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aptitudes biologiques des animaux et stratégies de conduite des éleveurs
Emilie Ollion
To cite this version:
Emilie Ollion. Evaluer la robustesse des vaches laitières : Entre aptitudes biologiques des ani- maux et stratégies de conduite des éleveurs. Sciences du Vivant [q-bio]. 2015. Français. �NNT : 2015CLF22622�. �tel-02792540�
Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement
THÈSE
Pour l’obtention du grade de Docteur d’Université Spécialité : Agronomie
Evaluer la robustesse des vaches laitières :
Entre aptitudes biologiques des animaux et stratégies de conduite des éleveurs
Présentée et soutenue publiquement par
Emilie OLLION
Le 20 novembre 2015
Directeurs de thèse : Fabienne BLANC et Stéphane INGRAND
Composition du jury
Mr Laurent Morel Professeur, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II Président Mme Florence PHOCAS Directrice de recherche, UMR GABI, INRA Rapporteur Mr Benoît DEDIEU Directeur de recherche, Département SAD, INRA Rapporteur Mr Nicolas FRIGGENS Directeur de recherche, UMR MoSAR, INRA Rapporteur Mme Fabienne BLANC Professeur, UMR Herbivores, Vetagro-Sup Examinatrice Mr Stéphane INGRAND Ingénieur de recherche, Département PHASE, INRA Examinateur
INRA – Vetagro-Sup
UMR1213 Herbivores, F-63122 Saint-Genès-Champanelle UMR1273 Métafort, F-63122 Saint-Genès-Champanelle,
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Arriver aux remerciements, c’est finalement un peu comme un indicateur de fitness, la preuve qu’on a survécu, un peu comme dans Koh Lantha. Bref. Pour continuer sur la lancée de cette métaphore si spirituelle, quand un candidat quitte le jeu de Koh Lantha, il remercie tous les gens qui ont fait qu’il n’est pas mort de faim et qui ont été sympas avec lui. C’est donc ce que je m’apprête à faire, mais je tiens d’abord à préciser que l’ordre des remerciements n’a rien à voir avec une liste de priorités ; je vais donc enchainer les paragraphes sans suite logique et hiérarchique, et je risque peut-être d’oublier certains noms, mais qu’ils ne s’en offusquent pas, car comme dit le proverbe, loin des neurones mais près du cœur.
Je remercie les directions des départements PHASE et SAD de l’INRA et de Vetagro-Sup qui ont accepté d’assurer le financement de cette thèse et l’UMRH et l’UMR Métafort pour leur accueil chaleureux durant ces trois années.
Je tiens également à remercier les membres du jury d’avoir accepté d’évaluer ce travail et d’apporter ainsi leur expertise à ce projet
Je remercie mes deux capitaines Fabienne et Stéphane, d’abord pour avoir eu l’idée de me recruter, pour avoir su m’entourer quand j’en avais besoin et aussi pour m’avoir fait confiance et laissé dériver quand c’était nécessaire. Merci pour votre disponibilité, pour les discussions enrichissantes, débordantes, passionnantes et fatigantes parfois aussi, faut avouer. Fabienne, merci pour la pertinence de tes remarques, la rigueur que tu as su me transmettre, et l’implication que tu as eu tout au long de cette thèse, même quand ce n’était pas évident. Stéphane, merci pour le foisonnement de tes idées, ta capacité à tout questionner et ton humour qui a su me redonner le sourire même quand j’étais sacrément contrariée. Mon parcours durant cette thèse a parfois éprouvé ma robustesse, mais j’en retire un bel enrichissement personnel, et aussi professionnel.
J’espère que le chemin que nous avons fait ensemble vous aura été aussi profitable qu’il l’a été pour moi.
Je remercie les membres de mon comité de pilotage pour leur implication dans mon projet de thèse, pour leurs remarques avisées et leurs précieux conseils tout au long de ce travail. Merci donc à Muriel, Pauline, Luc, Etienne, et Charles-Henri.
Merci aux équipes des domaines expérimentaux de l’INRA de Mirecourt et du Pin-au-Haras pour leur collecte minutieuse de données très précieuses et indispensables à l’achèvement de ce projet. Un merci spécial à Jean-Marie, Ségolène, Yves, et Christiane qui ont contribué chacun à leur manière au bon déroulement de ce projet et m’ont aidée dans l’acquisition et le traitement des données.
5 Farida, Angélique, Yanik, Annabel…
Anne-Lise, mon mur des lamentations, mon neurone expatrié, merci d’avoir été un soutien et une oreille inconditionnelle pour que je vidange tous les malheurs du monde qui m’arrivaient quotidiennement pendant cette thèse. Nos échanges quotidiens ont certes parfois entaché légèrement ma productivité mais m’ont permis de relativiser et d’avancer vers l’infini et au-delà.
Chantal, merci de t’être embarquée dans cette aventure, d’avoir sillonné le Puy-de-Dôme à mes côtés, d’avoir su m’écouter et essayer de comprendre ce que je voulais faire avec cette robustesse.
Sylvie, merci d’avoir gardé ta porte ouverte pour me guider et me rassurer quand je doutais grave, et aussi d’avoir toujours une péripétie formidable à me raconter. Le simple fait de rentrer dans ton bureau me donnait le sourire.
Xavier, merci d’avoir été toujours là au bon moment, au début de ma thèse quand je ramais avec les données, jusqu’au dernier mois de thèse ou je ramais avec mes idées. Merci d’avoir réussi à éclaircir certains points d’ombre et d’avoir aussi su me rassurer et me remotiver quand j’étais lancée sur des pentes savonneuses. Merci d’avoir été un bon compagnon durant ces trois années, nos rigolades et nos échanges sur le rugby n’ont sûrement pas fait avancer la science, mais ça fait du bien !
Cécile F, merci d’avoir été une oreille attentive et compréhensive durant les moments difficiles, merci pour tous les conseils et l’inspiration que tu as su me donner, et merci pour les bonnes rigolades aussi.
Luc, international Luc, un immense merci pour tout le temps et l’énergie que tu as passés sur cette thèse. Merci d’avoir eu un œil avisé et aiguisé sur mon travail. Merci pour ta philosophie de recherche, pour ton ouverture, pour avoir su me faire relativiser les choses. Merci aussi pour l’intérêt que tu sais porter aux gens, méfie-toi, un jour tu risquerais de basculer dans le social.
Audrey, Claire A, merci de vous être impliquées dans mon travail et de m’avoir secourue dans les moments où j’étais en panne sèche. Merci pour votre sympathie, votre bonne humeur et votre amitié (je fais qu’un paragraphe vu que l’une a remplacé l’autre…).
