Recherche bibliographique
Module: Projet tutoré
Pr. Mariam NACIRI & Pr. Laila Sbabou 2017-2018
SVI-S6
Recherche d’information sur le Web
Questions :
Utilisez-vous d’autres outils que Google ?
2
Wikipédia ?
Autres ?
Formuler sa question
Les trois premières étapes d'une recherche documentaire sont :
• Formuler son sujet
• Dégager les concepts liés au sujet
• Traduire les concepts en mots-clés
3
Carte heuristique
4
Une carte heuristique:
- carte cognitive, - carte mentale, - carte des idées,
un schéma, supposé refléter le fonctionnement de la pensée, qui permet de représenter visuellement et de suivre le cheminement associatif de la pensée.
Cellules souches et thérapie génique possible?
Femme , homme
Cellules
Thérapie Génique
Implants, Transformation
des cellules Cellules
souches
5
• Objectif : proposer une méthodologie de travail pour la recherche documentaire
• Les questions qui se posent :
- Comment chercher l’information ?
- Ou trouver l’information ?
- Comment trouver les documents ?
- Comment rester informer ?
- Comment faire une bibliographie ?
Comment chercher
l’information ?
Qu’est-ce qu’une recherche documentaire ?
Une démarche qui consiste à identifier, récupérer et traiter des éléments divers sur un sujet donné.
Elle doit être la plus pertinente possible et tendre ă l’exhaustivité.
Étape indispensable à tout travail de synthèse
Comment chercher l’information ?
Etapes de la recherche
• Préciser les objectifs de la recherche et bien
formuler la question
• Choisir des sources d’information Pertinentes
• Définir les stratégies de recherche selon les
sources interrogées
• Evaluer et sélectionner les sources d’information
et les références obtenues
Comment chercher l’information ?
Recommandations
• Le travail sur le vocabulaire est essentiel pour une
recherche d’information efficace
• La quantité n’est pas toujours synonyme de qualité
• Attention à la qualité et la fiabilité des informations trouvées :
- Source : auteurs et propriétaires du site
- Pertinence : approche thématique, localisation géographique,
époque traitée͙
- Datation : informations récentes et actualisées (date de mise à
jour)
- Accessibilité : gratuit ou payant
Ou trouver l’information ?
Bases de données
Ou trouver l’information ?
Bases de données
NCBI
The National Center for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
The National Center for
Biotechnology Information (NCBI)
La structure NCBI
The National Center for
Biotechnology Information (NCBI)
Partie de la bibliothéque national de médecine (NLM) à l’Institut national de Santé (NIH)
Bethesda,MD
Creation du NCBI
Le 4 Novembre, 1988:
Le President Ronald Reagan a signé la loi générale d’extention de la santé (the Health Omnibus Extension Act) pour créer le NCBI comme partie de l’institut National de santé NIH.
Le But de la création du NCBI:
– Créer des systèmes d’informations automatisés (biologie moléculaire, biochimie, et génétique).
– Effectuer des recherches sur des méthodes avancées d'analyse et d'interprétation des données de biologie moléculaire.
– Permettre aux chercheurs en biotechnologie et
le personnel des soins médicaux l'utilisation des
systèmes et des méthodes développées.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Primary Data Archive
• GenBank
• Gene Expression
• Taxonomy
• Variation
• Genome/project
Reference Sequence Collection
• RefSeq – begun 1999
• Gene – 2004
• Genome Champion
• Genome Annotation
Electronic Libraries
• Pubmed
• Pubmed Central
• eBooks
Molecular Software
• C++ Toolkit
• Entrez
• Analysis Tools
Organization du NCBI
Information Engineering Branch
Information Resources Branch
Computational Biology Branch
NCBI: Aperçu
Qu’est ce qu’on peut faire sur NCBI?
