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Module AAGB. Examen Septembre 2008. Dur´ee 2h.
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T´el´ephones portables ´eteints et rang´es dans le sac
Exercise 1. Reconstruction d’arbres phylog´en´etiques (4 points)
1. (4 points) Appliquer l’algorithme de Sankoff `a la matrice ponder´ee M suivante et l’algorithme de Fitch `a sa discretisation A (Ai,j = 0 si Mi,j = 0 et Ai,j = 1 si Mi,j 6= 0)
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2. (4 points) Appliquer l’algorithme de Fitch `a la discretisation A (Ai,j = 0 si Mi,j = 0 et Ai,j = 1 siMi,j 6= 0) de la matrice prec´edente.
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3. (2 points) Donner les conditions d’´equivalence des deux algorithmes et montrer que sous ces conditions, ils se comportent dans la mˆeme mani`ere.
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Exercise 3 (5 points) Rearrangement des g´enomes
Appliquer l’un des algorithmes de rearrangement des g´enomes vus en cours (en mettant en evidence `a chaque ´etape le bloque renvers´e) `a une permutation de 10 nombres entiers positifs non-ordonn´es `a votre choix.
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Exercise 4 (5 points) R´eseaux biologiques
Donner quelques exemples d’algorithme de g´en´eration de graphes al´eatoires tr`es larges. Dis- cuter les propri´et´es et les diff´erences entre ces mod`eles, les raisons qui ont conduit `a leur d´efinition et leur applicabilit´e dans la modelisation des r´eseaux r´eels.
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