Cécile M, merci d’avoir été une bonne tutrice et d’avoir bien fait ton travail puisque je suis toujours là et saine d’esprit à peu près. Merci d’avoir été un peu à l’origine de tout ça en me faisant parvenir l’offre de thèse, et merci d’avoir su m’écouter quand j’en avais besoin.
Aux collègues de Métafort, Yanick, Jean-Yves, Michelle, Marcelo, Priscilla, Cyrille, Benoît, Amandine, Laurianne, Nathalie, Sabine… merci pour nos échanges, nos pauses café souvent gourmandes qui permettent de rire un bon coup et de repartir comme en 40.
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douce. Une spéciale dédicace à Florence, sans qui mon chat serait mort de faim plus d’une fois ! Aux collègues de VAS et de l’INRA, Yves, Adeline, Anais, J-B, Adrien, Gilles, Cécile, Claire, Valérie, Julien, Bruno, Maggy et compagnie, merci pour vos conseils, pour les moments de rigolades et pour vos oreilles bienveillantes.
Aux créateurs et animateurs des JDD : Patrick, Bernadette, Laurent, Cécile, Rodolphe, Aurélie… Merci d’avoir mis en place un tel dispositif, je suis la preuve vivante qu’il fonctionne très bien ! Merci de m’avoir ouvert les yeux et les idées sur un tas de choses, et d’avoir mis des mots sur des ressentis.
Surtout ne vous arrêtez pas ! Merci aussi aux copains matelots embarqués sur la croisière thèse qui permettent de relativiser, et de voyager, parfois jusqu’au Québec : Kevin, Quentin, Sylvain, Juliette, Emilie, Camille, ….
Aux éleveurs, qui m’ont reçue, ouvert leurs portes, parfois même nourrie, logée, qui ont partagé leur quotidien, leurs doutes parfois, merci. Pour certains, merci d’avoir prêté autant d’intérêt à ma démarche. Vous êtes la raison de ce travail et une source de motivation et d’inspiration inépuisable.
Merci Jean-François, Olivier, Alain, Etienne, Odile, Patrice, Robert, Sébastien etc.…. Promis, quand je serai grande, je serai comme vous.
A mes amis, copains, potes, dindes, Paulin, Colin, Sabine, Axelle, Coco, Laure, Mimi, Tibo, Lucy, Anais, Titi, Guerric, Kevin etc… Merci d’avoir entretenu ma vie sociale pendant ces trois ans, de vous être inquiétés pour ma santé mentale et d’avoir plus ou moins essayer de comprendre ce que je faisais, et pourquoi diable je le faisais. Promis, mon retour à la vie réelle va être mémorable, ou pas !
Merci à ma famille d’avoir été présente, aussi dans les moments moins faciles, à mes frères d’avoir fait semblant de vous inquiéter pour moi.
Papa, Maman, merci d’avoir eu la bonne idée de vivre dans le pêché, et de m’avoir conçue, ensuite merci de m’avoir laissée faire ce que je voulais globalement de ma vie et d’avoir été d’un soutien inconditionnel quoi qu’il arrive. Merci d’avoir été aussi compréhensifs et dévoués, des fois trop peut- être ! Vous êtes bien la raison pour laquelle j’en suis là.
Enfin, Pierre, merci à toi de m’avoir SUPPORTEE durant cette thèse et je pourrais l’écrire en arial 45 tellement tu l’as fait et bien fait ! Merci de m’avoir toujours encouragée à avancer et aller jusqu’au bout. Je pense que cette expérience a été longue et parfois pénible pour moi, mais je sais que je te l’ai bien fait partager. Merci d’avoir su me réconforter et me changer les idées, d’avoir été la partie lumineuse de mon quotidien. Cette thèse, elle est aussi un petit peu à toi.
7
REMERCIEMENTS ... 4
SOMMAIRE ... 7
LISTE DES FIGURES ... 13
LISTE DES TABLEAUX ... 16
LISTE DES ABREVIATIONS ... 18
REALISATIONS SCIENTIFIQUES ... 19
INTRODUCTION GENERALE ... 21
1. Enjeux scientifiques ... 24
2. Production de connaissances attendues pour la thèse ... 26
3. Démarche et organisation du manuscrit ... 28
4. Références ... 30
CHAPITRE 1 : PROPOSITION D’UN CADRE D’EVALUATION OPERATIONNEL DE LA ROBUSTESSE DES VACHES LAITIERES ... 33
INTRODUCTION... 35
PARTIE 1 :LE CONCEPT DE ROBUSTESSE DANS LA LITERRATURE SCIENTIFIQUE ... 36
1. Robustesse ou rusticité ... 36
2. Le concept de robustesse dans les sciences ... 37
3. Le concept de robustesse appliqué aux sciences animales ... 38
4. Evaluation de la robustesse des animaux d’élevage : les questions qui se posent ... 39
PARTIE2 :LA ROBUSTESSE DE LA VACHE LAITIERE : QU’EN PENSENT LES ELEVEURS ? ... 44
1. Introduction ... 45
2. Matériel et méthodes ... 47
2.1 Echantillonnage et enquêtes en élevage ... 47
2.2 Contenu et déroulé des entretiens ... 50
2.3 Analyse des entretiens ... 51
2.3.1 Une vache robuste : analyse des paroles d’éleveurs ... 51
2.3.2 Des convergences dans le discours des éleveurs ? ... 51
3. Résultats ... 52
3.1 Les différentes caractéristiques de la vache robuste ... 52
3.1.1 Aplombs ... 53
3.1.2 Résistance aux maladies ... 53
3.1.3 Longévité ... 53
3.1.4 Fertilité ... 53
3.1.5 Production laitière ... 53
3.1.6 Santé et morphologie de la mamelle... 54
3.1.7 Comportement de l’animal (Comp) ... 54
8
3.1.10 Valorisation de la ration... 56
3.2 Quatre définitions de la vache robuste selon les éleveurs ... 56
3.2.1 La vache robuste : une vache qui s’adapte à son environnement et à ses perturbations ... 58
3.2.2 La vache robuste : une vache solide avec du tempérament... 59
3.2.3 Vache robuste : une vache rentable et autonome ... 60
3.2.4 Vache robuste : une vache moins productive mais qui dure ... 62
4. Discussion ... 63
4.1 Relation entre diversité des exploitations et définition de la vache robuste ... 63
4.2 Contribution à la définition d’un cadre conceptuel d’évaluation de la robustesse chez la vache laitière? . 65 4.2.1 Que nous enseignent les éleveurs ? ... 65
4.2.2 Principes à retenir pour définir un cadre d’évaluation opérationnel de la robustesse ... 67
5. Conclusions ... 69
6. Références ... 71
CHAPITRE 2 : CARACTERISATION DES REPONSES ADAPTATIVES DES VACHES LAITIERES POUR EVALUER LEUR ROBUSTESSE ... 75
INTRODUCTION... 77
PARTIE1:ASSESSING THE DIVERSITY OF TRADE-OFFS BETWEEN LIFE FUNCTIONS IN DAIRY COWS: A MULTI-TRAIT CLUSTERING APPROACH ... 79
1. Introduction ... 80
2. Material and Methods ... 81
2.1 Data ... 81
2.2 A Study period to observe trade-offs ... 84
2.3 A Set of variables to phenotype trade-offs dynamics ... 84
2.3.1 Milk production ... 84
2.3.2 Body condition score ... 84
2.3.3 Reproduction ... 85
2.4 Cluster analysis to discriminate trade-offs profiles ... 85
3. Results... 86
3.1 Four main trade-offs clusters ... 86
3.1.1 Trade-offs profile 1 ... 86
3.1.2 Trade-offs profile 2 ... 87
3.1.3 Trade-offs profile 3 ... 89
3.1.4 Trade-offs profile 4 ... 89
3.2 Distribution of breed, age and experimental treatment between profiles ... 89
4. Discussion ... 90
4.1 Physiology of trade-offs in the different profiles ... 90
