3. Les travaux réalisés au cours du stage concernant les données
3.3 Apports personnels de ce stage
Le stage a été particulièrement enrichissant à plusieurs titres. Il m’a permis tout d’abord de comprendre le mode de fonctionnement d’une organisation internationale et plus particulièrement comment sont élaborées et acceptées des normes ayant impact sur les domaines scientifique et commercial par des pays pouvant avoir des enjeux et contraintes différents (exemple : perception du bien-être par les pays dits « riches » et les pays les moins avancés).
Par ailleurs, la vie au sein de la structure même de l’OIE, qui demeure une Organisation de taille modeste avec une cinquantaine de personnes environ, et la diversité des cultures des personnes composant le Bureau central (28 nationalités représentées en provenance de tous les continents) demeure une expérience humaine très enrichissante, notamment pendant la session générale où tous les services sont mobilisés et coopèrent entre eux de façon renforcée.
mondiales d’informations sanitaires, et l’importance de la vérification des données avec l’ambivalence résultant de la volonté d’avoir une information la plus exhaustive possible et de celle de ne diffuser que des informations officielles validées par les Etats Membres. La mise en place du « tracking » pallie significativement au manquement de certains pays de respecter leurs obligations de communiquer l’information.
Concernant le thème abordé au cours de la période passée à l’OIE, ce stage m’a permis de m’initier à la cartographie, mais surtout de comprendre comment les outils informatiques modernes peuvent être mis au service des utilisateurs, en l’occurrence ici pour l’exploitation épidémiologique des données sanitaires par les pays, de sorte qu’ils puissent mettre en place les mesures de protection adaptées eu égard aux risques liés à la présence de maladies chez leurs partenaires commerciaux ou leurs voisins géographiques.
Si le stage est survenu à une période où le système mondial d’information sanitaire était suffisamment développé pour me permettre d’avoir une idée des possibilités offertes en matière d’exploitation de ce type de données, mes connaissances en informatique ne m’ont pas toujours autorisé à cerner toutes les dimensions liées à l’intégration ou la modification des données dans le système. Par ailleurs, si tous les outils pour l’actualisation des données ont été produits au cours du stage, la fin du stage est survenue avant que je ne puisse voir le fruit des travaux effectués, à savoir l’actualisation effective des cartes dans l’application.
Conclusion
Les nouvelles orientations en matière d’information zoosanitaire prises en 2001, l’alignement avec les exigences de l’accord SPS de l’OMC et les résultats de l’évaluation de l’ancien système d’information sanitaire entreprise en 2004 ont conduit le Service de l’information sanitaire de l’OIE à devoir repenser le système dans son ensemble, en revoyant les motifs et éléments de notification d’urgence, ainsi qu’à la mise en place d’un rapport semestriel.
L’une des principales avancées de ce système est la possibilité de donner des informations plus précises sur les foyers (notification par division administrative de 1er niveau par exemple) mais également le développement d’une application permettant de notifier en ligne et qui intègre les outils informatiques modernes, notamment en matière de cartographie.
Afin de proposer aux Pays Membres un outil performant, le Service de l’Information Sanitaire m’a demandé d’évaluer la qualité des données préexistantes dans l’application dans le domaine des divisions administratives et de la cartographie, les deux étant liés par le biais d’un code géographique. A l’issue d’un bilan intermédiaire ayant montré la nécessité d’actualiser de nombreuses données, il a été convenu d’établir une liste de noms des divisions administratives destinée à remplacer totalement celle existante et de rechercher si les cartes correspondantes étaient disponibles.
Le fichier comportant les noms des divisions administratives destiné a être intégré dans l’application a été construit, mais certains points nécessitent des vérifications (juridique et politique notamment). De plus, des liens avec les cartes à jour ont été établis pour permettre d’actualiser les cartes de l’application pour plus d’une centaine de pays.
