L’ensemble des oligonucléotides utilisés au cours de ma thèse sont répertoriés et classés dans les tableaux suivants.
Clonage et mutations de NOP2
5353 AACCAAGAGCAGACATATTG Séquençage de NOP2 : Nucléotides 524 à
542 de l'ORF NOP2
5354 TCACACTAGGATGAAACTT Séquençage reverse de NOP2 :
Nucléotides 1576 à 1557 de l'ORF NOP2
5446 TTCATCAAGTTTCTTAGAA Séquençage reverse de NOP2 :
Nucléotides 465 à 447 de l'ORF NOP2
5447 ATCGCTAAACCAGTATCGACTAA Séquençage reverse de NOP2 :
Nucléotides 1523 à 1501 de l'ORF NOP2
5508 GGGGATGAAGTTTCTGATAGAAAGAAAAAGAAGTCGAAGCC Mutagénèse dirigée correction du clone 2 de Nop2 G146A
5548 GGCTTCGACTTCTTTTTCTTTCTATCAGAAACTTCATCCCC Mutagénèse dirigée correction du clone 2 de Nop2 G146A
5510 CGCCCACCCAATTTTTTCAGATGACGACGATGAGGC Mutagénèse dirigée correction du clone 2 de Nop2 C388T
5549 GCCTCATCGTCGTCATCTGAAAAAATTGGGTGGGCG Mutagénèse dirigée correction du clone 2 de Nop2 C388T
5442 GAATTTTACTGGATGCCCCAGCTAGCGGTACTGGTGTTATCGG Mutagénèse dirigée Cys 424 Ala de Nop2 5443 CCGATAACACCAGTACCGCTAGCTGGGGCATCCAGTAAAATTC Mutagénèse dirigée Cys 424 Ala de Nop2
85
5444 GTGTAATAGTATATTCGACAGCCTCTGTGGCAGTGGAAGAGG
ACG Mutagénèse dirigée Cys 478 Ala de Nop2
5445 CGTCCTCTTCCACTGCCACAGAGGCTGTCGAATATACTATTAC
AC Mutagénèse dirigée Cys 478 Ala de Nop2
6285 CGCTTAATTCTAAAAGATCGGTCCATCTTCG Tronquer Nop2p en Cter : K545STOP Q547STOP
6286 GATCTTTTAGAATTAAGCGACAAAGAACCC Tronquer Nop2p en Cter : K545STOP Q547STOP
6287 TGCCGCTTGTAAAATATAGTGACC Délétion du domaine catalytique (DC) de
Nop2p (333->546)
6288 CAAAAGATCGGTCCATCTTCGT Délétion du domaine catalytique de
Nop2p (333->546)
6289 TTTTATAAGCGGCATGATCTTTTCTACCAGTTATTGCTC Tronquer Nop2p de son DC et Cter : Q330STOP S333STOP
6290 GAAAAGATCATGCCGCTTATAAAATATAGTGACCTGC Tronquer Nop2p de son DC et Cter : Q330STOP S333STOP
6291 GGTGCATAAGGCTGATCGAGAGGAGAATACG Production du Nter de Nop2p : E220STOP R222STOP
6292 CGATCAGCCTTATGCACCAAGAGTCTTAAAATTTTCC Production du Nter de Nop2p : E220STOP R222STOP
6961
ATGATTGAAATTGTAAAGGTTTTGG
Délétion du Nter de Nop2p : codon start + nucléotides 612-634 de NOP2
6962 ATGGCAGGTCACTATATTTTACAA Délétion du GdNter de Nop2p : codon
start + nucléotides 970-990 de NOP2
7354 ATAAAGTCGACATGGGTAGTAGACGTCATAAGAA Clonage Nop2 dans le pPS808 : ATAAA+Site SalI+ début de l’ORF NOP2
7426 GAGGAAGAAGTTGTTGAAGAGGAT Délétion du NolS de Nop2 : séquence
187-210 de NOP2 suivant le NolS
7427 ATCAGAAACTTCATCCCCTTGCGT Délétion du NolS de Nop2 : séquence
141-118 de NOP2 en amont du NolS
7786 ATAAGGATCCATGGCCAAAGCCGCTGCTGCC
Clonage du NLS de S25 en amont de Nop2-Nter : BamHI + Début du NLS de la protéine S25 (AKAAAA)
7787 CCAAAACCTTTACAATTTCAATCATTCTGTCTTTCATGGACTTTT
TGG
Clonage du NLS de S25 en amont de Nop2-Nter : oligo 3' clonage NLS de s25 à Nop2-Nter
Clonage et mutations de p120
5497 TCTAGAATGGGGCGCAAGTTGGACCCT
Clonage de NOL1 (clone RZPD p120) : site XbaI + début ORF NOL1
5498 CAGCTGCTAAGATAGCAGCAGCTGGCTGTT
Clonage de NOL1 (clone RZPD p120) : fin ORF NOL1 + SalI
5542 GAGACCGAGGACGAGGAGG Sequençage interne p120 : nucléotides 601-619 de l'ORF NOL1
