Évaluation Bactériologique

Elle se base avant tout sur l’analyse microbiologique (examen direct et cultures quantitatives) d’un prélèvement respiratoire non invasif (Aspiration trachéale : AT) ou invasif [prélèvement distal protégé (PDP), brosse télescopique protégée (BTP) ou lavage broncho-alvéolaire (LBA)] réalisé ou non sous fibroscopie bronchique. Le choix de l’outil diagnostique dépend du plateau technique, de l’expérience de l’équipe et du coût. En aucun cas, la réalisation des prélèvements respiratoires ne doit retarder l’initiation de l’antibiothérapie probabiliste, en particulier en cas d’instabilité hémodynamique et/ou de SDRA.

Le diagnostic bactériologique de la pneumonie implique l'échantillonnage des voies aériennes inférieures pour obtenir des cultures quantitatives. Des prélèvements ne sont indiqués que s'ils sont susceptibles de modifier la prise en charge thérapeutique ou dans les situations cliniques ou ils présentent la meilleure sensibilité. Ils sont effectués en fonction des symptômes (arbre respiratoire haut ou bas) ou peuvent faire partie d'un bilan systématique chez l'immunodéprimé.

2.1. Prélèvements invasifs per-endoscopiques

Chez le patient ayant des infiltrats diffus radiologiquement, le prélèvement doit être réalisé dans la zone où les anomalies endobronchiques sont maximales ; en cas de doute, parce que de nombreuses données anatomiques chez l’animal ou autopsiques chez l’homme indiquentque les PN siègent fréquemment dans les segments postérieurs du lobe inférieur droit, ce site doit être prélevé prioritairement [150].

a. Lavage broncho-alvéolaire

Le LBA est réalisé sous fibroscope et se compose de deux fractions : une fraction bronchique (50 ml) et une fraction alvéolaire (150-200 ml). Apres blocage du broncho-fibroscope dans une bronche de 3eme ou 4eme génération, des échantillons de 50 mlde sérum physiologique sont instillés en 4 à6 fois, permettant de recueillir entre 20 et 60% de la quantité injectée. La

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première aliquote qui représente la fraction bronchique doit êtreéliminée. Le LBA permet un important échantillonnage, des bronchioles distales et des alvéoles (100 millions d’alvéoles échantillonnés). Il est largement utilisé pour documenter les PAVM.

Figure 45 :fibroscopie bronchique

Les limites de la faisabilité de la technique sont sa tolérance chez les patients hypoxémiques, pouvant limiter la quantité de liquide administré et la qualité de l’examen. La culture quantitative du LBA est associée à une sensibilité de l’ordre de 75 % et une spécificité de l’ordre de 85 % pour un seuil de 104UFC /ml[151].

b. Brosse télescopique protégée

Réalisée par le dispositif de Wimberley,qui consiste à un brossage de la muqueuse bronchique distale à l’aide d’une brosse télescopique protégée (BTP)par un double cathéter sous contrôle endoscopique dans le lobe concerné (119), la BTP diminue le risque de contamination par la flore oropharyngée. Le seuil de positivité est de 10³UFC /ml. Lesprincipaux écueils sont une reproductibilité parfois médiocre et le risque de négativité de l’examen si celui-ci est trop dilué, abaissant la concentration des agents pathogènes isolés. Les données combinées de 18 études ont rapporté une sensibilité de 89 % et une spécificité de 94 %[151].

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Figure 46 :Dispositif de Wimberley

2.2. Prélèvements invasifs à l’aveugle a. Prélèvement bronchique distale protégé

Réalisé par introduction d’un double cathéter protégé à l’aveugle ; après injection de 1 ml de sérum physiologique puis ré-aspiration du sérum introduit à l’aide d’une seringue, suivi ensuite par la sélection de l’extrémité du cathéter aseptiquement comme une brosse et sonplacement dans un tube stérile,ce dispositif évite une contamination du prélèvement par la flore de l'oropharynx lors du passage des voies aériennes supérieures. Le prélèvement distal protégé (PDP) s’affranchit de la colonisation bronchique et permet la réalisation d’un examen direct et d’une culture quantitative, avec une sensibilité et une spécificité de l’ordre de 80 % pour un seuil de positivité de 10³UFC/ml [151]. Dans notre série 46 malades atteints de PN avaient des PDP positifs, soit 88,6%.

b. Cathéter distale protégé

Ce mode de prélèvement constitue une variante de la techniqueprécédente. II est à réserver aux patients intubés et ventilés à lésion bilatérales car l’introduction d'un doublecathéterprotégé est faite à l'aveugle. Un volume de 1 ml est injecte et réaspiré à la seringue. L’extrémité du cathéter est sectionnée aseptiquement et placée dans un tube stérile.

