Role du laboratoire dans le diagnostic d’un cas humain de grippe aviaire a/h5n1

UNIVERSITE MOHAMMED V

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE -RABAT-

ANNEE: 2008 THESE N°: 70

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THESE

Présentée et soutenue publiquement le :………..

PAR

Mlle. Loubna ELATOUANI

Née le : 09 Octobre 1980 à Casablanca

Pour l'Obtention du Doctorat en Pharmacie

MOTS CLES: Grippe aviaire A/H5N1 – Risque pandémique – Diagnostic virologique moléculaire (RT-PCR en temps réel) et conventionnel .

JURY

Mr. M. ZOUHDI PRESIDENT

Professeur de Microbiologie

Mr. I. LAHLOU AMINE RAPPORTEUR

Professeur Agrégé de Microbiologie Mr. J. TAOUFIK

Professeur de Chimie Thérapeutique

Mr. S. MRANI

Professeur Agrégé de Virologie

Mr. H. HARMOUCHE

Professeur Agrégé de Médecine Interne

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UNIVERSITE MOHAMMED V- SOUISSI

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT

DOYENS HONORAIRES :

1962 – 1969 : Docteur Ahdelmalek FARAJ 1969 – 1974 : Professeur Abdellatif BERBICH 1974 – 1981 : Professeur Bachir LAZRAK 1981 – 1989 : Professeur Taieb CHKILI

1989 – 1997 : Professeur Mohamed Tahar ALAOUI 1997 – 2003 : Professeur Abdelmajid BELMAHI ADMINISTRATION :

Doyen : Professeur Najia HAJJAJ

Vice Doyen chargé des Affaires Académiques et Estudiantines Professeur Mohammed JIDDANE

Vice Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération Professeur Naima LAHBABI-AMRANI Vice Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie

Professeur Yahia CHERRAH

Secrétaire Général : Monsieur Mohammed BENABDELLAH PROFESSEURS :

Décembre 1967

1. Pr. TOUNSI Abdelkader Pathologie Chirurgicale

Février, Septembre, Décembre 1973

2. Pr. ARCHANE My Idriss* Pathologie Médicale 3. Pr. BENOMAR Mohammed Cardiologie

4. Pr. CHAOUI Abdellatif Gynécologie Obstétrique 5. Pr. CHKILI Taieb Neuropsychiatrie

Janvier et Décembre 1976

6. Pr. HASSAR Mohamed Pharmacologie Clinique

Février 1977

7. Pr. AGOUMI Abdelaziz Parasitologie 8. Pr. BENKIRANE ép. AGOUMI Najia Hématologie 9. Pr. EL BIED ép. IMANI Farida Radiologie

Février Mars et Novembre 1978

10. Pr. ARHARBI Mohamed Cardiologie

11. Pr. SLAOUI Abdelmalek Anesthésie Réanimation

Mars 1979

12. Pr. LAMDOUAR ép. BOUAZZAOUI Naima Pédiatrie

Mars, Avril et Septembre 1980

14. Pr. MESBAHI Redouane Cardiologie

Mai et Octobre 1981

15. Pr. BENOMAR Said* Anatomie Pathologique 16. Pr. BOUZOUBAA Abdelmajid Cardiologie

17. Pr. EL MANOUAR Mohamed Traumatologie-Orthopédie 18. Pr. HAMMANI Ahmed* Cardiologie

19. Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajih Chirurgie Cardio-Vasculaire 20. Pr. SBIHI Ahmed Anesthésie Réanimation 21. Pr. TAOBANE Hamid* Chirurgie Thoracique

Mai et Novembre 1982

22. Pr. ABROUQ Ali* Oto-Rhino-Laryngologie 23. Pr. BENOMAR M’hammed Chirurgie-Cardio-Vasculaire 24. Pr. BENSOUDA Mohamed Anatomie

25. Pr. BENOSMAN Abdellatif Chirurgie Thoracique 26. Pr. CHBICHEB Abdelkrim Biophysique

27. Pr. JIDAL Bouchaib* Chirurgie Maxillo-faciale 28. Pr. LAHBABI ép. AMRANI Naïma Physiologie

Novembre 1983

29. Pr. ALAOUI TAHIRI Kébir* Pneumo-phtisiologie 30. Pr. BALAFREJ Amina Pédiatrie

31. Pr. BELLAKHDAR Fouad Neurochirurgie 32. Pr. HAJJAJ ép. HASSOUNI Najia Rhumatologie 33. Pr. SRAIRI Jamal-Eddine Cardiologie

Décembre 1984

34. Pr. BOUCETTA Mohamed* Neurochirurgie 35. Pr. EL OUEDDARI Brahim El Khalil Radiothérapie 36. Pr. MAAOUNI Abdelaziz Médecine Interne

37. Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation 38. Pr. NAJI M’Barek * Immuno-Hématologie 39. Pr. SETTAF Abdellatif Chirurgie

Novembre et Décembre 1985

40. Pr. BENJELLOUN Halima Cardiologie 41. Pr. BENSAID Younes Pathologie Chirurgicale 42. Pr. EL ALAOUI Faris Moulay El Mostafa Neurologie

43. Pr. IHRAI Hssain * Stomatologie et Chirurgie Maxillo-Faciale

44. Pr. IRAQI Ghali Pneumo-phtisiologie 45. Pr. KZADRI Mohamed Oto-Rhino-laryngologie

Janvier, Février et Décembre 1987

46. Pr. AJANA Ali Radiologie

47. Pr. AMMAR Fanid Pathologie Chirurgicale 48. Pr. CHAHED OUAZZANI ép.TAOBANE Houria Gastro-Entérologie 49. Pr. EL FASSY FIHRI Mohamed Taoufiq Pneumo-phtisiologie 50. Pr. EL HAITEM Naïma Cardiologie

52. Pr. EL YAACOUBI Moradh Traumatologie Orthopédie 53. Pr. ESSAID EL FEYDI Abdellah Gastro-Entérologie

54. Pr. LACHKAR Hassan Médecine Interne

55. Pr. OHAYON Victor* Médecine Interne 56. Pr. YAHYAOUI Mohamed Neurologie

Décembre 1988

57. Pr. BENHMAMOUCH Mohamed Najib Chirurgie Pédiatrique 58. Pr. DAFIRI Rachida Radiologie

59. Pr. FAIK Mohamed Urologie

60. Pr. FIKRI BEN BRAHIM Noureddine Médecine Préventive, Santé Publique et Hygiène

61. Pr. HERMAS Mohamed Traumatologie Orthopédie 62. Pr. TOULOUNE Farida* Médecine Interne

Décembre 1989 Janvier et Novembre 1990

63. Pr. ABIR ép. KHALIL Saadia Cardiologie 64. Pr. ACHOUR Ahmed* Chirurgicale

65. Pr. ADNAOUI Mohamed Médecine Interne 66. Pr. AOUNI Mohamed Médecine Interne

67. Pr. AZENDOUR BENACEUR* Oto-Rhino-Laryngologie 68. Pr. BENAMEUR Mohamed* Radiologie

69. Pr. BOUKILI MAKHOUKHI Abdelali Cardiologie

70. Pr. CHAD Bouziane Pathologie Chirurgicale 71. Pr. CHKOFF Rachid Pathologie Chirurgicale

72. Pr. FARCHADO Fouzia ép.BENABDELLAH Pédiatrique

73. Pr. HACHIM Mohammed* Médecine-Interne 74. Pr. HACHIMI Mohamed Urologie

75. Pr. KHARBACH Aîcha Gynécologie -Obstétrique 76. Pr. MANSOURI Fatima Anatomie-Pathologique 77. Pr. OUAZZANI Taïbi Mohamed Réda Neurologie

78. Pr. SEDRATI Omar* Dermatologie

79. Pr. TAZI Saoud Anas Anesthésie Réanimation 80. Pr. TERHZAZ Abdellah* Ophtalmologie

Février Avril Juillet et Décembre 1991

81. Pr. AL HAMANY Zaîtounia Anatomie-Pathologique 82. Pr. ATMANI Mohamed* Anesthésie Réanimation 83. Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation 84. Pr. BAYAHIA ép. HASSAM Rabéa Néphrologie

