CM2-Diapos

(1)

I

MPORTATION

,

EXPORTATION DE DONNÉES ET DE GRAPHIQUES

Julie Scholler - Bureau B246

octobre 2020

I. Répertoire de travail

Connaître le répertoire de travail getwd()

Fixer le répertoire de travail setwd("nouveau-répertoire") À la main

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II. Importation de données

• données extérieures sous forme de fichiers

• formats : .txt., .csv, .xls, .xlsx, etc.

Pour les formats : txt et csv

• read.table() ou read.csv() ou read.csv2()

• read_csv(), read_csv2(), read_delim() du package readr

Pour les formats : xls et xlsx

• read_excel() du package readxl

• read.xlsx() ou read.xlsx2() du package xlsx

(nécessite Java et le lien Java/R peut être compliqué parfois)

• données extérieures sous forme de fichiers

• formats : .txt., .csv, .xls, .xlsx, etc.

Pour les formats : txt et csv

• read.table() ou read.csv() ou read.csv2()

• read_csv(), read_csv2(), read_delim() du package readr Pour les formats : xls et xlsx

• read_excel() du package readxl

• read.xlsx() ou read.xlsx2() du package xlsx

(nécessite Java et le lien Java/R peut être compliqué parfois)

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Importation de base

df <- read.table(file="fichierdedonnees.txt",

header=FALSE, sep="",dec=".",row.names=-1,...)

• file : chemin vers le fichier (peut être une url)

• header : si la première ligne contient les noms des variables

• sep : caractère utilisé pour séparer les données

• dec : séparateur décimal

• row.names : valeur numérique spécifiant le numéro de la colonne contenant les noms ou numéros d’individus

s’il n’y en a pas row.names=-1

read.table(file, header=FALSE, sep="",dec=".") read.csv(file, header=TRUE, sep=",",dec=".") read.csv2(file, header=TRUE, sep=";",dec=",")

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Importation avec readr

Il faut d’abord avoir installer le package readr.

• à utiliser pour importer de (très) gros fichier

• le format de la base de données importée n’est pas un dataframe classique mais un tibble

library(readr)

df <- read_csv(path="fichierdedonnees.csv", col_names = TRUE, col_types = NULL,...)

• path : chemin vers le fichier (peut être une url)

• col_names : si la première ligne contient les noms des variables Il existe aussi read_csv2(), read_tsv et read_delim() (pour ce dernier il faut spécifier le séparateur avec delim).

Formats Excel

Il faut d’abord avoir installer le package readxl.

library(readxl)

read_excel(path, sheet = NULL, col_names = TRUE, range = NULL, skip = 0)

• sheet : nombre ou nom indiquant la feuille du document à importer

• col_names : si la première ligne contient les noms des variables, si non on peut aussi les spécifier

• skip : nombre de lignes à ignorer avant de lire les données, les lignes vides sont automatiquement ignorées

• range : cellules à lire, par exemple : B3:D87

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III. Exportation de données

• données crées ou transformées dans R

• que l’on souhaite enregistrer sous forme de fichiers En format : txt ou csv

• write.table() ou write.csv() ou write.csv2() En format : xls ou xlsx

• write_xlsx() du package writexl

write.table(x, file, sep = " ",

dec = ".", row.names = TRUE, col.names = TRUE)

• x : objet R à écrire dans le fichier

• file : chemin du fichier à créer

• sep et dec : séparateurs de données et séparateur décimal à utiliser dans le fichier créer

• row.names et col.names : si les noms de lignes et de colonnes sont conservés ou non dans le fichier créé

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Autres commandes

write.csv(x, file, sep = ",", dec = ".",

row.names = TRUE, col.names = TRUE) write.csv2(x, file, sep = ";", dec = ",",

row.names = TRUE, col.names = TRUE) library(writexl)

write_xlsx(x, path, col_names = TRUE)

• x : peut être un seul tableau de données ou une liste, dans ce dernier cas, le fichier de sortie sera composé de plusieurs feuilles

IV. Exportation de graphiques

Pourquoi

• sauvegarder un graphique crée dans R

• utiliser via un autre logiciel pour insertion dans un document

Comment

• à la main via l’interface graphique

• via des commandes (plus précis et plus reproductible)

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Syntaxe de base

pdf(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.pdf")

#code de construction du graphique dev.off()

jpeg(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.jpg")

png(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.png")

Options générales

• height, width : hauteur et largeur de l’image (en pouces pour les pdf, en pixel sinon)

• pointsize : taille de l’écriture sur les graphiques (par défaut 12)

Pour les pdf

• paper : taille du document

• family : famille d’écriture Pour les jpeg

• quality : qualité de l’image/taux de compression (entre 1 et 100, par défaut 75)