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c. Mini lavage broncho-alvéolaire

Même principe et technique que ceux du PBDP à part que là on utilise 1 à 3 seringues de 10-20 ml de sérum physiologique et 1-5 ml de sérum sont recueillis avec un seuil de 10³UFC/ ml.

d. Liquide pleural

Un épanchement pleural est associéà une pneumonie dans 20 à 40% des cas. Du liquide pleural peut êtreprélevé pour l'analyse microb1ologique. L'examen microscopique et la culture sont positifs dans 50% des cas. La détection d'antigènes de S. pneumonieou de génome améliorent la sensibilité. L’intérêt de ce prélèvement est sa grande spécificité.

2.3. Prélèvements non invasifs

a. L’aspiration endotrachéale(AET) et endo-bronchique

L'aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par la sonde d'intubation est une méthode alternative lorsque le patient n'expectore pas et que les méthodes invasives sont contre-indiquées. Ce prélèvement ne nécessite pas de fibroscopie et se fait à l'aveugle. Elle est fréquemmentutilisée en réanimation chez le patient intubé-ventilé. Le risque de contamination par la flore salivaire est important. En cas de secrétions peu abondantes il est possible d'injecter un petit volume de solution saline stérile, dont il faut noter la quantité.

L’analyse qualitative de l’aspiration bronchique a une faible spécificité (27 %) pouvant induire un diagnostic par excès. Une culture quantitative permet d’obtenir une sensibilité et une spécificité de l’ordre de 80 % pour un seuil de positivité de 10⁵UFC/ml. Cette technique est simple mais peut refléter d’avantage une colonisation bronchique qu’une infection parenchymateuse.Dans notre série, seulement 2 malades atteints de PN avaient l’aspiration endotrachéale positifs, soit 3,80%.

b. Expectoration

L'expectoration est un prélèvement rarement contributif et source d'erreur. En effet sa facilite d'exécution entraine dans plus de 50% des cas le recueil de secrétions contaminéespar de la salive. II ne doit pas êtreréalisépour le diagnostic de PAC traitées en ambulatoire. Ses indications privilégiées sont les échecs du traitement empirique, le diagnostic de la

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surinfection de bronchite chronique, le diagnosticdes infections à mycobactéries et des infections chez les patients atteints de mucoviscidose. Pour diminuer le risque de contamination salivaire, il est impératif de respecter un protocole de recueil rigoureux : l’expectoration doit être réalisée aprèsrinçage bucco-dentaire à l’eau stérile, lors d’un effort de toux, aidé si nécessaire d’une kinésithérapie. Le recueil se fait dans un récipient stérile acheminé idéalement en moins de 2 h au laboratoire pour éviter la prolifération des bactéries de la flore commensale et la diminution de viabilité de Streptococcus pneumoniae. Il doit être réalisé avant tout traitement anti-infectieux. Dans notre série 6 malades atteints de PN avaient des expectorations positives, soit 11,5%.

2.4. Autres prélèvements utiles au diagnostic a. Urines

Les urines fraichement émises, recueillies dans un flacon avec ou sans conservateur, peuvent être adressées rapidement au laboratoire pour rechercher les antigènes urinaires de Legionella.pneumophila sérotype 1 et de S. pneumoniae.

b. Hémocultures

Les hémocultures ne sont positives que dans 5 à 14 % des pneumonies aigues communautaires hospitalisées. Elles sont indiquées pour les pneumonies suffisamment graves pour être hospitalisées et chez le patient immunodéprimé. Dans ces contextes, elles peuvent identifier des pathogènes autres que S. pneumoniae tels que S. aureus, K.pneumoniae ou P. aeruginosa et conduire à une adaptation de l'antibiothérapie empirique. Elles pourraient constituer un marqueur de gravité, leur intérêt chez l'enfant n'est pas établi.

c. Dosage de la procalcitonine

Concernant le dosage plasmatique de procalcitonine (PCT), ses performances diagnostiques apparaissent plus faibles et inconstantes au cours des PN. Son intérêt résiderait davantage comme marqueur évolutif des PN, un taux de PCT restant élevé de J1 à J7 apparait prédictif d’un moins bon pronostic. L’intérêt pronostique du dosage répété de PCT plasmatique apparait d’ailleurs retrouvé dans d’autres processus infectieux de réanimation, en particulier au cours des bactériémies [152].

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