie ... 80 B. Les types d’arythmies au cours du COVID-19 ... 82 a. Tachycardie sinusale ... 82 b. Bradycardie/troubles de conduction ... 83 c. Fibrillation atriale (FA) ... 84 d. Tachycardie ventriculaire (TV) ... 85 e. Syndrome de QT long induit par le traitement COVID-19 ... 87 5. Les complications thromboemboliques au cours du COVID-19 ... 89 A. Mécanisme de l’hypercoagulabilité ... 90 B. Moyens diagnostiques des complications thromboemboliques au cours du COVID-19 ... 93
b. 1. Examens biologiques ... 93 b. 2. Examens radiologiques ... 93 C. Traitement des complications thromboemboliques au cours du COVID-19 ... 94 c.1. Traitement préventif des complications thromboemboliques ... 94 c.2. Traitement curatif des complications thromboemboliques au cours du COVI-19 ... 97
V. Interactions cœur et traitements du COVID-19 ... 99
1. Les antiviraux ... 99 2. La chloroquine et l’hydroxycholoroquine ... 101 3. L’azithromycine ... 102 4. Discussion pour l’arrêt des médicaments bloqueurs du système rénine-angiotensine et aldostérone... 103
VI. Mesures de prévention du COVID-19 ... 105
1. Prévention individuelle... 105 1. 1. Les moyens de prévention individuelle ... 105 1. 1. 1. Le lavage des mains : le premier geste barrière ... 105 1. 1. 2. Le port du masque ... 106 1. 1. 3. La distension physique ... 110 1. 1. 4. Equipements de protection individuelle : ... 110 1. 2. Moyens de prévention collective ... 111 1. 2. 1. Education et information du citoyen ... 111 1. 2. 2. Formation du personnel médical et paramédical ... 112 1. 2. 3. Nettoyage des surfaces ... 112 1. 2. 4. Instauration d’Etat d’urgence sanitaire ... 112 1. 2. 5. Dépistage massif de la population ... 113 1. 2. 6. Vaccination de la population ... 113
VII. Conclusion ... 118 Résumés... 119 Annexe ... 123 Bibliographie ... 126
I. Introduction
L’infection par le SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), nommée la COVID-19 (Coronavirus Disease 2019), est une maladie infectieuse apparue en décembre 2019 à Wuhan, Province du Hubei, en chine, elle est due à un coronavirus appartenant à la famille des coronaviridae, ordre nitroviral et au sous groupe des bétacoronavirus, c’est un virus à ARN, dont la transmission est principalement respiratoire par gouttelettes , il atteint principalement le poumon, mais aussi le cœur, le rein, et d’autres organes exprimant le récepteur cellulaire ACE2 (enzyme de conversion de l’angiotensine 2).
Ce nouveau coronavirus est étroitement lié au SARS-CoV décrit précédemment, identifiées lors de l'éclosion de 2002-2003. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a récemment déclaré le SARS-CoV-2 en cours en tant que pandémie.
Alors que le nombre d'infections confirmées et de décès continue d'augmenter chaque jour, il était essentiel d’approfondir notre compréhension des modes de transmission du virus et de son épidémiologie, sa composition, son évolution génomique, sa cartographie transcriptomique ainsi que les interactions virus-protéines humaines. Ces informations sont nécessaires d'urgence pour l'identification des cibles thérapeutiques pour l'intervention et le développement de vaccins, en plus d'éclairer les politiques de prévention et les décisions de soins aux patients.
La COVID-19 à un tropisme principalement respiratoire, mais il peut avoir un impact important sur le système cardio-vasculaire qui exprime le récepteur ACE2 (récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2) à sa surface permettant ainsi la pénétration du virus en intracellulaire. Les maladies cardiovasculaires préexistantes peuvent prédisposer à une infection COVID-19 ou l’aggraver. Ainsi les conséquences de l’infection sont d’autant plus importantes qu’il existe des comorbidités cardiovasculaires chez le malade. Les traitements utilisés pour la COVID-19 peuvent avoir des effets indésirables cardio-vasculaires potentiellement graves surtout à la phase aigue nécessitant une surveillance rapprochée importante, ainsi les personnes atteintes de maladies cardiovasculaires auront plus de risque à développer ses effets indésirables. Des effets cardiovasculaires chroniques passant par une perturbation du métabolisme lipidique sont également des conséquences connues des coronavirus.