85. Pr. BELKOUCHI Abdelkader Chirurgie Générale 86. Pr. BENABDELLAH Chahrazad Hématologie

87. Pr. BENCHEKROUN BELABBES Abdelatif Chirurgie Générale 88. Pr. BENSOUDA Yahia Pharmacie galénique 89. Pr. BERRAHO Amina Ophtalmologie

90. Pr. BEZZAD Rachid Gynécologie Obstétrique 91. Pr. CHABRAOUI Layachi Biochimie et Chimie 92. Pr. CHANA El Houssaine* Ophtalmologie 93. Pr. CHERRAH Yahia Pharmacologie

94. Pr. CHOKAIRI Omar Histologie Embryologie 95. Pr. FAJRI Ahmed* Psychiatrie

96. Pr. JANATI Idrissi Mohamed* Chirurgie Générale 97. Pr. KHATTAB Mohamed Pédiatrie

98. Pr. NEJMI Maati Anesthésie-Réanimation 99. Pr. OUAALINE Mohammed* Médecine Préventive, Santé Publique et Hygiène

100. Pr. SOULAYMANI ép.BENCHEIKH Rachida Pharmacologie 101. Pr. TAOUFIK Jamal Chimie thérapeutique

Décembre 1992

102. Pr. AHALLAT Mohamed Chirurgie Générale 103. Pr. BENOUDA Amina Microbiologie 104. Pr. BENSOUDA Adil Anesthésie Réanimation 105. Pr. BOUJIDA Mohamed Najib Radiologie

106. Pr. CHAHED OUAZZANI Laaziza Gastro-Entérologie 107. Pr. CHAKIR Noureddine Radiologie

108. Pr. CHRAIBI Chafiq Gynécologie Obstetrique 109. Pr. DAOUDI Rajae Ophtalmologie

110. Pr. DEHAYNI Mohamed* Gynécologie Obstétrique 111. Pr. EL HADDOURY Mohamed Anesthésie Réanimation 112. Pr. EL OUAHABI Abdessamad Neurochirurgie

113. Pr. FELLAT Rokaya Cardiologie

114. Pr. GHAFIR Driss* Médecine Interne 115. Pr. JIDDANE Mohamed Anatomie

116. Pr. OUAZZANI TAIBI Med Charaf Eddine Gynécologie Obstétrique

117. Pr. TAGHY Ahmed Chirurgie Générale 118. Pr. ZOUHDI Mimoun Microbiologie

Mars 1994

119. Pr. AGNAOU Lahcen Ophtalmologie 120. Pr. AL BAROUDI Saad Chirurgie Générale 121. Pr. ARJI Moha* Anesthésie Réanimation 122. Pr. BENCHERIFA Fatiha Ophtalmologie

123. Pr. BENJAAFAR Noureddine Radiothérapie 124. Pr. BENJELLOUN Samir Chirurgie Générale 125. Pr. BENRAIS Nozha Biophysique

126. Pr. BOUNASSE Mohammed* Pédiatrie 127. Pr. CAOUI Malika Biophysique

128. Pr. CHRAIBI Abdelmjid Endocrinologie et Maladies Métabolique

129. Pr. EL AMRANI ép. AHALLAT Sabah Gynécologie Obstétrique 130. Pr. EL AOUAD Rajae Immunologie

131. Pr. EL BARDOUNI Ahmed Traumato Orthopédie 132. Pr. EL HASSANI My Rachid Radiologie

133. Pr. EL IDRISSI LAMGHARI Abdennaceur Médecine Interne 134. Pr. EL KIRAT Abdelmajid* Chirurgie Cardio- Vasculaire

136. Pr. ESSAKALI Malika Immunologie

137. Pr. ETTAYEBI Fouad Chirurgie Pédiatrique 138. Pr. HADRI Larbi* Médecine Interne 139. Pr. HDA Ali* Médecine Interne

140. Pr. HASSAM Badredine Dermatologie 141. Pr. IFRINE Lahssan Chirurgie Générale 142. Pr. JELTHI Ahmed Anatomie Pathologique

143. Pr. MAHFOUD Mustapha Traumatologie Orthopédie 144. Pr. MOUDENE Ahmed* Traumatologie Orthopédie 145. Pr. MOSSEDDAQ Rachid* Neurologie

146. Pr. OULBACHA Said Chirurgie Générale 147. Pr. RHRAB Brahim Gynécologie Obstétrique

148. Pr. SENOUCI ép. BELKHADIR Karima Dermatologie

149. Pr. SLAOUI Anas Chirurgie Cardio-vasculaire

Mars 1994

150. Pr. ABBAR Mohamed* Urologie

151. Pr. ABDELHAK M’barek Chirurgie - Pédiatrique 152. Pr. BELAIDI Halima Neurologie

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155. Pr. BENYAHIA Mohammed Ali Gynécologie -Obstétrique 156. Pr. BERRADA Mohamed Saleh Traumatologie -Orthopédie 157. Pr. CHAMI Ilham Radiologie

158. Pr. CHERKAOUI Lalla Ouafae Ophtalmologie 159. Pr. EL ABBADI Najia Neurochirurgie 160. Pr. HANINE Ahmed* Radiologie

161. Pr. JALIL Abdelouahed Chirurgie Générale 162. Pr. LAKHDAR Amina Gynécologie Obstétrique 163. Pr. MOUANE Nezha Pédiatrie

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164. Pr. ABOUQUAL Redouane Réanimation Médicale 165. Pr. AMRAOUI Mohamed Chirurgie Générale 166. Pr. BAIDADA Abdelaziz Gynécologie Obstétrique 167. Pr. BARGACH Samir Gynécologie Obstétrique 168. Pr. BELLAHNECH Zakaria Urologie

169. Pr. BEDDOUCHE Amoqrane* Urologie

170. Pr. BENAZZOUZ Mustapha Gastro-Entérologie 171. Pr. CHAARI Jilali* Médecine Interne

172. Pr. DIMOU M'barek* Anesthésie Réanimation

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177. Pr. HASSOUNI Fadil Médecine Préventive, Santé Publique et Hygiène

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180. Pr. IBRAHIMY Wafaa Ophtalmologie 182. Pr. BENOMAR ALI Neurologie

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186. Pr. KABBAJ Najat Radiologie

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Décembre 1996

189. Pr. AMIL Touriya* Radiologie

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198. Pr. MOHAMMADINE EL Hamid Chirurgie Générale 199. Pr. MOHAMMADI Mohamed Médecine Interne 200. Pr. MOULINE Soumaya Pneumo-phtisiologie 201. Pr. OUADGHIRI Mohamed Traumatologie – Orthopédie 202. Pr. OUZEDDOUN Naima Néphrologie

203. Pr. ZBIR EL Mehdi* Cardiologie

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204. Pr. ALAMI Mohamed Hassan Gynécologie – Obstétrique 205. Pr. BEN AMAR Abdesselem Chirurgie Générale

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212. Pr. FELLAT Nadia Cardiologie 213. Pr. GUEDDARI Fatima Zohra Radiologie

214. Pr. HAIMEUR Charki* Anesthésie Réanimation 215. Pr. KADDOURI Noureddine Chirurgie – Pédiatrique 216. Pr. KANOUNI NAWAL Physiologie

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220. Pr. NAZZI M’barek* Cardiologie 221. Pr. OUAHABI Hamid* Neurologie

222. Pr. SAFI Lahcen* Anesthésie Réanimation 223. Pr. TAOUFIQ Jallal Psychiatrie

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228. Pr. AFIFI RAJAA Gastro - Entérologie 229. Pr. AIT BENASSER MOULAY Ali* Pneumo-phtisiologie

230. Pr. ALOUANE Mohammed* Oto- Rhino- Laryngologie 231. Pr. LACHKAR Azouz Urologie

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234. Pr. MAHASSINI Najat Anatomie Pathologique 235. Pr. MDAGHRI ALAOUI Asmae Pédiatrie

