Les données de terrain

La base de données récoltées sur le terrain dans le cadre de ce travail concerne les données GPS, les informations relatives aux enquêtes de terrain sur les pratiques agricoles dans les parcelles cacaoyères échantillonnées, la description des motifs de paysage, les données photographiques des symptômes (feuilles, tiges, rameaux, cabosses) de la maladie. Ces données ont été récoltées au Togo au cours de deux missions successives de trois mois en 2008 et en 2009.

3.1.1. Parcelles cacaoyères et reconnaissance des foyers d’infection

Pour les parcelles cacaoyères, plusieurs parcelles dans le Kloto et le Litimé ont fait l‟objet d‟abord d‟inspections et ensuite d‟échantillonnages. Ces parcelles ont été choisies en fonctions de certains indicateurs :

Le premier indicateur qui nous a orienté dans le choix de la cacaoyère est la présence des clairières dans lesquelles on rencontre très souvent des cacaoyers morts (Figure 64g). Ces clairières constituent pour la plupart des foyers d‟infection de la maladie de Swollen shoot. Dans la suite de l‟inspection de la parcelle, les foyers d‟infection détectés sont confirmés par l‟observation fine des symptômes sur les jeunes feuilles lorsqu‟elles sont disponibles sur les arbres ou dans le cas contraire sur les feuilles adultes. En dehors des symptômes sur les feuilles, il y a des symptômes sur les tiges et sur les rameaux qui sont caractérisés par des gonflements ou encore un rabougrissement de cabosse (Figure 64h). Ces indicateurs sont de vrais signaux d‟alerte pour la parcelle qui est infectée par le virus. La présence de cochenilles vectrices de la maladie (Figure 64d) et la rencontre régulière de certains arbres soupçonnés d‟être des réservoirs tels que les Ceiba pentandra (Bombacacée), peuvent aussi servir d‟indicateur pour détecter la présence de la maladie. Cependant, il faut faire très attention car une clairière dans une cacaoyère, n‟exprime pas forcement la présence du virus, seule la présence des symptômes confirment l‟existence d‟un foyer d‟infection.

Ces symptômes une fois observés, sont classés en trois principales catégories en fonction de leur architecture sur les nervures et le limbe des feuilles. Ainsi, le premier type de symptômes sur les feuilles est caractérisé par des colorations rouges intenses avec un gradient en forme de plume le long de la nervure principale et des nervures secondaires (Figure 64a).

Le deuxième type est identifié par des rougeurs intenses sur le limbe et entre les nervures secondaires de la feuille, mais sans gradient particulier (Figure 64b).

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Figure 64 : Planche de photos des différents symptômes de la maladie de Swollen Shoot, les conséquences physiologiques dans la parcelle et les vecteurs transmetteurs du virus. (a) : Symptomes sur les feuilles de type 1. (b) : Symptômes sur feuilles de type 2. (c) : les cochenilles vectrices (Formicococcus njalensis) de la maladie en association avec des fourmis (grenre crematogaster). (h) : Symptomes sur les cabosses (rabougrissement).

18 m

Foyer d’infection CSSV Nombre d’arbres malades et morts

Extension du foyer Nombre d’arbres malades et morts Coin 1 gps Coin 2 gps Coin 3 gps Coin 4 gps

Zone de prélèvement de jeunes feuilles avec symptômes Marquage au point gps Centre de foyer

Limite de la parcelle 18 m

Foyer d’infection CSSV Nombre d’arbres malades et morts

Extension du foyer Nombre d’arbres malades et morts Coin 1 gps Coin 2 gps Coin 3 gps Coin 4 gps

Zone de prélèvement de jeunes feuilles avec symptômes Marquage au point gps Centre de foyer

Limite de la parcelle 18 m

Foyer d’infection CSSV Nombre d’arbres malades et morts

Extension du foyer Nombre d’arbres malades et morts Coin 1 gps Coin 2 gps Coin 3 gps Coin 4 gps

Zone de prélèvement de jeunes feuilles avec symptômes Marquage au point gps Centre de foyer

18 m

Foyer d’infection CSSV Nombre d’arbres malades et morts

Extension du foyer Nombre d’arbres malades et morts Coin 1 gps Coin 2 gps Coin 3 gps Coin 4 gps

Zone de prélèvement de jeunes feuilles avec symptômes Marquage au point gps 18 m

Foyer d’infection CSSV Nombre d’arbres malades et morts

Extension du foyer Nombre d’arbres malades et morts Coin 1 gps Coin 2 gps Coin 3 gps Coin 4 gps

Zone de prélèvement de jeunes feuilles avec symptômes Marquage au point gps Centre de foyer

Limite de la parcelle

Figure 65 : Schéma du dispositif de prélèvements des échantillons de jeunes feuilles virosées et de mesure de relevés des points GPS sur une parcelle infectée. En jaune le centre du foyer et en rouge les points de prélèvements des jeunes feuilles.

