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Chaîne latérale non polaire

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Academic year: 2022

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Texte intégral

(1)

AA à fonction ionisable anionique

AA à fonction ionisable neutre

AA à fonction ionisable cationique

(2)

Chaîne latérale polaire sans fonction ionisable

(3)

Chaîne latérale non polaire

(4)

Acides aminés: propriétés physico-chimiques.

Acide Aminé pKa(-COOH) pKa(-NH3+) pK(-R) Propriétés

R non polaire aliphatique

Glycine Gly G 2,34 9,6

Alanine Ala A 2,34 9,69

Valine Val V 2,32 9,62

Leucine Leu L 2,36 9,6

Isoleucine Ile I 2,36 9,68

Proline Pro P 1,99 10,96 groupe imine, produit un changement de direction de la chaîne.

R aromatique

Phénylalanine Phe F 1,83 9,13 λmax = 257 nm, ε = 200 M-1cm-1

Tyrosine Tyr Y 2,2 9,11 10,07 λmax = 275 nm, ε = 1400 M-1cm-1, tyrosinate: λmax = 295 nm, ε = 2600 M-1cm-1 Tryptophane Trp W 2,38 9,39 λmax = 280 nm, ε = 5600 M-1cm-1

R polaire non chargé

Sérine Ser S 2,21 9,15 13,6 groupe -OH glycosylé dans les glycoprotéines.

Thréonine Thr T 2,11 9,62 13,6 groupe -OH glycosylé dans les glycoprotéines.

Cystéine Cys C 1,96 10,28 8,18 groupe thiol (-SH): oxydation en pont disulfure (cystine); ligand ion métallique.

Méthionine Met M 2,28 9,21 ligand ion métallique dans les métalloprotéines.

Asn Asn N 2,02 8,8 amide.

Glutamine Gln Q 2,17 9,13 amide.

R polaire chargé

Aspartate Asp D 1,88 9,6 3,65 chaîne latérale acide, pI = 2,77; ligand ion métallique (métalloprotéine).

Glutamate Glu E 2,19 9,67 4,25 chaîne latérale acide, pI = 3,22.

Lysine Lys K 2,18 8,95 10,53 chaîne latérale basique, pI = 9,74.

Arginine Arg R 2,17 9,04 12,48 chaîne latérale basique, pI = 10,76.

Histidine His H 1,82 9,17 6 ligand ion métallique.

(5)

C R

COOH H

H 2 N

Le carbone C α est asymétrique (sauf pour R=H).

Représentation de Fischer

C

COOH

R

H 2 N H

L-acide aminé

C

COOH

R

H NH 2

D-acide aminé

(6)

L-isomère

L-acide aminé

Tous les AA sont de la série L sauf la Gly ( pas de carbone asymétrique).

Les AA de la série D sont isolés de microorganismes.

(7)
(8)

Spectre d’absorption

Les protéines absorbent la lumière UV à 280 nm

(9)

A-Chromatographie de partage

La phase aqueuse est constituée par

l’humidité du papier

La phase organique migre par

capillarité sur le parier .

(10)

Chaque AA est

caractérisé par la vitesse de son déplacement sur le parier.

Rf = h parcourue AA

H front de migration

(11)

B-Chromarographie sur échangeur d’ions

Echangeur de cations Echangeur d’anions Forts

G.Sulfonyl

Faibles

DEAE- Cellulose

Carboxyméthyl

Cellulose

(12)

C- Eléctrophorèse:

La différence pHt - pHi détermine le signe de la charge Q d'un acide

aminé .

Bande de papier sur laquelle sont

déposés les AA

(13)

A- Caractères tenant à α− COOH

1-Déprotonation COOH COO - + H +

2-Décarboxylation

NH 2 R-CH

COOH

R-CH 2 -NH 2 + CO 2

Haute

température

Amine primaire

(14)

3- Réduction par le Borohydrure de Lithium

R-CH-NH 2 COOH

R-CH-CH 2 OH + H 2 O NH 2

Alcool α aminé LiBH 4

AA

B- Caractères tenant à α NH 2

1-Protonation -NH2 + H + -NH3 +

2- N -alkylation et N -arylation: (Réaction avec le DNFB) NO 2

NO 2 F + H 2 N-CH-COOH R

HF+ O 2 N

NO 2

NH-CH-COOH R

Dinitrofluorobenzène AA 2-4 dinitrophényl aminoacide

(DNFB) coloration jaune (DNP-aminoacide)

(15)

Le DNP-AA est caractérisé par une coloration jaune.

3- N -acylation ( Dancylation) : (R Ré é action avec le DNS action avec le DNS- - Cl) Cl ) N N

H 3 C H 3 C

SO 2 -Cl

+ H 2 N-CH-COOH R

H3C H3C

R-CH

SO 2 -NH + HCl

COOH

Chlorure de dansyl AA Dansyl-aminoacide (DNS aminoacide)

Le DNS-AA est fluorescent et peut être caractérisé à l’aide d’AA témoins.

(DNS-Cl) Fluorescent

(16)

4-Carbamylation ( Réaction d’Edman )

Phényl

isothiocyanate

AA1- AA2…

Phénylthiocarbamyl AA2…

Phénylthiohydantoine

(17)

5-Réaction de l’amine avec le formol

R-CH-NH 2 + 2 HCHO R-CH-COOH

COOH N-CH 2 OH

CH 2 OH

Dérivé N-méthoxy

formaldéhyde

C- Caractères liés à la présence simultanée en α des fonctions COOH et NH 2

Réaction avec la ninhydrine: C’est une réaction de désamination et de décarboxylation .

AA

(18)

Forme énolique Coloration violette

Si on chauffe à 60°c, la forme énolique colore les AA en violet sauf la proline qui se colore en jaune

Spectre d’absorption de

la forme énolique

(19)

D-Propriétés associées à certains radicaux

1- La fonction SH de la cystéine (Fonction Thiol) Oxydation performique:

2 OH

SO3H 2 OH

Acide sulfonique

Oxydation douce par l’air: (Formation de pont disulfure)

2 OH + 1/2O 2 R1-S-S-R2 + H2O

2

Cys

2 Cys Pont disulfure

Acide performique

(20)

Réduction d’un pont disulfure:

2 Agents réducteurs:

- Le β− mercaptoéthanol : HS-CH 2 -CH 2 OH

- Le dithiotréitol (DTT) :

La réduction est une réaction réversible.

Carboxyméthylation des Cystéines

2 OH + 2 OH + HI

Cys Ac Iodoacétique Carboxyméthyl Cystéine

Cette réaction est irréversible.

(21)

2-Thioéther de la Méthionine : (Réaction au Bromure de cyanogène)

Met

BrCN

Homosérine lactone

Cette réaction est spécifique des méthionines.

(22)

3-L’hydroxyl de la Sérine H 2 N-CH-COOH + HO-P-O -

O -

H 2 N-CH-COOH + H 2 O CH2

O p O O O -

Sérine phosphorylée ou phosphosérine

O CH 2

OH

Sérine Ac phosphorique

Certaines sérines sont phosphorylées

naturellement.

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