236. Pr. MANSOURI Abdelaziz* Neurochirurgie

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238. Pr. RIMANI Mouna Anatomie Pathologique 239. Pr. ROUIMI Abdelhadi Neurologie

Janvier 2000

240. Pr. ABID Ahmed* Pneumo-phtisiologie 241. Pr. AIT OUMAR Hassan Pédiatrie

242. Pr. BENCHERIF My Zahid Ophtalmologie 243. Pr. BENJELLOUN DAKHAMA Badr.Sououd Pédiatrie

244. Pr. BOURKADI Jamal-Eddine Pneumo-phtisiologie 245. Pr. CHAOUI Zineb Ophtalmologie

246. Pr. CHARIF CHEFCHAOUNI Al Montacer Chirurgie Générale 247. Pr. ECHARRAB El Mahjoub Chirurgie Générale 248. Pr. EL FTOUH Mustapha Pneumo-phtisiologie 249. Pr. EL MOSTARCHID Brahim* Neurochirurgie 250. Pr. EL OTMANYAzzedine Chirurgie Générale 251. Pr. GHANNAM Rachid Cardiologie

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253. Pr. ISMAILI Mohamed Hatim Anesthésie-Réanimation 254. Pr. ISMAILI Hassane* Traumatologie Orthopédie 255. Pr. KRAMI Hayat Ennoufouss Gastro-Entérologie

256. Pr. MAHMOUDI Abdelkrim* Anesthésie-Réanimation 257. Pr. TACHINANTE Rajae Anesthésie-Réanimation 258. Pr. TAZI MEZALEK Zoubida Médecine Interne

Novembre 2000

259. Pr. AIDI Saadia Neurologie 260. Pr. AIT OURHROUIL Mohamed Dermatologie 261. Pr. AJANA Fatima Zohra Gastro-Entérologie 262. Pr. BENAMR Said Chirurgie Générale 263. Pr. BENCHEKROUN Nabiha Ophtalmologie

264. Pr. BOUSSELMANE Nabile* Traumatologie Orthopédie 265. Pr. BOUTALEB Najib* Neurologie

266. Pr. CHERTI Mohammed Cardiologie

267. Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Selma Anesthésie-Réanimation 268. Pr. EL HASSANI Amine Pédiatrie

269. Pr. EL IDGHIRI Hassan Oto-Rhino-Laryngologie 270. Pr. EL KHADER Khalid Urologie

271. Pr. EL MAGHRAOUI Abdellah* Rhumatologie

272. Pr. GHARBI Mohamed El Hassan Endocrinologie et Maladies Métaboliques

273. Pr. HSSAIDA Rachid* Anesthésie-Réanimation 274. Pr. MANSOURI Aziz Radiothérapie

275. Pr. OUZZANI CHAHDI Bahia Ophtalmologie

276. Pr. RZIN Abdelkader* Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale

277. Pr. SEFIANI Abdelaziz Génétique 278. Pr. ZEGGWAGH Amine Ali Réanimation Médicale PROFESSEURS AGREGES :

Décembre 2001

279. Pr. ABABOU Adil Anesthésie-Réanimation 280. Pr. AOUAD Aicha Cardiologie

281. Pr. BALKHI Hicham* Anesthésie-Réanimation 282. Pr. BELMEKKI Mohammed Ophtalmologie

283. Pr. BENABDELJLIL Maria Neurologie

284. Pr. BENAMAR Loubna Néphrologie

285. Pr. BENAMOR Jouda Pneumo-phtisiologie 286. Pr. BENELBARHDADI Imane Gastro-Entérologie 287. Pr. BENNANI Rajae Cardiologie

288. Pr. BENOUACHANE Thami Pédiatrie

289. Pr. BENYOUSSEF Khalil Dermatologie

290. Pr. BERRADA Rachid Gynécologie Obstétrique 291. Pr. BEZZA Ahmed* Rhumatologie

292. Pr. BOUCHIKHI IDRISSI Med Larbi Anatomie 293. Pr. BOUHOUCH Rachida Cardiologie 294. Pr. BOUMDIN El Hassane* Radiologie 295. Pr. CHAT Latifa Radiologie 296. Pr. CHELLAOUI Mounia Radiologie

297. Pr. DAALI Mustapha* Chirurgie Générale 298. Pr. DRISSI Sidi Mourad* Radiologie

299. Pr. EL HAJOUI Ghziel Samira Gynécologie Obstétrique 300. Pr. EL HIJRI Ahmed Anesthésie-Réanimation 301. Pr. EL MAAQILI Moulay Rachid Neuro-Chirurgie

302. Pr. EL MADHI Tarik Chirurgie-Pédiatrique 303. Pr. EL MOUSSAIF Hamid Ophtalmologie 304. Pr. EL OUNANI Mohamed Chirurgie Générale 305. Pr. EL QUESSAR Abdeljlil Radiologie

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307. Pr. GAZZAZ Miloudi* Neuro-Chirurgie 308. Pr. GOURINDA Hassan Chirurgie-Pédiatnique 309. Pr. HRORA Abdelmalek Chirurgie Générale 310. Pr. KABBAJ Saad Anesthésie-Réanimation 311. Pr. KABIRI EL Hassane* Chirurgie Thoracique 312. Pr. LAMRANI Moulay Omar Traumatologie Orthopédie 313. Pr. LEKEHAL Brahim Chirurgie Vasculaire

314. Pr. MAHASSIN Fattouma* Médecine Interne 315. Pr. MEDARHRI Jalil Chirurgie Générale

316. Pr. MIKDAME Mohammed* Hématologie Clinique 317. Pr. MOHSINE Raouf Chirurgie Générale

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320. Pr. OUALIM Zouhir* Néphrologie

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322. Pr. SEFIANI Yasser Chirurgie Vasculaire Périphérique 323. Pr. TAOUFIQ BENCHEKROUN Soumia Pédiatrie

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325. Pr. AL BOUZIDI Abderrahmane* Anatomie Pathologique 326. Pr. AMEUR Ahmed* Urologie

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331. Pr. BELMEJDOUB Ghizlene* Endocrinologie et Maladies Métaboliques

332. Pr. BENBOUAZZA Karima Rhumatologie 333. Pr. BENZEKRI Laila Dermatologie

334. Pr. BENZZOUBEIR Nadia* Gastro – Enterologie 335. Pr. BERADY Samy* Médecine Interne

336. Pr. BERNOUSSI Zakiya Anatomie Pathologique 337. Pr. BICHRA Mohamed Zakarya Psychiatrie

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340. Pr. EL ALAMI EL FELLOUS Sidi Zouhair Chirurgie Pédiatrique 341. Pr. EL ALJ Haj Ahmcd Urologie

342. Pr. EL BARNOUSSI Leila Gynécologie Obstétrique 343. Pr. EL HAOURI Mohamed * Dermatologie

344. Pr. EL MANSARI Omar* Chirurgie Générale 345. Pr. ES-SADEL Abdelhamid Chirurgie Générale

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348. Pr. HAJJI Zakia Ophtalmologie 349. Pr. IKEN Ali Urologie

350. Pr. ISMAEL Farid Traumatologie Orthopédie 351. Pr. JAAFAR Abdeloihab* Traumatologie Orthopédie 352. Pr. KRIOULE Yamina Pédiatrie

353. Pr. LAGHMARI Mina Ophtalmologie

354. Pr. MABROUK Hfid* Traumatologie Orthopédie 355. Pr. MOUSSAOUI RAHALI Driss* Gynécologie Obstétrique 356. Pr. MOUSTAGHFIR Abdelhamid* Cardiologie

357. Pr. MOUSTAINE My Rachid Traumatologie Orthopédie 358. Pr. NAITLHO Abdelhamid* Médecine Interne

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362. Pr. RGUIBI IDRISSI Sidi Mustapha* Pneumo-phtisiologie 363. Pr. RHOU Hakima Néphrologie

