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Nom et Pr´enom ...................................................... N. Carte ´Etudiant ......................................................

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Academic year: 2022

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Nom et Pr´enom ...

N. Carte ´Etudiant ...

Module ASB. Examen Janvier 2007. Dur´ee 1h.

Documents pas autoris´es

T´el´ephones portables ´eteints et rang´es dans vos sacs

Exercice 1 (5 points)

Expliquer comment les matrices de substitution ont ´et´e construite. Par exemple les matrices de la famille BLOSUM, utilis´ees dans les programmes d’alignement des s´equences prot´eiques.

1

(2)

Exercise 2. (5 points) D´ecrire l’algorithme FASTA.

2

(3)

Exercise 3. (5 points)

Donner un algorithme Brute-force pour la d´etection d’un motif inconnu dansns´equences et sugg`erer une approche branch-and-bound pour am´eliorer sa performance.

3

(4)

Exercise 4 (5 points)

D´ecrire l’algorithme de Gibbs sampling pour la d´etection d’un motif dans n s´equences.

4

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