4.2 Individual diversity of dairy cows within trade-offs profiles ... 92
4.3 Possible uses for the multi-trait clustering approach ... 94
9
7. References ... 98
PARTIE2:ASSESSING ADAPTIVE RESPONSE PROFILES OF DAIRY COWS TO DISTURBANCES: AN ANALYSIS BASED ON TRADE-OFFS BETWEEN LIFE FUNCTIONS ... 101
1. Introduction ... 102
2. Material and Methods ... 103
2.1 Data ... 103
2.2 Defining study periods to analyze dairy cows’ adaptive response profiles to disturbances ... 104
2.2.1 Preliminary considerations for detecting disturbance ... 104
2.2.2 Graphical detection of disturbances at the dairy-herd level ... 104
2.2.3 Statistical confirmation of disturbances at the dairy-herd level. ... 105
2.3 Detected disturbed periods and dataset description ... 106
2.4 Definition of variables to describe adaptive response profiles ... 106
2.4.1 Milk Production ... 107
2.4.2 Body Condition Score ... 108
2.5 Phenotyping adaptive profiles of dairy cows through cluster analysis of traits accounting for life functions 109 2.6 Relationships between trade-offs between life functions and adaptive responses to disturbances ... 109
3. Results and Discussion ... 110
3.1 Adaptive response profiles of dairy cows to disturbances ... 110
3.2 Do early lactation trade-offs caused by a negative energy balance (NEB) influence adaptive responses to disturbances later in lactation? ... 113
4. Conclusions ... 117
5. Acknowledgments ... 118
6. References ... 119
CHAPITRE 3 : EVALUER LA ROBUSTESSE DES VACHES LAITIERES A PARTIR DE L’ANALYSE DES STRATEGIES DE CONDUITE DES ELEVEURS... 125
INTRODUCTION... 127
RAISONNER L’ADEQUATION ANIMAL-SYSTEME POUR EVALUER LA ROBUSTESSE DES VACHES LAITIERES : STRATEGIES DE CONDUITE DES ELEVEURS ... 129
1. Introduction ... 130
2. Matériel et méthode ... 132
2.1 Echantillonnage et enquêtes en élevage ... 132
2.2 Méthode d’enquête pour aborder les seuils de performances et stratégies de conduite des éleveurs laitiers ... 134
2.3 Contenu et déroulé des entretiens ... 135
2.4 Principes de l’analyse des données issues des entretiens ... 136
2.5 Construction des variables de synthèse ... 136
2.6 Cinq variables synthétiques pour caractériser les stratégies de conduites des éleveurs ... 139
10
2.6.2 Identification des seuils et détermination des variables de synthèse liés aux performances de
reproduction (R) ... 140
2.6.3 Détermination de la variable de synthèse liée aux autres performances (A) ... 143
2.6.4 Reforme 1 (Ref1) et Reforme 2 (Ref2) ... 143
2.7 Caractérisation des différentes stratégies de conduite associées aux seuils de performances ... 144
3. Résultats ... 144
3.1 Cinq stratégies de conduite définies par les critères de réforme et l’arbitrage entre performances laitières et performances de reproduction... 144
3.1.1 Stratégie 1 : limiter les interventions sur les vaches ... 146
3.1.2 Stratégie 2 : Sélectionner des vaches dociles ... 149
3.1.3 Stratégie 3 : améliorer la production laitière ... 150
3.1.4 Stratégie 4 : produire des vaches de concours ... 151
3.1.5 Stratégie 5 : Regrouper les vêlages... 152
3.2 Des profils de priorisation entre performances identifiées chez les éleveurs ... 155
3.3 Des stratégies de conduite raisonnées au niveau du troupeau ... 155
4. Discussion ... 156
4.1 Une étape à l’évaluation de la robustesse des vaches laitières : comprendre les stratégies de conduite des éleveurs ... 156
4.2 Quelle vache pour quel système ? Réponses des éleveurs à travers la diversité de leurs stratégies de conduite ... 158
4.3 Quelle place pour la diversité individuelle au sein des troupeaux : quelles vaches pour quel système ? . 160 4.4 Perspectives de recherches : collaboratives et interdisciplinaires ... 161
5. Conclusions ... 162
6. Références ... 164
CHAPITRE 4 : LA ROBUSTESSE AU NIVEAU DU TROUPEAU : LE ROLE DE LA DIVERSITE ENTRE INDIVIDUS ... 167
INTRODUCTION... 169
LA DIVERSITE DES ANIMAUX DANS LES TROUPEAUX LAITIERS : UNE COMPOSANTE DE L’ADAPTATION DES SYSTEMES D’ELEVAGE ? POINTS DE VUE D’ELEVEURS ... 171
1. Introduction ... 172
2. Matériel et méthode ... 174
2.1 Des élevages bovins laitiers représentatifs de la diversité des systèmes français ... 174
2.2 Interroger les éleveurs sur la nature, le niveau et l’intérêt de la diversité intra-troupeau ... 175
2.2.1 Description de la diversité, de son évolution et questionnement sur son intérêt ... 175
2.2.2 Focus sur l’évolution de la diversité intra-troupeau : une analyse basée simultanément sur les déclarations des éleveurs et sur le récit de leurs pratiques ... 176
2.2.3 Classement des éleveurs selon l’évolution de la diversité au sein de leur troupeau et les intérêts qu’ils associent à cette diversité... 177
3. Résultats ... 177
11
3.2.1 La diversité visuelle, carte d’identité des vaches ... 178
3.2.2 La diversité des comportements ... 178
3.2.3 La diversité des niveaux de production laitière ... 179
3.2.4 La capacité des vaches à prioriser leurs différentes fonctions identifiée comme une source de diversité intra-troupeau... 180
3.2.5 Les autres critères de diversité mentionnés par les éleveurs ... 180
3.3 Les facteurs expliquant l’origine de la diversité intra-troupeau pour les éleveurs ... 181
3.3.1 L’origine génétique comme facteur de diversité : distinction entre la voie femelle et la voie mâle .... 181
3.3.2 La race, facteur de diversité sur plusieurs critères ... 182
3.4 Dynamique d’évolution de la diversité intra-troupeau : déclarations et pratiques d’éleveurs ... 182
3.4.1 L’homogénéisation du troupeau : une tendance toujours majoritaire ... 182
3.4.2 Le maintien de la diversité intra-troupeau ... 183
3.4.3 L’hétérogénéisation du-troupeau ... 184
3.5 Les intérêts de la diversité intra-troupeau selon les éleveurs laitiers ... 184
4. Discussion ... 186
4.1 La diversité intra-troupeau n’est pas un levier d’adaptation pour les éleveurs laitiers ... 186
4.2 La diversité intra-troupeau est-elle maitrisée par l’éleveur ? Le rôle du conseil technique... 188
4.3 Valoriser la diversité intra-troupeau sans augmenter la charge de travail : quels outils ? ... 189
5. Conclusions ... 190
6. Références ... 191
SYNTHESE SUR L’EVALUATION DE LA ROBUSTESSE DES VACHES LAITIERES ... 194
DISCUSSION GENERALE ... 198
LE CADRE D’EVALUATION OPERATIONNELLE DE LA ROBUSTESSE DE LA VACHE LAITIERE : APPORTS, LIMITES ET PERSPECTIVES DE RECHERCHE ... 201
1. Les apports ... 201
2. Les choix méthodologiques pour caractériser les trajectoires productives ... 202
3. Le dispositif d’enquêtes en élevage ... 204
4. Les conditions d’opérationnalité du cadre d’analyse proposé ... 205