364. Pr. RKIOUAK Fouad* Endocrinologie et Maladies Métaboliques

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Janvier 2004

369. Pr. ABDELLAH El Hassan Ophtalmologie

370. Pr. AMRANI Mariam Anatomie Pathologique

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377. Pr. CHERRADI Nadia Anatomie Pathologique 378. Pr. EL FENNI Jamal* Radiologie

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384. Pr. KARMANE Abdelouahed Ophtalmologie

385. Pr. KHABOUZE Samira Gynécologie Obstétrique 386. Pr. KHARMAZ Mohamed Traumatologie Orthopédie 387. Pr. LEZREK Mohammed* Urologie

388. Pr. MOUGHIL Said Chirurgie Cardio-Vasculaire 389. Pr. NAOUMI Asmae* Ophtalmologie

390. Pr. SAADI Nozha Gynécologie Obstétrique 391. Pr. SASSENOU Ismail* Gastro-Entérologie

392. Pr. TARIB Abdelilah* Pharmacie Clinique 393. Pr. TIJAMI Fouad Chirurgie Générale 394. Pr. ZARZUR Jamila Cardiologie

Janvier 2005

395. Pr. ABBASSI Abdelah Chirurgie Réparatrice et Plastique

396. Pr. AL KANDRY Sif Eddine* Chirurgie Générale 397. Pr. ALAOUI Ahmed Essaid Microbiologie 398. Pr. ALLALI fadoua Rhumatologie 399. Pr. AMAR Yamama Néphrologie

400. Pr. AMAZOUZI Abdellah Ophtalmologie 401. Pr. AZIZ Noureddine* Radiologie 402. Pr. BAHIRI Rachid Rhumatologie 403. Pr. BARAKAT Amina Pédiatrie

405. Pr. BENHARBIT Mohamed Ophtalmologie 406. Pr. BENYASS Aatif Cardiologie 407. Pr. BERNOUSSI Abdelghani Ophtalmologie 408. Pr. BOUKALATA Salwa Radiologie 409. Pr. CHARIF CHEFCHAOUNI Mohamed Ophtalmologie 410. Pr. DOUDOUH Abderrahim* Biophysique 411. Pr. EL HAMZAOUI Sakina Microbiologie 412. Pr. HAJJI Leila Cardiologie 413. Pr. HESSISSEN Leila Pédiatrie 414. Pr. JIDAL Mohamed* Radiologie 415. Pr. KARIM Abdelouahed Ophtalmologie 416. Pr. KENDOUSSI Mohamed* Cardiologie

417. Pr. LAAROUSSI Mohamed Chirurgie Cardio Vasculaire 418. Pr. LYACOUBI Mohammed Parasitologie

419. Pr. NIAMANE Radouane* Rgumatologie

420. Pr. RAGALA Abdelhak Gynécologie Obstétrique 421. Pr. REGRAGUI Asmaa Anatomie Pathologique 422. Pr. SBIHI Souad Histo Embryologie Cytogénétique

423. Pr. TNACHERI OUAZZANI Btissam Ophtalmologie

424. Pr. ZERAIDI Najia Gynécologie Obstétrique

Avril 2006

425. Pr. ACHEMLAL Lahsen* Rhumatologie 426. Pr. AFIFI Yasser Dermatologie 427. Pr. AKJOUJ Said* Radiologie 428. Pr. BELGNAOUI Fatima Zahra Dermatologie 429. Pr. BELMEKKI Abdelkader* Hematologie 430. Pr. BENCHEIKH Razika O.R.L

431. Pr. BIYI Abdelhamid* Biophysique

432. Pr. BOUHAFS Mohamed El Amine Chirurgie – Pédiatrique 433. Pr. BOULAHYA Abdellatif* Chirurgie Cardio-Vasculaire

434. Pr. CHEIKHAOUI Younes Chirurgie Cardio-Vasculaire 435. Pr. CHENGUETI ANSARI Anas Gynécologie Obstétrique 436. Pr. DOGHMI Nawal Cardiologie

437. Pr. ESSAMRI Wafaa Gastro-Entérologie 438. Pr. FELLAT Ibtissam Cardiologie

439. Pr. FAROUDY Mamoun Anesthésie Réanimation 440. Pr. GHADOUANE Mohammed* Urologie

441. Pr. HARMOUCHE Hicham Médecine Interne

442. Pr. HNAFI Sidi Mohamed* Anesthésie Réanimation 443. Pr. IDRISS LAHLOU Amine* Microbiologie

444. Pr. JROUNDI Laila Radiologie 445. Pr. KARMOUNI Tariq Urologie

446. Pr. KILI Amina Pédiatrie

447. Pr. KISRA Hassan Psychiatrie

448. Pr. KISRA Mounir Chirurgie – Pédiatrique 449. Pr. KHARCHAFI Aziz* Médecine Interne 450. Pr. LMIMOUNI Badreddine* Parasitologie 451. Pr. MANSOURI Hamid* Radiothérapie 452. Pr. NAZIH Naoual O.R.L

453. Pr; OUANASS Abderrazzak Psychiatrie

454. Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie 455. Pr. SEKKAT Fatima Zahra Psychiatrie

456. Pr. SEFIANI Sana Anatomie Pathologique 457. Pr. SOUALHI Mouna Pneumo-Phtisiologie

458. Pr. ZAHRAOUI Rachida Pneumo-Phtisiologie

ENSEIGNANTS SCIENTIFIQUES PROFESSEURS

1. Pr. ALAMI OUHABI Naima Biochimie 2. Pr. ALAOUI KATIM Pharmacologie

3. Pr. ALAOUI SLIMANI Lalla Naïma Histologie – Embryologie 4. Pr. ANSAR M'hammed Chimie Organique et Pharmacie Chimique

5. Pr. BOUKLOUZE Abdelaziz Applications Pharmaceutiques 6. Pr. BOURJOUANE Mohamed Microbiologie

7. Pr. DRAOUI Mustapha Chimie Analytique 8. Pr. EL GUESSABI Lahcen Pharmacognosie 9. Pr. ETTAIB Abdelkader Zootechnie 10. Pr. FAOUZI Moulay El Abbes Pharmacologie 11. Pr. HMAMOUCHI Mohamed Chimie Organique 12. Pr. REDHA Ahlam Biochimie 13. Pr. TELLAL Saida* Biochimie

14. Pr. TOUATI Driss Pharmacognosie 15. Pr. ZELLOU Amina Chimie Organique

Moi, Loubna ELATOUANI, je dédie cette thèse…. A mes très chers parents,

Votre amour, votre générosité, vos prières et tant de sacrifices consentis avec dévouement pour assurer mon bonheur font que ma dette envers vous est immense.

Puisse Dieu vous procurer longue vie, santé, bonheur et prospérité. Et que ce travail soit le gage de mon amour éternel et de ma reconnaissance à vos égards.

A la mémoire de mes très chers grands pères.

Hajj Abdessalam ELATOUANI & Hajj Mohamed JAMALI

Que ce travail soit une prière pour le repos de vos âmes.

Et puisse Dieu Le Très Haut vous avoir dans Sa Sainte Miséricorde.

A mes très chères grandes mères.

Vous êtes toujours dans mon cœur et dans mon esprit.

A mon très cher oncle et frère -Cdt Abdelattif JAMALI-.

Merci de m’avoir indiqué la bonne voie en me rappelant que la volonté fait toujours les Grands Hommes.

A mon petit frère bien aimé Abdessalam et à mes très chères petites sœurs Zineb et Hind.

A mon cousin et frère Ahmed ELATOUANI. A mon très cher oncle Abdelhak ELATOUANI.

A ma très chère tante Souad et à son Mari Mhammed BENAZZOUZ et à leurs filles Soufie et Mounira.

A toute la famille ELATOUANI, JAMALI, ELHEFFARI et RIANE. A toutes mes amies.

Et à tous ceux dont le nom m’échappe mais qui vont rester à jamais ancrés dans mon cœur.