Recherche par séquences:
- Blast: (rechercher
similarite entre sequence) - Splign/proSplign
Recherche par texte:
- All databases
- Bases de données particulières
Recherche dans le MapViewer:
- Marqueurs/Nom de gène - Numéro d’Accession
- Nom d’organisme
Pre-computed similarities:
- CDD(Conserved
Domains Database)
- Blink (Blast Link)
- TaxPlot
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Les outils proposés
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/sitemap/
PubMed
PubMed est une des bases de données du système de recherche bibliographique
Entrez du National Center for Biotechnology Information (NCBI) à la National Library of Medicine (NLM) des États-Unis.
PubMed offre depuis 1996 le libre accès à l’interrogation de la base MEDLINE, une des bases bibliographiques les plus importantes dans le domaine des sciences de la vie et de la santé.
Que signifie PubMed : acronyme pour Public et MEDLINE (version gratuite de la base de données) ou bien pour Publisher in MEDLINE ou en medicine
(nombreux liens vers les éditeurs)
PubMed vs MEDLINE
PubMed est la version gratuite de MEDLINE, une base de données bibliographiques en sciences biomédicales
dont la couverture débute en 1966 et qui contient plus de 25 millions de références.
En plus des articles indexés dans MEDLINE, PubMed contient aussi des références
additionnelles, incluant les articles en accès libre de
PubMed Central et les livres du NCBI Bookshelf.
Qu’est-ce que PubMed ?
PubMed donne accès à plus de 21 millions de références bibliographiques des articles contenus
dans Medline (1966 à nos jours) et OldMedline (de 1946 à 1965), ainsi qu’aux références
bibliographiques en cours de traitement ou envoyées par l’éditeur.
Medline est la base de données de la National Library of Medicine dans les domaines suivants :
- Médecine,
- Soins infirmiers, - Dentaire,
- Vétérinaire, - Santé publique
- et Recherche clinique
Medline indexe les références bibliographiques ainsi que les résumés de plus de 5 600 journaux biomédicaux publiés aux Etats-Unis et dans 80 autres pays.
La plupart des références sont en anglais ou possèdent un
résumé en anglais.
PubMed
Objectifs de la séance
• Connaitre les principes de constitution de la base Medline
• Se repérer dans PubMed
• Savoir effectuer une requête pertinente dans la base
• Savoir mettre en place des alertes sur un
thème.
Ne pas confondre
Medline PubMed
Le contenu
(la base de données
)L’Interface
d’interrogation
Medline
• Qui ?
National Library of Medicine Etats-Unis.
• Quoi ?
20 M de references d’articles biomedicaux, issues de 5200 periodiques depuis 1948
• Thesaurus :
Un thésaurus, thésaurus ou thésaurus documentaire, est une listeorganisée de termes contrôlés et normalisés (descripteurs et non descripteurs) représentant les concepts d'un domaine de la connaissance.
C'est un langage contrôlé utilisé pour l'indexation de documents et la recherche de ressources
MESH
• Interface
PubMed
Le thesaurus de Medline: le MeSH
Medical Subject Headings (MESH)
Mots-clefs uniquement en anglais
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh
Le MESH:
• Liste de termes normalisés dans le domaine biomedical
• Outil a utiliser en priorité pour une
recherche pertinente
Ne pas confondre
Affichage des resultats
Notice d’articles affichée en mode
“summary”
Notice d’articles affichée en
mode “abstract”
Adresse de la base de Medline (via l’Interface PubMed)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubMed
Trois Facons d’entrer une requête dans PubMed
1. Directement dans la barre de recherche
simple.
2. A partir d’un mots clefs Mesh (boite
d’equation de recherche et rebond)
3. A partir du moteur de recherche
avancée (“Advanced”)
My NCBI : Votre PubMed personnalisé
Ouvrir un compte sur My NCBI + Sign in
+ Register for an account
Présentation de l’interface
RECHERCHER DANS PUBMED
1. Des auteurs
Pour effectuer une recherche auteur dans PubMed, il faut entrer le nom de famille de l’auteur suivi de(s) initiales sans ponctuation.