Notre travail à pour objectif de faire le point sur le virus à l’origine de la COVID-19 selon les informations disponibles jusqu’au janvier 2021, de déterminer les complications cardio-vasculaires de la COVID-19, ainsi que l’interaction entre les thérapies utilisées dans la COVID-19 est le système cardio-vasculaire.
Rappel sur
la COVID-19
II. Rappel sur la COVID-19
A. Agent pathogène
1. Classification et taxonomie
Les coronavirus sont des virus enveloppés sphériques, mesurant environ 80 à 220 nm de diamètre, composés d’un génome à ARN, simple brin, à sens positif mesurant environ 26 à 32 kb [1].
Les coronavirus sont l’un des plus grands groupes appartenant à l’ordre nidovirale, sous-ordre des Cornidovirineae et famille des Coronaviridae.
Les Coronaviridae sont classés en deux sous familles, Letovirinae et Orthocoronavirinae
Letovirinae comprend le genre Alphaletovirus, alors que les Orthocoronavirinae sont classés en fonction de la structure du virus et de l’analyse phylogénique en quatre genres : Alphacoronavirus (αCoV), Betacoronavirus (βCoV), Gammacoronavirus (γCoV) et Deltacoronavirus (δCoV) qui contiennent respectivement17, 12, 2 et 7 espèces uniques (ICTV 2018).
Les coronavirus infectent de nombreux animaux sauvages et domestiques, on distingue ; les alphacoronavirus et les betacoronavirus qui touchent les mammifères, et les gammas coronavirus et deltacoronavirus qui touchent principalement les oiseaux [1,2].
Le premier coronavirus responsable d’infection chez l’homme (HCoV) a été isolé en 1960 et nommé B814.
Jusqu’en 2019, six coronavirus ont étaient identifiés comme responsables d’infection chez l’homme, d’eux entre eux appartiennent au genre alpha coronavirus (HCoV –NL63, HCoV-229) et quatre appartiennent au genre beta coronavirus (HCoV-OC43, HCoV-HKUI, SARS-CoV-1, MERS-CoV) [3].La classification la plus récente des coronavirus est illustrée dans de tableau 1 [4].
En Janvier 2020, un nouveau coronavirus responsable d’infection chez l’homme a été identifié en chine au niveau de la région de Wuhan, ce nouveau coronavirus appelé SARS-CoV -2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) appartient au genre beta coronavirus [4].
Figure 1: Arbre phylogénétique construit à partir de 51 génomes complets de coronavirus par la méthode de Neighbour-joining [5].
Tableau 1: Classification des coronaviridae selon le comité internationale de taxonomie des virus (ICTV) [1].
2. Structure du virus
Le coronavirus est un virus de forme sphérique, enveloppé, mesurant 60 à 220 nm, et englobant une nucléocapside de symétrie hélicoïdale constituée de la protéine de capside (proteine N) complexée à l’ARN viral monocaténaire, non segmenté [2].
L’enveloppe virale est composée d’une bi-couche phospholipidique (originaire de la membrane de la cellule hôte par bourgeonnement) dans laquelle sont enchâssées des glycoprotéines de surface au nombre de 4 (M, S, HE et E) [6].
La glycoprotéine M ou protéine de membrane est la plus abondante à la surface du
virus, elle semble être l’organisateur central de l’assemblage du coronavirus [7].
La protéine S existe dans tous les coronavirus et responsable de leur dénomination
grâce à son aspect en couronne à la microscopie électronique. Elle est composée de 2 sous unités : S1 responsable de la fixation du virus aux récepteurs de surface de la cellule hôte (récepteur de l’angiotensine 2), et S2 responsable de la fusion entre le virus et la membrane de la cellule hôte.