Le stage m’a finalement permis de découvrir le fonctionnement d’une organisation internationale notamment à travers sa session générale, mais également de comprendre les enjeux liés à l’élaboration et la gestion d’un système d’information mondial.
La durée du stage ne m’a toutefois pas permis de voir les travaux effectués porter leurs fruits avec l’actualisation effective des cartes digitales des pays qui ne sont pas à jour dans l’application.
Références bibliographiques
En matière de divisions administratives
http://www.statoids.com/statoids.html
http://www.fao.org/countryprofiles/default.asp?lang=en http://www.cia.gov/cia/publications/factbook/fields/2051.html http://www.answers.com/topic/
http://www.gksoft.com/govt/en/
http://www.presidencia.gub.uy/_web/pag/otros_gobiernos.htm
http://www.classbrain.com/art_cr/publish/luxembourg_government.shtml
En matière de cartographie
http://www.are-regions-europe.org/VICARDS/index.html http://www.gfk-macon.com/digitalmaps/maps_world.htm
http://www.aims.org.af/home/sroots.asp?secido=2&seckeyt=a10 (Afghanistan)
http://www.fews.net/livelihoods/index.aspx?pageID=livelihoodsZoneMapsAndProfiles http://www.cipotato.org/DIVA/data/MoreData.htm
http://www.cdc.gov/epiinfo/shape.htm http://europa.eu.int/abc/maps/index_fr.htm
Autres références utilisées
Site Intranet de l’OIE : I:\WWW\HOME\Home.htm Site Internet de l’OIE : http://www.oie.int/fr/fr_index.htm
Site de développement de l’application WAHIS : http://10.0.0.245/wahis/
ANNEXES
Anthrax Caprine arthritis/encephalitis Aujeszky's disease Contagious agalactia
Bluetongue Contagious caprine pleuropneumonia
Brucellosis (Brucella abortus) Enzootic abortion of ewes (ovine chlamydiosis)
Brucellosis (Brucella melitensis) Nairobi sheep disease Brucellosis (Brucella suis) Maedi-visna
Crimean Congo haemorrhagic fever Ovine epididymitis (Brucella ovis) Echinococcosis/hydatidosis Peste des petits ruminants
Foot and mouth disease Salmonellosis (S. abortusovis)
Heartwater Scrapie
Japanese encephalitis
Sheep and goat diseases
Sheep pox and goat pox.
Leptospirosis African horse sickness
New world screwworm (Cochliomyia
hominivorax) Contagious equine metritis
Old world screwworm (Chrysomya
bezziana) Dourine
Paratuberculosis Equine encephalomyelitis (Eastern)
Q fever Equine encephalomyelitis (Western)
Rabies Equine infectious anaemia
Rinderpest*** Equine influenza
Rift Valley fever Equine piroplasmosis
Trichinellosis Equine rhinopneumonitis
Tularemia*** Equine viral arteritis
Vesicular stomatitis Glanders
Multiple species diseases
West Nile fever*. Surra (Trypanosoma evansi).
Bovine anaplasmosis
Equine diseases
Venezuelan equine encephalomyelitis.
Bovine babesiosis African swine fever
Bovine genital campylobacteriosis Classical swine fever Bovine spongiform encephalopathy Nipah virus encephalitis Bovine viral diarrhoea Porcine cysticercosis
Bovine tuberculosis Porcine reproductive and respiratory syndrome
Contagious bovine pleuropneumonia Swine vesicular disease Enzootic bovine leukosis
Swine diseases
Transmissible gastroenteritis.
