Les différentes souches de S. agalactiae utilisées au cours de ce travail ainsi que leurs caractéristiques sont exposées dans le tableau 2. Les précultures et cultures ont été effectuées à 37°C en aérobiose, excepté les expériences de conjugaison qui ont été réalisées en anaérobiose. Les conditions d'anaérobiose ont été obtenues par incubation des cultures grâce au système Genbox (BioMérieux). Les précultures et cultures ont été réalisées dans du milieu d’infusion cœur-cervelle (BHI pour « brain heart infusion »), du milieu Todd Hewitt pour la préparation de cellules électrocompétentes ou sur du milieu gélosé trypticase soja composé de cœur de bovin, de digestion tryptique de tissus animaux et de 5% de sang de cheval défibriné (AES chemunex). Les souches transformées par des plasmides recombinants présentant une origine de réplication thermosensible ont été cultivées en milieu
trypticase soja ou BHI à 30°C. Les souches possédant un plasmide recombinant
intégré dans leur chromosome ont été cultivées à 37°C dans les mêmes milieux. La
souche FSL S3-026 de S. agalactiae provient de la collection bactérienne
BCCMTM/LMG et est accessible sous le numéro LMG26500 (Universiteit Gent,
Belgium).
Les souches d’autres streptocoques ou d’entérocoques utilisées comme cellules réceptrices lors des tests de conjugaison interspécifiques sont présentées dans le tableau 2. Streptococcus uberis et Streptococcus dysgalactiae ont été cultivés en milieu BHI à 37°C en conditions aérobies (avec une agitation de 150 rpm). Streptococcus pyogenes et Enterococcus faecalis ont été cultivés dans les mêmes conditions mais en anaérobiose. L’ensemble de ces espèces a été cultivé sur gélose trypticase soja
supplémentée avec du sang de cheval défibriné (5%). Les précultures de Streptococcus
thermophilus ont été réalisées dans du lait écrémé reconstitué à 10% (p/vol), tandis que les cultures ont été effectuées dans du milieu M17 supplémenté avec 0,5% de lactose (LM17). Les précultures et cultures de S. thermophilus ont été réalisées à 42°C sans agitation ou en anaérobiose dans des jarres grâce au système GasPak
(bioMérieux). Streptococcus salivarius a été cultivé dans du milieu M17 supplémenté
avec 0,5% de glucose (GM17) à 37°C en anaérobiose. Les cultures de Streptococcus mutans ont été effectuées en milieu Todd Hewitt supplémenté avec 0,1% d’extrait de levure (THY) à 37°C en anaérobiose.
Toutes les cultures de streptocoques ou d’entérocoques ont été supplémentées avec les antibiotiques suivants lorsque ceux-ci étaient requis : chloramphénicol
88 (16 μg/mL), érythromycine (50 μg/mL), rifampicine (75 μg/mL), spectinomycine (500 μg/mL) ou streptomycine (250 μg/mL).
Les souches d’E. coli EC101 (Stratagene) ou DH5α ont été employées comme
hôte pour les plasmides recombinants. Elles présentent respectivement les génotypes suivants : supE, hsd-5, thi-1, (lac-proAB), (F traD36, proAB, lacIqZM15), repA+ et supE44 lacU169 (Φ80 lacZ M15) hdsR17 endA1 gyrA96 thi-1 relA1. Les souches portant les plasmides recombinants ont été cultivées sous agitation, à 37°C en milieu LB (Luria-Bertani) en présence d'érythromycine (150 µg/mL), de spectinomycine (50 µg/mL), de chloramphénicol (16 µg/mL) ou d’ampicilline (150 µg/mL).
