Analyse de suivi temporel

L‟analyse de suivi temporel caractérise l‟évolution de la maladie en fonction du temps. Elle est déterminée par la prévalence, l‟incidence et la progression de la maladie.

6.1.1. La prévalence et l’incidence de la maladie

En épidémiologie végétal, le suivi et l‟estimation de la maladie sont utilisés pour mesurer l‟intensité de la maladie des plantes dans le temps. Ces mesures peuvent être quantitatives, qualitatives ou à la fois quantitatives et qualitatives. Dans le cas des mesures qualitatives, les plantes sont classées sur la base des observations des symptômes: „malade‟ ou „sain‟. Dans le cas des mesures quantitatives, les symptômes sont caractérisés en fonction de leur intensité. Ainsi, on définit l‟incidence de la maladie comme la proportion de plantes malades dans une population donnée. Cette incidence est aussi bien mesurée au niveau de la plante, qu‟au niveau des feuilles ou des fruits (Hughes et al., 1997 in Madden et al., 2007; Turechek and Madden, 2001 in Madden et al., 2007).

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Au niveau des feuilles, l‟incidence se rapporte à la proportion ou au nombre de feuilles malades d‟une plante ou à la surface de lésions sur les feuilles. Dans ce dernier cas, on parle de degré d‟infection. Dans le cas des surfaces de tissu affectées par la maladie, l‟incidence est assimilée à la sévérité de la maladie.

La prévalence et l‟incidence sont deux notions très proches qui sont différemment utilisées en épidémiologie. La prévalence est très souvent utilisée en épidémiologie animale tandis que l‟incidence est utilisée en épidémiologie végétal. Mais le terme de prévalence de la maladie est aussi utilisé en pathologie végétale pour désigner le nombre de parcelles avec des plantes malades (Nutter, 2002a in Madden et al., 2007).

6.1.2. La progression de la maladie

La progression ou le taux de progression d‟une maladie est la vitesse à laquelle elle se propage dans le temps. Ce taux de progression dépend de plusieurs paramètres liés au virus (dans le cas de maladies virales), au type de cultures, à l‟environnement, et au mode de transmission.

En effet, la dispersion de la plupart des virus dans les populations végétales pérennes est relativement lente (Thresh, 1974). Dans de rares cas, des hôtes alternatifs peuvent intervenir dans la propagation du virus.

Certains virus se propagent dans les cultures uniquement à partir de leurs sources originelles par l‟intermédiaire des vecteurs biotiques et abiotiques (vents, pluies), ce sont des viroses à propagation simple. D‟autres, par contre, sont transmises d‟abord à partir de leurs sources originelles qui en constituent la source primaire et ensuite à partir d‟une source secondaire une fois dans les cultures, ce sont des viroses à propagation composée (Thresh, 1974). Dans le cas de virose à propagation composée, les nouveaux plants infectés deviennent des foyers secondaires favorisant ainsi la contamination de plante à plante. Ce type de propagation caractérise la maladie du Swollen Shoot du cacaoyer. Ainsi, le taux de progression est déterminé en fonction du mode de propagation du virus (Van der Planck, 1963).

Taux de progression des viroses à propagation simple

La progression des viroses à propagation simple évolue dans le temps de manière sigmoïdale. Si R désigne cette progression, la proportion de plantes infectées est noté X et le temps d‟observation est noté T. Le nombre de plantes infectées X augmentent de façon sigmoïdale avec un faible afflux au début de l‟infection (Thresh, 1974). Cet afflux augmente progressivement dans le temps au fur et à mesure que les conditions climatiques deviennent favorables à de nouvelles infections. Dans ce cas, (X2-X1) / (T2-T1) défini le taux de progression absolu et exprime l‟apparition de nouvelles infections. Ce taux diminue plus tard à mesure que l‟afflux diminue.