La protéine E, petite protéine membranaire composée d'environ 76 à 109 acides
aminés, elle représente un composant mineur du virus, et joue un rôle important dans l’assemblage du virus, la perméabilité membranaire à la cellule hôte et l’interaction virus-cellule hôte.
La protéine HE ou hémagglutinine estérase, présente à la surface de certains béta
coronavirus, il s’agit d’une hémagglutinine similaire à l’hémagglutinine de la virus de la grippe(se lie à l’acide sialique sur les glycoprotéines de surface de la cellule hôte ) et possède une activité acétyl-estérase ,elle peut être impliquée dans l’entrée du virus dans cellule hôte, elle n’est pas nécessaire dans la réplication virale mais semble être importante dans la pathogenèse des coronavirus qui contiennent une telle protéine dans leur structure virale [8].
Figure 2: Structure de SARS –CoV 2 [8].
(S): Spike protéine. La protéine d'enveloppe (E) et la protéine de membrane (M) forment l'enveloppe virale. La protéine nucléocapside (N) est liée au génome ARN du virus pour former la nucléocapside.
3. Génome du virus
Le génome du SARS-CoV 2 est un ARN monocaténaire, non segmenté de polarité positive.
C’est le deuxième plus grand génome, avec une taille allant de 26 à 32 kilo bases (kb).Il se compose de deux régions non traduites (UTRs ou untranslated regions) au niveau de l’extrémité 5’ et 3’, et de 11 cadres de lecture ouverts (ORF ou Open Reading Frames) qui codent pour 27 protéines [1].
Le premier ORF (ORF1 /a et b) constitue environ les deux tiers du génome du virus, traduit deux poly protéines, pp1a et pp1b, codant pour 16 protéines non structurales (NSPS) impliquée dans la réplication virale (notamment deux protéases et une ARN polymérase ARN dépendante (RdRP)), tandis que le tiers restant du génome code pour 4 protéines structurales et au moins 6 protéines accessoires qui interfèrent avec la réponse immunitaire de l’hôte. Les protéines structurales sont la glycoprotéine de pointe (S), la protéine de membrane (M), protéine d’enveloppe (E) et protéine de nucléocapside (N), tandis que les protéines accessoires sont orf3a, orf6, orf7a, orf7b, orf8, orf10 [9].
4. Propriétés physicochimique du virus
La particule virale a un diamètre de 60 à 220 nm et apparait ronde ou ovale [6]. La plupart des connaissances sur les propriétés physico-chimiques des coronavirus proviennent du SARS-CoV et du MERS-CoV.
Sensibilité aux désinfectants : Les coronavirus sont sensibles aux désinfectants usuels virucides tels que l’hypochlorite de sodium 0,5%, l’acide peracétique/peroxyde d’hydrogène, l’éthanol ou l’isopropanol à 70%, glutaraldéhyde selon la norme en 14476 s’ils sont utilisés suivant les recommandations du fabricant (respect de la concentration et du temps de contact).
Inactivation physique: L’inactivation par les rayons UV peut être obtenue par exposition à 1200 µJ/cm2 pendant 30 minutes, le SARS de plus sensible à une température de 60 °C pendant 30 minutes [10].
Survie à l’extérieur de l’hôte : les coronavirus peuvent survivre jusqu’à 6 jours en milieu aqueux et jusqu’à 3 heures sur des surfaces inertes sèches. Selon l’endroit où il se trouve, la durée de vie du virus est variable.
Il a été rapporté que le SARS CoV- 2 était plus stable sur le plastique et l’acier inoxydable que sur le cuivre et le carton, et le virus viable a été détecté jusqu’à 72 h après l’application sur ces surfaces.
Sur le carton la demi-vie du SARS CoV- 2 était plus longue que celle du SARS CoV, alors que la plus longue viabilité des deux virus était en acier inoxydable et en plastique [11].
5. Cycle de réplication du virus
Le cycle infectieux des coronavirus est de prime abord similaire à celui des autres virus à ARN.
