Ces résultats mettent en évidence des modifications du microbiote intestinal plus

Figure: 51: Comparaison du microbiote des souris Conv + OM(HFD) en condition basale et Trans NC lors du protocole #2. La représentation en Cladogramme a été générée à partir des données obtenues par pyroséquençage sur le logiciel LEfSe. Le rond jaune au centre du graphique représente le règne des bactéries. Ensuite ce graphique est constitué de 5 cercles excentriques successifs sur lesquels sont disposés des ronds. Chaque cercle représente un niveau de classification taxonomique (du centre vers l’extrémité : phylum, classe, ordre, famille et genre) et chaque rond représente soit un phylum, une classe, un ordre, une famille ou un genre différente en fonction du cercle sur lequel il se trouve. Par exemple, chaque rond disposé sur le cercle des phyla représente un phylum différent. Les ronds surlignés en vert correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée en condition Trans NC comparativement à la condition basale (B). Les ronds surlignés en rouge correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée en condition basale comparativement à la condition Trans NC. Les prélèvements en condition basale et Trans NC ont été effectués chez les mêmes souris du groupe Conv + OM(HFD) (n=6).

D’un point de vue fonctionnel, l’analyse PICRUSt du microbiote intestinal a permis de mettre en évidence 3 fonctions significativement modifiées entre les conditions basale et Trans NC pour le groupes Conv + PBS, une fonction significativement modifiée dans le groupe Conv + OM(ob) et 10 fonctions significativement modifiées dans le groupe Conv + OM(HFD) (Fig. 52, A‐

C). Ces résultats mettent en évidence des modifications du microbiote intestinal plus

importantes lors du transfert du microbiote issu de souris OM(HFD) comparativement aux 2 groupes de souris transplantées.

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Figure 52 (A et B): Analyses prédictives des fonctions microbiennes significativement modifiées entre avant et après le transfert de microbiote chez les groupes de souris Conv + PBS et Conv + OM(ob) lors du protocole #2.

Deux groupes de 6 souris mâles ont reçu par gavage le microbiote caecal de souris obèses/diabétiques ob/ob nourries avec un régime normal (groupe Conv + OM(ob)) ou le microbiote caecal de souris obèses/diabétiques nourries avec un régime hyperlipidique (groupe Conv + OM(HFD)). Le groupe de 6 souris contrôles a reçu du PBS anaérobie par gavage (groupe Conv + PBS en bleu). L’ensemble des résultats présentés sur la figure a été généré à partir des données obtenues par le pyroséquençage du microbiote fécal prélevé en condition basale (avant le transfert caecal) et Trans NC (3 semaines après le transfert caecal). Une analyse prédictive des fonctions bactériennes potentiellement modifiées entre la condition basale (avant le transfert caecal) et Trans NC (après le transfert caecal) a été effectué par le logiciel PICRUSt. (A) Fonctions bactériennes significativement modulées chez le groupe Conv + PBS et représentation en analyse en composantes principales (PCA) de la distribution des souris dans l’espace, en fonction des modifications des voies métaboliques bactériennes obtenues par PICRUSt. (B) Représentations similaires des données PICRUSt pour le groupe Conv + OM(ob).

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Figure 52 (C): Analyses prédictives des fonctions microbiennes significativement modifiées entre avant et après le transfert de microbiote chez le groupe Conv + OM(HFD) lors du protocole #2.

(C) Fonctions bactériennes significativement modulées chez le groupe Conv + OM(HFD) entre des conditions basale et Trans NC et représentation en analyse en composantes principales (PCA) de la distribution des souris dans l’espace en fonction des modifications des voies métaboliques bactériennes obtenues par PICRUSt.

En comparant les microbiotes des 3 groupes de souris transplantées entre eux nous avons constaté des différences taxonomiques significatives avant le transfert de microbiote (comme lors du premier protocole) (Fig. 53). Après le transfert, l’analyse en coordonnées principales des microbiotes intestinaux met en lumière une séparation des souris Conv + OM(HFD) des 2 autres groupes de souris en suivant l’axe de la première coordonnée principale (Axe Horizontal) (Fig. 54). Ces résultats suggèrent que les souris Conv + OM(HFD) ont un microbiote différent des 2 autres groupes Conv + PBS et Conv + OM(ob). Après 6 semaines de régime hyperlipidique, l’analyse en coordonnées principales suggère que le microbiote des 3 groupes de souris s’est homogénéisé (Fig. 55, A). Ces résultats ne sont pas surprenants au vue de l’effet majeur du régime sur la composition du microbiote intestinal. Néanmoins, malgré le régime, plusieurs groupes de bactéries restent significativement modifiés entre les 3 groupes de souris, ce qui suggère que le régime hyperlipidique n’a pas complètement nivelé les différences entre les différents microbiotes (Fig. 55, B).