Avec toute mon amitié je vous souhaite une vie agréable et pleine de succès. Puisse ce travail être le témoignage de mon attachement et de ma profonde affection.

A Notre Maître et président de thèse, Monsieur Le Professeur Mimoun ZOUHDI, Professeur de Microbiologie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Rabat.

Vous me faites un immense honneur en acceptant de présider ce jury de thèse. Veuillez trouver ici, cher Maître, l’expression de mon indéfectible considération et le témoignage de ma grande admiration.

A Notre Maître et rapporteur de thèse, Monsieur le Professeur Idriss LAHLOU AMINE, Professeur Agrégé de Microbiologie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Rabat.

Vous m’avez décerné un grand honneur en me confiant ce travail.

Je resterai à jamais imprégnée par vos remarquables qualités humaines et professionnelles ainsi qu’à votre dévouement qui n’ont cessé de susciter mon admiration et mon respect.

Merci de m’avoir accordé si généreusement et si cordialement beaucoup de votre temps et de m’avoir inculqué la rigueur scientifique tout au long de l’élaboration de ce travail.

Et je vous prie, cher Maître, de croire en l’expression de ma haute considération ainsi qu’à mon éternelle gratitude.

A Notre Maître et juge de thèse, Monsieur Le Professeur Jamal TAOUFIK, Professeur de Chimie Thérapeutique à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Rabat.

Vous me faites un grand honneur en acceptant d’apporter votre précieux jugement à ce travail.

On songera toujours respectueusement à vous et à l’excellente qualité des cours que vous nous avez prodigué durant notre cursus universitaire.

Et je vous prie, cher Maître, d’agréer mon indéfectible considération et de croire en ma grande admiration.

A Notre Maître et juge de thèse, Monsieur Le Professeur Saâd MRANI, Professeur Agrégé de Virologie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Rabat.

Merci d’avoir accepté avec grande amabilité de siéger parmi les membres de cet honorable jury.

Vos compétences sont pour moi un objet d’admiration.

A Notre Maître et juge de thèse, Monsieur Le Professeur Hicham Harmouche, Professeur Agrégé de Médecine interne à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Rabat.

Merci d’avoir accepté de siéger parmi les membres de cet honorable jury.

Veuillez trouvez ici, cher Maître, l’expression de mon indéfectible considération.

HOMMAGES

RESPECTUEUX

A Monsieur Le Professeur Said ZOUHAIR, Professeur-assistant de Microbiologie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Rabat.

«Laboratoire de recherche et de biosécurité à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V -Rabat-».

A Monsieur le Docteur Jalal NOURLIL.

Et à mes chers amis:

Mlle Nadia FARIAT Mlle Leïla BENABBASS Dr. Abdellah FAOUZI Mr Ahmed REGUIG

« Laboratoire de Virologie à l’Institut Pasteur -Casablanca-».

A Mr Abdelfettah AMEZIANE.

« reeechsoft -Casablanca-»

Tous les mots ne sauront exprimer avec fidélité l’estime et la gratitude que j’ai à vos égards.

TABLE DES MATIERES

LISTE DES ABREVIATIONS

LISTE DES FIGURES

LISTE DES TABLEAUX

INTRODUCTION

... 1

PREMIERE PARTIE

... 2

I. Historique

... 3

II. Définition de la grippe aviaire

... 5

III. Aspects virologiques

... 6 1. Agents pathogènes ... 6 1.1. Classification ... 6 1.2. Caractères antigéniques, morphologiques et structuraux ... 7 1.2.1. Antigènes de l’enveloppe ... 9 1.2.2. Antigènes internes ... 11 2. Cycle viral ... 13

IV. Epidémiologie de la grippe aviaire A/H5N1

... 14

1. Réservoirs de virus ... 14 2. Modes de transmission ... 15 3. Modes de diffusion de la grippe aviaire A/H5N1 ... 16 3.1. Cas sporadiques ... 16 3.2. Risque pandémique ... 16 4. Statistiques... 22 5. Réseaux de surveillance ... 25

DEUXIEME PARTIE

V. Clinique de la grippe aviaire A/H5N1

... 30

VI. Définition des cas A/H5N1

... 32

VII. Rôle du Laboratoire dans le diagnostic virologique d’un cas

humain de grippe aviaire A/H5N1

... 34 1. Précautions de manipulation : laboratoire de biosécurité de niveau 3

(NSB3) ... 35 2. Diagnostic virologique direct ... 43 2.1. Prélèvements ... 43 2.1.1. Types de prélèvements ... 43

2.1.2. Transport et acheminement des prélèvements au laboratoire

NSB3 ... 45 2.2. Diagnostic moléculaire ... 47 2.2.1. RT-PCR classique ... 47

2.2.2. RT-PCR en temps réel ... 52 2.3. Diagnostic antigénique rapide ... 64 2.3.1. Détection antigénique du type grippal ... 65 2.3.1.1. Technique immunoenzymatique de type Elisa ... 65 2.3.1.2. Technique immunoenzymologique sur membrane ... 66 2.3.1.3. Technique immunochromatographique sur

membrane ... 68 2.3.1.4. Autres ... 71 2.3.2. Détection antigénique du type et du sous-type grippal

A/H5N1 ... 75 2.3.2.1. Technique d’Immunofluorescence ... 75 2.4. Culture cellulaire ... 78 2.4.1. Systèmes cellulaires utilisés ... 79 2.4.1.1. Isolement du virus sur oeuf de poule embryonné ... 79 2.4.1.2. Isolement du virus sur cellules de rein de chien

MDCK ... 79 2.4.2. Détection virale ... 80 2.4.2.1. Observation de l’effet cytopathique ... 81 2.4.2.2. Hémagglutination ... 82 2.4.3. Identification du type, sous-type et variant viral ... 83 2.4.3.1. Inhibition de l’hémagglutination ... 83 2.4.4. Méthodes d’études in vitro de la sensibilité des virus aux

Antiviraux ... 84 2.4.4.1. Méthodes phénotypiques ... 85 2.4.4.2. Méthodes génotypiques ... 86 3. Diagnostic sérologique ... 88 3.1. Prélèvements ... 88 3.2. Techniques utilisées ... 89

TROISIEME PARTIE

VIII. Prophylaxie

... 92 1. Moyens non spécifiques ... 92 1.1. Stratégies de lutte contre la grippe aviaire chez l’animal ... 92 1.2. Isolement des patients et barrières physiques de protection ... 95 1.3. Chimioprophylaxie ... 97

2. Moyens spécifiques ... 98 2.1. Vaccination ... 98

IX. Traitement

... 102 1. Traitement symptomatique ... 102 2. Traitement antiviral spécifique ... 103 2.1. Inhibiteurs de la Neuraminidase ... 103 2.2. Inhibiteurs de la protéine M2 ... 111 3. Immunothérapie ... 111

CONCLUSION

... 112

RESUME

ANNEXES

REFERENCES

LISTE DES ABREVIATIONS

ADNc : Acide désoxynucléique complémentaire

ALAT : Alanine aminotransférase ARN : Acide ribonucléique

ASAT : Aspartate aminotransférase

CDC : Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, USA

CNR : Centre National de Référence de la grippe

DASRI : Déchets d’Activité de Soins à Risque Infectieux ddATP : didésoxy-adénosine triphosphate

ddCTP : didésoxy-cytidine triphosphate ddGTP : didésoxy-guanosine triphosphate ddTTP : didésoxy-thymidine triphosphate EDTA : Acide éthylène-diamine tétracétique ELISA : Enzyme-Linked Immunosorbent Assay

FAO : Food and Agriculture Organization of the United Nations

FDA : Food and Drug Administration, U.S. Department of Health and Human Services

FRET : Fluorescence Resonance Energy Transfer aussi appelé Förster

Resonance Energy Transfer

H5N1 : Sous-type de virus Influenza type A

HA : Hémagglutinine

HEF : Hémagglutinine-Esterase facteur de fusion

HEPA : High Efficiency Particulate Air Filter ou Absorbing Filter ICE : Immunocapture Elisa