Haemorrhagic septicaemia Avian chlamydiosis Infectious bovine rhinotracheitis/
infectious pustular vulvovaginitis Avian infectious bronchitis Lumpy skin disease Avian infectious laryngotracheitis
Malignant catarrhal fever Avian mycoplasmosis (M. gallisepticum)
Theileriosis Avian mycoplasmosis (M. synoviae)
Trichomonosis Duck virus hepatitis
Cattle diseases:
Trypanosomosis (tsetse-transmitted). Fowl cholera
Myxomatosis Fowl typhoid
Lagomorph
diseases Rabbit haemorrhagic disease. Highly pathogenic avian influenza Acarapisosis of honey bees Infectious bursal disease (Gumboro
disease) American foulbrood of honey bees Marek's disease European foulbrood of honey bees Newcastle disease Small hive beetle infestation (Aethina
tumida) Pullorum disease
Tropilaelaps infestation of honey bees Turkey rhinotracheitis.
Bee diseases
ANNEXE 1. Liste des maladies à notifier à l’OIE
(au 20/06/2005)Epizootic haematopoietic necrosis Infectious haematopoietic necrosis Spring viraemia of carp
Viral haemorrhagic septicaemia Infectious pancreatic necrosis 1 Infectious salmon anaemia Epizootic ulcerative syndrome
Bacterial kidney disease (Renibacterium salmoninarum) 1 Gyrodactylosis (Gyrodactylus salaris)
Red sea bream iridoviral disease Fish
Koi herpesvirus disease 2. Infection with Bonamia ostreae Infection with Bonamia exitiosa Infection with Marteilia refringens Infection with Mikrocytos mackini 1 Infection with Perkinsus marinus Infection with Perkinsus olseni 1 Molluscs
Infection with Xenohaliotis californiensis.
Taura syndrome White spot disease Yellowhead disease
Tetrahedral baculovirosis (Baculovirus penaei) Spherical baculovirosis (Penaeus monodontype baculovirus)
Infectious hypodermal and haematopoietic necrosis Crayfish plague (Aphanomyces astaci)
Necrotising hepatopancreatitis 2 Crustaceans
Infectious myonecrosis 2. 1 : Delisting of this disease is under study.
2 : Listing of this disease is under study
Remarque : La liste des maladies à notifier en 2005 est celle de la version 2004 des Codes. Cette version de la liste des maladies à notifier à l’OIE ne sera applicable qu’à partir de 2006.
Ancien système Nouveau système
Que notifier et quand ?
1) Maladies de la liste A :
- apparition ou réapparition dans un pays / territoire indemne - constatation nouvelle ayant une importance
épidémiologique pour les autres pays
- suspicion si nouveauté épidémiologiquement importante pour les autres pays
2 ) Autres maladies :
- constatation nouvelle ayant une importance
épidémiologique exceptionnelle pour les autres pays
1) Maladie ou infections de la liste de l’OIE :
- apparition pour la première fois dans un pays, une zone ou un compartiment - réapparition dans un pays, une zone ou un compartiment suite à la
notification de l’extinction du foyer de cette maladie ou infection
- apparition pour la première fois d’une nouvelle souche dans un pays, une zone ou un compartiment
- augmentation soudaine et inattendue de la distribution, incidence, morbidité ou mortalité dans un pays, une zone ou un compartiment
- modification dans l’épidémiologie (type d’hôte, pouvoir pathogène, souche) surtout si implications zoonotiques
2) Maladies émergentes à morbidité ou mortalité significatives, ou à potentiel zoonotique
Télégramme, télécopie ou courrier électronique Télégramme, télécopie, courrier électronique ou via le site Internet de l’OIE à partir de juillet 2005 Que
notifier et quand ?
Suite à une notification d’urgence, toutes les informations donnant l’évolution de la situation. L’envoi se poursuit chaque semaine jusqu’à ce que la maladie soit éradiquée ou que la situation soit stabilisée. Passage dans ce cas au rapport mensuel.
Suite à une notification d’urgence, toutes les informations donnant l’évolution de la situation. L’envoi se poursuit chaque semaine jusqu’à ce que la maladie soit éradiquée ou que la maladie devienne enzootique. Passage dans ce cas au rapport mensuel.
Télégramme, télécopie ou courrier électronique Télégramme, télécopie, courrier électronique ou via le site Internet de l’OIE à partir de juillet 2005 Que
notifier et quand ?