5543 GAACATGAGCGGATCCTGG Sequençage interne p120 : nucléotides
1201-1219 de l'ORF NOL1
6295 CCCTTAGTCCCTGACAGGAAATTCTGAAACAGC Tronquer p120 en Cter : Q593STOP Q595STOP
6296 CCTGTCTAGGACTAAGGGATAGAATTGGA Tronquer p120 en Cter : Q593STOP Q595STOP
6963
ATGCGGATCCAGGATATTGTGGGA
Délétion du Nter de p120 : codon start + nucléotides 724-744
6293 TCCAGCATGTTGCCCGTC Création Hybride Nop2/p120 : nucléotides
86
6294 GACGGGCAACATGCTGGATGCCGCTTGTAAAATATAG
Création Hybride Nop2/p120 : nucléotides reverse cpt 1114-1131 de l'ORF NOL1+ reverse cpt NOP2 nucléotides 996-978
7783 ATAATCTAGAATGGCCAAAGCCGCTGCTGCC Clonage du NLS de S25 en amont de p120 : XbaI + Début du NLS de la protéine S25 (AKAAAA)
7784 GTCCAACTTGCGCCCCATTCTGTCTTTCATGGACTTTTT
GG
Clonage du NLS de S25 en amont de p120 : oligo 3' clonage NLS de la protéine s25 à p120
7785 CAATATCCTGGATCCGCATTCTGTCTTTCATGGACTTTTT
GG
Clonage du NLS de S25 en amont de p120-Nter : oligo 3' clonage NLS de s25 à p120-Nter
Clonage d’Ynl022c
6981 ATAAAGCTAGCATGAATTTCTACAGGGATGC Clonage Ynl022c : ATAAA + site NheI + début ORF Ynl022c
6982 ATAAAAAGCTTTTAATCTCTTTCAAAACAGACAG
C
Clonage Ynl022c : fin de l'ORF Ynl022c + site HindIII + ATAAA
Sondes utilisées pour les Northern blot
2128 CCAGTTACGAAAATTCTTG Sonde ITS1 ARNr levure (2825-2844)
2130 TGTTACCTCTGGGCCC Sonde ITS1 ARNr levure (2765-2783)
2131 CTCCGCTTATTGATATGC Sonde 25S ARNr levure (3287-3305)
2132 CATGGCTTAATCTTTGAGAC Sonde 18S ARNr levure (732-752)
3428 CGGAATTCTGCAATTCACATTACG Sonde ARNr 5,8S levure (2922-2946)
3430 CGCCTAGACGCTCTCTTCTTA Sonde ITS2 ARNr levure (3210-3230)
4358 CACTCACTACCAAACAGAATG Sonde ITS2 ARNr levure (3029-3050)
4359 GGAACGGCCCCAAAGTTGCCC Sonde ARNr 25s levure (3406-3427)
4441 AAAGCTCTCATGCTCTTGCC Sonde ITS1 ARNr levure (2539-2559)
6494 GGGAGTCGGGACGCTCGGACGCGCGAGAGAACAG Sonde ARNr humains 5'ETS (135-169)
6495 GTACCGGCCGTGCGTACTTAGACATGC Sonde ARNr humains 18S (3707-3734)
6496 CACGACACGCGCACACCAACGACACGCCCTT Sonde ARNr humains ITS1 (5762-5793)
6497 ACCCTCTCTCCCCGCCGGCACCCTTCCCCTTCCGGAC Sonde ARNr humains ITS2 (7255-7292)
6498 CTCGCCGTTACTGAGGGAATCCTGGTTAG Sonde ARNr humains 28S (8000-8023)
7746 CCTTGGGGACCGGGTCGGTGGCGC SONDE 5’-ETS de pré-ARNr humain (2368-2391)
7747 GTCGTCGGGAGCGCCCTCGCCAAATCGACCT SONDE 3' ITS1 de pré-ARNr humain (6591-6618)
7748 CCGGGGGTGCCTCCGGGCTCCTCGGGGTGCG SONDE 5’ ITS2 de pré-ARNr humain (6794-6824)
7749 GCTAGCTGCGAGAATTAATGTGAATTGCAGGA SONDE 5,8S de pré-ARNr humain (6671-6702)
RT-PCR avant et après traitement au bisulfite de sodium
5355 TAATACAAATTCTATAAA Reverse transcription ARNt Phe
5410 CAGTGGGAATCTCGTTAA Oligonucléotide de transcription inverse du domaine IV de l'ARNr 25S de S.cerevisiae
5411 CAATAAAAATCTCATTAA
Oligonucléotide de transcription inverse du domaine IV de l'ARNr 25S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
87
5412 TCCTTATTGTGTCTGGA Oligonucléotide de transcription inverse d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae
5413 TCCTTATTATATCTAAA