(a) (b) (c)

(d) (e) (f)

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Le troisième type de symptômes est caractérisé par des taches de décoloration translucide souvent circulaires sur le limbe de la feuille. Ces trois types de symptômes s‟observent quand les feuilles sont encore jeunes et fraiches, mais quand ces feuilles deviennent adultes, les rougeurs disparaissent et laissent les traces qui se manifestent par des décolorations (Figure 64c).

Après l‟inspection de la parcelle cacaoyères, nous relevons d‟abord les points GPS des quatre coins de la parcelle avec le GPS Leica 500 de manière à reconstituer les limites avec Système d‟Information Géographique. Ces points GPS sont relevés dans la parcelle en tenant compte du sens trigonométrique (Figure 65). Ensuite, nous délimitons en fonction de l‟état d‟avancement de la maladie sur la parcelle des foyers d‟infection dans lesquels trois à quatre échantillons de jeunes feuilles avec des symptômes visibles sont prélevées. Chaque échantillon de feuilles prélevé est marqué par sa position au GPS au pied de l‟arbre échantillonné. Les échantillons de feuilles sont ensuite enveloppés et identifiés comme suit : 1). La zone (Kloto/Litimé), 2). Le numéro de la parcelle échantillonnée et 3). Le numéro de foyer dans la parcelle. Les coordonnées du centre du foyer d‟infection sont aussi marquées au GPS. Ainsi, dans une extension de 18 mètres à partir du centre du foyer nous déterminons le nombre arbres vivant susceptible d‟être malades et les arbres absents susceptibles d‟être morts de la maladie (Figure 65). Les cordonnées des limites de quelques parcelles cacaoyères saines ont aussi été prise mais ces parcelles sont extérieures à l‟image satellite utilisée.

3.1.2. Motifs de paysage

Le motif de paysage représente une unité de paysage qui peut caractériser aussi bien des cacaoyers dans les parcelles que son environnement agroforestier. Ces motifs de paysage ont été relevés en 2009 au cours de la deuxième année d‟observation de terrain. Ils couvrent 100 m² (soient 10m x 10m) de superficie et caractérisent les couverts de cacaoyers (dénudés, ombragés, auto-ombragés), les couverts de forêts, les jachères, les milieux défrichés avec des cultures vivrières (maïs, taro, bananiers, gombo) et les zones d‟habitations (fermes, villages). Les points principaux de ces motifs ont été préalablement choisis en fonction de l‟image satellite et des parcelles cacaoyères. Ces point sont d‟abord codés et consignés dans un tableau pour constituer une fiche de terrain. Cette fiche de terrain comprend quatre paramètres essentiels : i). Le code du point de motif qui est caractérisé par la famille radiométrique de chaque point échantillon choisi sur l‟image et le numéro d‟ordre du point, ii). La description de la famille radiométrique sur l‟image, iii). Le descriptif du motif de paysage de ce point échantillon sur terrain et iiii). Les coordonnées GPS des limites du motif de paysage (Figure 66a). Ensuite, ils sont transférés dans le GPS de poche Garmin12 pour une utilisation sur le terrain. Sur le terrain, les coordonnées des points principaux des motifs les plus proches de la parcelle indicatrice sont actionnées dans le GPS avec la fonction „GOTO‟ permettant ainsi de donner la distance et la direction du point recherché. Le GPS affiche zéro de distance une fois que le point principal est retrouvé. En ce point indiqué, un piqué taillé en bois est planté constituant ainsi le centre du motif de paysage. C‟est à partir de ce point et à l‟aide d‟un décamètre que les limites du motif sont définies soient de 10 mètres sur 10 mètres de côtés. Les limites une fois définies, le centre du motif de paysage est marqué avec le GPS LEICA500, ainsi que les quatre coins dans le sens trigonométrique (Figure 66b). Après les relevés au GPS, le motif de paysage est décrit en fonction du paysage qu‟il représente. Le paysage environnant le motif est aussi décrit.