Notification mensuelle de l’absence ou l’apparition et l’évolution des maladies de la liste A, ainsi que sur les faits concernant les maladies non inscrites sur la liste A ayant une importance épidémiologique pour les autres pays.
Rapport mensuel
Comment notifier ?
Télégramme, télécopie ou courrier électronique Que
notifier et quand ?
Notification semestrielle sur l’absence, ou la présence, et l’évolution des maladies de la liste de l’OIE ainsi que sur les faits ayant une importance épidémiologique pour les autres pays. Communication de données qualitatives et quantitatives. Ces dernières peuvent être adressées pour chacune des maladies :
- pour le pays entier pour le semestre entier, - pour le pays entier pour chaque mois,
- par division administrative pour le semestre entier, - par division administrative pour chaque mois.
Rapport semestriel
Comment notifier ?
Télégramme, télécopie, courrier électronique ou via le site Internet de l’OIE à partir de juillet 2005 Que
notifier et quand ?
Rapport annuel sur les maladies de la liste A et de la liste B et toute autre maladie considérée comme ayant une importance socio-économique ou un intérêt vétérinaire majeur.
Rapport annuel concernant toute autre information significative pour les autres pays.
Rapport annuel
Comment notifier ?
Télégramme, télécopie ou courrier électronique Télégramme, télécopie, courrier électronique ou via le site Internet de l’OIE à partir de janvier 2006
ANNEXE 2. Comparaison de l ’an ci en et du nouveau système
Comparaison des rubriques de l’ancien et du nouveau systèmes de notification d’urgence et de suivi
Ancien système (formulaire unique pour les animaux aquatiques et terrestres)
Nouveau système (un formulaire pour les animaux terrestres et un autre spécifique pour les animaux aquatiques)
Rubrique N° de
Spécification s’il s’agit d’une notification immédiate ou d’un rapport de suivi (numéro)
Insertion d’une nouvelle rubrique : Motif de la notification immédiate choix entre les 6 motifs (a à f) conformément au Code
Nom de la maladie
10
Terminologie des listes A et B ou, si maladie nouvelle, ou appellation décrivant au mieux les
symptômes observés 10
Nom de la maladie, de l’agent pathogène ou nom de l’événement si maladie émergente
Code de la maladie
11 Codes pour les maladies des listes A et B
11
Les maladies communes aux deux systèmes ont conservé le même code
Nature du diagnostic
12 Choix entre suspicion, clinique, nécropsique ou de
laboratoire 16
Il s’agit ici de la date de première confirmation de l’événement
Date présumée de
l’infection primaire 14
14
Il s’agit ici de la date de début de l’événement
15
Demande de précision sur la présence ou non d signes cliniques, les infections sensu stricto étant aussi à notifier.
Si le motif de notification est une augmentation soudaine et inattendue de l’incidence, distribution, morbidité ou mortalité d’une maladie (rubrique 9, choix d), demande de précision par division administrative et pour chacune des espèces un descriptif de la situation initiale et de la
19
Si le motif de notification est la constatation de modifications dans l’épidémiologie de l’une des maladies de la liste de l’OIE (motif f), demande de précision sur le nouvel hôte (espèce), le nouvel agent, l’augmentation du pouvoir pathogène ou l’impact zoonotique.
Localisation ; nombre
de nouveaux foyers 15
Seul le nombre total de foyers par localisation (division administrative) laissée au choix est demandé Informations relatives
aux animaux dans les
foyers 16
Il était demandé le nombre total d’animaux sensibles, atteints (cas), morts, détruits et abattus par espèce, mais tous foyers confondus et toutes divisions administratives confondues durant la période objet
du rapport 20
Il est demandé de renseigner pour chaque foyer et pour chacune des espèces touchées les divisions administratives concernées, la localisation (coordonnées géographiques), le nombre d’animaux sensibles, atteints (cas), morts, détruits et abattus par espèce, sauf si le motif de notification est 9.d) (cf.17)
Descriptif de l’effectif
atteint 17 Précisions sur les différentes catégories d’animaux
(type, race, âge, sexe,…) 21
Il s’agit ici également de décrire la population atteinte Laboratoire(s) ayant
effectué le diagnostic 18
22 23
Une nouvelle rubrique relative aux espèces pour lesquelles des tests de diagnostic ont été effectués a été introduite.