5. Changement de niveau d’organisation pour évaluation de la robustesse du troupeau ... 207
LES ENJEUX POUR LA SELECTION ... 208
1. Prendre en compte les priorisation entre fonctions biologiques ... 208
2. Diversifier les objectifs de sélection ... 209
3. Proposer un accompagnement technique et un conseil personnalisé ... 209
4. Le progrès génétique est-il toujours synonyme d’augmentation des quantités produites ? ... 209
RETOUR SUR LA DEMARCHE ENTREPRISE DURANT LA THESE : ASSOCIER THEORIE ET PRATIQUE POUR LA CONSTRUCTION D’UN CADRE D’EVALUATION OPERATIONNEL ... 210
1. Retour sur la démarche basée sur la complémentarité des savoirs éleveurs-chercheurs ... 210
12
REFERENCES ... 212
CONCLUSION ... 215
ANNEXES ... 219
ANNEXE1 ... 221
ANNEXE2 ... 239
ANNEXE3 ... 240
ANNEXE4 ... 241
ANNEXE5 ... 242
ANNEXE6 ... 251
13
Figure 1 : Représentation schématique de l’objet d’étude de ce travail de thèse et de la relation entre le chercheur et l’objet d’étude ... 28 Figure 2 : Schéma d’organisation du manuscrit de thèse croisant les niveaux d’étude et les matériaux mobilisés pour traiter les différents chapitres ... 29 Figure 3 : Représentation de la norme de réaction de deux individus A et B dont on a mesuré une performance dans un environnement allant du moins favorable (gauche) au plus favorable (droite) ... 40 Figure 4 : Localisation des zones d’enquêtes en rapport à la concentration des exploitations détenant des vaches laitières en France. ... 48 Figure 5 : Cartes climatiques de la France sur une base de référence moyenne calculée entre 1981 et 2010, avec en A : la pluviométrie, en B : le nombre de jours de gel par an (température <0°C) et en C : le nombre de jour de forte chaleur par an (nombre de jours où la température >
30°C). ... 48 Figure 6 : Description de la diversité des structures et de l’environnement des 39 exploitations enquêtées (UTA = unité de travail annuelle, SAU : surface agricole utile). ... 49 Figure 7 : Schéma d’organisation de la méthodologie employée pour traiter les données obtenues lors des 39 entretiens auprès d’éleveurs laitiers. ... 52 Figure 8 : Représentation des modalités des différentes variables dans l’espace factoriel résultant de l’analyse de correspondances multiples. ... 58 Figure 9 : Quatre définitions principales de la vache robuste, différenciées selon les deux axes factoriels obtenus par analyse des correspondances multiples. ... 60 Figure 10 : Représentation dynamique de la robustesse d’une vache dont la trajectoire productive est constituée par deux fonctions d’intérêts et des seuils (max 1) et (min 2) fixés par l’éleveur que les fonctions (1) et (2) ne doivent respectivement pas franchir pour rester en adéquation avec les objectifs de production de l’éleveur.. ... 69 Figure 11 : Diagram of the breeding rules at the INRA Le Pin-au-Haras and Mirecourt dairy experimental units. ... 82 Figure 12 : Plot of the spatial distribution of individuals among the first two principal components (PC) (percentages of the explained variation between brackets) with the correlation circle of variables included in the principal component analysis. ... 86 Figure 13 : For each trade-offs profile, plots of average milk yield () and body condition score (BCS) () evolution over the study period (0-13 weeks postpartum) and plots of cow numbers (in %)
14
Figure 14 : Plot of the spatial distribution of individuals among the first two principal components (PC1 and PC2) and among the different trade-offs profiles represented by the four spheres, according to breed (a), parity (b) and diet (c). ... 91 Figure 15 : Example of graphical detection of disturbances over a herd lactation period with the median herd lactation curve and the smoothed median herd lactation curve. ... 105 Figure 16. Distribution of individuals along the first two components (percentage of variation explained in parentheses), with the four clusters of adaptive response (AR) profiles A-D (ellipses, each with a centroid including 90% of the individuals). Individuals are identified by the letter of their adaptive response profile. ... 111 Figure 17: Maps of multiple correspondence analysis coordinates in the first two dimensions and the distribution of trade-off (TO) and adaptive response (AR) profiles ... 114 Figure 18 : Représentation du cadre d’évaluation de la robustesse des vaches laitières : à l’intersection entre les trajectoires productives des animaux (résultantes des aptitudes biologiques des animaux, de l’environnement de production et des pratiques d’élevage) et des objectifs de performances des éleveurs. ... 131 Figure 19 : Description de la diversité des structures et de l’environnement des 39 exploitations enquêtées (UTA = unité de travail annuelle, SAU : surface agricole utile, Alt : Altitude en m, Pluvio : pluviométrie annuelle en mm) ... 133 Figure 20 : Résumé de la démarche méthodologique mise en place pour aboutir à l’identification des principales stratégies de conduite (IA = insémination artificielle, ACM = analyse en composantes multiples, F = Fort, M = Moyen, Fa = Faible, A = Aucune) ... 138 Figure 21 : Représentation des modalités des différentes variables dans l’espace factoriel issu de l’analyse des correspondances multiples. ... 146 Figure 22 : Représentation dans l’espace factoriel issu de l’analyse des correspondances multiples, des cinq stratégies de conduite identifiées chez les éleveurs laitiers ... 146 Figure 23 : Représentation schématique de la stratégie de conduite définie par les éleveurs laitiers visant à limiter les interventions sur les vaches (IA= Insémination artificielle, PL = Production laitière). ... 148 Figure 24 : Représentation schématique de la stratégie de conduite définie par les éleveurs laitiers cherchant à travailler avec des vaches dociles. Le trait pointillé représente un seuil sur des évènements éventuels et ponctuels. ... 149
15
