Quantité et qualité de la matière organique dissoute

La matière organique dissoute a été analysée après passage sur une série de deux colonnes contenant des résines XAD8 et XAD4. De l’eau préalablement filtrée sur GF/F a été acidifiée (pH 2), puis passée dans ces colonnes : la résine XAD8 permet de retenir la partie hydrophobe de la MOD (HPO), la résine XAD4 la partie transphillique (TPI). La MOD transphillique et hydrophile (HPI) a été récupérée à la sortie de la colonne XAD8 et la HPI seule à la sortie de la colonne XAD4. Les concentrations en azote et en carbone organique dissous (COD) ont été mesurées par un auto-analyseur Shimadzu TOC-VCSH sur l’eau préfiltrée et à la sortie de chaque colonne. Par différence, il est possible d’obtenir les concentrations en COD des trois fractions de la MOD (HPI, TPI, HPO).

0, 7 µm 3 µm 20µm 200µm

88 2.5. Estimations de la diversité, des abondances et biomasses des compartiments planctoniques

Pour chaque campagne et station, les abondances des bactéries hétérotrophes et celles du picophytoplancton ont été estimées par cytométrie de flux (conservation par ajout de formol filtré 0,2 µm à de 4% en concentration finale dans l’échantillon, cryogénisation des tubes à l’azote liquide puis conservation à -80°C) (Troussellier et al. 1993). Le phytoplancton et les ciliés ont été déterminés au niveau taxonomique le plus bas possible (genre ou/et espèce), comptés selon la méthode Utermöhl (conservation dans du lugol alkalin à 4°C) (Utermöhl 1958) et mesurés (longueur/largeur). La mesure des cellules phytoplanctoniques et des ciliés a permis de convertir chaque cellule en biovolume selon sa forme spécifique (Hillebrand et al. 1999), puis en biomasse de carbone (Menden-Deuer & Lessard 2000). L’abondance des nanoflagellés hétérotrophes a été estimée grâce à un microscope à épifluorescence selon la méthode de Bloem et al. (1986) (conservation dans du paraformaldéhyde, 2 % concentration finale à 4°C).

Classiquement, le mésozooplancton est échantillonné à l’aide de filet à plancton de maille de 200 µm dans la plupart des écosystèmes (estuaires, rivière ou lacs), filet équipé d’un volucompteur permettant de connaitre le volume filtré. Etant donnée la configuration des canaux des marais de Charente-Maritime, il est impossible, dans certains cas, d’utiliser ce filet. Une pompe à plancton telle que décrite par Nayar (2002) a donc été préférée a ce type de filet. Une comparaison entre prélèvement au filet et à la pompe a permis de conclure à une bonne approximation des abondances du mésozooplancton pour cette dernière méthode. Dans la pompe, l’eau passe successivement sur un tamis de vide de maille de 200 µm pour récupérer le mésozooplancton, puis sur un tamis de 60 µm pour le microzooplancton métazoaire. Environ 200 litres d’eau sont filtrés sur le tamis de 200 µm afin d’estimer l’abondance du mésozooplancton et 20 litres sur le tamis de 60 µm pour l’abondance du microzooplancton. Les espèces méso- et microzooplanctoniques ont été identifiées jusqu’au plus petit niveau taxonomique possible (gente et/ou espèce). Dans cette étude, les larves d’insecte n’ont pas été prises en compte puisque sur certaines stations, seule la pompe à plancton a été utilisée. Or, cette méthode d’échantillonnage semblerait sous-estimer leurs abondances.

89 2.6. Facteurs environnementaux

Un facteur environnemental est défini ici comme tout paramètre naturel ou anthropique pouvant influer sur le compartiment « eau » (Tortajada et al. 2011). Ces facteurs ont été classifiés en quatre catégories : 1) le fonctionnement hydraulique du marais, 2) les activités humaines, 3) la composition du substrat pédologique 4) le climat (Tableau 3.2). Chaque facteur a été quantifié en utilisant un logiciel (ArcGis®) de SIG (Système d’information géographique) sur au moins une des trois échelles spatiales : (i) la zone d’influence proche (ZIP) représentant une petite surface autour de la station d’échantillonnage, (ii) la surface du marais (M), et (iii) son bassin versant associé (BV). La Zip est définie comme un corridor de 2 km de long sur 1 km de large (500 m autour de chaque berge) sur tous les canaux dont le flux hivernal arrive à la station.

90 Tableau 3.2 : Liste des facteurs environnementaux pris en compte pour chaque échelle. Oui: données disponibles, non: données indisponibles. Sources des données: (1) Union des Marais de Charente Maritime, (2) Syndicat des eaux de Charente Maritime, (3) Institut Géographique National, (4) Direction Départementale de l’Agriculture et des forêts, (5) Observation pendant l’échantillonnage, (6) Agence de l’Eau Loire-Bretagne and Agence de l’Eau Adour-Garonne, (7) Bureau de recherche géologiques et minières, (8) Météo France, (9) IFREMER. ZIP: Zone d’Influence Proche; M: Marais; Bv: Bassin Versant.

Echelle

Facteurs Métriques

Station ^{ZIP M BV}

Fonctionnement hydraulique

surface du BV (ha) ⁽¹⁾ non non non oui

Rapport entre la surface du M et la surface du BV ⁽¹⁾ non non non oui Densité de canaux (m.ha^-1) ⁽¹⁾ non non oui non Pourcentage de canaux primaires ⁽¹⁾ non oui oui non Structure du

réseau hydrographique

Vitesse du courant (m.s^-1) oui non non non

Réalimentation par les nappes phréatiques ⁽²⁾

(1: Forte, 2: Moyenne, 3: Faible, 4: Aucune) ^{non non oui non} Réalimentation par la Charente ⁽¹⁾(0: Aucune, 1: Moyenne, 2: Forte) non non oui non [NO3] dans les nappes phréatiques⁽²⁾ non non oui non Renouvellement

de l’eau

Portes ouvertes ou fermées (évolution temporelle) oui non non non Activités humaines

Pourcentage de bâti ⁽³⁾ non oui oui oui

Pourcentage de bois ⁽³⁾ non oui oui oui

Pourcentage de cultures ⁽⁴⁾ non oui oui oui

Pourcentage de prairies ⁽⁴⁾ non oui oui oui

Pourcentage aquaculture ⁽⁹⁾ non oui oui oui

Pourcentage conchyliculture ⁽⁹⁾ non oui oui oui

Pourcentage saliculture ⁽⁹⁾ non oui oui oui

Pourcentage marais abandonnés ⁽⁹⁾ non oui oui oui Pourcentage marais à poissons ⁽⁹⁾ non oui oui oui Occupation du sol

Pourcentage de prairies ⁽⁴⁾ non oui oui oui

Station

d’épuration ^{Nombre de stations d’épuration par ha}

(6) non oui oui oui

Substrat pédologique

Pourcentage d’argile ⁽⁷⁾ non oui oui oui

Pourcentage de calcaire ⁽⁷⁾ non oui oui oui

Pourcentage de limon ⁽⁷⁾ non oui oui oui

Nature du substrat pédologique

Pourcentage de tourbe ⁽⁷⁾ non oui oui oui

Climat

Précipitation du jour avant l’échantillonnage (mm) ⁽⁸⁾ oui non non non Précipitation

Précipitation des sept jours avant l’échantillonnage (mm) ⁽⁸⁾ oui non non non

Force du vent (m.s^-1)⁽⁸⁾ oui non non non

Vent

Direction du vent ⁽⁸⁾ oui non non non

91 Partie 1 : Origine de la matière organique dans les marais de Charente-Maritime