Epreuves diagnostiques réalisées/date/résultats
19
Voir terminologie dans le Manual of Standards for diagnostic tests and vaccines
24 Agent causal
20 Nom de l’agent pathogène et le cas échéant type,
sous-type, souche, parenté génétique,… 12
Identification précise de l’agent (souche, sérotype,etc) le cas échéant Source de l’agent/
origine de l’infection 21 Origine de l’infection et niveau de fiabilité de
l’information : zone de texte libre 25
Il s’agit ici d’effectuer un choix avec une croix à mettre ou de précisier dans les autres cas non proposés.
Mode de diffusion de
la maladie 22 Voies de propagation de la maladie
Autres renseignements épidémiologiques
23
Extension de la maladie (joindre carte par exemple), autres renseignements
30
Zone de texte libre pour préciser d’éventuels renseignements complémentaires.
Mesures de lutte durant la période objet du rapport
24
Cases à cocher sur les mesures mises en œuvre + commentaires sur les zones de vaccination, nombre
de vaccinations, mode de destruction des cadavres,… 26
Pour chacune des mesures de luttes proposées, il est demandé de distinguer celles entrées en vigueur de celles prévues.
27
Il s’agit désormais de renseigner par niveau administratif et par espèce le nombre total d’animaux vaccinés et le type de vaccin utilisé 28
Il s’agit ici de préciser si les animaux atteints sont traités et dans l’affirmative de préciser la nature du traitement.
29 Précision sur le fait que la vaccination est interdite ou non 31
Précision s’il s’agit d’un rapport final (incident clos ou passage à l’état enzootique pour permettre un suivi des rapports
Remarque Le nouveau système présenté ici est celui pour les animaux terrestres.
1] Lorsqu'aucune carte n'est m eilleure que celle de W A H IS , prendre celle-ci en priorité, pour pouvoir récupérer les "m ap codes".
R em arque : 2 P ays M em bres ont des cartes ayant des particularités (E quateur et B résil) ; ils ne figurent pas dans la classification ci-dessus.
D onnées W ahis = 1er niveau
Il ne m anque que quelques villes dans la carte M ettre la carte W A H IS
N ouvelle division du 1er niveau ou réorganisation interne entre divisions Le 1er niveau est exact sauf
éventuellem ent quelques nom s obsolètes à changer
Le 1er niveau est inexact (il m anque des nom s, certains
sont en trop,...
Il y a eu des fusions de divisions de 1er niveau
O n ne dispose d'aucune carte exacte des divisions
M ettre cette carte et rattacher les villes aux provinces correspondantes.
M ettre cette carte et créer la nouvelle division par fusion des polygones
M ettre cette carte et rattacher le nouvelle division à celle dont elle est issue
D em ander la carte des divisions au pays et en attendant m ettre la carte du pays entier.
D onnées W ahis = pays entier (pas de subdivisions)
M ettre la carte W A H IS Il n'existe pas de subdivisions
de ce pays
Il existe des subdivisions adm inistratives pour ce pays
P our la m eilleure carte : voir conduite à tenir dans l'arbre du 1er niveau
O n ne dispose d'aucune carte des subdivisions. divisions au pays et en
O n peut disposer d'une carte proche des divisions géographiques à partir de l'une des cartes O n peut disposer d'une carte
exacte des divisions
O n dispose d'une carte d'un niveau adm inistratif inférier et recréer le 1er niveau par fusions
M ettre cette carte et créer la nouvelle
ANNEXE 3. Arbre décisi onnel pour déterminer l e cas correspondant aux donn ées cartographiques.