laitière est ajusté au stade physiologique de l’animal. ... 151 Figure 26 : Représentation schématique de la stratégie de conduite développée par les éleveurs laitiers visant la production de vaches de concours. ... 152 Figure 27 : Représentation schématique de la stratégie de conduite définie par les éleveurs laitiers recherchant à regrouper leurs vêlages. Les animaux n’étant pas gestants à la date calendaire préalablement fixée (seuil de fertilité) sont réformés. ... 153 Figure 28 : Représentation des profils de priorisation entre performances identifiées dans les stratégies de conduite des 39 éleveurs laitiers de l’échantillon... 155 Figure 29 : Représentation des profils de priorisation entre fonctions identifiées chez les vaches laitières en conditions stables et en conditions perturbée (Cf. Chapitre 2) ... 161 Figure 30 : Description de la diversité des structures des 39 exploitations enquêtées (UTA = unité de travail annuelle, SAU : surface agricole utile) ... 176 Figure 31 : Organigramme représentant la répartition des effectifs des éleveurs de l’échantillon en fonction de leur perception de la diversité intra-troupeau, son évolution et les intérêts qu’ils lui associent. Chaque éleveur a pu mentionner plusieurs intérêts. ... 183 Figure 32 : Schéma synthétisant les différentes étapes inhérentes à l’évaluation de la robustesse des vaches laitières dans le troupeau. ... 196
16
Tableau 1 : Caractéristiques fonctionnelles des 39 systèmes d’élevage ... 50 Tableau 2 : Variables et modalités construites empiriquement pour décrire la vache robuste, et effectif d’éleveurs concernés. ... 55 Tableau 3 : Contribution et coordonnées des modalités les plus significatives aux axes factoriels identifiés par analyse des correspondances multiples ... 57 Tableau 4 : Caractéristiques des exploitations enquêtées selon les différentes définitions des éleveurs de la vache robuste médiane (min-max) ... 61 Table 5 : Performance and characteristics of dairy cows enrolled in the experimental systems included in the dataset ... 83 Table 6 : Variables included in the principal component analysis, their average and their standard deviation (SD) for each trade-offs profile... 87 Table 7 : Rates of reproduction success or failure of dairy cows from the trade-offs profiles ... 88 Table 8 : Number of dairy cows by breed in the trade-off profiles (p-value = 0.001***) in the two experimental units (P-value = 0.001***) ... 90 Table 9 : Number of cows from each parity (primiparous (1) or multiparous (≥ 2)) belonging to the trade-offs profiles in the two experimental units ... 92 Table 10 : Number of cows in the four trade-offs profiles according to their total milk yield during the lactation period studied ... 93 Table 11 : Percentages of dairy cows by age at first calving in the trade-offs profiles ... 93 Table 12 : Performance and characteristics of the dairy cows involved in the experimental systems and included in the dataset ... 106 Table 13 : Description of the four trade-offs profiles obtained by Ollion et al. (…) using multi-trait analysis including changes in milk yield and body condition score changes over the 0-90d postpartum period and reproduction performances of the cows. The qualitative description of these profiles is relative to the overall mean ... 109 Table 14 : Variables included in the principal component analysis and their means and standard deviations (in italics) for each adaptive response (AR) profile to disturbances occurring after 90d postpartum ... 112 Table 15 : Distribution of cows among adaptive response (AR) profiles to disturbances occurring after 90d postpartum, according to their parity: primiparous (1) or multiparous (≥ 2) and to their age at first calving (2 or 3 years old) ... 113
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animal location at the two experimental units ... 113 Table 17 : Productive characteristics of dairy cows from each adaptive response (AR) profile to disturbances occurring after 90d postpartum regarding lactation and maintenance ... 114 Table 18 : Distribution of individuals among trade-offs (TO) profiles, adaptive response (AR) profiles and synthetic clusters (C) ... 115 Table 19 : Characterization of synthetic clusters (C) according to dairy cow performances in milk production, body condition and reproduction ... 115 Table 20 : Distribution of cows among synthetic clusters (C) according to their parity: primiparous (1) or multiparous (≥ 2), age at first calving (2 or 3 years old) and breed (H: Holstein, M:
Montbéliarde and N: Normande) ... 117 Tableau 21 : Variables fonctionnelles caractérisant les 39 élevages ... 134 Tableau 22 : Définition des sous-variables associées aux performances laitières des vaches et de leur niveau de sévérité sur la base des seuils de performances mentionnés par les éleveurs ... 140 Tableau 23 : Définition de la variable synthétique associée aux performances laitières et caractérisation de ses modalités reflétant le niveau de sévérité des attentes de l’éleveur (niveau déterminé en combinant les niveaux de sévérité exprimés pour les différentes sous- variables citées par l’éleveur) (F = Fort, M = Moyen, Fa = Faible) ... 140 Tableau 24 : Définition de la variable synthétique liée aux performances de reproduction et caractérisation de ses modalités reflétant le niveau de sévérité des attentes de l’éleveur (estimé en combinant les différant seuils cités par les éleveurs) ... 141 Tableau 25 : Variables et modalités construites empiriquement pour décrire la stratégie de conduite des éleveurs, et les effectifs associés. ... 142 Tableau 26 : Contribution et coordonnées des modalités les plus significatives des deux premiers axes factoriels identifiés par analyse factorielle des correspondances multiples ... 145 Tableau 27 : Caractéristiques des exploitations appartenant aux différents groupes d’exigences des éleveurs vis-à-vis de leurs animaux, médiane (min-max) ... 154 Tableau 28 : Caractéristiques des 39 élevages enquêtés ... 175 Tableau 29 : Critères de diversité cités par les éleveurs pour décrire la diversité intra troupeau, facteurs d’origine de la diversité et les fréquences de citation associées ... 179 Tableau 30. Description de trois types de robustesse théorique de vaches laitières basés sur leur niveau de production laitière annuelle selon trois types de perturbation exogène. ... 234
18 AI = Artificial Insemination
Alt = Altitude (m)
AOP : Appellation d’origine contrôlée BCS = Body Condition Score
CIVAM = Centre d’Initiative pour Valoriser l’Agriculture en Milieu rural GAEC = Groupement Agricole d’Exploitation en Commun
IBC = Interval Between Calving
IGP : Indication Géographique Protégée
IPPC = Intergovernmental Panel on Climate Change N = Nombre d’unités
NEC = Note d’Etat Corporel NS = Number of Services Pluvio = Pluviométrie (mm) SFP= Surface Fourragère Principale
TB = Taux Butyrique du lait, exprimé en g/kg TP = Taux Protéique du lait exprimé en g/kg UTA = Unité de Travail Annuel
VL = Vaches Laitières
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Revues avec comité de lecture
Ollion E, Ingrand S, Delaby L, Trommenschlager J.M, Colette-Leurent S, and Blanc F. Accepté.