140 Figure 53: Analyse des différences présentes avant le transfert de microbiote (condition basale) entre le microbiote des 3 groupes de souris Conv + PBS, Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD) lors du protocole #2. L’ensemble des résultats présentés sur la figure a été généré à partir des données obtenues par le pyroséquençage du microbiote fécal prélevé en condition basale (avant le transfert caecal). (A) Analyse en coordonnées principales (PCoA) du profil du microbiote intestinal des 3 groupes de souris (Conv + PBS, Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD)). (B) Représentation en Cladogramme générée à partir des données obtenues par pyroséquençage sur le logiciel LEfSe. Le rond jaune au centre du graphique représente le règne des bactéries. Ensuite ce graphique est constitué de 5 cercles excentriques successifs sur lesquels sont disposés des ronds. Chaque cercle représente un niveau de classification taxonomique (du centre vers l’extrémité : phylum, classe, ordre, famille et genre) et chaque rond représente soit un phylum, une classe, un ordre, une famille ou un genre différente en fonction du cercle sur lequel il se trouve. Par exemple, chaque rond disposé sur le cercle des phyla représente un phylum différent. Les ronds surlignés en rouge correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + OM(HFD) comparativement aux 2 autres groupes Conv + PBS et Conv + OM(ob). Les ronds surlignés en vert correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + OM(ob) comparativement au 2 autres groupes Conv + PBS et Conv + OM(HFD). Les ronds surlignés en bleu correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + PBS comparativement aux 2 autres groupes Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD). (n=6 souris par groupe).

141 Figure 54: Analyse des différences présentes après le transfert de microbiote (condition Trans NC) entre le microbiote des 3 groupes de souris Conv + PBS, Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD) lors du protocole #2. L’ensemble des résultats présentés sur la figure a été généré à partir des données obtenues par le pyroséquençage du microbiote fécal prélevé 3 semaines après le transfert caecal (Trans NC). (A) Analyse en coordonnées principales (PCoA) du profil du microbiote intestinal des 3 groupes de souris (Conv + PBS, Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD)). (B) Représentation en Cladogramme générée à partir des données obtenues par pyroséquençage sur le logiciel LEfSe. Le rond jaune au centre du graphique représente le règne des bactéries. Ensuite ce graphique est constitué de 5 cercles excentriques successifs sur lesquels sont disposés des ronds. Chaque cercle représente un niveau de classification taxonomique (du centre vers l’extrémité : phylum, classe, ordre, famille et genre) et chaque rond représente soit un phylum, une classe, un ordre, une famille ou un genre différente en fonction du cercle sur lequel il se trouve. Par exemple, chaque rond disposé sur le cercle des phyla représente un phylum différent. Les ronds surlignés en rouge correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + OM(HFD) comparativement aux 2 autres groupes Conv + PBS et Conv + OM(ob). Les ronds surlignés en vert correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + OM(ob) comparativement au 2 autres groupes Conv + PBS et Conv + OM(HFD). Les ronds surlignés en bleu correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + PBS comparativement aux 2 autres groupes Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD). (n=6 souris par groupe).

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Figure 55: Analyse des différences présentes après le régime hyperlipidique (condition Trans 72%HFD) entre le microbiote des 3 groupes de souris Conv + PBS, Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD) lors du protocole #2.

L’ensemble des résultats présentés sur la figure a été généré à partir des données obtenues par le pyroséquençage du microbiote fécal prélevé après 6 semaines de régime hyperlipidique (condition Trans 72%HFD). (A) Analyse en coordonnées principales (PCoA) du profil du microbiote intestinal des 3 groupes de souris (Conv + PBS, Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD)). (B) Représentation en Cladogramme générée à partir des données obtenues par pyroséquençage sur le logiciel LEfSe. Le rond jaune au centre du graphique représente le règne des bactéries. Ensuite ce graphique est constitué de 5 cercles excentriques successifs sur lesquels sont disposés des ronds. Chaque cercle représente un niveau de classification taxonomique (du centre vers l’extrémité : phylum, classe, ordre, famille et genre) et chaque rond représente soit un phylum, une classe, un ordre, une famille ou un genre différente en fonction du cercle sur lequel il se trouve. Par exemple, chaque rond disposé sur le cercle des phyla représente un phylum différent. Les ronds surlignés en rouge correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + OM(HFD) comparativement aux 2 autres groupes Conv + PBS et Conv + OM(ob). Les ronds surlignés en vert correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + OM(ob) comparativement au 2 autres groupes Conv + PBS et Conv + OM(HFD). Les ronds surlignés en bleu correspondent à des groupes bactériens dont la proportion relative est significativement augmentée dans le groupe Conv + PBS comparativement aux 2 autres groupes Conv + OM(ob) et Conv + OM(HFD). (n=6 souris par groupe).

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Les différences taxonomiques observées entre les groupes de souris avant le transfert caecal (Fig. 53) ne sont pas associées à des différences majeures de fonctions. En effet, l’analyse en composantes principales des voies métaboliques bactériennes générées par l’analyse PICRUSt ne permet pas de distinguer plusieurs groupes de souris (Fig. 56, A). Seule une souris du groupe Conv + PBS et une souris de groupe Conv + OM(HFD) se distingue des autres souris (Fig. 56, A). Malgré cette absence de variation générale, certaines voies métaboliques sont significativement modifiées entre les différents groupes (Fig. 56, B et C). Cependant, après le transfert de microbiote, 2 groupes de souris se distinguent lors de l’analyse en composantes principales (Fig.

56, D). En effet, les 6 souris ayant reçu le microbiote OM(HFD) se séparent nettement des 12

autres souris Conv + PBS et Conv + OM(ob). De plus, en analysant séparément chaque fonction bactérienne, seules les souris Conv + OM(HFD) possèdent des fonctions bactériennes significativement différentes des 2 autres groupes de souris. Parmi ces voies modifiées, on constate une augmentation significative du métabolisme du glyoxylate et du cycle de Krebs dans le microbiote des souris Conv + OM(HFD) comparativement aux souris Conv + PBS (Fig. 56, E).

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