Ex : Grant M ou Cavaillon jm
2. Des journaux
On peut rechercher un journal par :
- son nom complet : the journal of biological chemistry, - son abréviation Medline : J Biol Chem,
- son numéro d’ISSN (papier ou électronique) : 0021-9258
Ex : j biol chem[ta]
RECHERCHER DANS PUBMED
3. Des Mots cles
Ex : "stem cell"[ti]
RECHERCHER DANS PUBMED
Les suggestions de termes de recherche
Quand vous commencez à rentrer un ou des termes de recherche dans la fenêtre de requête, PubMed vous propose différentes
expressions que vous pouvez sélectionner en cliquant dessus.
PubMed/Utilisation de My NCBI
Comment s'inscrire et se connecter à My NCBI
Configuration de filtres sur My NCBI
Sauvegarde de recherches sur votre compte My NCBI
Recevoir des alertes de recherche par e-mail
Collections et Bibliographie
Pour vous inscrire sur My NCBI, allez directement à la page d'accueil de PubMed à l'adresse:
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
En haut et à droite de la page cliquez sur le lien My
NCBI/Sign in pour aller sur la page d'Inscription/Connexion.
NB: Si vous tentez de vous inscrire alors que vous êtes connecté à HINARI/PubMed, HINARI bloquera votre retour après avoir travaillé sur My NCBI.
Voici la page My NCBI Sign In
(Inscription/Connexion). Pour vous inscrire sur My NCBI, cliquez sur le lien Register for an account (S'inscrire pour un compte). Si vous êtes déjà inscrit, vous pouvez utiliser la boîte My NCBI Sign In (Connexion à My NCBI).
Vous devrez à présent remplir un court formulaire d'inscription.
Choisissez un Nom d'utilisateur (Username) et un Mot de passe (Password) et assurez-vous d'en prendre note ou de vous en souvenir.
Vous devrez aussi choisir une Question de sécurité (Security Question) au cas ou vous
perdriez votre mot de passe.
Tapez les 5 caractères de l'image, tels que vous les voyez, y compris les
majuscules mais sans espaces. Une adresse e- mail est nécessaire pour pouvoir utiliser une
fonctionnalité de My NCBI que nous discuterons plus tard. Quand vous avez complété le formulaire, cliquez le bouton Register (S'inscrire).
Vous recevrez un e-mail de confirmation de la part de My NCBI.
Dans votre boîte de réception, ouvrez le message reçu de efback@mail.nih.gov . Pour compléter votre inscription, vous devez ouvrir la page dont l'URL est indiquée sous la phrase ”you must visit the following Web site” (Vous devez visiter le site
Internet suivant).
NB : Cette URL n'est pas active dans votre message et vous devrez la copier et la coller dans la barre d'adresse de votre navigateur et taper la touche Entrée de votre clavier.
Vous serez alors dirigé sur cette
page de My NCBI, qui indiquera que votre adresse e-mail a été vérifiée.
Connectez-vous avec le nom
d'utilisateur et le mot de passe que vous avez choisis lors de votre inscription.
NB: Si vous travaillez sur votre ordinateur personnel, vous pouvez cocher les cases Keep me signed in unless I sign out (Maintenair ma connexion jusqu'à ce que je me déconnecte) ou Remember my username (Enregistrer mon nom d'utilisateur).
Pour accéder à My NCBI, vous devrez vous
connecter (Sign In) avec votre nom d'utilisateur et votre mot de passe.
NB: Ceci est la procédure quand vous êtes inscrit et que vous revenez à votre compte My NCBI .
Quand vous serez connecté à votre compte My NCBI, la page d'accueil de PubMed affichera votre nom d'utilisateur et vous donnera l'option de vous
déconnecter (Sign Out). Pour aller sur votre page d'accueil personnelle de My NCBI, cliquez sur votre nom d'utilisateur.
Voici votre page personnelle My NCBI. Elle offre de nombreuses fonctionnalités et nous commencerons par discuter les filtres (Filters).
Les Filtres permettent aux utilisateurs de My NCBI d'identifier des ensembles d'articles parmi les résultats de recherche.