Assessing robustness in dairy cows: a multi-trait clustering approach. Livestock Science
Ollion E, Ingrand S, Delaby L., Pérochon L, Trommenschlager J.M, Colette-Leurent S, and Blanc F. Assessing adaptive response profiles of dairy cows to disturbances: an analysis based on trade-offs between life functions. Manuscrit pour Livestock Science Ollion E, Blanc F, Chassaing C, Ingrand S. La robustesse de la vache laitière : qu’en pensent
les éleveurs. Manuscrit en préparation.
Ollion E, Blanc F, Coquil X, Chassaing C, et Ingrand S. R. Raisonner l’adéquation animal- système pour évaluer la robustesse des vaches laitières : stratégies de conduite des éleveurs. Manuscrit en préparation.
Ollion E, Blanc F, Chassaing C, Cournut S et Ingrand S. La diversité des animaux dans les troupeaux laitiers : une composante de l’adaptation des systèmes d’élevage ? Points de vue d’éleveurs. Manuscrit en préparation.
Communications orales dans des congrès internationaux et nationaux
Ollion, E., Dumont, B., Delaby, L., Ingrand, S., Puillet, L., and Blanc, F. 2015. Strategies to improve livestock system robustness: moving toward livestock heterogeneity.
Workshop Recolad (REseau de COLlaboration sur l’Adaptation des animaux d’élevage au changement climatique), Paris.
Ollion, E., Delaby, L., Ingrand, S., Puillet, L., et Blanc., F. 2014. Evaluation quantitative de la robustesse des vaches et du troupeau laitier : quels principes retenir ? Journées techniques nationales de sélection animale. Comment les schémas de sélection actuels peuvent répondre aux besoins de l’élevage biologique ? ITAB. Châteauroux.
54-60p.
20 transition à construire. Cournon d’Auvergne.
Ollion, E., Ingrand, S., Colette-Leurent, S., Trommenschlager, J.M., and Blanc, F. 2014. The robustness of the dairy cow herd seen through the diversity of cows’ adaptive responses. The 65th Annual Meeting of the EAAP, Copenhagen, Denmark. P192.
Ollion, E., Ingrand, S., Espinasse, C., Trommenschlager, J.M., and Blanc, F. 2013. How to assess the diversity of dairy cows adaptive capacities? The 64th Annual Meeting of the EAAP, Nantes. 496p.
Blanc, F., Ollion, E., Puillet, L., Delaby, L., Ingrand, S., Tichit, M., et Friggenc, N.C. 2013.
Evaluation quantitative de la robustesse des animaux et du troupeau : quels principes retenir ? 20èmes Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants : 265-272p.
Paris.
Ollion, E., Blanc, F., et Ingrand, S. 2013. Caractérisation de la diversité individuelle des capacités adaptatives des vaches laitières et leur contribution à la résilience du troupeau. 1er séminaire sur la résilience des systèmes d’élevage. Paris.
Introduction générale
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En France, cinquante années de développement agricole majoritairement orienté vers un modèle productiviste et standardisant, ont certes permis d’augmenter les rendements agricoles et d’atteindre l’autosuffisance alimentaire du pays, mais ont aussi conduit à des bouleversements sociaux et environnementaux dont les conséquences menacent aujourd’hui l’intégrité de nos agroécosystèmes. Dès le début des années 1970, des chercheurs ont pourtant pointé du doigt les dangers qu’un tel mode de production présentait (Adams et al., 1971, Altieri et al., 2015), notamment concernant l’érosion de la biodiversité ou les risques sanitaires. Dans le domaine de l’élevage, les différentes crises sanitaires (ESB, tremblante du mouton) et environnementales (algues vertes) de ces dernières décennies et la prise de conscience par la société civile de certaines pratiques telles que l’usage des hormones ou les traitements systématiques aux antibiotiques, ont éveillé les consciences sur les dérives et les négligences associées à l’industrialisation des exploitations. Même si la notion de développement durable est évoquée dans les discours politiques dès la fin des années 1980 (Brundtland, 1989), dans le domaine de l’élevage, ce n’est qu’en 2006 qu’une réelle prise de conscience publique des externalités négatives liées à l’industrialisation des systèmes de productions animales émerge suite à la publication du célèbre rapport « Livestock long shadow » (Steinfeld et al., 2006). Ce rapport, pourtant contestable sous certains aspects, a eu le mérite de relancer le débat public sur les questions de durabilité des systèmes d’élevage et de pousser les acteurs de la recherche et du développement agricole à en faire une priorité dans leurs agendas (Horlings and Marsden, 2011).