Oligonucléotide de transcription inverse d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
5414 TCACTAAGCCATTCAATC Oligonucléotide de transcription inverse d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae
5415 TCACTAAACCATTCAATC
Oligonucléotide de transcription inverse d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
5416 AATTCTGCTTCGGTATGAT Oligonucléotide de transcription inverse de domaine V de l'ARNr 25S de S.cerevisiae
5417 AATTCTACTTCAATATAAT
Oligonucléotide de transcription inverse du domaine V de l'ARNr 25S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
5537 GAAAGTGATGTTGACGCAATGTGA Oligonucléotide de PCR amplifiant le domaine IV de l'ARNr 25S de S.cerevisiae
5538 GTTACCACAGGGATAAC Oligonucléotide de PCR amplifiant le domaine V de l'ARNr 25S de S.cerevisiae
5539 TTGACGGAAGGGCACC Oligonucléotide de PCR amplifiant une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae
5540 CCCTGCCCTTTGTACC Oligonucléotide de PCR amplifiant une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae
5541 TAATGATCCTTCCGCAGGTTC Oligonucléotide de transcription inverse d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae
5577 CCCTGCCCTTTGTACACACC Oligonucléotide de PCR amplifiant une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae
5637 GAAGTGATGTTGATGTAATGTGA Oligonucléotide de PCR amplifiant le domaine IV de l'ARNr 25S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
5638 ATAGTGATATTGTTTTTTG Oligonucléotide de PCR amplifiant le domaine V de l'ARNr 25S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
5639 TTGATGGAAGGGTAT Oligonucléotide de PCR amplifiant d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
5640 GTTTGTGTTGATTATGTTT Oligonucléotide de PCR amplifiantd'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
6024 ACCCAACTCACATTCCCTATTAATAAATA Oligonucléotide de transcription inverse de l'ARNr 25S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
6025 ACCCAGCTCACGTTCCCTATTAGTGGGTG Oligonucléotide de PCR amplifiant l'ARNr 25S de S.cerevisiae
7122 CACCACCACCCACAAAATCAA
Oligonucléotide de transcription inverse d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
7123 TTAAAGGAATTGATGGAAGGG Oligonucléotide de PCR amplifiantd'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
7124 ATCTAAACCCAACTCACA
Oligonucléotide de transcription inverse d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
88
7125 AATTTGAGGCTAGAGGTG Oligonucléotide de PCR amplifiant le domaine V de l'ARNr 25S de S.cerevisiae converti par le bisulfite de sodium
7999 CCTTGCCAGCCCGCTCAGNNNN
CACCACCACCCACAAAATCAA
RT1 Bisulfite collaboration M.Schaefer ARNr 18S+ barcode + adaptateur titanium 454
8000 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGCCAA
TTAAAGGAATTGATGGAAGGG
PCR1 Bisulfite collaboration M.Schaefer ARNr 18S+ barcode + adaptateur titanium 454
8001 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGTTAA
TTAAAGGAATTGATGGAAGGG
PCR1i Bisulfite collaboration M.SchaeferARNr 18S+ barcode + adaptateur titanium 454
8002 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGGGAA
