CM2-Diapos

I

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Julie Scholler - Bureau B246

octobre 2019

I. Répertoire de travail

Connaître le répertoire de travail getwd()

Fixer le répertoire de travail setwd("nouveau-répertoire") À la main

• données extérieures sous forme de fichiers

• formats : .txt., .csv, .xls, .xlsx, etc.

Pour les formats : txt et csv

• read.table() ouread.csv()ouread.csv2()

• read_csv(),read_csv2(),read_delim()du package readr Pour les formats : xls et xlsx

• read.xlsx()ouread.xlsx2() du package xlsx

• read_excel() du package readxl

II. Importation de données

Importation de base

df <- read.table(file="fichierdedonnees.txt",

header=FALSE, sep="",dec=".",row.names=-1,...)

• file : chemin vers le fichier (peut être une url)

• header: si la première ligne contient les noms des variables

• sep: caractère utilisé pour séparer les données

• dec: séparateur décimal

• row.names : valeur numérique spécifiant le numéro de la colonne contenant les noms ou numéros d’individus s’il n’y en a pas row.names=-1

read.table(file, header=FALSE, sep="",dec=".") read.csv(file, header=TRUE, sep=",",dec=".") read.csv2(file, header=TRUE, sep=";",dec=",")

II. Importation de données

Importation avec readr

Il faut d’abord avoir installer le packagereadr.

• à utiliser pour importer de (très) gros fichier

• le format de la base de données importée n’est pas un dataframe classique mais untibble

library(readr)

df <- read_csv(path="fichierdedonnees.csv", col_names = TRUE, col_types = NULL,...)

• path : chemin vers le fichier (peut être une url)

• col_names : si la première ligne contient les noms des variables Il existe aussiread_csv2(),read_tsvet read_delim()(pour ce dernier il faut spécifier le séparateur avecdelim).

Formats Excel

Il faut d’abord avoir installer le packagexlsx.

library(xlsx)

read.xlsx(file, sheetIndex, header=TRUE,...)

• sheetIndex : nombre ou nom indiquant la feuille du document à importer

• header: si la première ligne contient les noms des variables

• startRow: numéro de la première ligne comprenant des données (hors noms de variables)

La commanderead_excel()du packagereadxlpermet de spécifier plus préciser les cases à lire.

III. Exportation de données

• données crées ou transformées dans R

• que l’on souhaite enregistrer sous forme de fichiers En format : txt ou csv

• write.table()ouwrite.csv()ou write.csv2() En format : xls ou xlsx

• write.xlsx() ouwrite.xlsx2()du package xlsx

write.table(x, file, sep = " ",

dec = ".", row.names = TRUE, col.names = TRUE)

• x: objet R à écrire dans le fichier

• file : chemin du fichier à créer

• sepet dec: séparateurs de données et séparateur décimal à utiliser dans le fichier créer

• row.names etcol.names : si les noms de ligne et de colonnes sont conservés ou non dans le fichier créé

III. Exportation de données

Autres commandes

write.csv(x, file, sep = ",", dec = ".",

row.names = TRUE, col.names = TRUE) write.csv2(x, file, sep = ";", dec = ",",

row.names = TRUE, col.names = TRUE) library(xlsx)

write.xlsx(x, file, sheetName="Sheet1", col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

write.xlsx2(x, file, sheetName="Sheet1",col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

• append: si on ajoute la feuille à un nouveau document ou si on crée un nouveau fichier

Pourquoi

• sauvegarder un graphique crée dans R

• utiliser via un autre logiciel pour insertion dans un document

Comment

• à la main via l’interface graphique

• via des commandes (plus précis et plus reproductible)

IV. Exportation de graphiques

Syntaxe de base

pdf(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.pdf")

#code de construction du graphique dev.off()

jpeg(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.jpg")

#code de construction du graphique dev.off()

png(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.png")

#code de construction du graphique dev.off()

Options générales

• height, width: hauteur et largeur de l’image (en pouces pour les pdf, en pixel sinon)

• pointsize : taille de l’écriture sur les graphiques (par défaut 12)

Pour les pdf

• paper : taille du document

• family: famille d’écriture Pour les jpeg

• quality : qualité de l’image/taux de compression (entre 1 et 100, par défaut 75)