Modélisation de la réactivité enzymatique par le formalisme LSCF et étude des effets électrostatiques à longue distance : application à l'activation du récepteur de la thrombine

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Submitted on 29 Mar 2018

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Modélisation de la réactivité enzymatique par le formalisme LSCF et étude des effets électrostatiques à longue distance : application à l’activation du récepteur

de la thrombine

Ahmed Mokrane

To cite this version:

Ahmed Mokrane. Modélisation de la réactivité enzymatique par le formalisme LSCF et étude des effets électrostatiques à longue distance : application à l’activation du récepteur de la thrombine. Autre.

Université Henri Poincaré - Nancy 1, 1997. Français. �NNT : 1997NAN10272�. �tel-01747471�

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L'objectif de ce travail est l'étude du chemin réactionnel de l'activation du récepteur d'un enzyme par ce dernier dans le cadre de la méthode hybride mécanique quantique/mécanique moléculaire LSCF (Local Self Consistent Field).

Pour ce faire, nous avons apporté une amélioration méthodologique au logiciel GEOMOP (logiciel basé sur le formalisme LSCF), permettant de traiter les interactions a longue distance en gagnant un temps de calcul considérable (accélération d'un facteur moyen de 3), au prix d'une perte de précision infime.

Nous avons aussi introduit une méthodologie permettant une étude de l'influence de la polarisation de l'environnement protéique sur la stabilité des intermédiaires de la réaction. En effet, le champ de réaction dû au continuum qui représente la contribution de la polarisation du milieu (environnement protéique) dans les interactions entre partie quantique et classique, stabilise les intermédiaires réactionnels de quelques kcallmol.

L'application au complexe thrombine/récepteur de la thrombine nous a pelmis de comprendre la base pour étudier des molécules pharmacologiques actives qui pourraient soit bloquer le récepteur, soit bloquer la thrombine.

Mots clefs: méthode mixte mécanique quantique/mécanique moléculaire (LSCF), structures de transitions, potentiel électrostatique moyen, champ de réaction, thrombine, récepteur