ANNEXE IV. BILAN REPARTITION DES PAYS PAR TYPE DE CAS
Cartes exactes des divisions de 1er niveau Avant modifications Après modifications
Cartes pas nécessaires
Cartes proches
Pas de cartes Source Cas n°1 Cas n°7 Cas
n°2 Cas n°3 Cas n°4 Cas n°8 Cas n°9 Cas n°5 Cas n°6 Cas
particuliers TOTAL
WAHIS 29 0 8 0 0 9 0 10 0 56
Arcview 20 3 2 0 0 0 4 0 29
DIVA GIS 11 6 0 2 0 0 0 0 19
USDA (FC) 16 4 1 5 0 0 2 2 30
Envoi pays 3 0 0 0 0 0 1 0 4
Pays membres
AIMS 0 0 0 0 0 0 1 0 1
Sous-total 1 79 21 3 7 9 0 18 28 2
Sous-total 2 119 18 28 2
Total 167
ANNEXE V. Fichier de données relatif aux divisions administratives des pays en vue de leur intégration dans l’application WAHIS.
Le fichier est intitulé « Liste propre pour wahis » (format excel). Il regroupe l’ensemble des informations à intégrer dans le nouveau système d’information pour la version anglaise quant aux divisions administratives.
1) Liste des pays
Le premier onglet comporte la liste des pays à intégrer dans WAHIS (« List of countries »). Ce dernier comporte 4 colonnes : la premier l’ISO code du pays (3 lettres), la seconde le nom complet du pays, la troisième la forme courte usuelle, la dernière le code HASC pays en 2 lettres.
Exemple : BGD ; Bangladesh, People's Republic of ; Bangladesh ; BD.
Ont été inclus dans cette liste :
- les 167 Pays Membres de l’OIE (cf. liste sur le site WEB de l’OIE à l’adresse suivante : http://www.oie.int/fr/OIE/PM/fr_PM.htm) ;
- ainsi que 30 pays non Membres (Antigua and Barbuda, Bahamas, Cape Verde, Cook Islands, Dominica, Fiji, Grenada, Vatican City, Kiribati, Liberia, Liechtenstein, Maldives, Marshall Islands, Micronesia, Monaco, Nauru, Niue, Palau, Palestinian Territory, Papua New Guinea, St. Kitts and Nevis, St. Lucia, St. Vincent and the Grenadines, Samoa, San Marino, Seychelles, Solomon Islands, Timor-Leste (East Timor), Tonga, Tuvalu.
La décision d’inclusion de ces pays s’est basée sur leur situation quant à leur indépendance, consulté pour chacun d’entre eux sur le site http://www.answers.com à la rubrique « Government », sous-rubrique « Independance » (cf. image).
On notera toutefois les cas particuliers des Cook Islands (COK) et de Niue (NIU), qui, bien que considérés comme non indépendants du fait de leur association avec la Nouvelle-Zélande, conservent on une grande autonomie (« self-governing »). Ces territoires ont donc été considérés comme pays dans ce fichier.
Ont par ailleurs été exclus de la liste des pays sensu stricto, du fait de leur rattachement à un autre pays, les territoires donnés dans le tableau XXX ci-dessous qui donne l’ISO code du pays, le nom du territoire et le pays auquel il a été rattaché dans le document.
Country Code (ISO
3 letters)
Short Territory Name Country
CXR Christmas Island CCK Cocos (Keeling) Islands HMD Heard and McDonald Islands
NFK Norfolk Island
ATF French Southern Territories GLP Guadaloupe
MTQ Martinique MYT Mayotte REU Reunion
SPM St. Pierre and Miquelon WLF Wallis and Futuna Islands
France
ESH Western Sahara Morocco BVT Bouvet Island
ESH Western Sahara Morocco BVT Bouvet Island