IF : Immunofluorescence

IHA : Inhibition d’hémagglutination LCR : Liquide céphalorachidien

M : Matrix protein

MDCK : Madin-Darby canine kidney NA : Neuraminidase

NEP : Nuclear Export Protein (NS2)

NP : Nucléoprotéine

NS : Nonstructural protein

dNTP : désoxynucléoside triphosphate

OMS : Organisation Mondiale de la Santé

PA : Protéine Acide

PB : Protéine Basique

RDE : Receptor destroying enzyme

RNP : Ribonucléoprotéine

RT-PCR: Reverse transcription-polymerase chain reaction UN : United Nations

VPN : Valeur prédictive négative

LISTE DES FIGURES

Figure 1 : Circulation épidémique des virus grippaux A et B au cours du

XXe siècle ... 4 Figure 2 : Electromicrophotographie du virus de la grippe A ... 8 Figure 3 : Schéma d’un virus grippal de type A ... 12 Figure 4 : Mécanismes de survenue des pandémies grippales ... 20 Figure 5 : Propagation de la Grippe Aviaire A/H5N1 dans les élevages de volailles et/ou l’avifaune sauvage ... 23 Figure 6 : Radiographies pulmonaires de face de quatre patients atteints de la grippe aviaire A/H5N1(Vietnam 2004) ... 31 Figure 7 : Pictogramme international de danger biologique ... 36 Figure 8 : Laboratoire de biosécurité de niveau 3 (NSB3) ... 40 Figure 9 : Masque de protection respiratoire type FFP2 ... 40 Figure 10: Exemple d’un système de triple emballage de sécurité ... 46 Figure 11: Produit d’amplification du génome des virus grippaux type

A/H5N1 (en utilisant des amorces spécifiques pour H5 (A) et N1

(B)) par RT-PCR après migration en gel d’agarose avec un

marqueur de taille ... 50

Figure 12: Modèles graphiques de la PCR en temps réel ... 66 Figure 13: Mécanisme d’action des agents se liant à l’ADN double brin ... 56 Figure 14: Mécanisme d’action de La technologie Taqman ... 57 Figure 15: Mécanisme d’action de La technologie HybProbes ... 59 Figure 16: Mécanisme d’action des balises moléculaires ... 61 Figure 17: Mécanisme d’action des Amorces scorpion ... 62

Figure 18: Résultat positif et résultat négatif pour le virus type A (Flu A

Directigen -Becton Dickinson-) ... 67 Figure 19: Résultat positif et résultat négatif pour le virus type A (Flu A+B Directigen -Becton Dickinson-) ... 67 Figure 20: Résultat positif pour le virus type A (A+) et type B (B+) (Test

QuickVue Influenza A+B -Quidel-) ... 69 Figure 21: Résultat positif pour le virus type A (EZ Flu A+B Directigen

-Becton Dickinson-) ... 70 Figure 22: Résultat positif pour le virus type A ou type B (ZstatFlu

-Zymetex Inc-) ... 72 Figure 23: Microphotographie d’une immunofluorescence indirecte réalisée

sur cellules infectées par le virus A/H5N1 ... 77 Figure 24: Tapis de monocouche cellulaire (MDCK) vue au microscope

Inversé ... 80

Figure 25: Analyse d’une réaction de séquencage après lecture sur un

séquenceur automatique ... 87

Figure 26: Arbre phylogénétique des virus A/H5N1 ... 100 Figure 27: Électromicrophotographie des cellules MDCK infectées par le

virus de la grippe A en absence et en présence des inhibiteurs de

NA ... 104

Figure 28: Structures chimiques des Antineuraminidases ... 106 Figure 29: Mécanisme de résistance des virus grippaux type A à

LISTE DES TABLEAUX

Tableau 1: Classification de l’OMS relative aux niveaux d’alerte à la

pandémie de grippe ... 21 Tableau 2: Nombre cumulé de cas humains confirmés de Grippe Aviaire

A/H5N1 et de décès reportés par l’OMS (jusqu’au 3 Avril

2008)... 24

Tableau 3: Tableau comparatif de quelques exemples de tests de détection

antigénique rapide pour le diagnostic des virus grippaux ... 73

Tableau 4: Sensibilité et spécificité de l’IF en comparaison avec la culture

Cellulaire ... 76 Tableau 5: Inhibition de la NA des virus Influenza A et B ... 105 Tableau 6: Propriétés pharmacologiques du Zanamivir et de l’Oseltamivir .... 107

INTRODUCTION

L’émergence récente en Asie du Sud-Est de la grippe aviaire A/H5N1 suscite de grandes craintes épidémiologiques en raison de l’ampleur des épizooties dans les pays atteints, de la nature hautement pathogène du virus A/H5N1 isolé chez l’être humain et de l’expansion géographique récente de la panzootie au continent européen et africain.

Un abattage massif de centaines de millions de volatiles et de porcs contaminateurs ou potentiellement contaminateurs et des mesures sanitaires drastiques ont permis d’éviter l’apparition d’un variant ayant une haute capacité de diffusion chez l’homme.

Toutefois l’épidémiologie, l’écologie de ce virus et l’impossibilité de l’éradiquer font craindre aux experts une pandémie imminente, incitant à une surveillance accrue.

Dans ce contexte, le diagnostic virologique de la grippe aviaire A/H5N1 est un diagnostic d’urgence : il fait appel dans un premier temps aux méthodes modernes de biologie moléculaire en raison de leur rapidité, sensibilité et spécificité, elles sont complémentaires du diagnostic virologique conventionnel (l’isolement en culture cellulaire, l’identification de la souche virale et la réalisation d’un antivirogramme pour la détection des résistances aux antiviraux.).

Ces paramètres sont d’autant plus importants que la précocité du diagnostic virologique aboutit à une prise en charge thérapeutique rapide et spécifique des cas, ce qui permettra de contenir les premiers foyers de transmission d’un virus à potentiel pandémique.

Le présent travail est une synthèse bibliographique du rôle du laboratoire dans le diagnostic virologique d’un cas humain de grippe aviaire du au virus A/H5N1.

PREMIERE PARTIE

I. Historique

II. Définition de la grippe aviaire

III. Aspects virologiques

I. Historique

La Grippe est une maladie infectieuse virale, La langue Française a retenu son aspect clinique puisque le mot pour la désigner souligne, le saisissement brutal de l’individu infecté. Les Anglo-Saxons ont emprunté à l’Italien le terme d’Influenza (…di freddo, influence du froid ou …di stelle, influence des étoiles), mettant l’accent sur son aspect épidémique [1, 2].

La première description de ce qui pourrait être la grippe remonte aux époques reculées - 412 avant Jésus-Christ - par Hippocrate [1]. Et la première pandémie de maladie d’allure grippale qui a été bien décrite, remonte à 1580. Depuis cette époque, 31 pandémies possibles de ce type ont été recensées, dont trois au XXe siècles [3] ; La grippe « Espagnole » en 1918 qui a fait plus de 40 millions de morts, était due au sous-type A/H1N1 c’est la pandémie la plus meurtrière de tous les temps, elle aurait touché au total environ la moitié de la population mondiale [1], les virus circulant chez l’homme avant étaient des sous types A/H2N8 et A/H3N8. Les antibiotiques, qui auraient pu éviter de nombreux décès par pneumonie bactérienne, n’avaient pas encore été découverts et un vaccin efficace était inconcevable : le virus grippal ne sera pas isolé chez l’être humain avant 1933 [4, 5]. Elle a été supplantée en 1957 par la grippe « Asiatique » due au virus A/H2N2 -on a dénombré un peu plus de deux millions de décès à l’échelle de la planète-, puis par la grippe de « Hong Kong » en 1968 due au virus A/H3N2, elle a entraîné moins de décès (environ un million). Et en 1977, les virus, aujourd’hui classés dans le sous-type A/H1N1 resurgirent, provoquant l’épidémie dite « grippe russe » suite à la remise en circulation chez l’Homme du virus A/H1N1 par des essais de vaccination par un « vaccin vivant » [6]. C’est ainsi qu’actuellement chez l’homme circulent deux

sous-types de virus de grippe A : A/H1N1 et A/H3N2, aux côtés des virus des grippes B et C (Fig.1) [1, 4, 7, 8, 9].