Les systèmes agricoles durables sont officiellement définis comme des systèmes qui « répondent aux besoins du présent sans compromettre la capacité des générations futures à répondre à leurs propres besoins » (Brundtland, 1989). L’agroécologie est mise en avant par la recherche agronomique, et en particulier par l’Inra, dans son document d’orientation 2010-2020 (Guillou et al., 2010) pour répondre aux enjeux de durabilité des systèmes de production agricole. L’agroécologie, qu’elle soit perçue comme une science, un mouvement ou une discipline (Wezel et al., 2011), propose d’appliquer les principes et les concepts issus de l’écologie au développement et au management de systèmes alimentaires durables (Gliessman, 2007). L’agroécologie dans ses fondements, place donc au même niveau d’importance la production de biens alimentaires, le revenu de l’éleveur, la préservation de l’environnement et l’intégration sociale des exploitations (Wezel et al., 2011, Dumont et al., 2013). De par sa nature éminemment holistique, l’agroécologie appliquée aux systèmes d’élevage implique de s’intéresser à l’ensemble des composantes des systèmes et à leurs interactions. Un système d’élevage est défini comme un « ensemble d’éléments en interaction dynamique, organisé par l’homme en fonction de ses objectifs pour faire produire (lait, viande, cuirs et peaux, travail, fumure…) et se reproduire un collectif d’animaux domestiques en valorisant et
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renouvelant différentes ressources » (Dedieu et al., 2008). L’application de l’agroécologie aux systèmes d’élevage pour renforcer leur durabilité a récemment été déclinée en plusieurs principes majeurs : améliorer la santé des animaux, réduire l’utilisation des intrants, réduire les pollutions en optimisant le fonctionnement métabolique des systèmes, utiliser la diversité au sein des systèmes pour renforcer leur résilience et préserver la biodiversité (Dumont et al., 2013). La mise en place de ces principes s’appuie sur le renforcement des interactions positives ou synergies entre les différentes composantes du système d’élevage ainsi que sur une organisation temporelle des cycles biologiques favorisant une utilisation plus efficiente des ressources (meilleure adéquation entre niveaux de besoin des animaux et disponibilité de la ressource alimentaire par exemple). Dans cette perspective, le système est raisonné en lien avec son environnement, ce qui implique de ne plus chercher à protéger les animaux des fluctuations de cet environnement, mais plutôt de faire en sorte qu’ils soient capables de valoriser les ressources locales pour produire et se maintenir malgré un environnement changeant (Dedieu and Ingrand, 2010). Les auteurs du dernier rapport de l’IPPC (Intergovernmental Panel on Climate Change) (Stocker et al., 2013) prévoient que le réchauffement climatique se poursuive jusqu’en 2100 avec une variabilité interannuelle et régionale croissante, conduisant à une instabilité climatique et à des évènements climatiques extrêmes plus fréquents. Si l’on ajoute à cela l’instabilité des contextes économique et politique agricoles, il apparait clairement que les exploitations devront accroitre leurs capacités adaptatives pour faire face à ce contexte d’incertitude croissante (Åby et al., 2012).
1. Enjeux scientifiques
Dans les élevages de ruminants, le recours aux principes de l’agroécologie va s’accompagner d’une plus forte dépendance vis-à-vis des ressources produites sur l’exploitation et un moindre recourt aux intrants, comme les achats de concentrés (Wezel and Peeters, 2014). Cette logique de production agroécologique va induire un réel changement de posture dans certains élevages, où du fait de la nécessaire adaptation aux fluctuations des ressources présentes sur l’exploitation, les animaux ne pourront plus être alimentés sur la base d’un objectif théorique de performances à atteindre, mais sur la base de la disponibilité des ressources accessibles localement en tenant compte de leur diversité et de leur variabilité quantitative et qualitative au cours du cycle de production et d’une année sur l’autre (Knaus, 2013). Cette nouvelle orientation représente un réel changement de paradigme pour certains systèmes d’élevages actuellement en place et met en avant l’importance de s’intéresser aux capacités d’adaptation des systèmes d’élevage pour assurer leur pérennité et leur durabilité dans un environnement changeant (Dedieu, 2009). Plusieurs travaux de recherches ont donc porté sur les propriétés d’adaptation émergeant de la composante ressources fourragères des systèmes d’élevage de ruminants (Duru and Andrieu, 2004, Andrieu et al., 2008, Havet et al., 2010,
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Martin and Magne, 2014). Qu’en est-il des capacités d’adaptation provenant de la composante animale des systèmes d’élevage ? Le troupeau en tant que tel a été identifié comme une composante du système d’élevage de laquelle émergent des propriétés d’adaptation aux perturbations, car il permet aux éleveurs de jouer sur les capacités d’adaptation des animaux, et sur la composition du troupeau (nombre et nature des animaux) (Nozieres et al., 2011). Sachant que les performances du troupeau, incluant son aptitude à faire face à des perturbations, se construisent à partir des performances élémentaires des individus qui le composent et sous l’influence des pratiques de l’éleveur (Moulin, 1993), Blanc et al. (2006) ont mis en évidence le rôle des capacités adaptatives des femelles reproductrices dans la durabilité des systèmes d’élevage. L’importance des capacités adaptatives des femelles reproductrices est particulièrement prégnante dans les systèmes d’élevages bovins laitiers, du fait notamment de la sensibilité et de la réactivité de la production laitière des vaches aux changements de l’environnement et particulièrement aux variations des apports nutritionnels. Ces systèmes sont aussi marqués par une forte sélection des animaux historiquement orientée vers l’amélioration d’un caractère unique : la production de lait en quantité (Knaus, 2009). Ce passé de sélection focalisé sur la fonction de lactation a contribué à détériorer d’autres fonctions telles que la reproduction ou la santé (Pryce et al., 2004) et a donc potentiellement amoindri les capacités de ces animaux à s’adapter à des milieux contraints et fluctuants (Veerkamp et al., 2009). Nous utiliserons donc le modèle vache laitière comme support de nos travaux menés dans le cadre de cette thèse.
Un besoin d’approfondissement des recherches portant sur les capacités d’adaptation des vaches laitières est aujourd’hui clairement exprimé en vue d’accompagner la transition agroécologique des systèmes d’élevage et à des fins d’intégration de ce critère dans les schémas de sélection génétique (Dumont et al., 2014, Tixier-Boichard et al., 2015). Ces nouvelles attentes sont aujourd’hui verbalisées sous le terme de robustesse. L’identification et la sélection d’animaux robustes est ainsi un des nouveaux challenges lancé à la recherche (Phocas et al., 2014). Des chercheurs se sont emparés de ce nouveau concept pour finalement traduire le besoin d’amélioration de l’ensemble des aptitudes des animaux contribuant à leur bien-être et leur longévité, sans dégrader leur productivité dans un milieu soumis à des perturbations non maitrisables (Knap, 2005, Klopcic and Kuipers, 2009, Bodin et al., 2010). Cette vision de la robustesse, basée sur une amélioration conjointe de plusieurs traits productifs mais aussi fonctionnels se heurte à l’existence de compromis entre fonctions (trade- offs) résultant des processus de priorisation de l’allocation des nutriments entre fonctions biologiques lorsque l’animal est en situation de contrainte (Friggens et al., 2010, Blanc et al., 2013).