La première étape consiste en l’attachement du virus sur son récepteur cellulaire par l’intermédiaire de la région S1 de la protéine S qui constitue l’étape ultime qui détermine l’infection de l’hôte. Le SARS-CoV utilise l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) comme récepteur, pour pénétrer dans les cellules humaines, mais même en l’absence de ses peptidases le virus arrive à entrer.
Après cette étape; le virus accède au cytosol de la cellule hôte par un clivage protéolytique dépendant de l’acide de la protéine S par une protéase membranaire TMPRSS2, suivi d’une fusion des membranes virales et cellulaires dans les endosomes acidifiés et finalement la libération du génome viral dans le cytoplasme.
Une fois que le génome virale est à l’intérieur du cytoplasme de la cellule hôte il y aura traduction des 5’ fin de l’ARN viral produisant le RdRP (l’ARN polymérase ARN dépendante) qui utilise l’ARN virale simple brin comme matrice pour générer des ARNm spécifique du virus (ARNm sous génomique ) à partir d’ARN sous génomique intermédiaire de brin négatif [12][13].
Les ARNm sous génomique partagent la même fin 3’ et la même principale séquence constituée de 70 à 90 nucléotides au niveau de la fin de son extrémité 5’ .La traduction des ARNm sous génomiques conduit à la production de protéines virales structurales et non structurales.
Une fois les protéines structurales et l’ARN virale génomique sont constitués en quantités suffisantes, les brins d’ARN synthétisés sont combinés avec la protéine N pour former la nucléocapside et l’assemblage avec les glycoprotéines d’enveloppe permet le bourgeonnement de nouvelles particules virales « virions » [14].
L’assemblage viral et le bourgeonnement se produisent dans les vésicules à parois lisses dans le compartiment intermédiaires du réticulum endoplasmique Golgi (ERGIC).
La connaissance du cycle viral permet de déterminer les cibles thérapeutiques inhibant sa réplication.
Figure 4: Représentation de l’entrée du SARS-CoV-2 dans la cellule, principalement le pneumocyte de type 2, et de son cycle de réplication [2].
6. Variabilité génétique du virus
Les coronavirus en tant que virus à ARN, présentent une variabilité génétique importante due à une exceptionnelle capacité de mutation et de recombinaison. Qui est la conséquence de l’absence d’activité de correction des erreurs de l’ARN polymérase et d’une fréquence élevée de recombinaison.
À l'instar des autres virus à ARN, la diversité génétique du SRAS-CoV-2 est essentielle pour son aptitude à infecter, sa survie et probablement sa pathogenèse.
L’évaluation de la diversité génétique parmi 86 génomes complets ou semi complets du virus SARS-CoV-2 a révélé trois délétions dans le génome d’isolats provenant du Japon, des Etats-Unis et d’Australie en plus de nombreuses autres mutations de substitution.
Les mutations de délétion concernaient le gène ORF1ab (délétion du nucléotide 3 et du nucléotide 24) et au niveau de l’extrémité 3’ à la fin du génome (délétion de 10 nucléotides).
Sur les 93 mutations de substitution ,42 ont changé la séquence d’acides aminés des protéines structurales et non structurales [15]. La délétion du nucléotide 3 et du nucléotide 24 dans ORF1ab devraient réduire la séquence protéique respectivement de 1 et 8 résidus d’amino- acide, sans changer le cadre de lecture, mais les effets fonctionnels n’ont pas encore être enquêté [1].
En raison de la nature instable du virus, une surveillance continue du SARS-CoV chez l’homme et l’animal est extrêmement importante pour le contrôle de la maladie.
L’alignement des gênes de la protéine structurale S de référence du SARS CoV-2 contre tous les génomes séquencés du SARS CoV-2 de Chine, des Etats-Unis, du Japon, d’Australie et de Taiwan ont révélé une identité de 99,97 à 100 %, avec une couverture de requête de 100%.
