La spectrométrie de masseest désormaisune méthodeétenduepour l'identification des bactéries cultivables, mais les solutions disponibles ne permettent pasl'identificationde bactéries comme
3.7. ARTICLE 5 : Typage des S. aureus
3.7.1. Staphylococcus aureus et application du MALDI-≤OF à l ‘pid‘miologie
Cette bact‘rie est la plus souvent isol‘e en bact‘riologie hospitalière. Elle est ‘galement responsable de nombreuses infections nosocomiales qui n‘cessitent une surveillance ‘pid‘miologique r‘gulière et efficace. ≤enover et al.,[165] ont compar‘ douze techniques de typage ph‘notypique et g‘notypique sur un lot de cinquante neuf souches test‘es par huit ‘quipes. Ils concluent qu'aucune m‘thode de typage ne pr‘vaut clairement sur les autres et suggèrent que l'emploi de deux m‘thodes combin‘es serait plus efficace. Ainsi, la variabilit‘ qu offre toute m‘thode de typage a son int‘r’t.
Dans ce contexte, nous avons r‘alis‘ une ‘tude concernant Staphylococcus aureus, avec la collaboration d'une ‘quipe de B‘nin (83 souches de S. aureus) où une ‘pid‘mie staphylococcique a ‘t‘ observ‘e dans un village B‘ninois (Hlagba Ouassa). Ces
Staphyloccocusont provoqu‘ majoritairement deux maladies (Pyomyosites et Ost‘omy‘lites). Dans cette ‘tude, nous nous concentrons sur les cas de pyomyosites (63 souches), toutes les souches pr‘lev‘es de diff‘rents patients ont ‘t‘ analys‘es par spectrom‘trie de masse, et les r‘sultats obtenus ont ‘t‘ compar‘s à ceux obtenus parl ‘lectrophorèse en champ puls‘, qui reste une m‘thode de r‘f‘rence pour le typage des bact‘ries. Elles ont aussi ‘t‘ typ‘es par la technique de MLST (multilocus sequencing typing).
Simultan‘ment, le d‘pistage de SARM ou SASM a ‘t‘ r‘alis‘ chez des parents proches, partageant la m’me habitation que les malades, pendant trois mois avant le d‘but de l ‘tude. Parmi les 56 malades, 31 malades et 14 de leurs parents proches ont ‘t‘ ‘galement d‘pist‘s par ‘couvillonnage des narines pour le portage de SARM ou SASM. La LPV a ‘t‘ recherch‘e sur toutes les souches de S. aureus isol‘es. Trente-une ‘taient issues des pr‘lèvements de pus de myosites dont 100%. Onze souches sont en portage nasal des m’mes malades. 15 souches de S. aureustoutes SASM ont ‘t‘ isol‘es dans les pr‘lèvements de d‘pistage (nasal et l‘sion cutan‘es) chez les parents des malades. Les facteurs pouvant faciliter l acquisition des souches de S. aureus ‘taient la promiscuit‘, le degr‘ de d‘pendance des malades, la pr‘sence de l‘sions cutan‘es, l insuffisance de l hygiène li‘e au faible accès à l eau et au savon. La LPV chez les cas pyomyosites est produite par 57 isolats/63 soit 90,47% des souches de SASM isol‘es. La proportion de SASM virulentes parmi les isolats de S. aureus
issus des pyomyosites, est très ‘lev‘e et traduit l insuffisance des mesures de pr‘vention au niveau communautaire.
L ‘lectrophorèse en champ puls‘ reclasse ces 63 souches ind‘pendantes (patients et parents associ‘s) en 21 pulsotypes diff‘rents. Ces pulsotypes se composent de 8 à 15 fragments d ADN r‘solus entre 50 et 650 kb. Selon les critères de ≤enover pour la distinction des
souches clonales, il est possible de reclasser les 21 pulsotypes en 20 clones ind‘pendants et donc, 20groupes de souches homologues à d autres.
L'analyse des profils de restriction par l'enzyme SmaI des souches pyomyosites (31 souches pr‘lev‘es chez les patients) a r‘v‘l‘ une grande diversit‘ clonale avec 11 profils ‘lectrophor‘tiques uniques (Voir Article ci-dessous). Ces pulsotypes ont ‘t‘ class‘s de S1 à S11. Selon les critères de Tenover, 10 clones peuvent ’tre identifi‘s (exp: pulsotype S10 et pulsotype S11 ne diffèrent entre eux que par 3 bandes). Le pulsotype S2 ‘tait le profil le plus fr‘quemment rencontr‘ (29,03% des isolats, 9/31 isolats). Parmi tous les isolats appartenant à ce puslotype S2, une seule souche ne produit pas d'ent‘rotoxine SEB. Parmi les souches de pyomyosites, quatre (15BE, 12BE, S75H & CA1E) des 31 isolats ne sont pas producteurs de LPV et l'un de ces isolatne produit pas d'enterotoxine SEB (S75H). Seulement 19,35% des isolats produient les enterotoxines SEA & SEH, et les 58,06% restants ‘taient SEB positifs.
Tous les isolats appartenantau pulsotype pr‘dominant (S2) ont ‘t‘ s‘lectionn‘s pour ’tre typ‘s par MLS≤, mais aussi un isolat repr‘sentant de chaque pulsotype trouv‘ par ECP. En tout, 25 isolats ont ‘t‘ sous-typ‘s par MLS≤ et 5 clones ont ‘t‘ observ‘s :
- Le clone ST1 (5 souches) avec le spa 127 - Le clone ST5 (1 souches) avec le spa311
- Le clone majoritaire ST121 (16 isolats/25) spa314 (14 souches), le spa2304 (1 souche), le spa4198 (1 souche)
- Le clone ST377 (1 souches) avec le spa4690 (1 souche)
- Le clone ST2019 est un nouveau ST d‘cern‘ par les conservateurs du site MLST et il n a aucun lien avec les autres clones spa8073.
Une souche reste non typable (S75H) par spa. Elle fait partie du faible pourcentage de souches non typables par spa.
Au total, nous pouvons conclure qu'environ 2/3 des souches forme un clone majoritaire, le1/3 restant est r‘parti entre au moins en quatre g‘notypes.
1/13 des isolats appartenant au pulsotype (S1) ‘taient ST121 par MLST, une souche ‘tait non typable et l'autre appartient au spa ST377. Cette derniere souche en fait provient d'un isolement d'ost‘omy‘lite, qui pourrait expliquer la diff‘rence de type spa. Toutefois, d'autres isolats appartenant au clone ST121 ont ‘t‘ trouv‘s dans des pulsotypes ECP diff‘rents (S5, S13, S8, S10, S6, S22, S14, S11).
Le Pulsovar S2 par PFGE contient 12 isolats pyomyosites, où 11 ont ‘t‘ consid‘r‘s comme un clone unique par MLST (ST121) et l'autre repr‘sente un clone non typable par MLST. Ici, par MALDI-TOF/MS, les mesures de distance entre les diff‘rentes souches (2D,
CCI, Dendrogrammeetc.) montrent que ce pulsotype contient quelques isolats h‘t‘rogènes, en fait, 6 groupes ont ‘t‘ retrouv‘s (6 clones peut-’tre) (voir article suivant).