Etude de la prévalence

- Données d’occurrence

Le nombre total d’analyses de l’environnement et des produits entre 1995 et 2002 sont fournis par le Tableau 7 et le Tableau 8. De manière générale, le nombre total d’analyses varie en fonction du nombre d’analyses positives. En effet, la détection d’une contamination par Listeria dans le produit ou l’environnement entraîne immédiatement une augmentation du nombre d’analyses. Ainsi, ce nombre dépend directement des épisodes de contamination. Il dépend aussi de la taille du site, en termes de volume de production et de superficie. Ce nombre diffère donc significativement d’un site à l’autre. Enfin, ces données globales suggèrent un taux de prévalence observée faible pour Listeria dans l’environnement et dans le produit.

Tableau 7 Nombre d’analyses dans l’environnement entre 1995 et 2002

Nombre annuel d’analyses ^{Nombre annuel d’analyses}

non-conformes pour L. spp.

Nombre annuel d’analyses non-conformes pour L. monocytogenes Année

Site 1 Site 2 Site 3 Site 1 Site 2 Site 3 Site 1 Site 2 Site 3

1995 418 64 5 0 3 0 1996 1137 946 783 2 8 0 2 2 0 1997 1015 1159 1061 0 9 10 0 0 6 1998 1837 1109 1183 42 9 37 25 0 35 1999 7406 1204 1425 313 39 36 129 1 31 2000 7281 8391 3066 12 614 22 4 355 15 2001 5669 5706 2630 6 47 12 1 0 7 2002 5660 7998 1771 23 80 6 1 0 2 Total 29905 26931 11983 398 811 123 163 361 96

La correspondance, en termes de contamination, entre l’environnement et les produits n’est pas systématique et seuls les produits 1-1 et 2-1 sont contaminés par L. monocytogenes (à des très faibles taux de prévalence observée) lorsque l’environnement est contaminé.

Tableau 8 Nombre d’analyses sur produits entre 1995 et 2002

Nombre annuel d’analyses Nombre annuel d’analyses

non-conformes pour L. spp.

Nombre annuel d’analyses non-conformes pour L. monocytogenes Année

Produit 1-1 Produit 2-1 Produit 3-1 Produit 1-1 Produit 2-1 Produit 3-1 Produit 1-1 Produit 2-1 Produit 3-1

1995 115 1358 422 0 1 0 0 1 0 1996 1394 3076 771 0 14 0 0 0 0 1997 1114 3020 792 0 37 1 0 0 0 1998 1082 3081 881 10 87 1 7 0 0 1999 1580 2922 758 17 18 0 15 0 0 2000 2683 2896 702 0 19 0 0 0 0 2001 2544 2701 504 0 5 0 0 0 0 2002 2252 2810 496 0 2 0 0 0 0 Total 12764 21864 5326 27 183 2 22 1 0

- Représentations graphiques

Les graphiques suivants représentent l’évolution de la prévalence de contamination observée dans les produits et dans l’environnement au cours du temps. Nous parlons de prévalence observée et non réelle du fait de l’échantillonnage et des caractéristiques des méthodes d’analyse.

Nous avons sélectionné trois graphiques représentatifs des différents types de dynamique de contamination observés parmi les sites étudiés. Sur l’axe des ordonnées est représenté le pourcentage mensuel d’analyses non conformes et le nombre mensuel d’analyses, de 1995 à 2002, pour L. spp., L. monocytogenes, par site, produit et zone de prélèvement. Deux types de dynamiques se distinguent a priori.

Le premier type est celui d’un environnement maîtrisé, c’est-à-dire que les analyses sont conformes pour

Listeria, et soudainement, non conformes. L’origine de la contamination de l’environnement peut être due à

l’introduction de Listeria dans l’environnement de l’usine couplé à une défaillance des mesures d’hygiène ou à l’activation d’un réservoir de Listeria déjà présent dans l’environnement de l’usine, à cause de travaux dans l’usine, une production anormalement élevée impliquant des mesures d’hygiène moins rigoureuses ou encore une période d’embauche d’intérimaires. Ce type de contamination de l’environnement est illustré par l’historique des sites 1 et 3. La contamination de l’environnement du site 1 se répercute sur celle du produit à des périodes similaires (Figure 1), mais pas celle du site 3 (Figure 2). La fin des épisodes de contamination de l’environnement et des produits n’est pas connue puisque, dans le cas du site 1, l’usine a arrêté la production pour subir une désinfection approfondie, et dans le cas du site 3, les données n’étaient pas disponibles pour les années suivant l’année 2002.

Ce scénario est celui d’une contamination accidentelle de l’environnement par Listeria dont l’origine est inconnue et résultant en une contamination prolongée de l’environnement, avec ou sans répercussions sur le produit.