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Les motifs ont été décrits en fonction des activités humaines et ensuite en fonction des cultures rencontrées dans chaque motifs. Ainsi, nous avons des unités de paysages défrichés et des unités de paysages non défrichés. Dans les unités de paysages défrichés, on y rencontre les cacaoyères, les cultures vivrières, les cultures pérennes autres que les cacaoyers (palmiers), les jachères et les zones d‟habitation. Tandis que les unités de paysages non défrichés sont représentées par les forêts.

Code de famille radiométrique Description du point au laboratoire Description de paysage sur le terrain Coordonnées GPS F1-001 F1-002 F2-001 F3-001

Figure 66 : Dispositif de repérage et de mesure des principaux points des motifs de paysage. (a) : Organisation de la fiche de terrai. (b) : Dispositif des points GPS.

3.1.3. Carrefours et pistes cacaoyères

Les points GPS des pistes cacaoyères ont été aussi relevés ponctuellement pour les carrefours à l‟aide du GSP de marque LEICA500 et en continue avec le GPS de marque garmin 12. Ces différents points GPS ont permis de recaler l‟image satellite.

3.1.4. Données agro-écologiques

Les enquêtes de terrain ont portées uniquement sur les parcelles cacaoyères échantillonnées. Ces enquêtes ont été réalisées à partir des réponses recueillies auprès des différents propriétaires des parcelles (Annexe 2). Les questions d‟enquête ont fait l‟objet de fiches d‟enquêtes qui portent sur les renseignements suivants : 1) l‟âge de la parcelle cacaoyère, 2) le type de matériel végétal utilisé (hybride ou amelonado), 3) l‟environnement de la cacaoyère (c‟est à dire la végétation qui existait avant la mise en place de la cacaoyère), 4) la description de l‟état sanitaire de la parcelle (malade/ sain), 5) l‟importance de l‟infection (début d‟infection ou infection moyenne ou infection avancée), 6) le mode d‟entretien de la parcelle (parcelle entretenue: fréquence de désherbage, fréquence d‟utilisation des insecticides ou parcelle non entretenue) et aussi 7) le nom du propriétaire de la parcelle.

En plus de ces éléments, nous avons renseigné aussi, la nature du sol et le nombre de foyers d‟infection dans la parcelle infectée. Ces données ont été mises en forme et organisées sous forme de tableaux statistiques (Tableau 9a et Tableau 9b).

(b) (a)

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Tableau 9 : Exemples de facteurs agro-environnementaux recueillis au cours des enquêtes de terrain dans le Litimé. (a) : Les parcelles cacaoyères P1, P2, P3 d'Ahlokopé. (b) : Les parcelles cacaoyères P1, P2, P3 d'Adomi Abra.

Parcelle 1 Parcelle 2 Parcelle 3

Age (années) 31 70 31

État sanitaire malade malade malade

Nombre de foyers 2 2 2

Matériel végétal Amelonado+hybrides Amelonado+hybrides Amelonado+hybrides

Superficies (ha) 1 3 1

État d‟ombrage Avec ombrage Sans ombrage Avec ombrage

Entretien moyen moyen moyen

Traitement non non non

Dégâts d‟insectes Faible Moyen Faible

Parcelle 1 Parcelle 2 Parcelle 3

Age (années) 20 30 4

État sanitaire Malade avançée Malade avançée Malade début

Nombre de foyers 3 3 2

Matériel végétal Amelonado Hybrides Hybrides + Amelonado

Superficies (ha) 1 2 2

État d‟ombrage Sans ombrage Peu ombrage Sans ombrage

Entretien moyen moyen moyen

Traitement Non régulier Non régulier Non régulier

Dégâts d‟insectes Faible Moyen Faible

3.1.5. Les données photographiques

La base de données photographique est constituée d‟une part des photographies des symptômes de la maladie : sur les feuilles, des symptômes sur les tiges, sur les rameaux et aussi sur les cabosses et d‟autre part des photographies des différents motifs du paysage. Ces photographies ont été organisées en fonction de chaque site d‟échantillonnage.