Figure 1 : Circulation épidémique des virus grippaux A et B au cours du

XXe siècle. Trois hémagglutinines (H1, H2, H3) et deux neuraminidases (N1, N2) ont été identifiées chez l’Homme pour les virus de type A [7].

Le chemin fut long pour aboutir à la connaissance de l’agent étiologique de cette maladie. Les travaux de Louis Pasteur ont donné, à la fin du XIXème siècle, naissance à la Microbiologie. Et sur les traces de ses travaux, Charles Chamberland, un de ses collaborateurs, ouvrit, sans le savoir, la voie de la Virologie grâce à sa méthode publiée en 1884 destinée à décontaminer l’eau afin de la rendre exempte de germe à l’aide d’un filtre constitué par une bougie de porcelaine « Bougie Chamberland » [10]. Et c’est au lendemain de la Grande Guerre et de la première pandémie du vingtième siècle, que deux Français René Dujarric de la Rivière, chercheur à l’Institut Pasteur, qui fut l’un des premiers scientifiques à s’intéresser à la grippe au laboratoire, d’une part et Charles Nicolle d’autre part démontrèrent indépendamment que l’agent étiologique de la

grippe était un « virus ultrafiltrable ». Il a fallu attendre 1931 pour que Richard Shope, frappé par la concomitance de la grippe espagnole chez l’homme et d’une maladie similaire chez le porc vers 1918-1919, isolât le premier virus de type A chez le porc aux Etats-Unis. Et ce n’est que plus tard, en 1933, à la faveur d’une épidémie de grippe en Grande-Bretagne, que trois chercheurs du National Institute for Medical Research au nord de Londres (Wilson Smith, Christopher Andrews et Patrick Laidlaw) isolèrent pour la première fois un virus de grippe humaine. Par la suite, deux autres types de virus grippaux humains ont été identifiés : en 1940, Francis et Magill découvrit le virus de la grippe B et, en 1947, Taylor isola le premier virus de grippe C [1, 2].

Le vaccin, d’abord mis au point par l’armée des États-Unis à partir de virions, cultivés sur oeuf embryonné de poule et inactivés au formol, n’a véritablement été utilisé qu’après la pandémie de 1957. Depuis de considérables progrès technologiques ont permit d’obtenir des préparations vaccinales d’une pureté optimale. En effet, le vaccin antigrippal doit sa performance actuelle à l’adéquation entre les souches qui entrent dans sa composition et celles qui circulent grâce à la surveillance mondiale de la grippe qui fut établie dès 1947 sous l’impulsion de l’OMS [1].

II. Définition de la grippe aviaire

Il s’agit d’une maladie mondialement répartie (tous les continents), elle a été identifiée pour la 1ère fois en Italie en 1878 et dont le virus n’a été isolé qu’en 1955 [11].

La grippe ou peste aviaire, ou grippe du poulet, est une infection due au virus Influenza A à tropisme respiratoire, entérique ou nerveux.

Chez l oiseau, cette maladie peut prendre des formes bénignes, se limitant à un ébouriffage des plumes ou des problèmes de ponte, ou des formes hautement pathogènes qui tue les volatiles en moins de 48 heures avec un taux de létalité avoisinant 100 % [5, 11, 12].

Depuis 1997, les variants de A/H5N1 (génotype Z) caractérisés par une virulence et une mortalité très élevée chez les oiseaux sauvages et domestiques, ont montré leur capacité à infecter directement l’Homme (virus à potentiel zoonotique); 383 cas ont été recensés jusqu’au 28 Mai 2008 dont 241 décès soit une mortalité de plus de 60% [13, 14, 15]. Maintenant le sous-type H5 est classé selon le code Zoosanitaire de l’OIE dans les virus influenza soumis à déclaration obligatoire [16].

III. Aspects virologiques

1. Agents pathogènes

1.1. Classification

Les virus grippaux appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae -Ce nom leur vient de leur affinité pour le mucus, ils peuvent se fixer sur les récepteurs mucoprotéines des cellules épithéliales et des hématies- comprenant quatre genres Influenzavirus répartis, selon les dernières propositions en date de l’ICTV (Comité International de Taxonomie Virale) ; A, B, C (sans immunogénicité croisée) et D ou Thogotovirus. Les trois genres A, B et C se répartissent en fonction de la nucléoprotéine (NP) et les protéines (M). Les virus

A, eux seuls, divisés en sous-types selon les spécificités antigéniques et les différences génétiques de leurs glycoprotéines de surface : hémagglutinine (HA) et neuraminidase (NA). Ainsi, 16 sous-types de HA (H1 à H16) et 9 sous-types de NA (N1 à N9) ont été identifiés. La plupart des combinaisons possibles entre ces sous-types ont été isolées dans les espèces avicoles [15, 17].

La désignation officielle des souches est une formule qui décrit l’identité de la souche et la nature de ses antigènes de surface (HA et NA), en mentionnant successivement différentes informations séparées par un trait oblique: le type du virus A, B ou C / l’espèce animale d’origine (oiseau, cheval, porc) si ce n’est pas une souche humaine / l’origine géographique de l’isolement (ville ou pays) / le numéro de référence de la souche / l’année d’isolement, ces indications sont suivies par les sous-types d’HA et de NA pour les souches de type A mentionnés entre parenthèses ;

Ex: A/Vietnam/1194/04 (H5N1) [1, 7, 8, 12, 18].

1.2. Caractères antigéniques, morphologiques et

Structuraux

La morphologie des virus (sphérique ou filamenteuse) est variable selon la façon dont ils sont produits (Fig.2). Les formes sphériques mesurent de 80 à 100 nm de diamètre et un peu plus de 100 à 120 nm de diamètre pour les virus de grippe C. Les virus grippaux sont des virus enveloppés et comme tous les virus enveloppés, leur infectivité peut être altérée par les détergents ou les désinfectants, par les pH extrêmes, ainsi que par chauffage à une température élevée.

La surface des virions est hérissée de spicules (HA et NA). Dans le cas du virus de type C, il n’y a qu’une sorte de spicule (HEF) qui regroupe les fonctions assurées par les HA et NA des autres virus grippaux.

Figure 2 : Electromicrophotographie du virus de la grippe A.

La barre correspond à 200 nm [1].

Le génome viral est un ARN simple brin, de polarité négative, segmenté (huit segments distincts pour les virus A et B tandis que le virus C, lui, n’en comporte que sept). Chaque segment d’ARN viral est associé au complexe de transcription et de réplication du virus constitué des protéines PB1, PB2 et PA (ou P3 pour les virus de type C), ainsi qu’à une nucléoprotéine NP majoritaire qui assure la cohésion de l’ensemble pour former la RNP. L’ensemble est pelotonné dans une enveloppe correspondant à la double couche phospholipidique empruntée à la cellule hôte lors de la sortie des virions néosynthétisés, qui est sous-tendue par la protéine virale M1. L’enveloppe comporte également une protéine M2

transmembranaire pour le type A, dénommée NB pour le type B et CM2 pour le type C [1, 3, 7, 18].

1.2.1. Antigènes de l’enveloppe

 Hémagglutinine

L’HA ayant un aspect de bâtonnet est la plus représentée des glycoprotéines de surface. Il y’a environ 350 à 500 spicules par particule virale [3].

Après bourgeonnement et formation des virions, l’HA est clivée en deux sous-unités HA1 et HA2 au niveau d’un site centré sur une arginine. Le clivage est réalisé par des protéases de type trypsine, sans doute produites par les cellules de Clara présentes dans l’appareil respiratoire. Une séquence polybasique autour du résidu arginine favorise le clivage qui peut alors être assuré dès le réticulum endosplamique par d’autres types de protéases comme la furine [1]. L’infectivité

virale se manifeste après ce clivage [7].