Ouvrez la section Filters en cliquant le lien Manage Filters (Gestion des filtres).
Assurez-vus de maintenir l'option Filters for PubMed (Filtres pour Pubmed).
Dans la section Browse/Search for PubMed Filters (Parcourir/Rechercher des filtres PubMed), nous avons cliqué sur la catégorie Popular (Populaires).
Les filtres les plus courants sont énumérés sur cette page et vous
pouvez en choisir plusieurs. Quand vous cochez la case d'un filtre, votre page My NCBI s'actualise et active le filtre.
Cochez la case du filtre Free Full Text (texte intégral gratuit) ou tout autre filtre qui vous intéresserait
Notez que le(s) filtre(s) que vous avez choisi(s) sont activés et ajoutés à la section Your PubMed filter list (Votre liste de filtres PubMed) et la boîte verte vous en informe brièvement.
Pour ajouter un autre filtre, cliquez sur la catégorie LinkOut.
Après avoir accédé à la catégorie LinkOut, tapez HINARI dans la boîte de recherche et cliquez le bouton Search.
Quand l'option HINARI de LinkOut est affichée, cochez la case Filter pour ajouter ce second filtre.
NB: LinkOut est le logiciel de
PubMed qui ajoute l’icône HINARI au format d'affichage Abstract et vous donne accès aux articles en texte intégral.
Les deux filtres que vous avez choisis sont maintenant dans votre liste PubMed. Vous pouvez supprimer un filtre en cliquant sa case dans la colonne Active pour la dé-cocher.
Revenez sur la page d'accueil de My NCBI en cliquant son logo ou son nom près du votre.
NB: Ces deux filtres sont utilisés pour créer les hyperliens HINARI et Free Full Text quand vous effectuez des recherches sur HINARI/PubMed. Ils apparaîtront dorénavant sur toutes vos recherches sur My NCBI.
Utilisez la section Search NCBI databases (Rechercher dans les bases de données NCBI) pour effectuer une recherche sur HIV AND pregnancy – en tapant les
termes dans la boîte de recherche et en cliquant le bouton Search.
Dans PubMed, voici les résultats de la recherche HIV AND pregnancy. Cliquez l'hyperlien Save search (Sauvegarder la recherche), qui devient disponible quand vous êtes connecté à votre compte My NCBI.
My NCBI vous donne le choix de sauvegarder votre recherche (Save) ou de l'annuler (Cancel). Dans le cas présent, cliquez le bouton Save.
En sauvegardant cette recherche, vous pouvez
recevoir des e-mails qui vous informeront de nouvelles
citations d'articles HINARI ou en texte intégral gratuit sur ce sujet.
My NCBI confirme que cette
recherche a bien été sauvegardée.
Vous avez maintenant la possibilité de recevoir des notifications par e- mail (email updates) sur ce sujet Vous pouvez aussi opter pour ne pas en recevoir.
Dans le cas présent, nous avons choisi les options: ‘Yes, once a week’ (Oui, Une fois par semaine) le ‘Lundi' (Monday) au format
Abstract (au lieu de texte ou MEDLINE) pour recevoir 50
éléments. Sélectionnez les options que vous préférez et cliquez le
bouton Save pour enregistrer.
Quand vous revenez à votre page My NCBI, vous verrez une liste des recherches sauvegardées dans la section Saved Searches – dans notre cas, ‘HIV AND
pregnancy’ et ‘malaria AND bednets’. Vous pouvez refaire une recherche en cliquant son titre dans la liste ou la supprimer en cliquant le lien Manage Saved Searches (Gestion des recherches sauvegardées).
NB: La notification par e-mail que vous recevrez de My NCBI contiendra des
citations d'articles récents Pour le texte intégral, vous devrez revenir sur HINARI et trouver la revue particulière qui le publie.
Discutons maintenant de la fonctionnalité Collections. A partir de notre compte My NCBI, nous avons effectué une recherche PubMed pour diabetes AND developing countries. Cette
recherche a renvoyé 1552 citations.