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Tableau 2 : Listes et caractéristiques des souches utilisées dans ce travail
Souches Caractéristiques génotypiques ou phénotypiques a Source ou référence
S. agalactiae
515 Souche sauvage portant un ICE putatif (ICE_515_tRNALys) (Tettelin et al. 2005a)
2603V/R Souche sauvage portant un élément composite ICE-IME putatif
(ICE_2603_tRNALys) codant une protéine de transfert putative OrfD
tronquée (homologue à l’ATPase VirB4)
(Tettelin et al. 2002b)
COH1 Souche sauvage portant un ICE putatif (ICE_COH1_tRNALys) codant
une protéine de transfert putative OrfD tronquée (homologue à l’ATPase VirB4)
(Tettelin et al. 2005a)
18RS21 Souche sauvage portant un ICE putatif (ICE_18RS21_tRNALys)
codant trois protéines de transfert putatives tronquées (OrfC, OrfD et OrfL)
(Tettelin et al. 2005a)
FSL S3-026 Souche sauvage portant un ICE putatif
(ICE_ FSL S3-026_tRNALys)
(Richards et al. 2011)
Nem316 Souche sauvage portant un CIME putatif (CIME_Nem_tRNALys) (Glaser et al. 2002)
A909 Souche sauvage portant un IME putatif (IME_A909_tRNALys) (Tettelin et al. 2005a)
515 (ICE_515_tRNALysery) Souche portant ICE_515_tRNALys marqué par une cassette de
résistance à l’érythromycine, Eryr
Ce travail
515 (ICE_515_tRNALyscat) Souche portant ICE_515_tRNALys marqué par une cassette de
résistance au chloramphénicol, Cmr
Ce travail
2603V/R (ICE_2603_tRNALysery) Souche portant ICE_2603_tRNALysmarqué par une cassette de
résistance à l’érythromycine, Eryr
Ce travail
COH1 (ICE_COH1_tRNALysery) Souche portant ICE_COH1_tRNALys marqué par une cassette de
résistance à l’érythromycine, Eryr
Ce travail
18RS21 (ICE_18RS21_tRNALysery) Souche portant ICE_18RS21_tRNALys marqué par une cassette de
résistance à l’érythromycine, Eryr
Ce travail
FSL S3-026
(ICE_FSL S3-026_tRNALysery) Souche portant ICE_FSL S3-026_tRNA
Lysery marqué par une cassette
de résistance à l’érythromycine, Eryr
Ce travail
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résistance au chloramphénicol, Catr
COH1 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
Nem316 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
A909 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
S. mutans
UA159 Souche sauvage, pas d’élément intégré à l’extrémité du gène
ARNtLysCUU
(Ajdic et al. 2002)
UA159 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
S. salivarius
CIP102503 Souche sauvage Collection Institut
Pasteur
JIM8777 Souche sauvage portant un IME putatif intégré à l’extrémité du gène
ARNtLysCUU
(Guedon et al. 2011)
CIP102503 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
JIM8777 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
S. thermophilus
LMG18311 Souche sauvage portant un élément composite CIME-IME putatif
intégré à l’extrémité du gène ARNtLysCUU
(Bolotin et al. 2004)
LMG18311 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
S. uberis
20388 Souche sauvage (Haenni et al. 2010)
21458 Souche sauvage (Haenni et al. 2010)
20388 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
21458 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
S. dysgalactiae
14998 Souche sauvage (Haenni et al. 2010)
16192 Souche sauvage (Haenni et al. 2010)
14998 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
16192 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
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ATCC 12202 Souche sauvage ATCC
ATCC 12202 Rifr Mutant spontané résistant à la rifampicine (Bellanger et al. 2009)
E. faecalis
JH2-2 Rifr, Fusr (Jacob and Hobbs
1974)
JH2-2 Rifr Strr Mutant spontané résistant à la rifampicine et à la streptomycine Ce travail
E. coli
EC101 supE hsd-5 thi (lac-proAB) F (traD6 proAB lacIq lacZ M15) repA,
dérivant de la souche TG1
(Law et al. 1995)
DH5 supE44 lacU169 (80 lacZ M15) hsdR17 endA1 gyrA96 thi-1 relA1 (Sambrook and Russell
2001)
a Abbreviations: Cmr, résistance au chloramphénicol; Eryr, résistance à l’érythromycine; Fusr, résistance à l’acide fusidique; Rifr, résistance à la rifampicine; Strr, résistance à la streptomycine
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