.

Figure 2 Evolution du pourcentage d’analyses non conformes au cours du temps - Site 3 et Produit 3-1

Le deuxième cas est celui d’une contamination de l’environnement régulière dans le temps avec des périodes plus fortement contaminées. L’impact sur la contamination du produit n’est pas systématique. Ce type de contamination est illustré par l’historique des sites 2 et 3. La contamination de l’environnement du site 2 coïncide avec la contamination du produit 2-1 pour L. spp. (Figure 3), contrairement à la contamination de l’environnement du site 3 qui n’a pas d’impact sur la contamination du produit 3-1 (Figure 4).

Ce scénario est celui d’une contamination de l’environnement sous forme de « bruit de fond ».

Figure 4 Evolution du pourcentage d’analyses non conformes au cours du temps - Site 3 et Produit 3-1

De manière générale, chaque site présente des comportements différents en termes de dynamique de contamination dans l’environnement et d’impact sur la contamination des produits. Une contamination peut survenir de manière soudaine et s’éteindre ou être continue dans le temps. Ceci exclut l’étude d’une tendance temporelle du pourcentage d’analyses positives de l’environnement des usines et dans les produits. Au contraire, il est important de considérer l’augmentation du nombre d’analyses de l’environnement et des produits à l’instant t, en fonction du résultat des analyses à l’instant t-1. En effet ces analyses sont effectuées dans un objectif d’évaluation de l’efficacité des mesures de maîtrise et d’investigation des sources potentielles de contamination des produits. Ainsi, lorsqu’une analyse n’est pas conforme, l’augmentation du pourcentage d’analyses non conformes peut être la conséquence de recherches plus nombreuses dans les zones ou L.

monocytogenes est détectée (ciblage du lieu de prélèvement), afin de s’assurer de l’éradication de la source

identifiée, mais aussi par la dispersion et l’augmentation du nombre de cellules dans l’environnement. Cependant, cette distinction n’est pas quantifiable.

- Tests d’association

Nous avons testé l’association entre la présence de Listeria dans l’environnement (toutes zones confondues) et la présence de Listeria dans le produit (à DLUO et/ou à l’emballage), entre la présence de L. spp. et L.

monocytogenes, dans l’environnement (env) et dans les produits (prod), et entre la présence de Listeria et celle

de coliformes dans les produits.

On considère, pour un site, un mois, et une bactérie donnés, une variable dichotomique, égale à 1 si au moins une analyse dans l’environnement de ce site s’est avérée non conforme au cours du mois, 0 sinon. De la même manière, on considère, une variable dichotomique, égale à 1 si au moins une analyse d’un produit de ce site s’est avérée non conforme au cours du mois, 0 sinon. Considérons le couple de valeurs constitué des valeurs de ces deux variables, dans l’ordre où elles sont décrites. Le Tableau 9 comptabilise, lorsque c’est possible, le nombre de mois pour lesquels les situations suivantes sont retrouvées : (0,0), (0,1), (1,0), (1,1). A titre d’exemple, pour

191 mois différents, L. monocytogenes n’a pas été détectée dans l’environnement, ni dans un produit. Cette étude des corrélations suppose que les plans de contrôle permettent la détection d’une contamination.

Tableau 9 Fréquence de contamination de l’environnement (« Env. ») et des produits (« Prod. ») pour L. spp., L.

monocytogenes et les coliformes.

L. monocytogenes L. spp. Coliformes Env. Prod. Env. Prod. Prod. 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 x x 191 0 108 73 x x x x E n v . 1 x x 65 10 0 75 x x x x 0 x x x x 205 51 254 10 L . m o n o c y to g e n e s P ro d . 1 x x x x 0 10 2 0 0 x x 103 15 x x E n v . 1 x x 102 46 x x 0 x x 203 61 L . sp p . P ro d . 1 x x 2 0

Le test exact de Fisher appliqué à l’ensemble des données des sites étudiés simultanément rejette l’hypothèse d’indépendance entre la présence de L. spp. dans l’environnement et celle dans le produit (p<0,001), d’une part, et entre la présence de L. monocytogenes dans l’environnement et celle dans le produit, d’autre part

(p<0,001).

Ce même test appliqué à l’ensemble des produits simultanément ne rejette pas l’hypothèse d’indépendance entre la présence de coliformes et la présence L. monocytogenes dans les produits (p=0,92), et entre la présence de coliformes et celle de L. spp. (p=0,59).

Enfin, ce test appliqué à l’ensemble des données des sites étudiés simultanément rejette l’hypothèse d’indépendance entre la présence de L. spp. et la présence de L. monocytogenes, dans l’environnement et dans

les produit, respectivement (p<0,001).