Tandis que l’identité et la couverture du gêne de la protéine S du SARS CoV -2 était respectivement 74,5 % et 91 % .On outre le gêne de la protéine S de chauve-souris et le coronavirus SARS CoV like partageaient 76 ,5% à 83% d’identité avec celui du SARS-CoV-2 .Dans l’analyse phylogénique effectuée( figure SARS-CoV-2) ,les virus SARS CoV-SARS-CoV-2 étaient dans le
même cluster quelque soit la région géographique .Ces résultats suggèrent fortement la possibilité d’un ancêtre commun récent pour tous les SARS CoV-2 ou la transmission de la même souche virale a travers les pays .
B. Epidémiologie
1. Réservoir du virus
Les origines de plus de 75 % des infections à coronavirus sont considérées comme zoonotique c'est-à-dire les animaux sont la principale source des flambées [16].
Le SARS-CoV-2 appartient aux virus apparentés au SARS-CoV dont le réservoir est la chauve souris. Le génome du SARS-CoV-2 présente 79% d’homologie avec le SARS-CoV-1 et 52 % d’homologie avec le MERS-CoV, les virus les plus proches phylogénétiquement sont des coronavirus de la chauve-souris, notamment le RaTG13-CoV détecté sur Rhinolophes affinis de la province du Yunnan en Chine (96 % d’homologie) et le RmYN02 détecté sur Rhinolophus malayanus échantillonnée de la province de Yunnan en Chine (93% d’homologie) [17].
Toutefois, les milieux de vie des chauves souris étant éloignés des communautés humaines, le passage inter-espèces du virus a probablement nécessité l’intervention d’un hôte intermédiaire dans laquelle des virus mieux adaptés aux récepteurs humains peuvent être sélectionnés, favorisant ainsi le franchissement de la barrière d’espèce, C’est le cas de la civette palmée pour le CoV-1 et le dromadaire pour le MERS-CoV. Pour le SARS-CoV-2, le pangolin, mammifère sauvage notamment consommé en chine, avec une similitude phylogénique de 92 % avec SARS CoV 2, pourrait jouer ce rôle [18,19,20].
A la différence du 1 et des coronavirus de la chauve-souris, le SARS-CoV-2 présente une modification au niveau du domaine de liaison de récepteur sur la protéine S, entrainant un gain d’affinité pour son récepteur ACE2 (antagoniste de l’angiotensine 2) [21]. Ce même domaine de liaison est présent également chez un coronavirus du pangolin avec une grande similitude celui du SARS-CoV-2 (avec différence au niveau d’un seul acide aminé) [22], suggérant ainsi que l’évolution du coronavirus chez le pangolin à travers la translocation a permis la franchise de la barrière d’espèce et ainsi le passage chez l’homme [23].
Figure 5: Évolution des coronavirus et réservoirs animaux.
2. Les modes de transmission
Semblable au SARS-CoV-2 et au MERS-CoV, le SARS-CoV-2 se propage d’une personne infectée à une personne non infectée, soit par transmission directe ou indirecte.
a. Transmission aérienne
La transmission du SARS-CoV-2 se fait principalement via l’émission de gouttelettes respiratoires chargées de particules virales lors de la toux, l’éternuement, la parole.
La transmission directe se fait par contact avec une muqueuse (nez ou bouche) de gouttelettes respiratoires potentiellement infectieuses (généralement> 5 - 10 μ m de diamètre) produites par une personne ayant des symptômes respiratoires à moins de 1 m [24]. On pense que l'inhalation de petites gouttelettes respiratoires expirées contenant des virions infectieux se produit et peut être responsable d’infection interhumaine à longue distance si ces gouttelettes restent en suspension dans l'air et viables [25].
La transmission indirecte par gouttelette peut se faire par contact avec une surface infectée par les muqueuses nasales, buccales ou conjonctivales.il faut noter que les coronavirus humains sont capable de survivre sur l’acier, le métal, le bois, l’aluminium, le papier, le verre, la céramique ,les blouses jetables et les gants chirurgicaux pendant 2 à9 jours ,une température élevée (≥30 ◦C) peut réduire la période de persistance du virus ,tandis que des températures basses (4 ◦C) augmente le temps de persistance du virus jusqu’à 28