Ainsi, l’objectif central de cette thèse est de raisonner la robustesse des vaches laitières en prenant en compte de façon explicite l’existence de priorités entre fonctions biologiques (Blanc et al., 2010),
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en interaction avec la composante décisionnelle du système d’élevage, c'est-à-dire, en tenant compte des objectifs de l’éleveur et de ses attentes vis-à-vis des animaux (Landais and Deffontaines, 1989). Des perspectives d’amélioration de la définition de la notion de robustesse seront alors envisageables avec pour enjeu d’en proposer un cadre d’évaluation opérationnel qui contribuera à la transition agroécologique des systèmes d’élevage.
Si les objectifs généraux de telles recherches sont relativement clairs, ils soulèvent toutefois la question du niveau d’organisation auquel ils doivent être abordés : le niveau du troupeau, et pas seulement le niveau animal, ainsi que les interactions entre les deux. En effet, le niveau troupeau renvoie à la prise en compte de la diversité des individus qui le composent et de la variabilité des réponses entre individus, de sorte que l’enjeu des recherches est d’évaluer la diversité des fondements biologiques de la robustesse des individus afin de pouvoir les prendre en compte dans le raisonnement de la robustesse au niveau du troupeau. Il s’agit alors de tirer parti des différentes aptitudes individuelles et des synergies entre individus, notamment pour tamponner les variations du milieu (Brussaard et al., 2010). Ainsi, Tichit et al. (2008) ont mis l’accent sur l’intérêt de la diversité des trajectoires productives des femelles reproductrices dans un troupeau pour renforcer sa capacité d’adaptation à une conduite de production exigeante ou encore pour tamponner les effets des fluctuations du milieu. Raisonner la composition individuelle du troupeau peut alors constituer un nouveau levier d’adaptation pour les éleveurs, qui pourrait contribuer à stabiliser leur production et sécuriser leurs revenus dans un environnement changeant (Puillet et al., 2010, Nozieres et al., 2011).
Néanmoins, après des années de standardisation du vivant, permise notamment par les rapides progrès de la génétique et des techniques d’insémination artificielle et de transplantation embryonnaire, il conviendra de se faire une idée de la diversité actuellement présente au sein des troupeaux, et des moyens dont dispose l’éleveur pour la gérer, afin qu’elle contribue efficacement à la pérennité des systèmes d’élevage.
2. Production de connaissances attendues pour la thèse
La thèse doit permettre d’enrichir les connaissances et d’alimenter les réflexions sur l’amélioration et la valorisation des capacités adaptatives émergeant de la composante animale des systèmes d’élevage, afin de contribuer à leur transition agroécologique (Dumont et al., 2014). Les capacités d’adaptation associées aux animaux seront envisagées à plusieurs niveaux d’organisation. D’abord, une première étape consistera à proposer une définition et un cadre d’analyse opérationnel de la robustesse chez la vache laitière qui intègrent la notion de compromis entre fonctions biologiques et tiennent compte de la composante décisionnelle des systèmes d’élevage. Cette partie s’intéressera ainsi à la diversité des aptitudes biologiques des animaux et à leur capacité respective à répondre aux
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exigences de systèmes d’élevage évoluant dans un environnement changeant. Pour des raisons pragmatiques, telles que le délai de la thèse et la disponibilité des données, la dimension comportementale de l’adaptation des animaux ne sera pas pris en compte dans ce travail, même si nous reconnaissons son importance (Wechsler and Lea, 2007, Searle et al., 2010). Ce travail propose également de prendre en compte les points de vue et attentes des éleveurs laitiers sur le concept de robustesse, afin que les connaissances produites servent au développement et à l’opérationnalisation des concepts sur le terrain (Darnhofer et al., 2012). Ensuite, la seconde étape s’attachera à sonder la place de la diversité individuelle au sein des troupeaux laitiers afin de pouvoir préciser les perspectives de recherche et de développement envisageables pour que cette diversité devienne un levier actionnable par l’éleveur pour construire et améliorer la robustesse de son troupeau. Cette thèse porte donc sur les propriétés d’adaptation des systèmes d’élevage bovin laitiers, générées parla robustesse des vaches et du troupeau. De fait, elle s’intéresse aux différents niveaux d’organisation contribuant à l’émergence de cette robustesse : les fonctions biologiques, l’animal, le troupeau, le système qui inclut l’éleveur et l’environnement biophysique (Figure 1). Les questions traitées pour répondre aux objectifs de la thèse portent sur les différents niveaux d’organisations identifiés.
La définition que donnent les éleveurs d’une vache robuste permet-elle de compléter et/ou de réviser les définitions de la robustesse proposées par la recherche ?
Existe-t-il une diversité de profils de réponses adaptatives entre vaches au sein d’un même troupeau ?
Peut-on prédire les profils de réponses adaptatives des vaches laitières à partir des priorités entre fonctions biologiques ?
Comment l’éleveur contribue-il, par ses pratiques, à la robustesse des vaches laitières du troupeau ?
Quel rôle l’éleveur accorde-t-il à la diversité individuelle dans son troupeau et comment faire pour que celle-ci devienne un levier de robustesse ?
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Figure 1 : Représentation schématique de l’objet d’étude de ce travail de thèse et de la relation entre le chercheur et l’objet d’étude
3. Démarche et organisation du manuscrit
Pour répondre à notre objectif, nous avons basé ce travail de thèse sur la combinaison de connaissances scientifiques issues de la littérature scientifique, de l’analyse de bases de données issues d’expérimentations systèmes conduites dans des fermes expérimentales de l’INRA, et des connaissances provenant de l’analyse de données récoltées durant des entretiens auprès d’éleveurs laitiers. Un objectif sous-jacent à ce travail de thèse est la mise en discussion de connaissances scientifiques produites par des chercheurs dans les instituts de recherche et des savoirs et des pratiques d’éleveur, résultant de leurs expériences quotidiennes avec les animaux. Cette confrontation a été pensée dans le but de faciliter le transfert des connaissances produites, mais aussi et surtout de nous pousser nous, chercheurs, à une certaine réflexivité sur notre travail, la pertinence de nos questionnements, et d’essayer d’anticiper la manière dont les connaissances que nous produisons pourront être appréhendées dans les exploitations (Bawden, 1991). Ainsi, les connaissances produites durant ce travail ne prétendent pas à une contribution directe à la transition agroécologique des systèmes d’élevage. Elles pourront servir de support de réflexion à l’élaboration d’outils d’accompagnement de cette transition.
