Discussion

1.00E+00 1.00E+01 1.00E+02 1.00E+03 1.00E+04 1.00E+05 1.00E+06 1.00E+07 1.00E+08 0 2 4 6 8 10 12 14 16

Début FA Fin FA Fin FA post FA début FML FML

16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 BL UFC / mL

Depuis les premiers inventaires réalisés dans les années 1960 pour identifier les

bactéries lactiques responsables de la FML (Peynaud et Domercq, 1968), de nombreux

travaux ont été conduits pour analyser la diversité de l’espèce O. oeni. Ici, nous avons choisi

d’analyser 1/ des échantillons provenant de différentes régions et de différents produits, 2/

un nombre assez importants d’échantillons pour bien représenter la diversité de chaque

région et 3/ une quinzaine de colonies de bactéries lactiques par échantillon, ce qui est

classique pour ce genre d’étude et apparemment suffisant pour identifier les souches

majoritaires au cours de la FML. Au total, cela nous a conduit à analyser plus de 3200

colonies bactériennes, ce qui, à notre connaissance, représente l’inventaire le plus

important réalisé jusqu’à aujourd’hui.

La plupart des études similaires réalisées précédemment se sont focalisées sur une

seule région de production. Par exemple, cela a été réalisé en Italie, pour les vins de

Primitivo et de Malvasia (Cappello et al., 2008, 2010), en Espagne, dans la région de la Rioja

(Gonzalez-Arenzana et al., 2012; 2013), ou encore en analysant la diversité des souches

dans un même vin à plusieurs étapes de la vinification (Ruiz et al., 2008; Mesas et al., 2011;

Zapparoli et al., 2012). Toutes ces études ont porté sur 8 à 41 échantillons et 37 à 925

colonies y ont été analysées. Les résultats ont permis d’identifier et de comparer les souches

de ces régions, mais sans permettre d’y évaluer de façon exhaustive la diversité et sans

pouvoir comparer les souches avec celles d’autres régions. Cependant, deux études ont bien

été menées sur plusieurs régions. La première, réalisée en Australie, a porté sur 15 vins

provenant de 7 régions (Bartowsky et al., 2003). L’autre a été conduite au Portugal sur des

échantillons de vin provenant de 3 régions (Marques, 2011). Mais les auteurs de ces études

n’ont isolé et caractérisé que relativement peu de colonies, 100 au Portugal. En Australie les

auteurs n’ont pas communiqué le nombre d’isolats mais ont identifié 17 souches(Bartowsky

et al., 2003; Marqués, 2011)

L’utilisation de méthodes culturales impose une limitation importante dans les

études de diversité : cela ne permet d’isoler que les souches dominantes. Toutes les études

réalisées précédemment sur la diversité des souches d’O. oeni pendant la FML indiquent la

présence simultanée de plusieurs souches (Ruiz et al., 2008; Cappello et al., 2010; Mesas et

Figure 16. Evolution des souches d’O. oeni au cours de la vinification

Six échantillons ont été prélevés dans une même cuve de cabernet franc (château de Bellevue) depuis le

début de la FA jusqu’à la fin de la FML. La population totale des bactéries lactiques a été déterminée par

dénombrement sur boîte de Petri. Quinze colonies de chaque échantillon ont été analysées par MLVA selon

la méthode de Claisse et Lonvaud (2014) pour identifier et différencier les souches d’O. oeni. Chaque couleur

correspond à une souche. La couleur grise, utilisée pour « BL », indique les colonies d’autres espèces qu’O.

oeni. Le numéro au dessus de chaque stade indique le nombre de souches différentes identifiées. L’axe

secondaire indique la population totale de bactéries lactiques, exprimée en UFC/mL, pour chaque stade.

UF

C

/ mL

N

o

m

b

re

d

e

co

lo

n

ie

s

2 5 5 4 8 4

al., 2011). Quelque-soit la diversité de ces souches dans un échantillon, toutes ne pourront

pas être identifiées lorsque des méthodes culturales sont mises en œuvre. Il est donc

nécessaire d’analyser plusieurs colonies par échantillon pour identifier au moins les souches

dominantes qui contribuent le plus à la réalisation de la FML. Idéalement, il faudrait

analyser le plus grand nombre possible de colonies de chaque échantillon pour isoler un

maximum de souches. Cependant, une telle approche poserait actuellement des difficultés

techniques considérables et obligerait à limiter l’analyse à quelques échantillons. Parmi les

inventaires réalisés précédemment, jusqu’à 40 colonies par échantillon ont été analysées, ce

qui a permis d’identifier au maximum 6 génotypes différents d’O. oeni (Mesas et al., 2011).

Une analyse préliminaire nous a conduit à limiter notre analyse à 15 colonies par

échantillon, car cela semblait suffisant pour identifier un maximum de souches dominantes.

Ce choix était également justifié si l’on considère que la diversité des souches d’O. oeni

évolue au cours de la vinification. En effet, Le nombre et la proportion des souches varient

avant et pendant la FML (Reguant and Bordons, 2003; Ruiz et al., 2008; Cappello et al.,

2010; González-Arenzana et al., 2012). Au cours de cette étude, nous avons pu le vérifier en

suivant l’évolution des souches dans une même cuve. La figure 16 montre que O. oeni est

minoritaire en début de fermentation alcoolique (FA), puis devient la seule espèce détectée

depuis la fin de la FA jusqu’à la fin de la FML. Quatre à 8 souches différentes ont été

détectées à chaque stade et un total de 16 souches a été obtenu à partir de cette cuve.

Dans cet exemple, les 2 souches majoritaires pendant la FML (n° 8 et 9) étaient également

détectées depuis la mi-FA. L’analyse de 15 colonies pendant la FML aura donc bien permis

d’identifier ces souches dominantes, qui étaient responsables de la FML.

Lors de cet inventaire, nous avons identifié une très large majorité de colonies d’O.

oeni. Ce n’est pas étonnant, car il est bien connu que cette espèce domine largement la

population de bactéries lactiques dans les vins en cours de FML (Lafon-Lafourcade et al.,

1983; Lonvaud-Funel et al., 1991; Fleet et al., 1984; Gonzalez-Arenzana et al., 2012;