Nous avons coché les cases des 5 premiers résultats et, dans le menu déroulant Send to (Envoyer vers), nous avons activé Collections. Nous cliquerons ensuite sur le bouton Add to Collections (Ajouter aux collections) pour sauvegarder les citations sélectionnées
NB: Vous pouvez changer le format d'affichage Summary dans le menu Display Settings en un autre que vous préférez.
Les cinq éléments de
PubMed ont été transférés sur la page MY NCBI
Collections. Nous avons cliqué sur l'option Create new collection (Créer une nouvelle collection) et nommé la collection dans la boîte Enter a name for your collection (Nommez votre collection). Pour sauvegarder cette collection, cliquons le bouton Save.
Cette page confirme que votre collection a été sauvegardée (Your collection was saved).
Cliquez sur le lien Edit your collection (Éditez votre
collection).
Les citations sont à présent affichées sur une page Collections créée spécialement pour la recherche
diabetes and developing countries. Ici, vous
avez les options
suivantes: Delete/View (Supprimer/Afficher (les citations), ainsi que
Publish/ Edit Settings/
Save collection (Publier/
Changer les options/
Sauvegarder la collection).
Notre dernière fonctionnalité de My NCBI est l'option My Bibliography, qui permet de sauvegarder vos publications et autres citations dans votre compte My NCBI.
Dans My NCBI, Nous avons effectué une recherche PubMed sur un auteur (rhine l). Cette recherche a renvoyé 4 citations.
Nous avons coché les cases des trois citations adéquates de cette
recherche. Dans le menu déroulant Send to, nous avons activé l'option My Bibliography et nous allons cliquer le bouton Add to My Bibliography (Ajouter à ma bibliographie).
Dans la page My Bibliography, 3 éléments PubMed ont été transférés. Cliquez le bouton Save.
Notez que vous pouvez aussi sauvegarder les éléments en tant que Other citations (Autres citations).
Sur votre page My NCBI, la section My Bibliography contient 3 éléments Il y a 5 citations pour diabetes and developing countries dans la section Collections.
Notez que vous pouvez agrandir ou réduire les différentes sections en cliquant la flèche en haut et à droite. Ouvrez votre bibliographie en cliquant le lien Manage My Bibliography (Gestion de bibliographie).
Les citations sauvegardées pour la recherche rhine l sont affichées sur votre page My Bibliography. Vous avez ici les options Move, Delete, View (Déplacer, Supprimer, Afficher) et vous pouvez trier les citations par Date, Groupe ou Type (Sort by date, group ou citation type).
Filtre
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Review
Résumé seulement
Articles complets gratuits Articles complets non
Disponibles
Autre moteur de recherche de publications scientifiques
https://scholar.google.com/schhp?hl=fr
Le nombre de citations (par d’autres articles ) D’autres articles similaires
Les différentes versions d’articles
Enregistrer
Comment faire une bibliographie ?
• Logiciel de gestion des références bibliographiques (EndNote (payant), Zotero (gratuit), CiteUlike (gratuit, sur inscription), RefWorks (payant)),
Reference Manager (payant)
Outils
La liste des References
Livre complet
• Jones, P.J. (1980), Introduction to Algorithms, London: Methuen.
Jones, P.J., Smith, R. & Watson, E.P. (eds) (1988), Artificial Intelligence Reconsidered (2nd edition), New York: Wiley.
Chapitre dans un livre chapter
• Hamza, K.A. (1988), "Vision Systems", in Jones, P.J., Smith, R. &
Watson, E.P. (eds), Artificial Intelligence Reconsidered (2nd edition), New York: Wiley, pp. 12-34.
Un article dans une revue
• Carson, P.R. (1970), "An Approach to Intelligent Planning", Journal of Applied Artificial Intelligence 38(3), 4-11.
• Un article dans une publication dans un volume en conference proceedings
• Jones, P.J. (1983), "An Attempt to Construct a Knowledge-based Route Planner", Proceedings of the 8th International Conference on Transport Planning, Budapest: Hungarian Transport Association, pp. 212-58.
