Diversité des souches d’ O. oeni

Pour mettre au point les différentes méthodes de typage d’O. oeni, les auteurs ont

toujours utilisé des panels de souches identifiées et en rajoutant parfois de nouveaux isolats

de vin. L’intérêt étant de valider les méthodes et de prouver leur utilité pour des

échantillons réels. Ces méthodes montrent donc la diversité des souches analysées, qui est

une diversité biaisée, car le choix des souches est arbitraire et orienté pour représenter un

maximum de diversité génétique, physiologique ou géographique. Néanmoins, la mise au

point de ces méthodes a été la première étape vers l’étude de la diversité des souches d’O.

oeni.

Diversité génétique des souches révélée par les analyses MLST

Comme indiqué précédemment, la diversité génétique des souches d’O. oeni a été

caractérisée le plus précisément par des études basées sur des analyses MLST. La population

est structurée en deux groupes génétiques, A et B, et une souche extérieure non-classée

dans ces deux groupes (Bilhère et al., 2009; Bridier et al., 2010). Bilhère et al., (2009) ont

montré que les deux groupes étaient constitués de souches de diverses origines. Sur 43

souches analysées, 28 étaient classées dans le groupe A et 15 dans le groupe B. Elles avaient

été isolées de vins rouges de différentes origines (France, Espagne, Italie, Grèce), de cidres

et de champagnes. Des groupes génétiques spécifiques de souches isolées d’un même

milieu ou d’une même région ont ensuite été mis en évidence par Bridier et al., (2010) en

analysant 258 souches provenant de vins de différentes appellations de France, du Chili,

d’Afrique du Sud et d’Italie, en plus de souches isolées de cidre. En plus de la forte diversité

génétique de la population, l’étude a révélé l’existence de sous-groupes phylogénétiques

constitués de souches provenant du Chili, d’Afrique du sud ou encore de Champagne. De

plus, les souches isolées de cidre appartenaient toutes à des sous-groupes du groupe

génétique B. D’après les auteurs, plusieurs mutations semblaient spécifiques de certaines

populations ou groupes phylogénétiques. En 2014, Gonzales-Arenzana ont publié une étude

où ils combinaient les résultats d’analyse de PFGE et de MLST de souches d’O. oeni isolées

de plusieurs exploitations et plusieurs millésimes. Les souches d’une même exploitation ont

été classées dans différents groupes génétiques, de même un groupe génétique rassemblait

des souches de plusieurs exploitations. Les auteurs ont souligné l’inconvénient de

l’utilisation de la PFGE, trop longue à réaliser et dont les résultats sont difficilement

échangeables, malgré son fort pouvoir discriminant et proposaient de s’orienter vers une

approche combinée de deux méthodes.

Diversité des souches dans les régions et les exploitations

En plus des analyses globales, les différentes méthodes développées pour

l’identification des souches ont été utilisées pour explorer la diversité de l’espèce à l’échelle

d’une région, d’une exploitation ou d’une cuve. Des études ont été réalisées à partir

d’échantillons provenant d’une ou plusieurs exploitations et d’un certain nombre de cuves,

et ont analysé la diversité durant le processus de vinification, depuis la FA jusqu’à la FML.

La diversité des souches d’O. oeni a déjà été décrite à plusieurs niveaux : dans une

seule exploitation (Reguant and Bordons, 2003; Ruiz et al., 2008), ou plusieurs échantillons

de quelques exploitations (Zapparoli et al., 2000; Cappello et al., 2008; Cañas et al., 2009;

Vigentini et al., 2009; Cappello et al., 2010; Solieri et al., 2010; Marqués, 2011; Mesas et al.,

2011; Gonzalez-Arenzana et al., 2012), ou même plus de 10 exploitations et différentes

régions (Bartowsky et al., 2003; López et al., 2007; Marqués, 2011; González-Arenzana et al.,

2013). Une population hétérogène de souches est souvent présente dans une même cuve,

au moment de la FML (Bartowsky et al., 2003; Reguant and Bordons, 2003; Cappello et al.,

2008; Ruiz et al., 2008; Mesas et al., 2011; González-Arenzana et al., 2012). Selon les

fermentations et les vins analysés, la FML peut être dominée par un seul ou quelques

génotypes différents (Cañas et al., 2009; Gonzalez-Arenzana et al., 2012), ou bien par

plusieurs souches. Une étude réalisée par PFGE à partir de 41 échantillons de vins, a révélé

la présence de 2 à 6 souches différentes dans une même cuve, pour la majorité des

échantillons (López et al., 2007; Solieri et al., 2010). La diversité des souches rencontrées

dans une fermentation est aussi rencontrée au niveau de plusieurs exploitations d’une

même région.

En Espagne et en Italie, l’analyse de plusieurs échantillons de vins provenant de

plusieurs exploitations d’une même région (Rioja et Apulia respectivement), montre la

présence de plusieurs génotypes différents dans une même exploitation (López et al., 2007;

Ruiz et al., 2008; Cappello et al., 2010; González-Arenzana et al., 2012). Certains sont

présents uniquement dans une exploitation, d’autres ont une plus large distribution (López

et al., 2007). De plus, si une souche est identifiée dans les vins de plusieurs exploitations, sa

proportion varie selon les exploitations (González-Arenzana et al., 2012). Les différentes

pratiques de vinification, les conditions de macération, les différents cépages, les

températures de fermentations, semblent avoir une influence sur la diversité des souches

durant la FML (Cappello et al., 2008; Vigentini et al., 2009; Cappello et al., 2010;

Gonzalez-Arenzana et al., 2012; Zapparoli et al., 2012). Une étude menée sur 10 exploitations, sur une

durée de 2 ou 3 ans, a permis d’isoler et de typer plus de 900 isolats d’O. oeni, pendant la FA

et la FML(González-Arenzana et al., 2013). L’analyse de ces isolats a montré que le type de

vin ainsi que les conditions d’élaboration influençaient la population de bactéries lactiques,

mais aussi la proportion des souches présentes. De même, dans d’autres études, les

résultats montraient la présence de plusieurs souches différentes dans une même FML, avec

des proportions différente de la même souche présente sur plusieurs millésimes

(González-Arenzana et al., 2013).

Toutes ces études ont un point commun, l’analyse de la diversité de la population

d’O. oeni présente au moment de la FML. Cependant, l’utilisation de techniques de typage

différentes rend impossible la comparaison des études entre elles. Pas moins de 5 méthodes

de typage différentes ont été utilisées. Il est donc impossible de comparer les résultats de

différentes régions d’un même pays et encore moins d’avoir une vision exhaustive de la

diversité de l’espèce malgré toutes ces études. De plus, peu d’études se sont intéressées à la

structure de population de l’espèce. La construction de dendrogrammes à l’aide des

données des analyses de diversité a souvent servi d’illustration à l’hétérogénéité de la

population, sans intégration d’autres données de souches connues, pour pouvoir comparer

la proximité des souches de plusieurs régions. Il est donc difficile de conclure que des

souches isolées sont spécifiques d’une région, si aucune comparaison n’est réalisée avec des

souches isolées d’autres régions.