TTAAAGGAATTGATGGAAGGG
PCR1ii Bisulfite collaboration M.SchaeferARNr 18S+ barcode + adaptateur titanium 454
8003 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGCAAC
TTAAAGGAATTGATGGAAGGG
PCR1iii Bisulfite collaboration M.SchaeferARNr 18S+ barcode + adaptateur titanium 454
8004 CCTTGCCAGCCCGCTCAGNNNNAATTCTA
C TTCAATATAAT
RT2 Bisulfite collaboration M.Schaefer dom V ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8005 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGCCAA
ATAGTGATATTGTTTTTTG
PCR2 Bisulfite collaboration M.Schaefer dom V ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8006 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGTTAA
ATAGTGATATTGTTTTTTG
PCR2i Bisulfite collaboration M.Schaefer dom V ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8007 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGGGAA
ATAGTGATATTGTTTTTTG
PCR2ii Bisulfite collaboration M.Schaefer dom V ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8008 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGCAAC
ATAGTGATATTGTTTTTTG
PCR2iii Bisulfite collaboration M.Schaefer dom V ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8009 CCTTGCCAGCCCGCTCAGNNNNCAATAAA
A ATCTCATTAA
RT3 Bisulfite collaboration M.Schaefer dom IV ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8010 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGCGCG
GTGTGAGTAAATGGTGGGAG
PCR3 Bisulfite collaboration M.Schaefer dom IV ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8011 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGCACA
GTGTGAGTAAATGGTGGGAG
PCR3i Bisulfite collaboration M.Schaefer dom IV ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8012 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGCTCT
GTGTGAGTAAATGGTGGGAG
PCR3ii Bisulfite collaboration M.Schaefer dom IV ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
8013 CGTATCGCCTCCCTCGCGCCATCAGATAT
GTGTGAGTAAATGGTGGGAG
PCR3iii Bisulfite collaboration M.Schaefer dom IV ARNr 25S + barcode + adaptateur titanium 454
PCR pour transcription
6297 TAATACGACTCACTATAGGGAGGTAGCCAAAT
GCCTCCCA
Matrice PCR pour la transcription du domaine IV de l'ARNr 25S de S.cerevisiae
6298 TGGGAGGCATTTGGCTACCTCCCTATAGTGAG
TCGTATTA
Matrice PCR pour la transcription du domaine IV de l'ARNr 25S de S.cerevisiae
6809 AGCTTTAATACGACTCACTATAGGGAGGCTTA
ATTTGACUCAACACGGGGAAACTCACCT
Transcription d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae : Site HindIII + promoteur T7 + séquence d’ARNr de S.cerevisiae +XbaI
6810 CTAGAGGTGAGTTTCCCCGTGTTGAGTCAAATT
AAGCCTCCCTATAGTGAGTCGTATTAA
Transcription d'une région de l'ARNr 18S de S.cerevisiae : Site XbaI + promoteur T7 + séquence complémentaire d’ARNr de S.cerevisiae +HindIII
7607 TAATACGACTCACTATAGGGGCTATTCCAAACG
GTGAGAGA
Amplification ADNr contenant ITS1 5,8S ITS2 à utiliser avec 4358 ou 3430 : promoteur T7 + séquence d’ARNr ITS1 S.cerevisiae
89
Séquençage du plasmide pPS808 (pGFP)
7924 GAGAGATCACATGATCCTTC Séquence 641-661 de la GFP
7981 CCAATTGGCGATGGCCC Séquence 558-575 de la GFP