L‟amortissement de la progression de la maladie est principalement dû au fait que les plantes saines diminuent au cours du temps (Gregory, 1948). Dans ce cas, on utilise le facteur de correction 1-X pour déterminer le taux de progression R à partir de l‟équation: Log X / (1-X) en fonction du temps T. L‟obtention des valeurs de X est alors détaillée par Van der Planck (1963). Plusieurs maladies sont causées par des virus à propagation simple: le Tomato spotted

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La distribution des virus à propagation simple est fortement influencée par les conditions climatiques comme la température qui provoque le développement de la maladie et l‟afflux des vecteurs adultes ailés. Une fois que la propagation commence, les périodes de hautes températures sont suivies par l‟apparition de nouvelles infections quelques jours après. Ces infections peuvent aussi se développer au hasard sur des sites favorables. Les analyses statistiques de ces infections révèlent qu‟il n‟y a pas de regroupement de plantes malades comme dans le cas des propagations entre plantes voisines (Bald, 1937).

Taux de progression des viroses à propagation composée

Les viroses à propagation composées sont des viroses pour lesquelles les virus se propagent à la fois à partir de leurs sources originelles et à partir des cultures infectées lié à une dissémination de plante à plante dans la parcelle. Ces viroses sont étroitement analogues à une augmentation logarithmique du taux d‟infection qui est fonction du temps d‟observation T (Thresh, 1974). Au début de l‟infection, la maladie est limitée à quelques sources d‟infection dans la parcelle parce que la population de vecteurs actifs est insuffisante et induit un taux de progression faible.

La phase initiale de la virose à propagation composée est strictement logarithmique et le nombre de nouvelles infections qui apparaissent est directement proportionnel à l‟infection totale déjà présente. Par conséquent, il existe une relation linéaire entre log₁₀X et le temps T avec une pente qui indique le taux d‟infection R. Toute déviation de la pente indique une variation de R et un aplatissement de la pente avec le temps. Pour calculer R, il est approprié d‟utiliser le facteur de correction (1-X) qui caractérise la proportion des plantes non infectées. L‟équation dans ce cas devient: log10 [X / (1-X)] T. Les valeurs de R sont plus fortes durant la phase de propagation rapide, c'est-à-dire quand le nombre de plantes infectées augmente. A des valeurs intermédiaires de X autour de 0.5 (soit 50% d‟infection) le taux absolu de croissance est relativement rapide parce que la propagation n‟est plus restreinte par l‟absence d‟inoculum, de vecteurs ou de plantes saines.

Chez les cultures pérennes, la propagation du virus est facilitée par l‟augmentation de la taille de la plante qui s‟accompagne de l‟augmentation de la population de vecteurs et de leur activité. La contamination au champ est proportionnelle à l‟augmentation des contacts entre les plantes malades et les plantes saines (Strickland, 1951). C‟est le mode de dispersion que suit la maladie de Swollen Shoot du cacaoyer (Cornwell, 1958; Thresh, 1958).

L‟analyse de l‟évolution de la maladie du CSSV montre que la propagation annuelle dans les plantations est directement proportionnelle au nombre d‟arbres sains qui sont en contact avec ceux qui ont été infectés au début de l‟année (Thresh, 1958). Plusieurs facteurs peuvent influencer la population de vecteurs notamment le contrôle chimique qui diminuent considérablement les populations de vecteurs. Les températures trop élevées et les irrigations fréquentes peuvent aussi freiner la croissance des populations de vecteurs. Les proportions finales de plantes infectées et le taux auquel les nouvelles infections apparaissent varient aussi en fonction du type de virus et du type de cultures.

Les travaux relatifs à la propagation des maladies virales chez les plantes pérennes sont encore peu nombreux, même si plusieurs maladies virales existent: Citrus tristeza des agrumes, Cacao swollen shoot virus, Plum pox, Peach mosaic, la mosaïque des péchers. Ces virus prennent des années pour se répandre dans les plantations en provoquant de graves pertes. Les facteurs qui concourent à la propagation entre les arbres sont le nombre et la

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proximité des principales sources d‟infection, le mode de propagation, la taille des arbres et l‟âge des arbres. Certaines maladies virales peuvent varier en fonction des saisons ou de la disposition des arbres dans la plantation, comme le Prumus necrotic rigspot virus, qui est transmis par le pollen au début de la floraison. Il en est de même pour les cacaoyers qui hébergent les jeunes cochenilles dès le début des plantations jusqu‟à ce que les branches forment une voute continue fermée qui facilite ainsi la propagation de la maladie dans la parcelle.