A l’extrémité de la partie globulaire distale de l’HA1 se trouve le site de liaison aux structures d’attachement présentes à la surface des cellules. Ce site est une poche légèrement en dépression, dont la structure tridimensionnelle a été décrite grâce aux coordonnées cristallographiques de l’HA. Toute variation de sa composition en résidus aminoacides peut avoir des conséquences en affectant l’affinité du virus pour son récepteur ou sa spécificité d’attachement [1]; dans la forme aviaire du virus, l’HA contient deux acides aminés jouant un rôle clé, une glutamine en position 226 et une glycine en position 228 : l’arrangement spatial de ces deux acides aminés forme une petite poche qui se fixe sur la molécule d’acide sialique α2,3 de la membrane cellulaire de la cellule hôte. D’un autre coté, la forme humaine contient une leucine en position 226 et une sérine en

forme α2,6 de l’acide sialique. Chez l’oiseau, l’acide sialique α2,3 est surtout présent dans l’intestin tandis que chez l’homme, la forme α2,6 se trouve dans les voies respiratoires supérieures (trachée), sur des cellules non-ciliées. Toutefois, les cellules ciliées des bronchioles pulmonaires et les cellules conjonctivales expriment la forme α2,3 de l’acide sialique reconnue par le virus aviaire. Ainsi, pourvu des deux types de « récepteurs », le tractus respiratoire humain est susceptible d’être infecté par des virus d’origine humaine tout comme par des virus d’origine aviaire [19, 20, 21, 22, 23].

L’HA est très immunogène, il constitue un déterminant antigénique puissant et la cible majeure des anticorps neutralisants. Cinq sites «épitopes» ont été décrits, ils se situent au niveau ou à proximité de la partie globulaire distale. La plasticité génétique de ces sites leur confère une haute labilité conformationnelle permettant un échappement au système de défense immunitaire [3, 18, 24, 25, 26, 27].

 Neuraminidase

La NA est l’autre protéine de surface des virus grippaux des types A et B. La forme renflée à l’extrémité distale donne aux spicules une allure de champignon. Il existe environ cinq fois moins de NA que d’HA à la surface des particules virales, soit environ 50 à 100 spicules. La NA a une activité enzymatique impliquée dans le clivage de la liaison O-glycosidique entre l’acide sialique terminal et le reste de la chaîne glucidique qui le porte.

La NA joue un rôle dans la diffusion globale des virus grippaux :

- en agissant à la surface des cellules, elle permet aux virions néosynthétisés de ne pas se fixer sur la cellule dont ils sont issus, ou de se dégager des cellules dans les quelles ils n’entrent pas ;

- elle empêche l’autoagrégation des virions qui, sans elle, porteraient leurs propres récepteurs ;

- elle permet sans doute aux virions de se détacher du mucus riche en acide sialique et qui constitue de véritables leurres pour les virus participant ainsi aux mécanismes de défenses non spécifiques de l’appareil respiratoire, en synergie avec les mouvements des cils de l’épithélium respiratoire.

Il est à noter que le site actif de la NA des virus A et B est très conservé.

La NA est un antigène moins immunogène. Elle induit la production d’anticorps inhibant la fonction sialidase, non neutralisants mais qui réduisent la quantité de virus produits [1, 7, 8, 24].

 Protéine de matrice et canaux à ions

Dans le cas des virus de grippe A, La protéine M1 est la plus abondante : il y en a environ 1100 copies par particule virale, elle assure en partie la structure des virions. Elle présente des interactions, d’une part avec les queues cytoplasmiques des deux glycoprotéines et avec la protéine M2, et d’autre part avec les RNP.

Les protéines M2 délimitent des canaux transmembranaires où transitent les ions, impliqués dans les phénomènes de fusion décapsidation des virus [1].

1.2.2. Antigènes internes

 Ribonucléoprotéines

Les nucléocapsides de symétrie hélicoïdale résultent chacune de l’association d’une molécule d’ARN et de nombreuses molécules de NP. Il existe environ 600

à 650 copies de NP par virion. La NP a de nombreux rôles dans la structure des RNP et dans le cycle de transcription/réplication [1, 7].

 Protéines NS1 et NS2

NS2 est associée à M1 dans la particule virale alors que NS1 Le produit le plus abondant, est une protéine non structurale présente uniquement dans les cellules infectées. La NS2 intervient dans l’exportation des RNP virales, néosynthétisées à partir du noyau vers le cytoplasme. Quant à la protéine NS1, elle intervient dans les étapes qui suivent la transcription en régulant l’expression de messagers cellulaires et viraux [1, 7].

Les protéines de membrane et les nucléoprotéines sont des antigènes peu immunogènes. Les anticorps dirigés contre eux ne sont pas neutralisants [3], mais témoin de l’infection ; ils sont très utilisés dans les tests diagnostiques [6].

2. Cycle viral

A l’échelon cellulaire, le cycle de multiplication viral se schématise en plusieurs étapes ; L’entrée du virus débute par l’attachement de l’hémagglutinine virale à son récepteur -acide sialique ou acide N-acétyl neuraminique (Ac Neu)- [1, 7, 20, 21]. Après, la particule virale est endocytée. L’abaissement du pH de la vésicule d’endocytose (généralement un pH autour de 5,0 ou 5,1), permet la fusion entre la membrane endosomale cellulaire et la bicouche lipidique virale. Pour les virus de type A, la protéine M2 permet de déstabiliser l’enveloppe virale, notamment la protéine M1, et d’abolir principalement les interactions entre les protéines M1 et les complexes RNP, permettant à ces dernières de pouvoir migrer, libres, jusque dans le noyau [1, 8]. La transcription primaire du génome en ARNm est catalysée par les complexes transcriptase/réplicase, et comme il n’y a pas dans les cellules eucaryotes d’ARN polymérase ARN-dépendante, les virus grippaux doivent en être « constitutivement » équipés pour que les premières synthèses d’ARN puissent avoir lieu. L’amorçage de la synthèse d’ARNm nécessite une coiffe qui est dérivée de transcrits cellulaires, il se produit alors un remarquable basculement de la synthèse des protéines cellulaires à celle des protéines grippales à cause du blocage de la traduction des ARNm cellulaires privés de leur coiffe. Le cycle viral aboutit ainsi plus à l’épuisement de la cellule infectée qu’à sa lyse [1].

Les segments complémentaires auront deux destinées : certains se comporteront en messagers viraux en étant traduits en protéines et d’autres seront transcrits en ARN complémentaires qui constitueront les génomes viraux des virions néoformés [7].

Après leur synthèse au niveau cytoplasmique les protéines virales sont enchâssées dans la bicouche lipidique à la surface cellulaire. A ce stade de la multiplication virale, la protéine NEP permet le transfert des RNP néoformées du compartiment nucléaire vers le cytoplasme et la protéine M1 assure leur maintien dans le cytoplasme. La formation des virions néosynthétisés se fait par bourgeonnement à la surface cellulaire, et la NA grâce à son activité sialidasique assure la libération des nouveaux virions [1, 7].

IV. Epidémiologie de la grippe aviaire

A/H5N1

1. Réservoirs de virus

Les oiseaux sauvages sont considérés comme le réservoir naturel majeur des virus influenza A. Ils hébergent des virus porteurs de tous les types d’HA et de NA connus, même si l’on n’a pu isoler toutes les combinaisons possibles de sous-types. La plupart de ces virus se répliquent principalement dans le tractus intestinal, ils apparaissent adaptés à leurs hôtes naturels et sont rarement responsables d’infections dans les populations aviaires sauvages ; ils peuvent par contre disséminer à grande échelle dans l’environnement (excréments, sécrétions respiratoires, lacrymales, etc...). On suppose qu’en raison de leur large distribution, les virus influenza A quittent de façon ponctuelle cet état d’équilibre et vont coloniser d’autres espèces de vertébrés. L’hypothèse selon laquelle les virus influenza aviaires sont les précurseurs des virus grippaux adaptés et circulants surtout chez l’homme, prévaut actuellement [15].